不同类蛋白质氨基酸疏水序列的周期特性

用功率谱的方法分析了不同类蛋白质氨基酸疏水序列 ,我们发现不同类蛋白质氨基酸疏水序列有着与其肽链结构中α -螺旋 ,β -折叠片顺序强烈相关的周期性     

氨基酸与尿素和烷脲焓相互作用的基团贡献法研究

用基团贡献法研究了5个典型氨基酸分子与尿素及甲脲，二甲脲分子间的焓对相互作用机制，结果表明：氨基酸的两性离子部分及亲水性侧基与尿素及烷尿分子的离子－偶极作用对焓对作用系数有较大的负贡献，氨基酸与烷脲分子间的疏水－亲水作用对焓对作用系数表现为正贡献，同时与疏水性侧链的nCH2成正比，两疏水性侧基间的疏水－疏水作用对焓对作用系数也表现为正贡献。     

柔嫩艾美耳球虫(广东株)子孢子折光体抗原p28基因的分析

将克隆的柔嫩艾美耳球虫广东株p28基因与柔嫩艾美耳球虫MerckstrainLS18株的折光体抗原p28基因和USDA－APIno．24株折光体抗原GX3262基因进行了序列比较．发现广东株和MerckstrainLS18株的折光体抗原核苷酸序列和氨基酸序列的同源性分别为99．9％和100％，且基因内富含AGC重复顺序；而GX3262的基因序列为P28基因C-端的组成部分，并无特别的疏水和亲水区．     

基于广义伪氨基酸组成的蛋白质结构类型预测

在传统的20种氨基酸组成的基础上,根据氨基酸自身的6种重要性质和6种氨基酸疏水模式构造了32-D特征向量来表示蛋白质序列,然后借助于贝叶斯决策对于同源性不超过25%的数据集进行蛋白质结构类型的预测研究,正确率达到55%左右。     

氨基酸与尿素和烷脲焓相互作用的基团贡献法研究

用基团贡献法研究了5个典型氨基酸分子与尿素及甲脲、二甲脲分子间的焓对相互作用机制。结果表明:氨基酸的两性离子部分及亲水性侧基与尿素及烷尿分子的离子-偶极作用对焓对作用系数有较大的负贡献;氨基酸与烷脲分子间的疏水-亲水作用对焓对作用系数表现为正贡献,同时与疏水性侧链的n_CH_成正比;两者疏水性侧基间的疏水-疏水作用对焓对作用系数也表现为正贡献。     

玉米6-磷酸果糖-2-激酶/果糖-2,6-二磷酸酶基因的克隆

以玉米Ｆ１减弱表达基因的ｃＤＮＡ片段为探针，从建立的玉米ｃＤＮＡ的文库中分离到相应的ｃＤＮＡ克隆．经测序和序列同源分析证明，该ｃＤＮＡ编码６－磷酸果糖－２－激酶／果糖－２，６－二磷酸酶，其氨基酸序列与人类、大鼠、牛和鸡等动物肝脏相同基因对应区段的相似性分为为６５．７％，６３．４％，６３．７％和６１．２％．     

长白蝮蛇类凝血酶基因（Ussurase）的克隆及分析

从长白蝮蛇（Agkistrodon halys Ussuriensis)毒腺中抽提总RNA，采用RT－PCR扩增其类凝血酶基因，经全序列测定，类凝血酶基因ussurase全长为699个核苷酸，即编码233个氨基酸；根据同源性，推测它的活性中心为His^40,Asp^85和Ser^179；二硫键为Cys^7-Cys^138,Cys^25-Cys^41,Cys^73-Cys^231,Cys117-Cys^185,Cys^149-Cys^164和Cys^175-Cys^200。该蛇毒类凝血酶cDNA序列及推导的氨基酸序列均为首次报道。     

中国李AP1M2同源基因的序列结构特征与功能预测

通过同源比对策略从"Angeleno"李果实转录组数据库中获取长1862bp的AP1M2同源核苷酸序列。该同源序列具有完整的ORF,长1287bp,编码428个氨基酸。使用生物信息学在线分析工具,对李AP1M2同源基因的核苷酸与氨基酸序列进行了组成、理化性质、保守结构域、疏水性、跨膜区、信号肽、磷酸化修饰位点、亚细胞定位及功能的预测分析。结果表明,李的AP1M2同源基因在物种间高度保守,其翻译的蛋白质较稳定,属于亲水性蛋白,结构内未发现跨膜结构及信号肽。在生物功能及途径上,该蛋白可能参与了细胞内蛋白转运、囊泡的介导运输,与网格蛋白衔接体、网格蛋白包被的囊泡膜、高尔基体等细胞组成有关。     

