基于支持向量机的siRNA降解效率预测

为了辅助siRNA的设计,从已发表文献中共收集到573个siRNA的实验数据,使用基于统计学习理论的支持向量机(SVM)方法,提取了siRNA序列的碱基对关联性(BBC)特征,然后使用十倍交叉验证方法,对siRNA沉默目标基因的效率进行了预测.结果表明,基于支持向量机,选用多项式核作为核函数的算法具有最高的AUC值(0.73,ROC曲线图)和最高的r值(0.43,Pearson相关系数分析),优于以前基于打分的算法.结果说明,在以后的siRNA的设计中应该更多关注碱基之间的关联信息.     

基于LS-SVM的福房价格指数预测

提出一种基于最小二乘支持向量机(LS-SVM)的福房指数预测方法.采用感知机核函数、多项式核函数和高斯核函数进行仿真模拟,经过参数选优建立了精度较高的福房指数预测模型.预测结果表明,利用LS-SVM模型进行预测具有误差小、拟合程度高等优点,可适用于房地产价格指数的预测.     

玉带凤蝶铁蛋白亚基的鉴定及组织表达谱分析

生物体内的铁蛋白Ferritin在储存和释放铁离子、抗氧化胁迫和病菌侵染过程中发挥着重要作用.为探索玉带凤蝶(Papilio polytes)铁蛋白的功能,本研究开展了对玉带凤蝶铁蛋白亚基的鉴定,分析其组织表达谱和铁离子胁迫下的表达水平.基于玉带凤蝶基因组数据库,鉴定了铁蛋白轻链亚基(PpFerLCH)和重链亚基(PpFerHCH)基因并且克隆出2个基因的开放阅读框(ORF);利用生物信息学,对其结构域以及与其他物种的进化关系进行分析;采用实时荧光定量PCR技术分析两个亚基在不同组织以及铁离子胁迫下的表达水平.玉带凤蝶PpFerLCH基因cDNA全长为1207 bp,其开放阅读框为696 bp,编码231个氨基酸,预测其蛋白分子量为26.5 kDa,理论等电点为5.64;PpFerHCH基因cDNA全长为1 300 bp,ORF为636 bp,编码211个氨基酸,预测其蛋白分子量为23.7 kDa,理论等电点为6.53.结构域分析显示PpFerLCH和PpFerHCH都含有一个保守的铁蛋白结构域,而PpFerHCH具有Ferrihydrite nucleation center.系统发育树分析揭示PpFerLCH主要与烟草天蛾(Manduca sexta)以及大蜡螟(Galleria mellonella)铁蛋白重链亚基保持较高的同源性,而PpFerHCH与烟草天蛾具有较近的亲缘关系.实时荧光定量PCR分析表明PpFerLCH和PpFerHCH在玉带凤蝶的中肠和马氏管中表达量较高,而在其他组织表达量相对较低.此外,FeCl_3刺激24以后,PpFerLCH和PpFerHCH能够被显著诱导上调表达.本研究为进一步研究玉带凤蝶铁蛋白的功能奠定基础.     

LS-SVM的核参数对概率筛筛分效率预测影响

以探索概率筛振动参数与筛分效率之间的关系,为概率筛结构的进一步改进提供指导意义为研究目的,将LS-SVM分类算法引入自同步概率筛筛分效率预测建模,探讨LS-SVM建模的可行性。基于各个不同的应用领域,可以构造不同的核函数,针对核函数需要优化特征参数的问题,应用网格搜索和交叉验证算法,对核参数的选择进行优化。通过研究得出用多项式(Poly)核函数建模对预测样本的最高预测识别率达到96.7%,采用RBF核函数建模对预测样本达到了零错分率,表明将LS-SVM算法引入概率筛筛分效率预测建模是可行的。     

甲烷八叠球古菌及其他广古菌同义密码子使用偏好性

比较分析了甲烷八叠球古菌(Methanosarcina mazei str.Goe1)和其他2种系统发育相关的广古细菌(嗜苦古菌(Picrophilus torridus str.DSM 9790)和盐碱古菌(Natronomonas pharaonis str.DSM 2160))的同义密码子使用偏好性.结果表明甲烷八叠球古菌的密码子使用偏好性很小,并且与GC3S值有很高的相关性.这3种广古细菌的密码子使用模式在进化上很保守.通过分层聚类分析,得出较之基因功能对密码子使用的影响,这些广古菌密码子的使用更是由其物种所决定的.考虑到这3个物种生活在pH值差异很大的环境中,推测其生活环境在很大程度上决定了这些微生物密码子的使用方式.     

