网上生物信息学数据库资源

大量的蛋白质和核酸数据的积累与理性地分析这些数据中所蕴涵的生物学意义的双重需要 ,产生了综合生物学研究与计算技术研究等领域最新成果的交叉性学科生物信息学。本文分别从生物信息学的基因组数据库 ,核酸和蛋白质一级结构序列数据库 ,生物大分子 (主要是蛋白质 )三维空间结构数据库 ,以及以这 3类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库 (包括基因组二次数据库、蛋白质序列二次数据库、蛋白质结构二次数据库 )和生物信息学数据库的集成系统等几个方面 ,概述了发展中的生物信息学数据库的最近动态和有关信息 ,同时对主要的热门生物信息学数据库站点和资源进行了评价。此外 ,就国内生物信息学数据库存在的问题与前景进行了讨论 ,指出生物信息学将是一次国际性的科学大协作 ,也是我国生命科学振兴的一个新契机。     

蛋白质组学数据库信息资源开发与利用

蛋白质组学数据库是蛋白质组学的主要内容之一，本文分别从生物信息学的蛋白质一级结构序列数据库，蛋白质三维空间结构数据库，以数据库和文献资料为基础构建的二次数据库包括蛋白质序列二次数据库、蛋白质结构二次数据库、蛋白质组数据库等几个方面，概述了发展中的蛋白质数据库的最近动态和有关信息，同时对主要的热门蛋白质数据库站点和资源进行了评价。此外，就国内生物信息学数据库开发与利用的问题与前景进行了讨论。     

BLAST序列类似性检索策略研究

自20世纪80年代第一个核酸和蛋白质序列数据库类似性检索方法发表以来,序列类似性检索成为核酸和蛋白质测序之后的常规操作,序列类似性检索方法也成为序列生物信息学分析的一种基本方法。在序列类似性检索方面已开发研制了多种不同的应用软件,如BLAST、FASTA、Search等,其中BLAST是最常用的检索软件之一。国内的科研人员大多凭经验利用BLAST进行序列类似性检索,未对其检索方法进行全面系统的研究。     

基因库(GenBank)的电子邮件检索

基因库（GenBank）是由美国国立卫生研究院、美国国立医学图书馆以及美国国家生物技术信息中心建立发行的,所有已知核酸和蛋白质序列及其文献和生物学注释的公共数据库。可以通过WWW、FTP、E—mail获取其中的数据,本文主要介绍了查询服务器的检索方法。     

互联网上的蛋白质二维凝胶电泳(2DE)数据库资源

为了有效地实现信息资源的交换和共享 ,很多国际知名的实验室和研究机构均建立了各种蛋白质相关数据库。相对蛋白质序列数据库而言 ,蛋白质双向凝胶电泳 ( Two-dimensional gel electrophoresis,2 DE)图谱数据库分布比较分散。本文介绍了发布蛋白质 2 DE数据的主要研究机构 ,分门别类地作了综合性、哺乳类、植物类、微生物和真菌类等专业蛋白质 2 DE数据库的数据内容、特色评价 ,并对两个 2 DE专业搜索引擎的数据来源、检索功能等方面作了描述与评价。本文最后提出 ,今后蛋白质 2 DE数据库的建设过程中应加强数据的标准化、图谱显示格式的统一化     

基于生物信息学的鳜鱼基因知识发现*

以鳜鱼基因克隆为例，揭示了基于生物信息学的知识发现的全过程。利用Entrez、SRS等检索工具从GenBank、EMBL等核酸序列数据库、鱼类专业数据库获取相关鱼类的基因等信息，采用半经验值直观算法，以BLAST、FASTA方法结合Taxonomy分类数据库，选择恰当的过滤程序过滤掉效数据，最终获得与知识发现预期结果一致知识。     

GenBank数据库检索及其应用——Entrez检索功能

GenBank数据库是世界上著名的生物信息数据库,包含了目前所有已知的核苷酸序列和蛋白质序列以及与它们相关的文献著作和生物学注释。详细介绍了它的Entrez检索功能。     

基因库的Entrez浏览检索

基因库是美国国立卫生研究院（ＮＩＨ）,美国国立医学图书馆（ＮＬＭ）,美国国家生物技术信息中心（ＮＣＢＩ）等机构建立和发行的核酸序列数据库,是国际三大综合性核酸序列数据库之一。通过ＷＷＷ、Ｅ－ｍａｉｌ,ＦＴＰ等方式获取其中的数据,本文着重介绍它的Ｅｎｔｒｅｚ检索。     

迈向21世纪的生物信息学

生物信息学是一门新兴交叉学科，被称为21世纪生物技术的核心。介绍生物信息学的概念、分类、应用和重要的生物信息学数据库，并对生物信息学的发展进行展望，指出生物信息学正处在科学发展的前夜。随着20世纪末生物学数据和信息的大量积累，21世纪必将导致科学上的重大发现。     