野桑蚕酚氧化酶原的部分性质及其基因进化分析

根据已克隆的野桑蚕酚氧化酶原基因的cDNA序列,利用生物信息学工具对该基因编码蛋白质的部分性质进行了分析.结果表明:野桑蚕酚氧化酶原基因PPO1和PPO2编码蛋白质的分子量和等电点分别为78.703 kDa,80.075 kDa和6.28,5.62;氨基酸序列的C-末端均没有疏水跨膜区域,其基因编码蛋白质的三级结构分别具有12个α螺旋、16个β折叠和14个α螺旋、18个β折叠.对18个物种的基因进化进一步分析表明:野桑蚕与家蚕的亲缘关系最近,与其他物种的亲缘关系相对较远.     

基于氨基酸分类的固有无序蛋白序列特征分析

固有无序蛋白是一类缺乏稳定结构的特殊蛋白质,在生命活动中行使重要的生物学功能,与人类重大疾病密切相关.通过将混沌可视化模型及氨基酸分类应用于蛋白质序列分析中,系统研究固有无序蛋白序列的多聚体特征.结果表明,运用CGR方法可以直观分析固有无序蛋白序列相关信息,也可以定量描述相关序列特征.对固有无序蛋白二聚体氨基酸的具体研究表明,固有无序蛋白对二聚体氨基酸的使用具有明显偏好性,为今后蛋白序列多聚体特征研究提供良好的研究思路.     

龙竹和凤尾竹PpMADS1序列的扩增与序列分析

以龙竹和凤尾竹基因组DNA为模板,通过试验不同的退火温度、循环数、Mg2＋浓度及DMSO浓度,获得了16条龙竹和凤尾竹PpMADS1相似序列片段,并得出稳定扩增PpMADS1相似序列的条件.对获得的龙竹和凤尾竹PpMADS1相似序列进行序列分析,发现龙竹和凤尾竹PpMADS1相似序列可根据序列长度差异分成组I和组II,并对其推出的氨基酸序列进行分析,找到了保守的paleoAP1基序和KIII区保守的氨基酸残基,并据此认为龙竹和凤尾竹PpMADS1相似序列是AP1/SQUA亚家族成员.     

鸡新城疫病毒ND-xx08株F基因的克隆及分析

新城疫病毒(NDV)ND-xx08毒株经10 d龄SPF鸡胚增殖后,提取其基因组RNA并反转录成cDNA,用NDV F基因特异性引物,经PCR扩增后获得与F基因预期大小一致的DNA片段。将NDV F基因片段克隆到pMD18-T载体上,并进行EcoR I和Hind III双酶切鉴定和测序鉴定。结果显示,ND-xx08毒株F基因片段的长度为1 662 bp,共编码554个氨基酸,F蛋白的裂解位点为112R-R-Q-K-R-F117,是典型强毒株氨基酸序列结构。将NDV ND-xx08株F基因的47 bp到420 bp序列与新城疫病毒基因型I至基因型Ⅸ毒株的相同序列绘制病毒基因进化树,显示ND-xx08分离株属于基因Ⅶe型。将NDV ND-xx08株F全基因与国内外发表的23株NDV F基因核苷酸序列和氨基酸序列的同源性比较分析,结果表明,其核苷酸序列的同源性在82.7%~97.8%之间,氨基酸同源性在87.5%~97.7%之间。     

八棱海棠类Caspase基因cDNA的克隆及序列分析

以八棱海棠cDNA为模板,采用RT-PCR、巢式PCR、3’RACE、5’RACE技术,获得了类天冬氨酸特异性的半胱氨酸蛋白水解酶(Caspase)基因cDNA 1429bp的全长序列。序列分析表明,Caspase基因cDNA序列编码358个氨基酸,N端含有1个23个氨基酸的信号肽。进化树分析显示八棱海棠与山杏在该基因座位上亲缘关系最近,属于一个分支。     

鸡γ-干扰素的克隆和序列分析

根据GenBank发表的鸡γ-干扰素核苷酸序列,使用primer 5设计一对特异性引物,通过RT-PCR技术从ConA诱导培养的鸡脾脏淋巴细胞中克隆出鸡γ-干扰素基因并对其进行测序,测序结果表明,鸡γ-干扰素基因全长495bp,具有一个完整的开放阅读框,编码164个氨基酸,与国外发表的序列比较,两序列间同源性为100%.计算机软件对鸡γ-干扰素编码的氨基酸序列进行了抗原性分析,结果表明鸡γ-干扰素具有良好的免疫原性.     

