基于系统药理学探讨抗病毒口服液治疗COVID-19分子机制

目的:基于网络药理学与分子对接技术探索抗病毒口服液在治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制.方法:使用TCMSP数据库对抗病毒口服液的中药活性成分进行检索并根据条件筛选.使用OM IM和Gene Cards数据库对疾病靶点进行筛选,构建活性成分-靶点网络图.将筛选得到的靶点用String数据库得到蛋白互作网络图.运用GO和KEGG富集分析,得到靶点-信号通路网络图.结果:共筛选得到中药活性成分靶点226个,疾病靶点256个,关联靶点21个,富集于22个生物过程及80条信号通路.根据中药-化合物-靶点网络图分析,得到排名前5的活性成分分别为槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚、木犀草素和汉黄芩素.分子对接结果显示抗病毒口服液的核心化合物与疾病靶点SARS-CoV-23CL水解酶和血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)能较好的结合.结论:抗病毒口服液中的主要活性成分通过与SARS-CoV-23CL和ACE2结合,作用于IL-6、PPARG、VEGFA等靶点,影响免疫调节、抗病毒、抗炎等途径发挥对C O V ID-19的治疗作用.     

基于网络药理学和分子对接探讨宽叶山蒿干预乳腺癌的作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨宽叶山蒿的活性成分干预乳腺癌的作用机制。方法:在SciFinder等文献数据库中检索出已报道的宽叶山蒿化合物相关结构信息,再利用PubChem、swissADME和PharmMapper数据库筛选符合要求的活性化合物及其所对应的靶点信息。利用OMIM、DrugBank和GeneCards疾病数据库进行乳腺癌相关靶点的搜索及筛选。使用Cytoscape 3.7.2软件对宽叶山蒿活性成分-靶点网络进行构建,再利用String 11.5在线平台构建蛋白相互作用(Protein-protein interaction, PPI)网络,通过Cytoscape 3.7.2软件上的MCODE插件对干预乳腺癌的关键靶点进行预测,接着将宽叶山蒿活性成分靶点和乳腺癌的靶点取交集,通过DAVID 6.8数据库对交集的靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,最后将宽叶山蒿活性成分与核心靶标用AutoDock-Tools-1.5.7进行分子对接。结果:在文献数据库中得到45个宽叶山蒿化合物结构,筛选得到11个活性成分,对应58个靶点,在疾病数据库中获得1198个疾病靶点,其中宽叶...     

基于网络药理学的威灵仙抗结直肠癌分子机制研究

目的:基于网络药理学方法探讨威灵仙抗结直肠癌可能的分子机制。方法:通过TCMSP数据库挖掘获取威灵仙活性成分,限定口服利用度(OB)和类药性(DL)数值对威灵仙活性成分进行筛选。利用TCMSP搜索威灵仙相关靶基因,GeneCards数据库收集与结直肠癌相关的基因,采用Cytoscape Version 3.7.1软件,构建威灵仙活性成分-抗结直肠癌靶点网络。使用String数据库构建蛋白质相互作用网络。使用Bioconductor数据库对威灵仙抗结直肠癌作用靶点进行基因本体(GO)富集分析与KEGG通路分析,以探究威灵仙抗结直肠癌的作用机制。结果:收集到57种化合物,经筛选和分析获得威灵仙活性成分7个,涉及抗结直肠癌作用靶点30个,关键靶点包括CASP3、JUN、ADRA1B、MAOA等。GO功能富集分析得到GO条目55个,KEGG通路富集筛选得到61条信号通路,包括凋亡通路、p53信号通路、结直肠癌信号通路等。结论:威灵仙治疗结直肠癌具有多通路、多靶点作用的特点,其具体的调控机制及关键的靶标尚待通过进一步的实验研究加以探索及验证。     

基于网络药理学的积雪草酸治疗IA1期宫颈癌治疗机制的研究

通过网络药理学方法筛选获得积雪草酸与IA1期宫颈癌的交集靶点,分析GO功能和信号通路,经拓扑学筛选核心靶点,进行分子对接验证。结果表明,积雪草酸与IA1期宫颈癌有60个交集靶点,涉及101项GO功能和30条KEGG信号通路,确定了4个核心靶点(IL1B、CXCL8、CCL2和TLR4),分子对接验证结果显示积雪草酸与核心靶点结合稳定。     

