缬沙坦与牛血红蛋白作用机制的荧光光谱与分子模拟研究

运用密度泛函理论B3LYP/6-31G*方法对缬沙坦的几何构型进行了全优化和前线轨道分析;用荧光光谱法研究了标题化合物与牛血红蛋白(BHB)的相互作用,实验结果表明它们的结合位点数n约为1,结合常数K为759.94 L.mol-1;用分子柔性对接技术确定了它们之间的作用位点、作用力类型及相互作用能,结果显示标题化合物与BHB中C链上的Thr 39形成氢键,相互作用静电能是-280.3 kcal/mol,范德华力为-190.0 kcal/mol,势能为-319.6 kcal/mol.     

茜素黄R与牛血清白蛋白光谱学及分子对接研究

在中性条件下,利用紫外可见分光光谱法和分子对接技术研究了偶氮类小分子染料茜素黄R与牛血清白蛋白的相互作用。紫外可见光谱表明,茜素黄R与牛血清白蛋白键合形成的复合物最大吸收波长为386nm,比茜素黄R红移了13nm,二者的结合摩尔比约为1:1,表观摩尔吸光系数为8.70×103dm3·mol-1·cm-1。结合分子模拟技术研究复合物的结合模式和键合机制,判定茜素黄R在牛血清白蛋白上的结合位置位于site I结合位点,讨论二者之间的作用力以静电作用为主,同时也包括疏水作用和氢键。分子对接模拟结果与实验结论一致。     

直链醇与水相互作用的理论研究

选取褐煤中含氧官能团片段直链醇为研究对象,采用密度泛函理论中的杂化泛函B3LYP方法,在B3LYP/6-311++G(d,p)水平上,研究了甲醇、乙醇、丙醇、丁醇、戊醇、己醇、庚醇等与单个水分子之间的相互作用。从分子水平上计算了体系的相关结构参数、电荷分布以及结合能,运用AIM理论分析了体系的电子密度拓扑。结果表明:直链醇与单个水分子之间的相互作用主要是氢键,随着碳链的增长,羟基与水的结合能呈下降趋势,当链上碳原子数在4以后,结合能随着碳链的增长下降趋于平缓,最后稳定在19.0 k J/mol左右。结合能与氢键键长呈现良好的二次函数关系,同时结合能与氢键的电子密度成正比关系,氢键的电子密度反映了氢键的强度。     

水二聚体间相互作用的从头分子动力学研究

应用Car-Parrinello从头分子动力学(CPMD)及限定性动力学方法对水二聚体在300K时不同距离和角度的相互作用能进行了研究,计算结果表明:水二聚体在R=3.0,θ=170°附近形成的氢键结构最为稳定,其相互作用能量约为-18～-17kJ/mol。随着氧氧间距离R的增加,角度θ对氢键能量的影响逐渐减小,当R>4.0时角度θ对氢键能量的影响已经很弱。     

氯化血红素与三种芳香族氨基酸的相互作用

利用荧光光谱法研究了氯化血红素(Hemin)与色氨酸(Trp)、酪氨酸(Tyr)和苯丙氨酸(Phe)的相互作用,用Stern-Volmer方程、Lineweaver-Burk方程确定了其荧光猝灭机理为静态猝灭,得到了不同温度和pH条件下的氯化血红素与氨基酸作用的结合常数、结合点位数及作用体系的热力学参数。     

6-甲基-4-羟基嘧啶二聚体氢键结构性质

运用密度泛函理论B3LYP方法和6-311＋G^＊基函数对6-甲基-4-羟基嘧啶二聚体进行结构优化与频率计算．结果表明：6-甲基-4-羟基嘧啶二聚体存在两个稳定氢键异构体,均具有Cn对称性．二聚体分子间有强的相互作用,经基组重叠误差BSSE和零点振动能ZPE校正后的相互作用能为-63．285和-70．893kJ·mol^-1．氢键的形成导致H-O（N）伸缩振动频率红移．298．15K和标准状态下,二聚体形成过程的Gibbs自由能为-16.780和-25.824kJ·mol^-1显示6-甲基-4-羟基嘧啶二聚体的形成反应是一个热力学自发过程．     

量子化学研究水与DNA四种碱基相互作用的规律

在Hartree-Fock/6-31G*水平对Adenine-water、Thymine-water、Cytosine-water和Guanine-water四种氢键复合物的可能构型进行优化;然后,在B3LYP/6-31++G(d,p)水平对其稳定构型进行单点能量计算.根据计算结果,分析了Adenine-water、Thymine-water、Cytosine-water和Guanine-water可能复合物的构型特征:基于四种复合物的能量,还讨论了可能复合物的稳定性并找到水与四种碱基相互作用的一些规律.     

