16S rRNA序列分析在皖南花猪病原菌分离鉴定中的应用研究

为了解地方品种皖南花猪细菌感染情况,运用16S rRNA基因序列分析方法鉴定从皖南花猪地方品种猪分离的8种细菌.通过提取细菌DNA,采用通用引物PCR扩增16S rRNA基因片段并测序.将测序结果用BLAST在线软件在Nucleotide数据库中进行序列同源性比对,根据序列同源性鉴定病原细菌.结果表明:7种细菌鉴定到"种",1种细菌鉴定到"属". 16S rRNA基因序列分析对于皖南花猪病原菌鉴定是一种有效的方法 .     

太湖流域中华鳖不同群体线粒体基因序列比较分析

通过PCR扩增和测序技术对太湖流域的中华鳖太湖花鳖群体和太湖鳖群体的部分线粒体基因序列,包括16S rRNA、12S rRNA、细胞色素b(Cytb)和D-loop区进行比对分析研究.结果显示:中华鳖太湖花鳖群体和太湖鳖群体的16S rRNA、12S rRNA、Cytb和D-loop区部分基因序列比对相似度和遗传距离分别为97.33%,98.19%,97.34%,98.83%和0.023,0.026,0.026,0.022.结果表明:中华鳖太湖花鳖群体和太湖鳖群体亲缘关系较近,没有达到种间差异,但两者已经出现了一定程度的遗传分化,达到亚种分化水平.     

泉州湾滩涂虾养殖池气单胞菌的分离与鉴定

泉州湾滩涂近年来经常发生虾的大规模爆发性疾病,而气单胞菌属是水产养殖动物的主要细菌性病原菌.利用气单胞菌的选择性培养基RYAN从多发病的旧虾池分离到1株细菌,该细菌经形态、染色、生长特性的观察及一些生化特性的鉴定,初步确定其属于气单胞菌属.经人工注射海鳗感染试验,证实其毒力远高于对照嗜水性气单胞菌株,该菌可能是该区罗氏沼虾的疫情爆发的原因之一.     

基于16S rRNA基因分析虫草寄主蝠蛾的系统进化关系

为了解虫草寄主昆虫的系统进化关系,基于线粒体DNA(mtDNA)16S rRNA基因对7种虫草寄主蝠蛾、2种其他蝠蛾及其他科蛾类的系统进化关系进行研究.用ClustalX 2.1软件对11种蝠蛾16S rRNA基因进行序列对位排列,DAMBE软件分析基因序列的碱基组成及AT或GC偏斜性.用MEGA 7.0统计不同基因序列间的位点数目以及蝠蛾科蝠蛾种间遗传间距,并以果蝇(Drosophila yakuba)做外群,构建分子系统进化树.结果表明:11种蝠蛾的16S rRNA基因序列进行比对排列后,共1 411 bp,其A+T的平均含量为85.3%,保守位点1 054个,简约位点143个,可变位点310个. 11种蝠蛾种间遗传距离为0.005～0.117,其中人支蝠蛾与阿尔泰蝠蛾和贡嘎蝠蛾的种间遗传距离均为0.005,Triodia sylvina与蒲氏钩蝠蛾遗传距离最大(0.117).分别以16S rRNA和16S rRNA联合COⅠ基因构建分子系统树,分析表明蝠蛾科虫草寄主蝠蛾间的关系较近,而与其他蛾类关系较远,其亲缘关系远近与其地理分布有一定关系,与形态学分类观点相吻合.以上结果说明,16S rRNA基因是适用于虫草寄主蝠蛾分类研究的一种有效标记基因.     