基于系统药理学方法探究荆花胃康胶丸干预幽门螺杆菌所致炎症反应机制

目的:探究荆花胃康胶丸(Jinghua Weikang capsule,JWC)干预幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)所致炎症反应的作用机制.方法:采用Schr?dinger(2018)平台的QikProp模块过滤不符合ADME参数的JWC成分,用R语言factoextra和Facto MineR包对剩余成分进行主成分分析.借助Pharm Mapper Server和SwissTarget Prediction平台预测阳性药的作用靶点,并与OMIM、Genecards和Dis-GeNET数据库获得的Hp感染靶点取交集,获得阳性药对Hp感染的治疗靶点.采用Schr?dinger软件探究潜在活性成分对Hp感染治疗靶点的作用效果,借助R语言的pheatmap包构建对接结果的聚类分析热图.利用Cytoscape软件构建"药效成分-疾病靶点"网络模型,借助CluoGO插件分析JWC治疗Hp感染的作用通路.将水团花主要成分与BabA进行分子对接,探究水团花对Hp粘附的抑制作用.结果:13个候选活性化合物主要来自于土荆芥,分别作用于核心靶点T A K1、T AB1、RELB、M A PK14、MAPK11、JNK1、IKKB和ERK1.靶点映射得到KEGG通路28条,其中NF-κB/MAPK信号通路的富集靶点数最多.对接结果显示,水团花可能通过竞争性抑制黏附素BabA发挥抗Hp疗效.结论:JWC可能通过调控黏附素-MAPK/NF-kB信号通路干预Hp感染所致炎症反应.     

陈皮心血管药理作用的网络解析

基于网络药理学探究陈皮治疗心血管疾病的作用机制.依托TCMSP数据库、DTPS靶点预测系统筛选陈皮活性成分及其潜在作用靶点,从GeneCards、DisGeNET、OpenTargets等数据库收集心血管疾病治疗靶点,将2类靶点进行交互处理得到陈皮治疗心血管疾病的靶点;借助Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络;应用String平台构建靶蛋白互作网络;利用ClueGO插件富集靶基因GO生物学类型;运用DAVID (Version 6.8)平台分析靶基因KEGG通路,结合Omicshare数据库绘制KEGG通路气泡图.陈皮11个药效成分作用于PPARG、IL1B、ICAM1、VCAM1、PLG、APOB、F2、SOD1等32个心血管疾病治疗靶点;参与活性氧生物合成、脂质代谢正调控、血液凝固、平滑肌细胞增殖调控、活性氮代谢、氧化还原酶活性调控、血压调节等,涉及血脂代谢、心血管调节、血凝调控、炎症、内分泌相关的16条通路.陈皮通过抗炎、抗氧化、抗凝、保护心肌以及调节血脂等药理作用治疗心血管疾病.     

基于网络药理学方法探讨知母治疗老年痴呆症的作用机制

通过网络药理学的方法探讨知母治疗老年痴呆症的作用机制,通过TCMSP数据库筛选知母的有效活性成分及作用靶点、Uniprot数据库查询作用靶点的基因名称、Drugbank数据库查询老年痴呆症的疾病靶点、Cytoscape3.6.1软件构建"药物-有效成分-靶点-疾病"网络图;通过String数据库构建药物-疾病靶点PPI...     

基于网络药理学探讨黄连配伍山药的抗Ⅱ型糖尿病作用机制

基于网络药理学探讨来自于民间偏方的黄连配伍山药治疗Ⅱ型糖尿病(T2DM)的物质基础及作用机制。通过构建“中药-成分-核心靶点-信号通路”、蛋白-蛋白相互作用等多种生物网络,证明黄连配伍山药治疗T2DM的核心成分有山药的荜茇宁(piperlonguminine)、(-)-白玉兰亭B(Denudatin B)、Kadsurenone, hancinol、薯蓣皂素(diosgenin)、CLR,和黄连的黄柏酮(Obacunone)、小檗浸碱(Berlambine)、槲皮素(quercetin)、黄连碱(coptisine)及反式阿魏酰酪胺(Moupinamide)等;核心靶点有TNF、AKT1、SRC、MAPK3、EGFR。这些核心成分可通过核心靶点调节经典炎症信号通路TNF信号通路、MAPK信号通路和PI3K-AKT信号通路,协同调控葡萄糖代谢,治疗Ⅱ型糖尿病及其并发症。同时,研究结果在证实黄连配伍山药治疗T2DM的作用基础上,挖掘出它们协同治疗的多成分、多靶点和多通路的多种分子机制,为进一步揭示黄连配伍山药治疗Ⅱ型糖尿病时所蕴含的配伍规律、作用机制及活性成分,为进一步开发治疗糖尿病的中药...     

