水稻(籼稻)基因组工作框架图与精细图的绘制

2002年12月12日,中国科学院、国家科技部、国家计划委员会、国家自然科学基金委员会联合宣布“中国水稻(籼稻)基因组精细图完成”。此前,我国科学家于2001年10月完成了其工作框架图的绘制。水稻(籼稻)基因组工作框架图与精细图是继人类基因组计划之后所测定完成的最大的植物基因组,也是迄今为止惟一用“霰弹法”完成的最大基因组精细图。这表明中国在基因组科学领域处于世界领先地位;也标志着中国的高性能计算在生物信息领域的综合实力。文章概要地介绍了该项成果的研究背景和意义、主要内容、研制过程和方法、应用价值及国内外的评价。     

首个韩国人基因组图谱绘制成功

据韩国联合通讯报道,韩国研究机构日前宣布．第一个完整的韩国人基因组图谱已经绘制成功。这是人类染色体碱基序列第四次被完整破译,这项成果是由韩国嘉泉医科大学和韩国生命工程研究院的两个研究团队通过共同研究取得的。研究的目的是建立韩国人标准染色体数据库。研究人员期待,在染色体碱基序列图谱基础上进一步分析韩国人特有的遗传特性．有助于探明韩国人种发病率较高的遗传性疾病的病因,找到后基因时代的解决办法。研究还发现,金圣镇的染色体具有323万个单核苷酸多态性位点．     

中国科学家完成世界首个鲤鱼基因组图谱绘制

<正>中国水产科学研究院黑龙江水产研究所8日对外发布,由该院孙效文研究员领衔的国际合作研究团队,完成了鲤鱼全基因组序列图谱绘制,并揭示其独特的全基因组复制事件,这是国际上首个完成全面解析的异源四倍体硬骨鱼类基因组图谱。该研究成果近日发表于《自然-遗传》(Nature Genetics)杂志。     

家蚕从基因组到蛋白质组的研究

家蚕基因组计划实施以来,用DNA限制性片段长度多态性(RFLP)、随机扩增片段多态性(RAPD)、扩增片段长度多态性(AFLP)、微卫星序列长度多态性(SSR)等多种分子标记技术进行了家蚕基因组多态性分析,构建了家蚕分子连锁图谱;开展了家蚕基因组序列测定和功能基因的研究.在后基因组时代,蛋白质组研究是基因功能研究的重要内容.家蚕蛋白质组研究虽然刚刚起步,但已确立了家蚕蛋白质样品制备方法,利用双向电泳技术和图像分析技术进行了家蚕功能蛋白质研究.该文对家蚕基因组和蛋白质组的研究进展进行了综述.     

“双峰驼基因组计划”取得重大突破——世界首例双峰驼全基因组序列图谱绘制和破译工作完成

骆驼长期生活在干旱、寒冷的荒漠地区,经过长期的自然选择,具有许多其它动物所不具备的生理特性。比如极强的耐饥渴能力、对植被具有超强的适应力以及特殊的免疫系统。     

绘制铁皮石斛全基因组图谱积极开展药用开发研究

由全国兰科植物种质资源保护中心、深圳市兰科植物保护研究中心刘仲健教授领导的国际科研团队经多年的科技攻关,成功绘制出药用兰科植物铁皮石斛高质量全基因组基因图谱,在药用开发研究方面取得阶段性成果,研究成果发表于Nature子刊Scientific Reports(科学报告).铁皮石斛(Dendrobium catenatum)是兰科植物的重要类群,具有重大的观赏、药用价值,是中国一级重点保护植物.     