毒死蜱降解菌株的分离、鉴定及降解条件优化

目的：分离筛选出高效降解毒死蜱菌株,明确其生物学分类地位,并优化其降解条件.方法：采取平板划线和摇瓶复筛法从农药厂土壤样品中分离得到高效降解毒死蜱菌株,并通过16S rRNA序列测定和同源性分析对其进行鉴定;运用HPLC法检测降解菌株对毒死蜱的降解效果,研究其在不同培养基、接种量、温度及pH条件下的降解能力.结果：从农药厂土壤样品中筛选得到一株能够以毒死蜱为唯一碳源生长的高效降解菌株OP7,经16S rRNA基因序列聚类分析,将其初步鉴定为粪产碱杆菌(Alcaligenes faecalis).进一步的降解条件优化结果显示,菌株OP7降解毒死蜱的最佳培养基是10%LB、最适接种量为3%(v/v)、最适温度为35℃、最适初始pH为9.0.结论：本研究结果表明菌株OP7有望成为新的菌种资源并应用于环境中毒死蜱污染物的生物修复.     

牛蛙致病性阴沟肠杆菌的分离、鉴定和药敏分析

为了分离和鉴定牛蛙(Rana catesbeiana)养殖环境的致病微生物,并筛选相关的抗菌药物,采用稀释涂布法分离病原微生物,通过菌体和菌落形态观察、生理生化特性分析、16S rRNA基因序列分析,确定分离菌的致病性及分类地位,并对该菌进行药敏性分析以及致病力试验.结果显示:从牛蛙养殖池的底泥中分离到大量菌落形态和色...     

养鳖池水体中优势菌的初步研究

将各种养鳖池中的水体进行细菌分离获得的优势菌株经细菌学鉴定为四种菌种:亲水气单胞菌(Aeromonas hydrophis),温和气单胞菌(A.sobria),豚鼠气单胞菌(A.caviae),弗劳地氏枸掾酸杆菌(Citrobacter frieundii)。四种优势菌混合液对常用消毒剂的敏感性试验表明强氯精的杀菌效果最佳,生石灰其次,漂白粉最差。毒力测试发现四种细菌都有较强的毒力,24小时内,腹腔注射的各组供试小鼠全部死亡。     

大葱叶际生防细菌筛选及对紫斑病防效研究

为了挖掘大葱紫斑病生防资源,研究采用培养法从大葱叶际分离细菌,然后用对峙培养法筛选大葱紫斑病菌生防细菌.结果表明:大葱叶际细菌群落中嗜甲基单胞菌、鞘氨醇单胞菌属、微杆菌属、假单胞菌属于优势细菌类群.从中筛选出1株对大葱紫斑病菌具有较好拮抗活性的菌株X85,经形态特征和16S rDNA序列鉴定为亚麻假单胞菌.田间试验表明...     

多重PCR技术在调查分析水族馆海兽饲养环境中致病菌的应用

为了利用多重PCR技术快速准确地分析出水族馆海兽饲养区域内所存在的细菌种类与数量,为进一步加强疾病防控提供重要依据.本文对安徽省某水族馆海洋哺乳动物饲养区域进行前后两次采样和细菌增殖培养,通过提取核酸后使用通用引物对模板进行多重PCR检测,再经16S rRNA测序,经Gene Bank数据库比对,结果显示,两次分别检测出13种不同微生物,包括致病菌、腐败菌、环境菌等,分布在海兽馆各区域.表明多重PCR技术对该环境致病菌分离鉴定较为快速有效.     

一株产琼胶酶土壤细菌Paenibacillus sp. MY03的筛选与分子鉴定

为寻找高产琼胶酶的微生物新资源,促进琼胶低聚糖的研究与开发,本研究自多个土壤样品中进行微生物的分离,借助于卢戈氏碘液染色法进行琼胶酶生产菌的筛选,通过DNS-还原糖测定比较不同微生物的产酶特性,克隆、分析细菌的16S rRNA基因序列进行分子鉴定。最后得到1株胞外琼胶酶活性较高的土壤细菌,鉴定至Paenibacillus属,命名为MY03菌株;分子鉴定表明Paenibacillus sp. MY03是产琼胶酶细菌家族中的新成员。     

一株巨大芽孢杆菌的分类鉴定

基于16S rRNA序列分析和生理生化实验,对从伽师瓜病瓜上分离的一株细菌ZP-1进行了分类鉴定.结果表明,该分离菌株ZP-1与Bacillus megaterium strain PAB1C5（EU221343.1）具有99%的相似性.因此,初步推断ZP-1菌株隶属于巨大芽孢杆菌属（Bacillus magaterium）.     

