西方蜜蜂一个新表皮蛋白基因的克隆和结构分析

利用西方蜜蜂雄蜂头部5’LongSAGE文库中的一组标签序列,在蜜蜂基因组序列第9号连锁群上定位一个新的西方蜜蜂表皮蛋白基因转录起始位点,并克隆了该基因的eDNA序列,继而利用此cDNA序列分析了该基因的内含子和外显子结构．分析结果显示：该基因的DNA序列长1253bp,含有4个外显子和3个内含子,其cDNA长598bp,编码一个169AA的富含Val和Pro残基（23．67％,20．12％）多肽序列．BLAST分析发现,该蛋白与已知的4个昆虫表皮蛋白序列的相似性为47．54％,且其C末端有一个共有基序,说明这5个蛋白可能属于同一个表皮蛋白家族．该研究结果提供了一个新的蜜蜂表皮蛋白基因,且该基因在雄蜂头部表达水平较高．     

用5＇ LongSAGE标签分析蜜蜂Yps基因转录起始位点的多样性

使用5＇ LongSAGE标签序列确定了一个新的西方蜜蜂Ypsilon Schachtel（Yps）基因的转录起始位点,并进而预测了该基因的启动子序列．5＇ LongSAGE标签的蜜蜂基因组定位结果表明：在成年雄蜂的头部中,蜜蜂Yps基因存在23个转录起始位点,其中优势转录起始位点有4个,其起始频率分别为27．9％、23．1％、13．5％和11．5％．Yps基因TSS的碱基组成分析发现,此23个TSS第一个碱基为A、G、T、C的概率分别为52％、39％、4%、4％．这些结果暗示RNA聚合酶和调控因子在Yps基因启动子的一个较宽范围内的互作控制着不同转录本的起始效率．     

用5’LongSAGE标签分析蜜蜂Yps基因转录起始位点的多样性

使用5'LongSAGE标签序列确定了一个新的西方蜜蜂Ypsilon Schachtel(Yps)基因的转录起始位点,并进而预测了该基因的启动子序列.5'LongSAGE标签的蜜蜂基因组定位结果表明:在成年雄蜂的头部中,蜜蜂Yps基因存在23个转录起始位点,其中优势转录起始位点有4个,其起始频率分别为27.9%、23.1%、13.5%和11.5%.Yps基因TSS的碱基组成分析发现,此23个TSS第一个碱基为A、G、T、C的概率分别为52%、39%、4%、4%.这些结果暗示RNA聚合酶和调控因子在Yps基因启动子的一个较宽范围内的互作控制着不同转录本的起始效率.     

八棱海棠类Caspase基因cDNA的克隆及序列分析

以八棱海棠cDNA为模板,采用RT-PCR、巢式PCR、3’RACE、5’RACE技术,获得了类天冬氨酸特异性的半胱氨酸蛋白水解酶(Caspase)基因cDNA 1429bp的全长序列。序列分析表明,Caspase基因cDNA序列编码358个氨基酸,N端含有1个23个氨基酸的信号肽。进化树分析显示八棱海棠与山杏在该基因座位上亲缘关系最近,属于一个分支。     

含内含子的核糖体蛋白基因转录起始位点情况分析

选取69个含内含子的核糖体蛋白基因,抽取其中每个基因转录起始位点附近长度为100个碱基的序列,发现转录起始位点为碱基A的占92.8%,给出由位点状态转移到位点后与位点相邻状态的一步转移概率矩阵P以及由位点前与位点相邻状态转移到位点状态的一步转移概率矩阵.含内含子的核糖体蛋白基因中富含碱基A,T的序列可能有利于基因的转录.     

