牛源cathelicidin类抗菌肽的生物信息学分析

为研究牛源cathelicidin类抗菌肽的生物学功能,通过生物信息学方法对牛源cathelicidin类抗菌肽的理化性质、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、二级结构和化学修饰等进行预测分析.结果表明:牛源cathelicidin类抗菌肽为阳离子型抗菌肽,等电点11.53～13.20;除了BMAP-27和Dodecapeptide为稳定的多肽外,其他抗菌肽均为不稳定多肽;BMAP-28和Dodecapeptide为疏水性多肽,BMAP-27、BMAP-34、Bac-4、Bac-5、Bac-7和Indolicidin为亲水性多肽;BMAP-27和BMAP-28由α螺旋、β折叠、β转角和无规则卷曲构成,BMAP-34主要由α螺旋和β转角构成,Bac4、Bac7、Indolicidin和Dodecapeptide由无规则卷曲构成,Bac5由β转角和无规则卷曲构成;没有信号肽、跨膜区和糖基化位点,BMAP-27、BMAP-28和BMAP-34各存在1个丝氨酸的磷酸化位点.根据分析结果推测牛源cathelicidin类抗菌肽可作用于细菌的细胞壁或细胞膜,进而导致细菌死亡.     

抗菌肽BSN-37的生物信息学分析

为研究抗菌肽BSN-37的生物学功能,利用在线软件分析了抗菌肽BSN-37的生物信息学特性.结果表明:抗菌肽BSN-37有8个正电荷氨基酸,为阳离子型亲水性抗菌肽,等电点为12.48,富含脯氨酸和精氨酸,主要由β转角和无规则卷曲构成,没有信号肽、跨膜区和磷酸化位点,有多个蛋白酶切位点,存在抗原表位.根据分析结果推测抗菌肽BSN-37除膜作用机制外还有其他独特的抗菌机制.     

动物体内的天然抗生素--抗菌肽

本文介绍了动物抗菌肽的结构特点、类型和生物学活性，从分子结构与抗菌功能之间的关系入手说明了抗菌肽的抗菌机制,并对抗菌肽的应用前景进行了展望。     

猪IGFBP3基因生物信息学分析

目的:对猪胰岛素样生长因子结合蛋白(IGFBP3)基因的结构与功能进行生物信息学分析.方法:用分子生物学软件分析猪IGFBP 3基因序列和IGFBP3蛋白的理化性质、二级结构、结构域、信号肽、跨膜结构、磷酸化和糖基化位点,以及不同动物IGFBP3氨基酸序列的同源性和遗传进化.结果:猪IGFBP3基因编码区长882个碱基对(bp),编码293个氨基酸.猪IGFBP3蛋白分子式为C1359 H2182 N418 O411 S24,相对分子质量为31722.27,理论等电点为8.97,不稳定系数为48.17,脂肪系数为61.06,平均亲水系数为-0.592.IGFBP3蛋白存在1个长27个氨基酸残基的信号肽,但无跨膜结构,二级结构以无规卷曲(65.87％)和α螺旋(20.82％)为主,含1个胰岛素生长因子结合蛋白同源物(IB)结构域和1个甲状腺球蛋白Ⅰ型重复(T Y)结构域,有26个磷酸化位点(包括17个丝氨酸位点、5个苏氨酸位点和4个酪氨酸位点)和3个N-糖基化位点.序列同源性方面猪IGFBP3蛋白与水牛、黄牛、山羊、绵羊、猫、狗、小鼠、大鼠、鸡和鸭的氨基酸序列同源性分别为91.2％、90.8％、87.8％、87.8％、87.2％、86.9％、82.3％、81.2％、73.9％ 和73.3％.系统进化树构建显示,猪IGFBP3蛋白与水牛、黄牛、绵羊和山羊的亲缘关系最近.结论:预测结果为进一步研究猪IG FB P3基因及其编码蛋白的结构和生物学功能提供基础.     

