基于支持向量机的siRNA降解效率预测

为了辅助siRNA的设计,从已发表文献中共收集到573个siRNA的实验数据,使用基于统计学习理论的支持向量机(SVM)方法,提取了siRNA序列的碱基对关联性(BBC)特征,然后使用十倍交叉验证方法,对siRNA沉默目标基因的效率进行了预测.结果表明,基于支持向量机,选用多项式核作为核函数的算法具有最高的AUC值(0.73,ROC曲线图)和最高的r值(0.43,Pearson相关系数分析),优于以前基于打分的算法.结果说明,在以后的siRNA的设计中应该更多关注碱基之间的关联信息.     

关于白血病亚型基因芯片数据资料的后综分析

针对筛选特定癌症亚型的特异表达基因,提出了一种新颖的癌症基因芯片的后综分析方法——运用并改进秩打分算法(RS),对有序基因列表的统计均值取秩并打分.该算法结合常用的“一对多”(OVA)比对方法或“一对一”(OVO)比对方法,在跨平台检测某些白血病亚型特异基因时显得极为有效.6个公开的白血病数据的统计结果显示白血病亚型间的分子生物信号差异强于芯片系统间的差异.此外,一组儿童白血病亚型(BCR-ABL)的标志基因能够准确预测成人白血病中的该亚型.结果有助于从白血病或其他有着充分研究背景的癌症芯片表达数据中,发现、确认和治疗其亚型.     

职校《炼钢工艺学》课程“理实一体化”教学探索

“理实一体化”教学模式即理论、实践一体化教学模式,是当前职业教育培养中的一种新型教学模式。它是以职业活动为导向、以校企合作为基础、以综合职业能力培养为核心,理论教学与技能操作融通合一,能力培养与工作岗位对接合一、实习实训与顶岗工作学做合一的教学模式。就《炼钢工艺学》课程探索理实一体化教学模式在课程中的应用。     

玻片表面手臂分子的组装及对寡核苷酸原位合成与杂交的影响

以 3缩水甘油环氧丙基三甲氧基硅烷对玻璃基片表面进行硅烷化后 ,用下列 4种方法组装手臂分子 :①盐酸直接处理 ;②先用聚六乙二醇 ,然后用盐酸处理 ;③用乙二胺、戊二醛、乙醇胺和硼氢化钠分别处理 ;④用聚六乙二醇、乙二胺、戊二醛、乙醇胺和硼氢化钠分别处理 .用XPS(X-ray photoelectron spectroscopy)和测定接触角的方法对上述组装进行了表征 ,并用直接偶联荧光单体及合成 2 0mer寡核苷酸与带荧光的互补探针杂交的方法对上述手臂分子的合成效率及杂交效率进行了考察 .实验表明方法③组装的手臂分子得到的结果优于其他 3种方法 ,证明了手臂分子的空间效应、亲水性等性质对寡核苷酸合成和杂交存在影响 .     

SARS及其他几种冠状病毒密码子使用偏性的位点差异

分析了SARS冠状病毒以及其他5种冠状病毒基因编码起始区与终止区的密码子使用偏性.结果表明,冠状病毒基因组的稀有密码子倾向于出现在编码起始区和终止区附近.起始区的这种倾向性对冠状病毒基因的表达具有负性调控作用,可以用"稀有密码子调控假说"解释.终止区的这种倾向性表明,这些出现在终止区的稀有密码子对基因的表达也有负性调节作用.研究结果同时暗示了"稀有密码子调控假说"不仅适用于细菌,而且还适用于某些病毒基因组.     

基于支持向量机的酵母重组热点和冷点的预测

使用基于统计学习理论的支持向量机(SVM)方法,提出了针对重组热点和冷点分类预测的新方法.对酵母基因组的303个重组热点开放阅读框(hot ORF)以及48个重组冷点开放阅读框(cold ORF),提取了序列的一般二联碱基丰度特征,以及基于密码子使用偏性的二联碱基丰度特征,然后使用二倍交叉验证方法,选择不同的核函数和对应参数,对数据集进行了训练和分类预测.研究结果表明,当使用径向基核函数,并采用基于密码子使用偏性的二联碱基丰度特征时,预测准确率为87·47%.     

卡方检验确定背景序列模型Markov chain的阶数

合理建模非编码序列对正确识别DNA序列中的调控元件非常重要 .基于卡方统计检验 ,给出了选用Markovchain模型来模拟序列背景分布的原因及如何确定Markovchain阶数的方法 .卡方测试分析模拟数据发现它能有效地确定模型阶数 .选择分析啤酒酵母中 1 0类基因的上游序列集发现 :所有序列集至少具有一阶以上的上下文相关性 ,除 1组基因外 ,其余 9组数据集具有二阶或三阶的上下文相关性 .这说明用高阶Markovchain来建模背景序列比单碱基模型 (零阶 )更合理     

基于“学习通+腾讯会议”的食品工程原理线上教学实践研究

为提升应用型本科高校的教育教学水平和质量，基于“学习通+腾讯会议”双平台，开展食品工程原理线上课程建设及教学应用实践，贯彻OBE教学理念并融入课程思政元素，通过教学内容、教学设计、考核评价有机结合，探索提升学生学习的主观能动性和课程全过程评价途径，并通过课程目标达成度和课程满意度调查问卷的综合分析评价，为课程持续改进奠定基础。