LilrB2蛋白与Aβ(16-21)双链的结合

LilrB2蛋白与Aβ(1-42)寡聚态的结合会造成阿尔茨海默症的某些症状,研究其中的结合方式对设计针对性抑制剂具有重要意义。以lilrB2蛋白和Aβ(16-21)双分子链为研究对象,通过分子对接设定3个不同构象作为分子动力学模拟起点,分析3组体系的模拟轨迹,发现lilrB2蛋白上的ASP23残基与Aβ(16-21)单支链上的LYS残基有较强的相互作用,对受体和配体结合起到了重要的影响。在不同结合状态下,lilrB2蛋白的CYS142和SER24残基与Aβ(16-21)支链上VAL、PHE和ALA残基的疏水作用也有利于lilrB2蛋白和Aβ(16-21)双分子链的结合。     

运用螺旋理论推断秋水仙碱的构型

秋水仙碱是医治癌症的重要药物,其结构中不仅存在手性碳原子的构型问题,也存在类似于联苯衍生物的构型和构象问题.确定了手性碳原子的构型,还必须确定两个芳环间的构型和构象.运用笔者提出的螺旋理论,通过其旋光方向和旋光度可以方便地确定秋水仙碱两个芳环间的构型和构象.     

分子与电极不同接触构型对吩嗪类分子电子输运性质的影响

采用基于第一性原理的密度泛函理论与非平衡格林函数相结合方法,系统地研究了含不同氮原子的吩嗪类分子与金电极构成的不同分子器件中接触构型对其电子输运性质的影响.结果表明,分子与电极的接触构型是影响其电子输运特性的重要因素,不同的接触构型会产生不同平衡电导值,特别是以top位非对称方式接触时电导值最大,也就是说此连接方式最利于电子的传输,可以为进一步探索分子器件的电子输运性质和设计具有实用功能的分子器件提供一定的理论指导.     

2,4′-噻唑聚合物中整流现象的研究

以2,4′-聚噻唑,聚噻吩以及噻吩噻唑两嵌段聚合物分子为研究对象,利用第一性原理计算方法和非平衡格林函数理论,研究了分子极性对分子结器件的电输运性质的影响.计算结果表明,噻唑单元在输运方向上存在分子偶极矩,从而导致在含有噻唑单元的2,4′-聚噻唑和噻吩噻唑两嵌段聚合物的分子结中产生电流整流效应.两种分子结的整流比率分别达到38（2.0V）和24（1.4V）.通过对外场下能级的偏移和分子轨道在实空间扩展性变化的分析,对分子结中整流现象进行了详细的阐述.     

溶剂化效应对分子马达基态热力学反应势垒的影响

以第二代分子马达为例,研究了溶剂化效应对其旋转过程中反应势垒的影响.分别计算了在水中和环己烷中分子马达基态和过渡态的能量,并以气相中分子马达基态和过渡态的能量为标准,进行比较.计算结果表明溶剂化效应仅对马达基态热力学反应的势垒产生微弱影响,使反应势垒在一定程度上升高.在不考虑构型优化的情况下,溶剂化效应给出的反应势垒理论值比气相中高大约2.5 kJ/mol.     

高校基础有机化学《对映异构》一章在教学中值得注意的几个问题

同分异构是有机化合物中普遍存在的现象。所谓同分异构体是指分子式相同,结构不同的化合物。一般地说,有机物的结构包括三个层次,即构造、构型、构象。(构造是分子内原子或基团之间的连接顺序和连接方式;构型是分子内原子或基团在三维空间的相对位置;构象是原子或基团在三维空间的绝对位置)。因此,同分异构也可分为三个层次,即构造异构,构型异构和构象异构。构型异构和构象异构称为立体异构,属于立体化学研究的范围。对这部分内容的安排,目前国内外的高校基础有机化学教材,各有其特点。总的原则是分散与集中相结合,即在烯烃及小环烷烃部分介绍构型异构中的顺反异     

大气中F与ClNO_2/ClONO反应机理的理论研究

用B3LYP理论研究了大气中F与硝酰氯(ClNO2)及顺/反亚硝酸氯(ClONO)分子反应的机理.在6-311++G**的基组水平上,优化得到了反应物、过渡态、中间体和产物的几何构型,通过振动分析对过渡态和中间体构型进行确认.计算结果表明:F与ClONO分子的反应有三种不同的反应机制,而对ClNO2分子的进攻有两种不同的反应方式.其中F与cis-ClONO发生的直接Cl提取反应是主反应通道,产物P1(NO2+ClF)为主要产物.     