黄连解毒汤计算机药理学

研究黄连解毒汤计算机药理学,对其多靶效应在分子层面进行探讨。构建成分数据库,应用分子对接、药效团模型、数据库搜索等方法,探讨与靶点A5lOX、IkBKB、PDE32间效应,研究其计算机药理学。复方成分中分别有40、36、28个化合物与靶酶A5LOX、IkBKB、PDE32间有潜在生物学效应,有23个小分子同时抑制2个以上靶标,其中10-乙酰京尼平苷和红景天苷对3个靶标均呈现抑制作用。本试验从分子层次上阐释了复方计算机药理学效应,为该药应用及深入研究提供一定的启示。     

血府逐瘀汤中红花、赤芍、川芎活血作用计算药理学

目的：采用计算药理学研究方法,研究血府逐瘀汤中红花、赤芍、川芎三味中药化合物活血作用靶点效应,阐释多靶点效应。方法：借助于分子对接和数据库搜索技术,探讨血府逐瘀汤活血类成分作用机制。结果：活血作用主要体现与4个活血类靶点Thrombin、TXA2R、PAI-1、factorIXa之间有较好的生物学效应,分别有88、18、59、3个分子与上述靶点有潜在生物学作用,其中羟基红黄色素A（saftlominA）对四个活血类靶点均有作用,并进行了方法学验证。结论：本试验从分子层次上阐释了该方中红花、赤芍、川芎活血作用机理,为该药的临床应用及深入研究提供参考。     

柚子

[知识吧]柚(yòu)子又叫雪柚、文旦等,俗称团圆果。每年农历八日十五左右成熟,一般可存放三个月之久,故有天然水果罐头之称。柚子饱满浑圆的外形,象征团贺,其中柚字和保佑的佑同音,被人们认为是逢年过节必备的吉祥水果。我国从周秦时代就开始种植柚子。世界四大名柚为文旦柚、坪山柚、沙田柚、暹(xiān)罗柚。柚子味酸甜,略带苦味,含丰富的维生素C及大量其他营养素,医学界公认是最具食疗效益的水果。柚皮有抗炎作用,柚肉中含丰富的维生素C以及类胰岛素等成分,故有降血糖、降血脂(zhī)、减肥、美肤养容等功效。经常食用,对糖尿病、血管硬化等疾病有辅助治疗作用。     

基于网络药理学探究青蒿抗弓形虫病的作用机制

目的:基于TCMSP网络药理学及动物试验,探讨青蒿治疗弓形虫病的活性成分及其抗病机制。方法:通过TCMSP获取青蒿活性成分,Pub Chem数据库获取活性成分的SMILES文件,在Swiss Target Prediction数据库中预测活性成分的作用靶点;在Gene cards数据库中获取弓形虫感染靶点;使用Venn分析获取青蒿和弓形虫感染共表达靶点,使用String数据库进行共表达靶点互作分析,使用MCODE对靶点互作网络图进行富集并获得高相关性靶点;使用高相关性靶点构建成分-靶点网络图,并在David数据库中进行GO和KEGG功能富集,获得弓形虫病特异性靶点和网络图。选取30只ICR雌性小鼠,随机分成空白组、模型组和青蒿治疗组,每组10只。模型组和青蒿治疗组小鼠腹腔注射接种弓形虫RH株速殖子,空白组小鼠注射等量生理盐水,24 h后青蒿治疗组小鼠灌胃生药1.2 g/kg体质量剂量,空白组和模型组小鼠灌胃等量生理盐水,连续治疗7 d,计算小鼠的存活率并对肝脏特异性靶点进行qRT-PCR验证。结果:TCMSP数据库筛选到OB≥30且DL≥0.18的代表性的青蒿成分20个,Swiss T...     

分子对接技术在新药研发领域中的应用进展

20世纪70年代,计算机辅助药物设计(Computer-Aided Drug Design,CADD)正式发展为一门新兴技术.分子对接技术(Molecular Docking)作为计算机辅助药物设计的一种主要方法,目前已被广泛应用于新药研发的多个环节.本文不仅介绍了分子对接的基本原理、分子对接常用方法和常用软件,还着重介绍了分子对接在新药研发中的具体应用,包括药物发现阶段的早期虚拟筛选、药物作用靶点发现、药物潜在作用机制研究以及药物代谢位点的预测.此外,还对分子对接技术在新药研发领域的应用前景进行展望.     

