人工锌指核酸酶的电子设计与结构模拟

以电子设计用于猪的多位点基因打靶的人工锌指核酸酶为例,探索如何电子设计优化理想的人工锌指核酸酶,以减少人工锌指核酸酶的毒性。采用OPEN电子设计方法,生物信息学方法的预测分析ZFP的立体结构,设计优化合适的连接体和间隔体组合,并通过突变优化Fok I异源二聚体。采用OPEN法设计三指ZF序列,并连接为ZFP序列,设计出长度为6 bp且富含AT碱基的spacer,加上长度为4个氨基酸残基的inter-domain linker,连接FokⅠ切割结构域双突变子异源二聚体,并通过各种软件工具对ZFN的空间结构进行模拟预测,所设计得到的ZFN的有效率超过50%。探索获得电子设计理想ZFN的方案,即特异性结合DNA的锌指蛋白、最佳的linker和spacer的长度与组合以及优化的特异性切割的Fok I异源二聚体切割结构域。     

棒束振动对定位格架通道流场的影响的数值研究

本文采用数值模拟方法考虑棒束振动对5×5定位格架棒束通道内三维流场的影响。采用混合网格技术,结果表明棒束振动作用对上游是刚性突起结构的通道的x方向速度影响较大,越向下游,影响越明显,而对上游是弹簧结构的通道的x方向速度几乎没有影响,在上游,棒束振动对y方向速度没有太大的影响,在下游影响很明显,最大偏差达到了10%,这是由于上游格架的掺和平均作用,而到下游由于格架的作用减弱,棒束振动占主要作用。