几种消毒剂抑菌效力的研究

稳定态二氧化氯(Stabilized Chlorine Dioxide, SCD)是水产养殖中常用的一种消毒剂。实验表明SCD对嗜水气单胞菌和脑膜脓毒黄杆菌及温和气单胞菌均有抑制作用,且在10mg/L效果最佳,并讨论了SCD和两种季铵盐类消毒剂对温和气单胞菌的作用。     

鸭源多杀性巴氏杆菌的分离鉴定及药敏试验

目的:从疑似禽霍乱的4只病死鸭的病料中分离并鉴定多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm),并通过药敏试验筛选敏感药物用于治疗。方法:无菌采集肝脏组织病料,接种至普通营养琼脂、麦康凯及血琼脂培养基上进行病原菌的培养、分离纯化;对纯化后的分离菌进行革兰染色、镜检,提取其核酸作为模板,进行16S rRNA基因的PCR鉴定;圆纸片扩散试验测定分离菌株对18种抗菌药物的敏感程度。结果:在血琼脂培养基上分离菌株表现为稍微隆起、表面光滑、湿润、灰白色、露珠样、半透明的圆形菌落,但在普通营养琼脂和麦康凯培养基上不生长。革兰染色镜检显示分离菌为一种革兰染色阴性、菌体两端着色深、中间着色较浅的球状短小杆菌。PCR扩增16S rRNA出现1 500 bp的目的条带,其序列分析与Pm菌株Q的16S rRNA基因的相似性为99.86%;药敏试验表明,分离菌株对米诺环素敏感性最高,抑菌圈直径达19 mm,对四环素、强力霉素、庆大霉素、氨苄西林、头孢哌酮表现中度敏感,其他药物均为耐药。结论:本研究从一例疑似禽霍乱的病死鸭中分离鉴定出1株多杀性巴氏杆菌,分离菌株对米诺环素较为敏感,建议用于临...     

鸡肠道中植物乳杆菌JX98所产细菌素的理化特性研究

从鸡肠道内容物中分离筛选出1株产细菌素的菌株,通过生理生化法和16S rRNA测序分析进行鉴定。采用牛津杯法对抗菌肽的抗菌谱进行研究,利用N-羟甲基甲基甘氨酸-SDS-PAGE电泳确定细菌素的相对分子质量。     

核糖体是一种核酶

蛋白质合成是细胞代谢最复杂也是最核心的过程,其中涉及到200多种生物大分子参与作用.早在1950年,人们利用放射性同位素标记法证明了核糖体是蛋白质合成的部位,其结构和功能一直倍受关注.任何生物的核糖体都是由大小两个亚基组成,真核细胞80S核糖体包括60S大亚基和40S小亚基,原核细胞70S核糖体包括50S大亚基和30S小亚基.30S小亚基包含1个16S rRNA和21种蛋白质,50S大亚基包含了1个23S rRNA、1个5S rRNA和34种蛋白质,蛋白质含量约占三分之一,而rRNA的含量占三分之二.在蛋白质生物合成中,rRNA与蛋白质两者究竟谁起主导作用,一直是人们感兴趣的问题,并提出不少假说.     