讨论函数单调性的导函数类型

正讨论函数单调性是导数考查的重点和热点,从导函数类型来梳理函数单调性的讨论有利于学习和教学,更有利于高考复习.那么这种讨论的导函数类型有哪些?一、二次函数型导函数为二次函数的讨论型,均可用判别式的分类来进行讨论解答,然而不同的特征式,却可以有着特征的简便解答.     

六种猫科动物线粒体基因组比较

虎(Panthera tigris)、豹(Panthera pardus)、雪豹(Panthera uncia)、云豹(Neofelis nebulosa)、猎豹(Acinonyx jubatus)和家猫(Felis catus)线粒体基因组全序列全长分别为16990、16964、16773、16844、17011和17009bp,包括13个蛋白编码基因、22个tRNA,2个rRNA、一个非编码的控制区(D-loop)以及一个轻链复制起点(OLR),碱基含量A+T大于C+G。在蛋白编码基因中,AT偏向性在密码子的第二位点更加明显,这与大多数哺乳动物第三位点AT偏向性较高明显不同。蛋白质基因在密码子的使用上,ATG为多数基因的起始密码子,TAA为多数基因的终止密码子。预测的tRNA二级结构显示,除tRNASer(AGY)基因缺失"DHU"臂外,其余的tRNA基因序列都可以折叠成典型的"三叶草结构"。控制区位于tRNAPro和tRNAPhe之间,控制区结构为高变Ⅰ区、中央保守Ⅱ区和保守序列Ⅲ区三个结构域。     

基于特征族群语义扩散核的半监督农业文本分类

农业文本分类旨在对主流的农业信息网抽取的文本数据集进行分类.在样本充足的情形下,经典的支持向量机方法能取得较好的效果,然而在样本较少或者样本矩阵很稀疏的情形下效果较差.提出了一种基于特征族群语义扩散核(它是语义扩散核的一种)和支持向量机的半监督农业文本分类方法.该方法在经典的支持向量机方法基础上结合特征族群语义扩散核,使得农业文本分类准确率得到一个显著的提升,在训练集样本数量只有原来一半的数量情况下预测原来的测试样本,预测准确率几乎与原来的相同.     

基于多种描述参数的嗜盐古菌Haloarcula hispanica基因组密码子偏好性分析

进化是生物最本质的特征,一直以来,密码子偏好分析是基因组进化研究领域的热点命题之一.文中以极端嗜盐古菌Haloarcula hispanica基因组为研究对象,基于不同密码子偏好描述参数对该基因组大、小染色体及质粒的蛋白质编码基因中密码子使用特点进行了系统研究.结果表明Haloarcula hispanica基因组各组分蛋白质编码基因倾向使用以G/C结尾的密码子,在偏好的26个密码子中只有两个密码子的使用在大、小染色体和质粒之间存在差异.进一步基于多种描述参数的对应分析发现大、小染色体中各参数的相关系数存在相似性,而与质粒则出现了较大的差异,这可能与三者之间的进化关系有关,因而该工作为今后原核生物大小染色体与质粒之间进化关系的研究提供了可靠依据.     

基因3型猪戊型肝炎病毒浙江株全基因组序列分析（英文）

目的:扩增浙江地区基因3型戊型肝炎病毒全基因组序列,分析其分子特征及与国内外3型戊型肝炎病毒进行比较。创新点:首次分析报道浙江地区基因3型猪戊型肝炎病毒全序列。方法:利用套式PCR和末端快速扩增法对分离自浙江地区的戊型肝炎病毒进行分段扩增,经克隆测序后拼接全基因组。进一步利用生物信息学方法对基因组结构、开放阅读框及其基因型等进行分析,并与国内外戊型肝炎毒株进行比较分析。结论:浙江株戊型肝炎病毒(Zh J-PJ050-3)基因组由7223个核苷酸组成,其中3'非编码区含有23个碱基的poly(A)尾。全基因组包含ORF1、ORF2和ORF3三个主要基因,长度分别为5109、1983和342 bp。进化分析显示,ZhJ-PJ050-3为基因3型,与国内唯一报道的上海株3型毒株以及多数日本毒株共属3b亚型。与国内外戊型肝炎序列比对发现,ZhJ-PJ050-3基因组共有24个特有的点突变,且在ORF1中含有一个亮氨酸缺失。这些分子特征将为下一步的研究提供方向。     

冷加工技术改变玻璃材料质感及触感

玻璃在其起源时代已经是一种艺术性的物质,人们利用它晶莹透亮,冷峻而坚固,同时具有折光反射的特点在艺术创作上达到变幻莫测、难以预想的艺术效果。玻璃艺术的技术实践部分主要分为三类：热加工技术、冷加工技术、玻璃与综合材料结合技术。其中当玻璃处于固态冷却阶段时,较之热融状态与其它材料相结合的限制条件相对更少．方式更为多元。文章从玻璃艺术冷加工的门类出发,阐述了不同冷加工方法的功效和科学操作规程及注意事项,并结合当代玻璃艺术的最新动态,介绍了综合材料与玻璃连接的广义冷加工方式,由此进行冷加工的个人艺术实践。     