诸葛菜(Orychophragmus violaceus)查尔酮合成酶基因OvCHS的克隆与序列分析

根据GenBank发布的基因序列,设计PCR引物,分别从诸葛菜(Orychophragmus violaceus)的花瓣基因组DNA和cDNA克隆到查尔酮合成酶基因,并定名为OvCHS,序列已上传至NCBI数据库,登陆号为EF408918。序列分析表明,OvCHS基因的基因组全长为1263 bp,具一个75 bp的内含子,编码区全长为1188 bp,编码395个氨基酸。与模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)查尔酮合成酶基因AtCHS比较发现,两基因编码区有135个碱基不同,相似性为88.64%,氨基酸序列中仅16个氨基酸残基的差异,相似性达95.95%。     

三个L—含硫氨基酸消旋化的理论探讨

本文详细了三个L－含硫氨基酸在碱性条件下发生消旋化的情况和机理，L－含硫氨基酸的消旋理论对蛋白质类食品的合理加工有重要的指导作用。     

灰斑古毒蛾核型多角体病毒几丁质酶基因及其分子进化

通过对构建的灰斑古毒蛾Orgyia ericae单粒包埋型核型多角体病毒(OrerSNPV)基因组DNA的EcoRI酶切片段质粒文库的测序分析,在EcoRI—J片段(6．4kb)中鉴定出了编码几丁质酶(ChiA)基因开放阅读框(ORF),chiA基因编码区由1695bp组成,编码564个氨基酸,预计蛋白质分子量为62kD。这也是首次在基因序列水平上研究OrerSNPV。将OrerSNPV ChiA氨基酸序列与其它已知的18种杆状病毒ChiA氨基酸序列联配比较,结果表明OrerSNPV与其它杆状病毒ChiA氨基酸有60．3—69．5％同源性,其中与BmNPV、CfDEFNPV和LdMNPV的同源性最高。根据氨基酸序列绘制的分子进化树表明杆状病毒chiA基因至少可以分为SlMNPV、GV和其它NPV三个分支,OrerSNPV与LdMNPV在进化树上关系最为接近。     

关于σ—映射

利用序列覆盖σ－映射建立了具有σ－局部有限ｃｓ＾＊－网、具有σ－局部有限序列邻域网的空间与确定的度量空间之间的联系。     

小麦SOD基因的电子克隆及生物信息学分析

以NCBI中的EST数据库为主要数据来源,以一系列生物信息学软件为工具,进行了超氧化物歧化酶（SOD）基因的电子克隆及生物信息学分析。结果表明：通过电子克隆方法获得了SOD基因的编码区全长序列,该预测的SOD蛋白质氨基酸序列与数据库中同类基因的蛋白质氨基酸序列具有极高的相似性,并且含有完整的保守结构域;电子克隆到的SOD基因编码的不是分泌蛋白,也不是膜蛋白,而是胞质蛋白。通过某个基因的一个EST序列采用电子克隆的手段进行基因全长的电子拼接是可行的。     

遗传密码的简并性和通用性

遗传密码是决定蛋白质上氨基酸序列的信使RNA的碱基序列,遗传密码具有简并性和通用性。 一、简并性 一种氨基酸由两个或两个以上密码子编码,称为遗传密码的简并性（degeneracy）。由4种碱基以64个三联体为20种氨基酸编码,如果所有三联体都是有意义的密码子（代表一种氨基酸）,这种编码法显然是简并的。现已知除UAA和UAG、UGA是无意义的密码子（终止密码）,其他61个三联体都是氨基酸的密码子,因此遗传密码是极为简并的,61个密码子为20种氨基酸编码,平均每种氨基酸可有三个密码子,但实际上密码子的分配是非随机的。从遗传密码表上可看出一些规律。 1、以XYN代表第一、二位碱基相同,第三