电子传输材料3-苯基-6-芳基-1,2,4-三唑并[3,4-b] -1,3,4-噻二唑的前线轨道的理论研究

电子传输材料3-苯基-6-芳基-1,2,4-三唑并[3,4-b]-1,3,4-噻二唑(PATT)采用DFT/B3LYP方法,在6-31G基组水平上对PATT进行全优化,以基态优化得到的稳定构型为基础,用半经验方法AM1、CNDO、MNDO、PM3计算得到HOMO、LUMO,与实验值比较发现,采用半经验方法AM1结果最好。     

利用中心原子确定分子或离子的几何构型

分子几何构型是分子结构和化学键理论的基本问题之一。了解分子几何构型对于了解物质的性能与其内部结构的关系具有十分重要的意义。在讨论中心原子为非过渡族元素的ABn型分子时,吉来斯比(R.J.Gillespie)在西奇威克(Sidgwick)和鲍威尔(Pawell)推斥力假设的基础上提出了价层电子对互斥理论(VSEPR),成功地说明了大量基态分子的几何构型。以价层电子对互斥理论为基础,提出利用中心原子快速判断分子或离子几何构型的方法,分析诸多因素影响下分子的键长与键角的变化。     

杂化轨道理论的再认识及其应用

目前,国内绝大多数的无机化学教材在介绍杂化轨道理论时,都是从解释一些已知化合物的空间构型来引入杂化轨道理论,对于杂化轨道理论的本质,以及怎样应用杂化轨道理论来预测分子中原子的杂化态及分子的几何构型并没有给予深入介绍.其实,如果正确理解了杂化轨道理论的本质,杂化轨道理论就不但可以解释已知(或已学过)的共价分子中原子的杂化态及分子的几何构型,而且还可以预测课本上未提及的简单共价分子的杂化态及几何构型.     

金属原子簇对CO分子吸附的量子化学计算

利用B3LYP方法6-311G(d)基组和LANL2DZ基组,通过计算和构型优化后,计算优化出了金属原子簇与CO之间的键:金属原子-碳键,CO分子中的键:C-O键,金属原子簇与CO形成的簇合物的最低能量、振动频率和吸附能并进行了系统的研究。最后得出结论,Ni对CO发生化学反应的吸附作用最好,Cu对CO发生化学反应的吸附作用较差。     

非天然有机分子折叠体的组装及其对有机分子和离子的识别研究（英文）

分子折叠体是一类由非共价键稳定的、采用有序构象的寡聚物或聚合物. 我们设计并合成了三类非天然的折叠体,包括：1）由疏溶剂作用驱动的并入萘环板块的寡聚乙二醇折叠体,2）由分子内氢键驱动的寡聚酰肼折叠体,3）由分子内氢键驱动的并入锌卟啉板块的寡聚苯酰胺折叠体. 定性和定量的研究揭示,在有机溶剂中这些折叠体可以作为非天然受体分子高效络合或识别结构匹配的有机分子和离子,并且氢键驱动的折叠体可以通过络合作用实现超分子体系的手性诱导或手性放大.     

细胞色素c与氧化石墨烯的吸附研究

通过分子动力学模拟,研究细胞色素c在氧化石墨烯表面的吸附行为.结果表明,细胞色素c和氧化石墨烯之间有较强的结合趋势.均方根涨落及回转半径分析表明,部分体系的吸附构象与原始构象比较接近,但P3系统有着较大的偏离.这些结果表明,在某些构象中,氧化石墨烯可能将细胞色素c结构破坏.     