高强度紧固件用冷作强化非调质钢的研究开发

采用冷作强化非调质钢来制造高强度紧固件,可省去钢材冷拔前的退火处理和螺栓成形后的调质处理,在很大程度上简化了生产工序,缩短了生产周期,降低了能源消耗,同时还避免了因热处理而造成的表面氧化、脱碳及工件变形等问题,因而具有显著的经济效益和社会效益,采用热机械轧制工艺,通过化学成分优化及使用技术研究,开发出了8．8、9．8、10．9级螺栓用冷作强化非调质钢。     

Fault diagnosis model based on fuzzy support vector machine combined with weighted fuzzy clustering

A fault diagnosis model is proposed based on fuzzy support vector machine (FSVM) combined with fuzzy clustering (FC).Considering the relationship between the sample point and non-self class,FC algorithm is applied to generate fuzzy memberships.In the algorithm,sample weights based on a distribution density function of data point and genetic algorithm (GA) are introduced to enhance the performance of FC.Then a multi-class FSVM with radial basis function kernel is established according to directed acyclic graph algorithm,the penalty factor and kernel parameter of which are optimized by GA.Finally,the model is executed for multi-class fault diagnosis of rolling element bearings.The results show that the presented model achieves high performances both in identifying fault types and fault degrees.The performance comparisons of the presented model with SVM and distance-based FSVM for noisy case demonstrate the capacity of dealing with noise and generalization.     

基于一个新核函数的半定规划的内点算法的复杂性分析

Interior-point methods （IPMs） for linear optimization （LO） and semidefinite optimization （SDO） have become a hot area in mathematical programming in the last decades. In this paper, a new kernel function with simple algebraic expression is proposed. Based on this kernel function, a primal-dual interior-point methods （IPMs） for semidefinite optimization （SDO） is designed. And the iteration complexity of the algorithm as O（n^3/4 log n/ε） with large-updates is established. The resulting bound is better than the classical kernel function, with its iteration complexity O（n log n/ε） in large-updates case.     

SARS及其他几种冠状病毒密码子使用偏性的位点差异

分析了SARS冠状病毒以及其他5种冠状病毒基因编码起始区与终止区的密码子使用偏性.结果表明,冠状病毒基因组的稀有密码子倾向于出现在编码起始区和终止区附近.起始区的这种倾向性对冠状病毒基因的表达具有负性调控作用,可以用"稀有密码子调控假说"解释.终止区的这种倾向性表明,这些出现在终止区的稀有密码子对基因的表达也有负性调节作用.研究结果同时暗示了"稀有密码子调控假说"不仅适用于细菌,而且还适用于某些病毒基因组.     

国家安全及若干相关概念的学术梳理

冷战后安全问题成为国际政治研究的热门课题.综观国内外学术界对安全问题的研究,可以归结为两个方面的变化:一是安全客体横向扩展,二是安全主体纵向延伸.但一些学者对于国家安全及相关概念的使用有时显得较为混乱、模糊和不确定,为此笔者作简要梳理,以求推动这一领域的进一步研究.     

基于核方法的改进可能聚类模型

A novel model of fuzzy clustering using kernel methods is proposed. This model is called kernel modified possibilisticc-means (KMPCM) model. The proposed model is an extension of the modified possibilistic c-means (MPCM) algorithm byusing kernel methods. Different from MPCM and fuzzy c-means (FCM) model which are based on Euclidean distance, theproposed model is based on kernel-induced distance. Furthermore, with kernel methods the input data can be mappedimplicitly into a high-dimensional feature space where the nonlinear pattern now appears linear. It is unnecessary to docalculation in the high-dimensional feature space because the kernel function can do it. Numerical experiments show thatKMPCM outperforms FCM and MPCM.     

凸二次规划的一个新原-对偶内点算法

In this paper, a new primal-dual interior-point algorithm for convex quadratic optimization (CQO) based on a kernel function is presented. The proposed function has some properties that are easy for checking. These properties enable us to improve the polynomial complexity bound of a large-update interior-point method (IPM) to O (√nlognlogn/ε), which is the currently best known polynomial complexity bound for the algorithm with the large-update method. Numerical tests were conducted to investigate the behavior of the algorithm with different parameters p, q and θ, where p is the growth degree parameter, q is the barrier degree of the kernel function and θ is the barrier update parameter.