从柚子皮中提取精油的实验尝试

在"橘皮精油的提取"实验的基础上,将橘子皮改为柚子皮,将手动压榨法进行改良,不仅能得到柚皮精油,还容易操作,大大缩短了实验时间。     

不同直径及黑曲霉对柚果总黄酮、柚皮苷、橙皮苷和野漆树苷含量的影响

研究不同直径大小柚果中总黄酮、总酚、柚皮苷、橙皮苷和野漆树苷含量的变化及黑曲霉对柚果黄酮类成分的影响.无菌柚果接入黑曲霉，恒温恒湿培养下于不同时间点进行取样.采用紫外分光光度法和高效液相色谱法分别测定不同直径大小柚果及黑曲霉发酵后柚果中总黄酮、柚皮苷、橙皮苷和野漆树苷的含量.不同直径大小各柚果总黄酮、总酚和柚皮苷的含量随柚果直径的增大而下降.黑曲霉反接后，发酵组总黄酮、柚皮苷和野漆树苷含量呈下降趋势，橙皮苷含量先增后减，在发酵第36 h达到最高.柚果直径、黑曲霉发酵均对柚果总黄酮、柚皮苷、橙皮苷和野漆树苷有影响，为柚果合理利用提供参考价值.     

柑桔属果皮精油的GC-MS分析 Ⅰ.广西容县沙田柚精油化学成分的研究

以气相色谱-质谱-计算机联用技术研究了广西容县柚皮精油的化学成分,从其总离子流色谱峰鉴定了36个化合物,其中部分倍半萜化合物(萨剔烯、艾里莫芬烷、异可拉酮、长叶蒎烯等)在该精油中为首次发现。     

基于乡土地理的中学生地理实践力素养培养——以探究“度尾文旦柚的产业化发展”项目活动为例

地理实践力是高中地理学科核心素养之一,地理实践力的培养需要通过地理实践活动的设计与实践来落实。本文以度尾文旦柚为研究对象,开展“度尾文旦柚产业化发展”项目活动研究,探索基于乡土地理开展地理实践活动的实施方案。让学生在解决乡土地理问题的过程中提升地理实践力素养,构建基于乡土地理的地理实践力素养培养的设计模型和可操作流程。     

肝癌分子信号通路及靶向治疗现状及进展

肝癌是常见肿瘤之一,传统的治疗如手术、化疗、介入治疗在肝癌复发或转移中的治疗作用有限。随着肝癌研究中新的分子信号通路的发现,以这些通路为靶点的抗肿瘤治疗为肝癌治疗提供了新的前景。文章对肝癌的分子信号通路及当前的靶向治疗药物作一综述。     

R基团筛选技术用于HDACIs的分子设计

为设计出活性更高的组蛋白去乙酰化酶抑制剂,采用Topomer Co MFA方法对52个抑制剂分子进行了3D-QSAR研究,得到q~2=0.735,r~2=0.976的可靠模型。运用基于R基团搜索技术的Topomer Search手段在ZINC2015数据库中进行了虚拟筛选,筛选出八个新颖化合物。预测结果表明:筛选出的化合物活性均较好,其中化合物s-7活性高于化合物43的活性。分子对接技术揭示了化合物结构和靶酶之间的联系,为新型HDACIs的设计及结构优化提供了重要信息和理论指导。     

基于GC-MS法的金丝桃精油香气成分分析

目的:为提高金丝桃的利用价值,研究金丝桃不同样品提取精油的香气成分。方法:以金丝桃为原料,采用水蒸气蒸馏法分别对金丝桃的花苞、花朵和叶片中的精油进行提取,同时采用气相色谱-质谱联用仪(GC-MS)对精油的挥发性香气成分进行定性定量分析。结果:金丝桃花苞提取的精油得率最高(0.29%),最适合提取金丝桃精油。花苞、花朵、叶片分别鉴定出110、74、41种挥发性物质,花苞和花朵精油以萜烯类、烷烃类、醇类化合物为主,而叶片精油以萜烯类、芳香族、酮类化合物为主。结论:主成分分析结果表明,萜烯类物质是金丝桃精油的主要成分。