基于丹参酮的乙酰胆碱酯酶抑制剂虚拟设计

本研究以丹参酮为先导化合物虚拟设计A系列和B系列化合物,通过药物设计软件MOE进行分子对接和打分函数进行评分,得到能作用于CAS和PAS双作用位点的乙酰胆碱酯酶抑制剂(AChEIs),筛选出A系列、B系列作用力与打分都较好的化合物,选择作用力和评分最好的2个化合物进行分析,设计的新化合物为治疗阿尔茨海默病药物开发提供新的候选化合物。     

pH对黄芩苷与牛血清白蛋白相互作用的影响

运用荧光光谱法研究pH对黄芩苷与牛血清白蛋白（BSA）相互作用的影响,结果表明：黄芩苷浓度的增加引起BSA在345am处荧光有规律地猝灭．荧光猝灭光谱及Stem—Volme方程分析发现,在pH为2．5、4．5和7．4体系中均为静态猝灭,且两者猝灭常数随pH增加而增加;Lineweaver—Burk双倒数方程计算pH7．4、温度为290K和310K下,黄芩苷和BSA的结合常数K分别为：K_（290）K=1．2894×10。L·mol^（-1）和K。。：1．0979×10。L·mol^（-2）由热力学参数确定黄芩苷与BSA之间的作用力类型为静电作用力．同步荧光光谱表明,黄芩苷使BSA芳香性氨基酸（Trp,Tyr）残基微环境的变化．     

富勒烯C_（42）的密度泛函理论研究

对富勒烯C42进行了系统的密度泛函理论研究.结果显示,从能量最高的C42-01到能量最低的C42-45,分子中B55键数、五元环共用碳原子数均减少,五元环和碳原子分布更加均匀,表明这些异构体遵循五元环比邻惩罚规则.能量最低的异构体是含9个B55的C42-45.     

席夫碱铜配合物合成及与DNA/蛋白质作用的研究

利用2-吡啶甲醛、N,N-二甲基乙二胺制备了一种新的席夫碱铜配合物,并通过X-射线单晶衍射、元素分析和ESI-MS对其结构进行分析.晶体结构分析表明,配合物呈现扭曲的四方锥构型.用紫外-可见吸收光谱、荧光光谱和圆二色光谱研究了配合物与小牛胸腺DNA(CT-DNA)和人血清白蛋白(HSA)的结合性质.结果表明:配合物以插入的方式与DNA相互作用,且配合物与HSA的相互作用为静态猝灭机制,分子间作用力为氢键和范德华力.     

烷基咪唑四氟硼酸盐离子液体的量子化学研究

采用量子化学密度泛函B3LYP方法,在6-31+G*计算水平上研究了三种离子液体[Mim][BF4]、[Mmim][BF4]和[Emim][BF4]在气相模型下的离子对结构.经振动分析得到了离子对的红外光谱.计算结果表明,离子对中存在氢键弱相互作用.运用Counterpoise方法消除基组重叠误差,得到阴阳离子间的相互作用能,发现平均氢键键长和相互作用能顺序一致.     

拉米夫定与牛血清白蛋白的作用机制

用荧光和紫外光谱法研究Tris-HCl缓冲溶液中拉米夫定与牛血清白蛋白(BSA)作用机制.测定了不同温度下拉米夫定对BSA的荧光猝灭光谱,并对其猝灭机制进行了讨论,认为拉米夫定对BSA的猝灭为静态猝灭;运用位点结合模型,计算得到298K时拉米夫定与BSA结合常数KA为1.79×105L.mol-1和结合位点数n为1.04,说明二者存在一定相互作用,其作用力主要为氢键或范德华力;根据F ster偶极-偶极非辐射能量转移原理,求得拉米夫定在BSA上距色氨酸残基的距离r为2.21nm;最后通过同步荧光光谱发现拉米夫定对BSA构象产生了一定的影响.     

姜黄素-嘧啶酮衍生物与BSA相互作用的研究

在模拟生理酸度(pH=7.4)的条件下,利用荧光猝灭法研究姜黄素嘧啶酮衍生物6-(4-羟基-3-甲氧基苯)-4-((1Z,3E)-羟基-4-(4-羟基-3-甲氧基苯)-1,3-丁二烯-1-基)嘧啶-2(1H)-硫酮与牛血清白蛋白(BSA)的相互作用.实验结果表明:该药物分子对BSA有强的荧光猝灭作用,其猝灭机理是静态猝灭为主;该药物分子与BSA结合位点数约为1,且其结合能力优于姜黄素;运用热力学方程得出热力学参数(ΔH,ΔS)均小于0,可知药物分子与BSA的相互作用力主要是氢键和范德华作用力.     

