PTP1B选择性抑制剂的分子动力学模拟及结合自由能计算

作为二型糖尿病的潜在治疗药物,蛋白质酪氨酸磷酸酯酶1B（PTP1B）的抑制剂研究一直备受关注。而其中一种二齿类抑制剂由于其普遍较高的选择性和活性,又是抑制剂的研究重点和热点。本文采用分子动力学方法取样,MM/GBSA方法计算了1个二齿类PTP1B抑制剂与PTP1B及其2个同家族酶TCPTP和SHP-2的结合自由能,得到了与实验活性值相符的结果。同时基于MM/GBSA的能量分解计算表明,抑制剂与PTP1B第2位点附近的2个残基ARG24和ARG254有很强的相互作用,与其他2个酶第2位点的相互作用则有所减弱,尤其是SHP-2,几乎没有实质性相互作用。这应该是抑制剂产生选择性的关键。同时活性位点附近的残基PHE182也与抑制剂分子有很强的相互作用,相比TCPTP也有很大优势。希望这些信息在进一步提升PTP1B抑制剂的选择性和活性方面提供帮助。     

武汉物数所在极弱蛋白-蛋白相互作用研究中取得进展

<正>中科院武汉物理与数学所唐淳研究组与其合作者在极弱蛋白-蛋白相互作用研究中获得新进展:该研究组发展了一种新颖的灵敏并且长程的顺磁弛豫增强的方法,引入基于镧系金属Gd3+的、极为刚性的顺磁探针,极大提升了检测灵敏度,最终成功获得了KD≈25m mol/L的蛋白质相互作用复合物结构。通过分子动力学模拟,发现复合物的存在时间1ms,作者将这种极弱的、存在时间极短的相互作     

关于n阶(n1,n2)型二重(r1,r2)-循环矩阵求逆及相乘的计算方法

循环矩阵的求逆及相乘的算法，无论在理论上还是在实际应用中都具有非常重要的意义．本文不从计算Jordan标准形式或特征值出发，而是利用矩阵乘法及逆矩阵的一些简单性质，给出了n阶(n1，n2)型二重(r1,r2)-循环矩阵求逆、两个n阶(n1，n2)型二重(r1，r2)-循环矩阵相乘的直接计算方法，推广了已有的结果,这些算法已编到C 源代码在服务器上通过，验证了这些算法是稳定的有效的,若用快速富里叶变换(FFT)计算，这些算法的时间复杂性均为O(n1n2log2n1n2)。     

苏里格南区马五_(1-4)亚段成岩作用研究

苏里格南区马五1-4亚段主要经历了10种成岩作用。其中,准同生白云化和准同生石膏的生长和交代作用有利于表生岩溶选择性溶解作用的进行;表生岩溶作用形成了马五段顶部白云岩储层的溶蚀孔、洞、缝;埋藏溶解作用在溶蚀孔、洞、缝基础上进行了扩大;矿物充填作用对储层孔隙起破坏作用,其中亮晶方解石的破坏作用最为显著;构造应力的破裂作用形成的裂缝大大提高了储层的渗透率。