观音竹蛋白激酶基因BmPti1启动子的克隆与序列分析

以观音竹（Bambusamultiplexvar．riviereorum）基因组DNA为模板,通过PCR扩增获得蛋白激酶基因BmPtil的启动子片段,长度为1466bp,通过HamCARE启动子预测工具分析表明：该序列中除含有TATA-box、CAAT-box等基本顺武作用元件外,还发现1个参与生理周期调控的元件、1个厌氧诱导的顺式元件,1个干旱诱导的MYB结合位点、1个光诱导MYB位点、1个水杨酸响应元件、1个赤霉素响应元件、1个低温响应元件、2个ABA与VPl响应元件和2个激素响应元件．表明BmPtil基因的表达可能受干旱、光照、氧气、低温等环境因子以及脱落酸、水杨酸、赤霉素等激素的调控．此外,推测BmPtil基因的表达可能与植株的生理周期相关．     

转AtRD26基因烟草抗旱与耐盐性研究

从拟南芥中克隆到一个受到干旱、高盐诱导表达的NAC类转录因子基因At RD26,常规方法构建植物表达载体p BI121-35S::At RD26,并以农杆菌介导法将其转入烟草.对转基因烟草植株进行了PCR及RT-PCR验证,以及经人工干旱、高盐胁迫后,测定植物抗逆相关生理指标.结果显示:At RD26基因可成功整合到烟草基因组中,并能够正常转录.与野生型植株比较,转基因植株游离脯氨酸和可溶性糖含量更高,增加幅度更大;而叶绿素含量降低幅度更小.结果表明,At RD26基因能有效提高转基因烟草对干旱、高盐胁迫的耐受性.     

转AtRD26基因烟草抗旱与耐盐性研究

从拟南芥中克隆到一个受到干旱、高盐诱导表达的NAC类转录因子基因At RD26,常规方法构建植物表达载体p BI121-35S::At RD26,并以农杆菌介导法将其转入烟草.对转基因烟草植株进行了PCR及RT-PCR验证,以及经人工干旱、高盐胁迫后,测定植物抗逆相关生理指标.结果显示:At RD26基因可成功整合到烟草基因组中,并能够正常转录.与野生型植株比较,转基因植株游离脯氨酸和可溶性糖含量更高,增加幅度更大;而叶绿素含量降低幅度更小.结果表明,At RD26基因能有效提高转基因烟草对干旱、高盐胁迫的耐受性.     

松江鲈 MyoD 基因 cDNA部分片段的序列和表达特征分析

生肌决定因子 MyoD 是生肌调节因子 MRFs 家族的一个重要成员,在基因转录调控中起着重要的作用.本实验通过 RT-PCR 和3’-RACE 等方法,以松江鲈肌肉总 RNA 为模板,扩增出957 bp 的 MyoD 基因部分序列,包含部分编码区长567 bp,编码翻译188个氨基酸残基,3’-UTR 区长390 bp.系统发育分析表明,松江鲈 MyoD 与奥尼罗非鱼亲缘关系最近.不同组织半定量分析显示,松江鲈 MyoD 在各种组织中均有表达,在心脏中表达量最高,预示着在不同组织中该基因的功能广泛     

赤眼鳟Myf5基因的克隆、序列和表达分析

生肌调节因子（MRF）基因家族的表达决定着肌细胞的命运,并控制其增殖和分化．Myf5是生肌调节因子MRF基因家族中的一个成员．本文提取赤眼鳟肌肉总RNA,采用RT—PCR技术获得赤眼鳟Myf5基因的部分cDNA序列,共338bp,编码112个氨基酸,含有部分bHLH结构．通过同源性分析发现赤眼鳟Myf5基因编码区与草鱼的同源性高达97．34％．半定量RT—PCR分析表明赤眼鳟Myf5基因在心脏和肾脏中表达量较高,鳃和肌肉中表达量次之,肝脏、脑和肠中表达量较弱．本结果为进一步研究该基因对肌肉生长发育的作用机理奠定了基础．     