国内生命周期理论研究知识图谱绘制——基于战略坐标图和概念网络分析法

本文在已有研究基础上,以知识图谱绘制和分析为视角,用战略坐标图的对比绘制预测理论研究热点和应用前景,用概念网络的分析方法宏观把握国内生命周期理论的研究现状,以期完善对国内生命周期理论研究的认识。     

基于文献计量和知识图谱的创新政策领域发展研究

[目的/意义]旨在全面了解创新政策研究现状和未来发展方向,准确把握创新政策的研究热点,推动我国创新型国家建设。[方法/过程]以Web of Science数据库中创新政策领域文献为数据源,采用文献计量和知识图谱的方法,分别从文献计量、合作网络以及研究内容3个层面进行统计分析,并绘制可视化知识图谱,全方位展示了目前创新政策领域研究的发展现状。[结果/结论]创新政策领域的相关研究成果主要集中以英国和美国为代表的欧美发达国家的高校学者手中,团队合作尚未形成规模;研究热点主要集中在促进产业经济可持续发展、区域创新政策发展、创新政策影响评价、国家创新政策、创新政策发展趋势以及创新政策合作网络等方面。     

开放式创新研究的演化路径和热点领域分析——基于科学知识图谱视角

以Web of Science数据库中收录的开放式创新文献为研究对象,借助Citespace II软件进行知识图谱分析,分别制作了时空分布、文献共引和关键词共现知识图谱,进而探究了开放式创新研究的分布状况、变化趋势和热点领域。研究表明:(1)英美两国学者引领了开放式创新研究,我国学者在该领域的研究处于稳步提升阶段,但能够密切跟踪国际前沿;(2)开放式创新研究的发展趋势是研究对象日趋多样化、实证研究取代案例研究成为主要研究方法以及基于网络社区的创新交互逐步取代企业实体之间的技术交易和合作研发成为研究主流;(3)开放式创新研究的四个热点领域是开放式创新模式与企业绩效的关系、基于创新网络的研发合作和技术交易、开放式创新知识治理和用户参与的开放式创新实践应用。     

基于期刊与作者共被引分析法的二语习得领域研究——学科知识图谱绘制实例

绘制知识图谱是科学计量学在信息化时代的新发展,能以可视化的方式直观显示相应学科领域的知识结构、发展趋势与研究热点。本文以二语习得领域为例,介绍了利用期刊共被引方法(JCA)与作者共被引方法(ACA)绘制学科知识图谱的方法和过程,揭示了该领域的主流期刊知识群与学术流派分布。     

基于叶绿体DNA trnT-trnF序列研究祁连圆柏的谱系地理学

由于青藏高原的地貌效应,第四纪冰期气候的反复变化应对现今该地区生物的地理分布及其居群遗传结构产生重大影响。本文对这一地区特有分布物种祁连圆柏Juniperus przewalskii Kom.整个分布区内20居群392个个体的trnT-trnF序列变化进行了研究;共发现3种单倍型(haplotype),构成两种地理区域:高原台面上的居群主要固定Hap A,而Hap A、Hap B和Hap C在高原边缘居群均有分布。所有居群总的遗传多样性HT = 0.511,GST= 0.847。在低海拔的高原边缘,Hap A、Hap B和Hap C高频率固定在不同的居群中,表明可能存在多个不同的避难所,居群反复缩小和扩张的瓶颈效应造成了遗传多样性的丢失。而边缘的一个居群含有两种相似单倍型频率则可能是冰期后迁移融合而成或者该居群在冰期经受的瓶颈作用更弱。高原台面东部间断分布的居群只固定Hap A,表明它们可能经历了冰期后共同的回迁过程和由此产生的奠基者效应。我们的研究结果表明祁连圆柏在冰期可能存在多个避难所,瓶颈效应和奠基者效应造成了这些居群现在的遗传多样性分布式样。     

High genetic diversity and small genetic variation among populations of Magnolia wufengensis (Magnoliaceae), revealed by ISSR and SRAP markers