基于序列及结构特征的固有无序蛋白—核酸相互作用位点预测分析

固有无序蛋白是一类具有柔性结构的蛋白质,许多情况下通过与其它物质相互作用形成稳定结构来发挥重要生物功能.本文分别利用基于序列特征和结构特征的蛋白质结合位点预测程序对固有无序蛋白有序区和无序区与核酸分子的结合位点进行了预测分析.结果发现,基于结构特征的结合位点预测方法整体上要优于基于序列特征的预测方法,表明无序区尽管缺少稳定空间结构,结构特征依然在固有无序蛋白结合位点中发挥了重要作用.因此,可以为今后固有无序蛋白序列特征及结构特征的提取提供可靠依据.     

固有无序蛋白质(IDPs)的预测和分子动力学模拟研究

固有无序蛋白质是一类在生理状态下没有固定三维结构,却可以发挥正常生物学功能的蛋白质.对这类蛋白质系统深入的研究丰富了人们对蛋白质生物学功能的认识.固有无序蛋白质预测经过十多年发展,已经成为发现新固有无序蛋白质的重要工具;而分子动力学模拟则为我们从微观上研究固有无序蛋白构象变化过程、分析固有无序蛋白与其他分子的相互作用,以及揭示这类蛋白质的特征等发挥了不可替代的作用.     

猕猴桃抗菌肽截短体原核表达载体的构建

抗菌肽是生物体先天防御系统中的多肽,协助机体抵御外源微生物的侵害.天然抗菌肽提取难度大,不利于其开发利用,其旨在探究猕猴桃抗菌肽体外高效制备方法.本研究通过生物信息学方法进行序列分析与基因克隆合成猕猴桃截短体抗菌肽(Truncated Antimicrobial Peptide,TrAMP)序列,并将其连接到原核表达载体pET-47b(+)+Fa-AMP上,转化获得其BL21(DE3) pLysS工程菌,经PCR和测序鉴定,表明重组表达载体构建成功,并经生物信息学模型预测显示抗菌肽具有抑菌活性,为进一步研究猕猴桃抗菌肽体外诱导表达及生物学功能验证奠定基础.     

乳铁蛋白的生物活性及抑菌机制

本文叙述了乳铁蛋白的结构特性和生物学活性,包括抗病毒和抗菌功能,并对乳铁蛋白的抗菌机理作了重点介绍。     

Formins蛋白的结构及其功能

Form ins蛋白是一类结构蛋白,它的生物学功能与肌动蛋白密切相关。其基本结构除了FH 1和FH 2结构域以外,动物和真菌中还具有FH 3、双螺旋结构域等等,而在植物中则没有。根据蛋白N端有无信号肽和跨膜结构域,植物中的Form ins蛋白被典型地分为I、II二类。Form ins蛋白分布广泛,在拟南芥和水稻中分别预测出有21个和16个Form ins蛋白的存在。Form ins蛋白的生物学功能主要表现在参与了肌动蛋白的组装以及作为信号传递链的组成部分。     

铁的生物学功能及代谢

1　铁在人体内的分布铁是人类研究最多和了解比较深的矿质元素之一 ,它是一切生物体不可缺少、在人体中最丰富的过渡金属 ,约占人体总重的 0 .0 0 6% ,成人体内的含铁量约为 4-5克 ,体内没有游离的铁离子 ,都与蛋白质结合在一起 ,三分之二以血红蛋白和肌红蛋白的形式存在 ,储存于血液和肌肉组织中作为氧的运输体。体内余下的三分之一的铁则与心脏、肝脏、脾脏等器官的蛋白质结合作为储存铁储存起来。2　铁的生物学功能铁的生物学功能主要是与血红蛋白结合运输氧 ,与肌红蛋白结合用于肌肉储存氧以及在体内用于生产供给生命活动需要的细胞能量…     

植物抗病因子—PR蛋白的研究进展

植物抗病因子是近年来生物学上的研究热点,本文较为详细地介绍了病原相关蛋白的发现、类型、性质、结构、生物学功能、分布以及在植物抗病中的作用,为深入进行这类蛋白的研究提供了参考。     