牛ANGPTL1基因的电子克隆与序列分析

以牛的ANGPTL1基因为研究对象,利用生物信息学方法,对牛的ANGPTL1基因进行了电子克隆和序列分析,并对推导出的ANGPTL1蛋白结构与性质进行了初步分析。结果表明,牛的ANGPTL1基因序列长为2576 bp,该基因的编码序列长为1 476 bp,编码492个氨基酸,编码序列的两翼有135 bp的5’非编码区和785 bp的3’非编码区。DNA序列的G+C百分含量为44.31%,A+T百分含量为55.69%。该基因的核苷酸序列与人、黑猩猩、鼠和狗ANGPTL1基因的cDNA序列的相似性分别为91%、90%、82%和93%。在氨基酸序列上与人、黑猩猩、鼠和狗的相似性分别为95%、95%、92%和95%。用氨基酸序列构建的进化树显示,在人、牛、黑猩猩、狗、褐鼠、原鸡几种动物中,牛与狗的亲缘关系最近。     

基于密码子偏好特征的原核基因组多拷贝基因序列分析

基因重复是普遍存在的现象,与基因组进化密切相关,是基因组和遗传系统分化的重要推动力.目前针对原核基因组中蛋白质编码基因序列中的重复基因的系统研究还很少.本文以四种具有不同GC%含量的原核生物基因组为研究对象,用CodonW软件对各基因组中完全相同的功能基因的密码子使用偏好进行分析,用CD-hit软件对各基因组中以80%为阈值的重复蛋白编码基因进行分析.结果表明四个基因组的蛋白编码基因中普遍存在基因重复序列,其比例占到2.77%~7.03%.对序列完全相同的功能已知基因的分析表明其序列长度分布在50bp到1000bp左右的范围,多数长度在500bp以下;功能分析表明所研究基因组中大部分重复基因与转座酶有关,还有少量的编码转移酶、水解酶、跨膜蛋白、阻遏蛋白等.对各基因组中重复基因中序列完全相同的基因的密码子偏好性分析表明这些多拷贝基因坐落在基因组中某一特定区域并集中分布,展现出明显的共性特征.本文的尝试性工作将为今后原核基因组研究提供新思路.     

诸葛菜(Orychophragmus violaceus)查尔酮合成酶基因OvCHS的克隆与序列分析

根据GenBank发布的基因序列,设计PCR引物,分别从诸葛菜(Orychophragmus violaceus)的花瓣基因组DNA和cDNA克隆到查尔酮合成酶基因,并定名为OvCHS,序列已上传至NCBI数据库,登陆号为EF408918。序列分析表明,OvCHS基因的基因组全长为1263 bp,具一个75 bp的内含子,编码区全长为1188 bp,编码395个氨基酸。与模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)查尔酮合成酶基因AtCHS比较发现,两基因编码区有135个碱基不同,相似性为88.64%,氨基酸序列中仅16个氨基酸残基的差异,相似性达95.95%。     

两个红肉桃品种果实发育期花色素苷合成与分子调控研究(英文)

研究目的:深入分析两个红肉桃品种果实发育期花色素苷合成差异的分子机理,为红肉桃品种的遗传改良与利用提供理论依据。创新要点:阐明两个红肉桃品种果实发育期花色素苷生物的合成与相关基因的时空表达规律,探讨造成两个品种花色素苷积累差异的内在分子机制。研究方法:应用高效液相色谱(HPLC)和逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)分别鉴定两个红肉桃品种花色素苷的积累规律与合成相关基因的表达水平,进一步探讨两者花色素苷合成的内在分子调控机理。重要结论:两个红肉桃品种果实发育期花色素苷合成与PpCHS表达水平密切相关,同时PpPAL在白肉桃品种果实发育期的表达水平低于红肉桃品种,推测这两种基因可能是限制白肉桃品种果实中花色素苷合成的因素之一。     