BackgroundGenetic diversity and genetic variation of 10 populations and subpopulations of Magnolia wufengensis, a new and endangered endemic species, were examined by inter simple sequence repeat (ISSR) and sequence-related amplified polymorphism (SRAP) molecular markers. Compared with other endangered endemic Magnolia taxa, M. wufengensis holds a relatively high level of genetic variation.ResultTotal genetic diversity was found to be 87.7% for ISSR and 88.0% for SRAP markers. For polymorphic loci (P), the effective mean number of alleles (Ae) was 1.414 for ISSR markers and 1.458 for SRAP markers, while the mean expected heterozygosity (H) was 0.256 using ISSR and 0.291 for SRAP markers. Within-population variation was estimated for P as 74.9% using ISSR and 74.6% with SRAP markers; the number of alleles Ae was 1.379 with ISSR and 1.397 for SRAP and H 0.235 with ISSR and 0.247 for SRAP markers.ConclusionThe analysis of molecular variation of both ISSR and SRAP marker systems indicated that most genetic variation is within populations, with values of 90.64% and 82.92% respectively. Mantel tests indicated a moderate association between the two marker systems and a low correlation between genetic and geographic distances. High levels of genetic diversity and low levels of population divergence suggest that genetic drift is not currently of great concern for this species. Severe habitat loss and fragmentation, predominantly ascribed to anthropogenic pressures, caused in-situ developing restriction of this species. Action for conserving this rare species for its long-term survival should be taken immediately.     

根据ITS序列证据重建防己科蝙蝠葛族的系统发育

 研究了国产防己科蝙蝠葛族tirb．Menispermeae9属20种和外类群青牛胆族trib．Tinosporeae 2属3种植物完整的ITS(包括5.8S rDNA)序列。trib．Menispermeae的ITS长527～601 bp，排序后长667bp。当gap处理为missing时具281个有信息位点。PAUP软件分析结果表明：①trib．Menispermeae是一个单系类群，该分支得到hootstrap l00％的支持；②确定了存疑种Pachygone valida的系统学位置，该种是Coc—culus属的成员；③Sinomenium和Menispermum两属有很近的系统学关系，组成族内稳定的一支，它们的ITS序列同源性极高，ITS1比族内其它属长41～73bp；④Stephania和Cyclea也是系统发育关系很近的两个类群。前者具两个主要分支，其IIS1、ITS2的G+C含量差异较大，在种类组成上，该两大支与传统上Stephania属内处理的2个亚属——千金藤亚属subgen．Stephania和山乌龟亚属subgen．Tuberiphania基本一致；Cyclea属内种间的ITS序列差异小，同源性极高。     

人工饲料pH值和缓冲性能对家蚕（Bombyx mori）生长发育的影响

由控制饲料的ｐＨ值和缓冲液浓度来确定饲料的缓冲力，并配制不同水平的人工饲料饲育家蚕，检测三者间对饲料质量影响的主次．结果表明：饲料的缓冲力、ｐＨ值以及缓冲液浓度对家蚕的生长发育有显著影响．饲料缓冲液浓度和缓冲力的增加，饲料ｐＨ值的降低，都会引起蚕体重增量、相对生长率和净生长效率的降低，龄期经过的延长、消化后用于能量代谢的食物量的增加．在检验的ｐＨ值范围内（４．０～５．５），饲料ｐＨ值对家蚕生长发育和适口性的影响要小于饲料缓冲力，而略大于缓冲液浓度．     