动物和植物体内的抗菌肽

抗菌肽是一类对细菌、真菌等微生物有抑制或杀灭作用的小分子多肽，文章介绍了植物和动物抗菌肽的主要类型、结构和功能。     

硒蛋白及其生物学功能

硒蛋白是人及动物必需微量元素硒的主要功能形式。近年对硒蛋白的研究取得了诸多进展，例如，发现了在细胞增殖过程中具重要作用的硒蛋白硫氧还蛋白还原酶；深人研究了硒蛋白 P 的结构、表达调控、生物学功能等；揭示了硒以硒半胱氨酸形式参与构成酶的活性中心，而硒半胱氨酸本身则为生物合成和参入到蛋白质中的第21种氨基酸；在哺乳动物发现的35种硒蛋白中．已有十几种研究得比较清楚。本文就这些硒蛋白的结构、分布等特点及生物学功能方面的研究现状作一简要综述。     

染色体黏着素

本文简要综述了黏着素的结构组成、分布与定位,并对其生物学功能进行了重点阐述。     

痢疾志贺菌侵袭素IpaC的生物信息学分析

以NCBI Gen Bank数据库作为数据来源,基于Ipa C蛋白的基因序列进行理化性质、疏水区、信号肽、亚细胞定位、结构域、跨膜区及二级结构、三级结构预测。分析表明,Ipa C蛋白由382 aa组成,分子量为41.016k Da,理论等电点为8.42,不稳定系数为50.52,亲水性蛋白质;无信号肽;亚细胞定位于细菌体外。跨膜区分析表明,Ipa C蛋白有较短的跨膜区域,大部分区域位于宿主细胞膜外侧。空间结构分析显示,Ipa C蛋白结构以α螺旋为主。分析结果表明,痢疾志贺菌侵袭素Ipa C属于不稳定碱性亲水性的细菌分泌蛋白,嵌于宿主细胞膜外侧,与其生物学功能相一致。     

窄谱抗菌肽的筛选及其溶血性分析

通过抗菌活性试验筛选了具有窄谱特性的抗菌肽,并分析了其溶血性.结果表明:抗菌肽C仅对大肠杆菌和金黄色葡萄球菌具有抗菌活性,而对其他6种革兰阴性菌、2种革兰阳性菌和3种真菌没有抗菌活性,对兔红细胞有较低的溶血性.结果为临床用药提供了帮助.     

Min蛋白在原核细胞分裂中的运动模式

Min蛋白以螺旋环的形式在原核细胞两极来回快速的振荡,精确地调控原核细胞的分裂位点。本文对Min白在原核细胞分裂中的运动模式和机理进行了综述,并对未来的细菌细胞生物学研究领域进行了展望.     

国家自然科学基金项目介绍

项目名称:疾病相关固有无序蛋白α-synuclein和p53结构与功能特性的计算机模拟研究承担单位:山东省高校生物物理重点实验室1、固有无序蛋白质是一类柔性非常大的非随机结构蛋白,行使重要的生物学功能。     

乳清蛋白的组成及生物学活性

乳清蛋白是牛奶乳清中存在的一类蛋白质,其所包含的必需氨基酸种类齐全、数量充足且比例适当,是一种营养价值较高的优质蛋白,在维持机体肠道、肌肉组织的健康方面有重要作用。乳清蛋白中还含有β-乳球蛋白、α-乳白蛋白、血清白蛋白、免疫球蛋白、乳铁传递蛋白以及乳过氧物酶等多种生物活性蛋白,这些物质参与构成机体非特异性防御屏障,在抗菌、抗病毒、免疫调节等方面发挥积极作用。     

家蚕中一未知基因的生物信息学分析

对家蚕中一未知基因进行生物信息学分析,结果显示:该基因开放阅读框大小为858 bp,编码285个氨基酸,预测分子量为31.1kD,等电点为4.75;该基因编码蛋白含有TPR(Tet ratrico Peptide Repeat)结构域,具有个蛋白激酶C磷酸化位点、酪蛋白激酶11磷酸化位点、肉豆蔻酰基化位点,糖基化位点及cAMP和cGMP依赖蛋白激酶磷酸化功能位点.