茶树β-1,3-葡聚糖酶基因cDNA片段的克隆与序列分析

文章首次从茶树中克隆出-β1,3-葡聚糖酶基因cDNA1369bp连续序列。根据已发表的植物中β-1,3-葡聚糖酶基因的保守序列,设计一对简并引物,采用RT-PCR技术,从茶树中扩增出366bp的cDNA片段。根据此片段序列设计特异引物,利用3'RACE获得-β1,3-葡聚糖酶cDNA 3'端1252bp的cDNA片段。序列分析表明:该基因cDNA 3'端核苷酸序列及其推测的氨基酸序列与其他植物的-β1,3-葡聚糖酶基因家族的cDNA相应序列同源性为50%-90%,经序列拼接,本研究从茶树中克隆出-β1,3-葡聚糖酶基因cDNA3'端1369bp的连续序列,GenBank登录号为AF399920。     

核盘菌多聚半乳糖醛酸酶基因的克隆及hpRNAi载体的构建

多聚半乳糖醛酸酶是核盘菌致病力发挥作用的关键酶。本研究用PCR的方法从核盘菌基因组DNA中扩增出多聚半乳糖醛酸酶（PG5）基因片段,再以扩增出的PG5基因片段作为模板设计引物扩增出一个相应较小的片段。将两个PG5基因片段反向插入到植物表达载体2300 sn的35S启动子和nos终止子之间,构建出可转录表达出发夹RNA结构的组成型油菜RNA干扰载体,为今后油菜利用RNA干扰抗菌核病的基因工程研究奠定了基础。     

赤眼鳟Myf5基因的克隆、序列和表达分析

生肌调节因子（MRF）基因家族的表达决定着肌细胞的命运,并控制其增殖和分化．Myf5是生肌调节因子MRF基因家族中的一个成员．本文提取赤眼鳟肌肉总RNA,采用RT—PCR技术获得赤眼鳟Myf5基因的部分cDNA序列,共338bp,编码112个氨基酸,含有部分bHLH结构．通过同源性分析发现赤眼鳟Myf5基因编码区与草鱼的同源性高达97．34％．半定量RT—PCR分析表明赤眼鳟Myf5基因在心脏和肾脏中表达量较高,鳃和肌肉中表达量次之,肝脏、脑和肠中表达量较弱．本结果为进一步研究该基因对肌肉生长发育的作用机理奠定了基础．     

虎杖芪合酶基因保守区的克隆及序列分析

芪合酶是白藜芦醇合成的关键酶。本文分别以传统CTAB法、传统SDS法和改良SDS法对虎杖基因组DNA进行提取,获得符合分子生物学试验要求的高质量DNA。利用芪合酶基因保守区段的特异引物进行PCR扩增,将获得的片段进行测序分析,长度为809bp,成功克隆出虎杖芪合酶基因的保守区段,为芪合酶基因工程奠定基础。     

蚓激酶基因克隆及序列分析

目的：克隆蚓激酶基因并在GENEBANK中进行序列分析．方法：采用RT—PCR技术，以蚯蚓总．RNA为模板进行扩增，克隆蚓激酶基因、用Blast软件对基因进行同源性分析．结果：克隆了一个cDNA片段，与GENEBANK中蚓激酶基因序列最高同源性为99％．结论：本方法实用可行，同源性分析表明克隆的cDNA片段具备完整的蚓激酶编码区，为下一步进行蚓激酶的表达研究奠定了良好的基础．     

烟草中NAC转录因子NtNAC8的克隆与序列分析

利用数据库资源和RT-PCR技术从烟草中克隆出一个NAC转录因子新成员--NtNAC8,并进一步对NtNAC8转录因子的序列进行分析;同时对该基因编码蛋白质的理化性质、蛋白质结构及其生物学功能等进行预测.结果表明,NtNAC8编码一个由301个氨基酸残基组成的相对分子质量为34.98 kD的NAC转录因子,并推测其可能...     

珙桐rbcL基因的克隆与序列分析

根据已知植物rbcL基因设计引物,以珙桐叶片总DNA为模板,PCR扩增目的DNA片段,克隆入pDM19-T载体.阳性克隆鉴定后进行测序,序列分析结果表明:该基因片断长为1266 bp,包括1031 bp的编码区序列,编码343个氨基酸;其编码区氨基酸与烟草、菠菜、玉米、甘薯、拟南芥、水稻、葡萄、地钱和葡萄柚等9个物种的同源性94.13%以上,并构建了它们间的亲缘关系树.该基因片断的预测晶体结构与菠菜的最相近,推测Lys86、Lys60、Lys179等残基对酶的活性影响较大.     