鸡源多杀性巴氏杆菌的分离及毒力基因检测

目的:确诊安徽五河某养殖户送检病死草鸡的病原菌.方法:通过采集病死草鸡的肝脏组织,进行病原分离培养、染色镜检以及16S rRNA基因的PCR鉴定,然后采用PCR方法对其荚膜血清型capA基因及毒力基因(ptfA、fimA、nanH、hsf1、hsf2、tbpA、pmHAS、pfhA、tadD、toxA、sodA、sodC、ompA、omp H、oma87、plpB、exbB、exbD、tonB、hgbA、hgbB、Fur、nanB)进行检测,并进行测序分析.结果:分离菌为革兰阴性短杆菌,其16S rRNA和capA基因测序结果表明与多杀性巴氏杆菌的同源性分别高达99.86％ 和100％,除toxA、nanB和nanH基因外,共检出20个毒力基因,其序列结果与多杀性巴氏杆菌对应毒力基因的同源性介于98.11％ ～100％ 之间.结论:从送检病死草鸡分离到的主要病原为A血清型的多杀性巴氏杆菌,共检测出20个毒力基因,为多杀性巴氏杆菌的致病性研究提供参考.     

猪源肺炎克雷伯菌的分离鉴定及生物学分析

为了对河南省某猪场疑似细菌感染病例进行确诊,采集了病猪肠管中的样品并从中分离到1株革兰阴性短杆菌,对其进行了培养特性观察、生化试验、药敏试验以及16S r RNA基因序列分析.结果显示:分离菌的生化特性、培养特性基本符合肺炎克雷伯菌特征,16S r RNA基因序列与肺炎克雷伯菌的同源性均在98%以上,因此,将该分离菌株命名为Kpn;序列分析表明该分离菌株与猪源肺炎克雷伯菌NR114507的同源性最高,与大肠杆菌、普通变形杆菌、胸膜肺炎放线杆菌的同源性相对较低;分离株具有较强的致病性和多重耐药性,对美洛西林、哌拉西林、强力霉素、美满霉素、头孢哌酮敏感,但对氨苄西林、先锋霉素IV、先锋霉素V、先锋霉素VI、卡那霉素、新霉素等多种药物耐药.研究为猪肺炎克雷伯菌的分离鉴定及治疗提供了参考.     

玻璃珠法提取堆肥微生物总DNA及其DGGE分析

采用玻璃珠法从高温堆肥样品中进行了微生物总DNA的提取,以细菌16S rRNA基因 V3区通用引物进行了PCR扩增,随后用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对其微生物多样性进行评估.结果表明,玻璃珠法能够快速、有效地获得高质量的堆肥微生物总DNA,所得的DNA分子片段在15kb以上,使用细菌16S rRNA 基因通用引物(27F和1492R)对总DNA进行PCR扩增,获得了近全长的16S rDNA序列(约1.5kb);DGGE分析结果表明,用该方法提取到的DNA种类较为丰富,多样性较好,能够进一步应用于群落结构分析.因此,玻璃珠法提取的DNA可以用于堆肥微生物的分子生态学研究及微生物群落结构分析.     

宜宾油樟RNA的提取及分析

通过对RNA提取方法的改进,从宜宾油樟中分离纯化出高质量的总RNA.琼脂糖凝胶电泳呈现出清楚的28S rRNA和18S rRNA两条带及一条5S rRNA带;OD260/OD280为1.95,OD260/OD230为3.91.用所得RNA,通过RT-PCR技术,克隆到单一的油樟SAD基因保守区.表明:所得RNA完整性好,无污染和降解,可进一步用于油樟的分子生物学研究.     

嗜热菌P4的筛选、鉴定及其高温蛋白酶性质研究

用涂布平板法从温泉水中分离到1株产高温蛋白酶的嗜热菌,命名为P4.通过对菌株P4的生理生化试验和16S rRNA基因鉴定,初步确定其为一株嗜热脂肪地芽孢杆菌(Geobacillus stearothermophilus).菌株P4所产蛋白酶的最适反应温度在65-75℃之间,最适催化pH值为8.0,Zn2+、Mg2+对菌...