生物信息学

生物信息学是生物技术的核心 ,是一门由生物、数学、物理、化学、计算机科学、信息科学等多学科交叉产生的新兴学科。本文介绍了生物信息学的概念 ,分析了发展生物信息学对现今科学发展的重大意义。根据生物信息学的发展特点 ,具体分析了生物信息学研究的内容 :基因组序列的分析 ;基因进化 ;药物设计 ;基因区域预测 ;基因功能预测 ;蛋白质结构预测。评述了生物信息学发展的现状 ,指出我国生物信息学发展中存在的问题 ,并对我国发展生物信息学提出了一些建议。最后分析了生物信息学发展的方向 ,展望了生物信息学的发展前景     

领域数据库的FAIR原则实践——以生物信息学为例北大核心

文章深化国内外领域数据库的FAIR原则实践研究,奠定进一步开展科学数据的管理工作布局与实践基础,为不同学科领域的数据开放路径提供支持。采用文本分析法对国内外11个生物信息学领域数据库的介绍文献内容进行编码,探索其FAIR原则实践进展。通过分析生物信息学领域数据库的可发现、可访问、可互操作和可重用的FAIR原则实践,发现FAIR原则在生物信息学领域的数据实践研究中存在管理与应用两方面的不足。建议在后续FAIR原则实践中,生物信息学领域数据库应创新设计和规范管理标准,丰富领域数据相关描述,遵循通用且符合FAIR原则的数据库规定,实现领域中各数据库平台的互联互通,提高数据开放共享水平。     

专利查新与因特网免费生物信息学数据库的利用

随着因特网免费信息数据库的日益丰富，给专利查新工作带来了新的机遇与挑战。通过对网络生物信息学资源特点，Internet著名免费生物序列数据库检索利用，以及免费数据库与商用数据库的比较，对生物序列专利查新工作进行了有益的探讨。     

欧洲核酸序列数据库——EMBL及其检索方法

介绍世界三大核酸序列数据库之一的欧洲EMBL数据库及其检索方法。     

美国NCBI网站基因组数据库使用和检索

针对基因组信息在生物信息学中日益占据重要的地位, 介绍基因组数据库Genoma 的检索和使用特点。     

"十一五"重大科学研究专项计划

一,蛋白质研究 随着人类基因组图谱的公布,以及诸多动物、植物、微生物的基因组全序列测定的完成,生物科学进入了"基因组时代".人类将在了解遗传物质DNA全部序列的基础上研究和认识生命的奥秘.阐明基因编码的产物--蛋白质的功能已成为主要研究目标.蛋白质是最主要的生命活动载体和功能的执行者,对蛋白质复杂多样的结构功能、相互作用和动态变化的深入研究,将在分子、细胞和生物体等多个层次上全面揭示生命现象的本质.同时,蛋白质科学研究成果将催生一系列新的生物技术产品,带动医药、农业和绿色产业的发展,引领未来生物经济.蛋白质科学已成为各国争夺的生命科学制高点.     

全文数据库研究述评

全文数据库研究主要从数据库收录内容和数据库平台两方面进行,并具有与其它数字资源不同的研究重点和取向。全文数据库是图书馆数字馆藏的重要组成部分,需要从全文数据库的质量、需求、拥有与获取等角度深入研究。国内全文数据库发展和全文数据库研究落后于国外,需要从文本与在线阅读比较研究、检索技术研究等方面突破并实现创新。     

化学化工数据库产业化的探讨

《数据库产业化生产优化模式的探讨》是福建省科委重大科技项目(2000H002)，我们所进行的《化学化工资源数据库建设及生产模式探讨》是其中的一个子项目。该数据库是应用数据库编程和数据收集整合的方法，通过对一次文献、二次文献等源数据的开发整合与转换，将其导入金纬达数据库检索系统中，实现对化学化工数据库多种途径的中英文检索，     

典型数据库信息分析功能的研究

针对图书馆的主要电子资源数据库,从信息分析的角度,就信息分析的概念与方法、数据库信息分析功能的特点进行了较详尽的阐述,并针对典型数据库系统,如CNKI、Web of Knowledge、Scopus、万方数据资源等专利信息服务平台的信息分析功能,从数据库概况、使用方法、功能特色、信息分析手段等方面进行了较全面的剖析,同时介绍了数据库信息分析功能的发展,有益于从事该领域教学或研究的人员参考。     

建立快速提供信息服务的精品数据库

新闻资料数据库从无到有、从小到大形成规模对社会开放,这是数据库建设的一大飞跃。随着信息量的日益增多,衡量一个数据库水准的高低不再以传统观念上的文献量的多少为标准,而是其为用户快速提供信息服务的数量和质量。这就意味着,新闻资料数据库的建设又面临着新的挑战。1、建立高质量的数据库在全文数据库的基础上,我们要积极开发索引、文摘、二次文献数据库,以满足高层次用户的需求,也可以追求更多的经济效益。同时,我们还应注意数据的质量问题。一个高质量的数据库应具有性能先进、结构合理、功能齐全等特点,为保证数据库的质量,必须制…     

试论建立大规模的全文数据库

分析了当前二次文献库和引文数据库建设中存在的问题及其内涵, 指出出版印刷本的二次文献库和引文数据库是一种重复劳动。列举了全文数据库的优点, 对建设大规模全文数据库的可行性、对计算机系统的要求、文献情报工作者的任务、建设和服务中可能产生的问题等作了分析。认为建设大规模全文数据库的时机已成熟, 应该着手其实施与实际的操作。