水稻内源木聚糖酶osx基因的克隆及表达分析

为进一步了解植物内源木聚糖酶基因结构及其表达特性,从水稻中克隆和表达了一种内源木聚糖酶基因。通过序列比对分析确定保守区序列,以PCR扩增得到的保守区序列从众多水稻木聚糖酶预测序列中"钓取"可能的目标基因,并以此基因为模板设计引物,通过RT-PCR扩增得到一条长度为1 443 bp的基因片段osx,测序结果与水稻木聚糖酶基因预测序列NM_001061680一致性高达99%,该序列编码480个氨基酸,经预测不存在信号肽序列。构建表达载体pET28-a(+)-osx,导入大肠杆菌BL21进行IPTG诱导表达,该表达产物未检测到木聚糖酶活性。受大麦和玉米内源木聚糖酶基因表达的前体为无活性蛋白需要剪切加工的启示,进一步通过在线蛋白同源建模分析,设计引物去掉蛋白N端约120个氨基酸,C端约40个氨基酸,保留"Glyco-hydro-10"结构域,使其成功实现了原核活性表达,表达蛋白约40 kDa,木聚糖酶活性为11.53 IU/mL。     

鹅MYL1基因的克隆及胚胎期表达特征分析

肌球蛋白是肌纤维的主要组成成分,在肌肉生长和收缩过程中具有重要作用.本研究以鹅（Anser anser）肌肉总RNA为模板,采用RACE的方法,克隆肌球蛋白轻链1（MYL1）基因全长cDNA序列,并进行生物信息学分析.运用实时荧光定量PCR检测MYL1基因在鹅胚胎期的表达特征.结果表明,鹅MYL1基因全长cDNA为1542 bp,编码193个氨基酸残基的肽链.预测鹅MYL1蛋白等电点5.12,分子量21.75 KD,具有典型的EFh和FRQ1结构域,且不同物种间EFh氨基酸序列高度同源.荧光定量PCR结果显示鹅胚胎期MYL1基因mRNA表达量总体呈现上升后下降的趋势,该基因在胚胎期E7就有表达,E7以后表达量逐渐上升,在E18表达量达到高峰后下降.研究结果首次提供了鹅肌肉组织主要结构基因MYL1的全序列和蛋白特征信息,并揭示该基因在鹅肌肉组织发生和发育的功能.     

Construction and characterization of a cDNA library from human liver tissue with chronic hepatitis B

INTRODUCTION Chronic hepatitis B virus (HBV) infection is aserious clinical problem because of its wide distribu-tion and possible adverse consequences, such as he-patic decompensation, cirrhosis and/or primary livercancer (PLC). The natural course of chronic HBVinfection is characterized by a series of hepatitic flaresor exacerbations and remissions (Ganem and Prince,2004). The severity, extent, duration and frequency ofhepatic histopathological changes in hepatitic flaresare d…     

泉州湾可口革囊星虫MnSOD全长cDNA的克隆及其生物信息学分析

根据已克隆得到的泉州湾可口革囊星虫MnSOD基因片段（GenBank登录号为EF 062359）,采用5’RACE和3’RACE技术从泉州湾可口革囊星虫体壁中克隆获得MnSOD的cDNA全长序列.该基因全长988bp（GenBank登录号为JX117903）,其中开放阅读框（ORF）长681bp,编码226个氨基酸,是不具跨膜区结构的亲水性稳定蛋白;预测分子量为25.15ku,理论等电点pI为5.96,分子式为C1 128H1 722N314O330S6;α螺旋是其蛋白质二级结构的主要元件,在氨基酸多肽链上有4个Mn结合位点,有3个二硫键位点.四聚体三维结构模型预测结果显示该MnSOD含12个α螺旋和3个β折叠构成一个篮子状的活性中心.泉州湾可口革囊星虫MnSOD基因与其他动物的胞质MnSOD在序列组成、结构及活性位点等方面存在高度相似性.     

RACE技术的研究进展及其应用

cDNA末端快速扩增(RACE)技术是一种基于PCR反应的技术,它的的发展极大地方便了克隆全长cDNA3′端和5′端的工作。本文综述了RACE技术的原理、局限性及改进方法,以及RACE技术在基因表达方面的研究进展和应用前景。