家蚕质型多角体病毒(苏州株)基因组片段8 cDNA克隆与分析

为研究家蚕质型多角体病毒(BmCPV1)的遗传与变异、探讨S8片段的功能,通过RT-PCR克隆BmCPV1苏州株(BmCPV1-SZ)S8的cDNA,并对其核苷酸序列(GenBank登录号:GQ150539)和编码的氨基酸序列进行生物信息学分析.结果显示:S8由1328 bp构成,具有一个编码390个氨基酸残基的开放阅读框;在BmCPV1-SZ S8的编码氨基酸序列与BmCPV1-I和BmCPV1-H的一致性达93%,但与其他非CPV1型的相似程度较低;在推导的蛋白的氨基酸序列中间区域;具有E-丰富和P-丰富的区,域,其局部区域的氨基酸序列与某些蛋白的功能(细胞周期控制、蛋白降解和RNA降解)区域的序列具有一定的相似性;结构域家族分析显示,BmCPV1-SZ S8编码蛋白属GcrA家族,具有与DNA结合的HTH结构域.Blocks分析显示,S8编码蛋白同时具有DNA聚合酶家族、RNA聚合酶2的结构功能域;高级结构分类显示,S8编码蛋白具有与TIM桶酶、肽酶、核苷三磷酸水解酶相似的同源结构.推测该蛋白具有转录调控因子和多功能酶的功能.基于S8编码的氨基酸序列的进化分析显示,相同类型的CPV聚为一类,同一宿主不同类型的CPV相距较远,推测CPV主要根据其类型聚类,而宿主昆虫对聚类的影响相对较小.     

领春木茎次生木质部中导管穿孔板的变异

领春木Euptelea pleiosperma Hook. f. & Thoms.隶属领春木科Eupteleaceae。该科为东亚特有的单型科,其系统位置一直颇有争议。本文对中国产领春木茎次生木质部中导管穿孔板的变异进行了观察,以期为它的系统位置提供进一步的解剖学证据。结果表明,领春木茎次生木质部中包括无明显穿孔板的管胞状导管和典型的导管两种类型。在无明显穿孔板的导管中,穿孔中的纹孔膜全部或部分消失,但穿孔无规则排列或聚集,不形成具典型的形态特征的穿孔板;在典型的导管中,穿孔板形态变异较大,包括几个类型:网状穿孔板(含麻黄式穿孔板)、网状和梯状混合型穿孔板、梯状穿孔板、梯状穿孔板向单穿孔板的过渡。在上述导管穿孔板类型中,只有梯状穿孔板的穿孔中可以观察到纹孔膜的残余。在领春木次生木质部中也观察到了端壁多穿孔板及侧壁穿孔板。根据观察结果,我们认为领春木次生木质部导管穿孔板的许多特征说明该科可能处于毛茛目中比较原始的系统位置。     

First genome sequence of Chilean Brucella canis SCL strain provides insights on the epidemiology and virulence factors,explaining differences between geographical origins

BackgroundBrucella canis is the etiological agent of canine brucellosis, a worldwide neglected zoonosis that constitutes one of the major infectious causes of infertility and reproductive failure in dogs. Although genomic information available for this pathogen has increased in recent years, here we report the first genome sequencing of a B. canis strain in Chile, and the differences in virulence genes with other B. canis strains.ResultsGenome assembly produced a total length of 3,289,216 bp, N50 of 95,163 and GC% of 57.27, organized in 54 contigs in chromosome I, and 21 contigs in chromosome II. The genome annotation identified a total of 1981 CDS, 3 rRNA and 36 tRNA in chromosome I, and 1113 CDS and 10 tRNA in chromosome II. There is little variation between the different strains and the SCL isolate. Phylogenetic analysis showed that the Chilean SCL strain is closely related to B. canis and B. suis strains. Small differences were found when compared to the Serbian isolate, but all strains shared the same recent common ancestor. Finally, changes in the sequence of some virulence factors showed that the SCL strain is similar to other South American B. canis strains.ConclusionsThis work sequenced and characterized the complete genome of B. canis strain SCL, evidencing the complete presence of all the genes of the virB operon, and minor changes in outer membrane proteins and in the urease operon. Our data suggest that B. canis was introduced from North America and then spread throughout the South American continent.How to cite: Borie C, Bravo C, Dettleff P, et al. First genome sequence of Chilean Brucella canis SCL strain provides insights on the epidemiology and virulence factors, explaining differences between geographical origins Electron J Biotechnol 2021;49. https://dx.doi.org/10.1016/j.ejbt.2020.10.002.