不同浓度乙醇-水溶液核磁共振实验研究

利用核磁共振方法研究了质量分数在0%～100%范围内乙醇-水溶液的横向弛豫时间和信号强度,分析了乙醇-水溶液质量分数与溶液分子间氢键的整体作用力及核磁共振信号强度之间的关系。结果表明:乙醇-水溶液分子间氢键的整体作用力随乙醇质量分数增加呈现先增大后减小的变化关系,当乙醇质量分数为55.6%时出现最强氢键缔合状态;核磁共振信号强度随乙醇-水溶液质量浓度的增加而增大,并且二者之间存在较好的线性关系。利用这种关系可实现乙醇-水溶液浓度的核磁共振测量,为方便、快速、精确地测量乙醇-水溶液的浓度提供了一种新方法。     

抑制剂ADS-J1和ADS-J2与艾滋病病毒蛋白gp41的结合机理

为分析和解释2个小分子抑制剂ADS-J1和ADS-J2与艾滋病病毒蛋白gp41的抑制机理,通过采用理论计算的方式把抑制剂和gp41蛋白疏水性空穴对接,得到了可能的结合方式,并通过采用分子动力学和MM/PBSA相结合的方法,确定蛋白质和抑制剂的具体结合方式和结合自由能,并且获得了抑制剂和蛋白的精确结合构型和相互作用力,明...     

酒石酸美托洛尔与牛血清蛋白相互作用的光谱研究

运用荧光光谱对酒石酸美托洛尔与牛血清蛋白(BSA)之间的相互作用进行了研究.实验结果表明:酒石酸美托洛尔对BSA的内源荧光有较强的猝灭作用,猝灭机制为动态猝灭.测定了酒石酸美托洛尔与BSA在不同温度下的表观结合常数Ksv,Ksv分别为2.271×10~5、3.698×10~5、5.923×10~5.同时也测定了两种物质分子之间的结合常数与结合位点数,其中不同温度下酒石酸美托洛尔与BSA的结合位点数都约为1,说明酒石酸美托洛尔与BSA有单一的结合位点且受温度影响较小.在酒石酸美托洛尔与BSA的作用过程中反应的焓变ΔH0、熵变ΔS0,说明酒石酸美托洛尔与BSA之间的主要相互作用为疏水作用力;吉布斯自由能ΔG0,表明结合过程是一个熵增加、吉布斯自由能降低的自发过程.     

酰腙-菲啰啉镨配合物的合成及性质研究

以2-羰基丙酸-4-硝基苯甲酰腙、1,10-菲啰啉为配体,在水-乙醇混合溶液中与硝酸镨反应,制备出镨与2-羰基丙酸-4-硝基苯甲酰腙和1,10-菲啰啉的混配体配合物。采用红外光谱和热重分析等方法对其组成和结构进行表征。以紫外可见分光光度法测试了在25℃和37℃时,配合物与牛血清蛋白(BSA)的相互作用,计算了配合物与BSA的结合常数,考查了铜离子对配合物与BSA结合常数的影响,分析了配合物与BSA相互作用的作用力类型。结果表明,在25℃和37℃下,镨配合物与BSA的结合常数分别为3.19×10⁶L·mol6L·mol^(-1)、3.48×10(-1)、3.48×10⁶L·mol6L·mol^(-1),铜离子存在会影响配合物与BSA的结合能力;热力学分析表明,配合物与BSA之间的作用力以疏水作用为主。     

两种β-环糊精与冰片包结过程的动力学模拟

为研究冰片与β-环糊精(β-CD)或羟丙基-β-环糊精(HP-β-CD)包结机理,并解释冰片与两者的相溶解度关系,利用Accelrys公司开发的Materials Studio 4.0进行分子动力学模拟实验。在Compass力场下建立晶胞模型并进行恒温恒容(NVT)和恒温恒压(NPT)模拟得出能量图。两个能量图均显示发生包结作用的范德华力远大于氢键与疏水作用力之和,这证明冰片与环糊精发生包结作用的主要驱动力是范德华力。能量图显示:冰片与β-环糊精包结物的结合能低,而冰片与羟丙基-β-环糊精包结物的结合能高;故冰片与β-环糊精形成不溶性包结物,冰片与羟丙基-β-环糊精形成可溶性包结物。     

甘氨酸…CO复合物结构和性质的理论研究

用密度泛函理论(DFT)在B3LYT/6-311+G*基组水平上对能量较小的三种甘氨酸构象分别与CO形成的复合物进行了理论计算,得到了11个能量稳定的复合物.其结合方式是C0的C或O原子与甘氨酸的N-H键或O-H键形成氢键,最稳定构型的结合能为-5.68kJ·mol-1.CO的C原子与甘氨酸的结合具有更强的优势,C原子结合的复合物中CO的键长缩短,而O原子结合的复合物中CO的键长伸长.