3,3-二苯基-2-羟基-3-甲氧基丙酸甲酯的合成条件优化

3,3-二苯基-2-羟基-3-甲氧基丙酸甲酯是合成治疗肺动脉高压药物安立生坦(Ambrisentan)的主要中间体,从催化剂酸的种类和用量、溶剂的种类和用量、温度、反应时间等几个方面对生成该化合物的反应条件进行了优化,最终得到了适合该反应的最优条件.     

2,6-二苯乙炔基-4-异丁氧基吡啶寡聚物与银离子的配位行为

设计合成一系列含有2,6-二苯乙炔基-4-异丁氧基吡啶结构单元的寡聚物分子,包括单体化合物及其二聚体和三聚体分子,并通过¹H-NMR、¹³C-NMR、HR-ESI-MS对它们进行表征.通过¹H-NMR滴定实验、Job's Plot实验及HR-ESI-MS实验对寡聚物与银离子之间的配位行为进行研究,发现3个寡聚物分子在银离子诱导下都可以形成三螺旋结构,而且异丁氧基的引入可以显著增强寡聚物与银离子的配位能力.     

二(2-吡啶甲酸)合铜(Ⅱ)配合物的合成及结构测定

水合醋酸铜与2-吡啶甲酸在无水乙醇中反应,制得了二(2-吡啶甲酸)合铜(Ⅱ)新配合物,利用元素分析、红外光谱等方法对其结构进行了表征.用X-射线单晶衍射方法测定了该配合物的结构.该物质的晶体结构属三斜晶系,空间群Pī,a=0.5117(5)nm,b=0.7616(7)nm,c=0.9213(10)nm,α=74.807(15)o,β=84.265(18)o,γ=71.276(16)o,Z=1,V=0.3285(8)nm3,Dc=1.737mg/m3,μ=1.696mm-1,F(000)=177,R1=0.0633,wR2=0.1368.在该配合物中铜原子与两个羰基氧原子和两个吡啶环上的氮原子配位,呈四配位的平面方形构型,配合物分子通过羧基中另外一个氧原子与铜原子间的弱相互作用使整个分子呈一维链状结构.     

铑催化的1,6-烯炔环异构化反应研究（英文）

对铑催化的1,6-烯炔环异构化反应进行了研究,这类反应具有较广的底物适应范围,在转化过程中,卤素发生了分子内转移。这类反应提供了一条新的立体选择性合成具有α-氯烯基结构的丁内酯、丁内酰胺、四氢呋喃、吡喃以及五元碳环等分子的方法。发展了两种不同的催化剂体系,即阳离子催化剂体系和中性催化剂体系。阳离子催化剂体系仅能催化顺式烯炔底物的环异构化,相反中性催化剂体系不但能催化顺反烯炔底物的环异构化,而且具有更广的底物适应范围。利用各种烯炔异构体,通过合适的控制实验对反应机理进行了研究。提出了涉及π-烯丙基铑中间体的可能机理,并且利用该机理对一些反应现象进行了解释。最后利用Suzuki偶联反应对产物进行了衍生。     

低氧诱导因子-1与低氧训练的调控机制

低氧诱导因子-1(hypoxia inducible factor-1,HIF-1)作为低氧诱导的核转录因子,通过对低氧反应基因(hypoxia responsive genes,HRGs)的转录调控,在分子水平上介导了细胞乃至器官系统对低氧的反应.就HIF-1的结构、低氧时(在哺乳动物组织中)表达部位的广泛性和低氧反应应答中HIF-1的表达以及与低氧训练的可能的分子机制进行了综述:HIF-1可能在启动或逆转组织对各种低氧、训练的适应或适应不良反应中起重要作用.     

有机分子在金属表面自组装的基本原理

以硫醇分子在金表面的自组装为例,综述了有机分子在金属表面自组装的基本原理,并以硫醇分子在单晶金表面自组装作为模型系统．证明了通过基底表面分子-分子以及分子-基底之间的相互作用,并控制基底的温度及覆盖可以获得分子簇、准一维排列和二维重叠的分子结构．     

分子开关研究进展

由于是未来逻辑和存储电路的基本单元,近年来分子开关的研究特别引人关注.本文对其进行了综述.特别是分子的最新研究进展.