七鳃鳗含硒谷胱甘肽过氧化物酶2的分子克隆、生物学特性及表达分析

谷胱甘肽过氧化酶2(GPx2),是生物体内重要的一类抗氧化酶,能够通过酶解过氧化氢阻断活性氧(ROS)的有害作用。本研究从七鳃鳗的血液c DNA文库中克隆了GPx2 c DNA全长和基因组DNA序列。序列分析表明,其c DNA全长为868 bp(Gen Bank序列号KM211710),包括53bp 5′非编码区、251bp 3′非编码区和564 bp开放阅读框,编码由187个氨基酸组成的多肽。基因组DNA序列(Gen Bank序列号KM211711)揭示了基因组特征含有2个外显子和1个内含子结构。系统发育分析表明,七鳃鳗GPx2(Lj GPx2)与其它的GPx2具有很高的同源性。利用实时荧光定量PCR检测到GPx2基因在七鳃鳗各组织中广泛表达,其中在口腔腺、心脏、卵、生殖腺中表达量较高。此外,用脂多糖(LPS)体内刺激七鳃鳗后发现,Lj GPx2 m RNA在生殖腺中表达量显著升高。本研究为探讨GPx2在七鳃鳗的免疫应答中的作用提供了理论依据。     

中国十大名花

中国十大名花包括梅花、牡丹、兰花、月季、杜鹃、山茶花、荷花、桂花、菊花、水仙花。1.梅花--君子(花魁) 墙角数枝梅,凌寒独自开。遥知不走雪,为有暗香来。梅花为蔷薇科落叶小乔木,树皮浅灰色或淡绿色,     

Lumican 基因真核表达载体的构建及其对人子宫内膜癌细胞 HEC -1A 增殖的影响

目的：克隆人Lumican基因及构建Lumican基因真核表达载体并研究其对人子宫内膜癌细胞HEC-1A增殖的影响。方法：取人新鲜正常子宫内膜组织,提取总RNA,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增Lumican基因,将该基因定向克隆到真核表达载体pEGFP-N1中,构建真核细胞表达载体pEGFP-N1-Lumican,用限制性内切酶酶切分析,DNA序列分析鉴定重组质粒;将测序正确的Lumican基因通过脂质体介导下转染人子宫内膜癌细胞HEC-1A;逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）和Western Blot 检测转染细胞HEC-1A的Lumican mRNA和蛋白表达。采用MTT法观察转染Lumican基因的人子宫内膜癌细胞HEC-1A的增殖能力。结果：重组质粒pEGFP-N1-Lumican经HindⅢ和BamHⅠ酶切,获得8311 bp片段和865 bp插入片段,序列分析表明插入的片段与Gene Bank发布的序列一致;荧光显微镜下可见转染的HEC-1A细胞有绿色荧光蛋白的表达;转染细胞HEC-1A的Lumican mRNA表达上调,Lumican蛋白相对上调率为74．62％（P＜0．05）。与对照组细胞比较,转染Lumican 基因的人子宫内膜癌细胞HEC-1A的抑制率为21．35％±2．78％。结论：成功构建了真核表达载体pEGFP-N1-Lumican,该载体在体外能有效抑制人子宫内膜癌细胞HEC-1A的增殖能力,为以Lumican基因为靶点研究其对人子宫内膜癌细胞HEC-1A的恶性生物学特性提供实验基础。     

烟草中NAC转录因子NtNAC8的克隆与序列分析

利用数据库资源和RT-PCR技术从烟草中克隆出一个NAC转录因子新成员--NtNAC8,并进一步对NtNAC8转录因子的序列进行分析;同时对该基因编码蛋白质的理化性质、蛋白质结构及其生物学功能等进行预测.结果表明,NtNAC8编码一个由301个氨基酸残基组成的相对分子质量为34.98 kD的NAC转录因子,并推测其可能...     

鸡源NDV WF00C株F基因的测序与蛋白特性分析

用鸡源新城疫病毒凤阳分离株WF00C对9～10 日龄SPF鸡胚的尿囊腔接种,成功增殖了该病毒,采用一步法RT-PCR技术扩增WF00C病毒的F基因,获得了1条1.7kb的特异性条带.用PCR产物直接测序.测序结果表明,扩增片段大小为1782bp,含有1个1662bp的开放性阅读框,编码554个氨基酸.核苷酸同源性分析表明:WF00C株与国内外其他NDV F基因的同源性为84.8%～97.5%,其中与国内标准强毒株F48E9的同源性为87.1%,说明WF00C与国内外的传统毒株有较大变异.与Taiwan95株和J株的同源性为94.1%和97.5%,说明WF00C与Taiwan95株和J株亲缘关系较近,具有较高的相似性.F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为112Arg-Arg-Gln-Lys -Arg-Phe117, 表明为NDV的强毒株.蛋白疏水性和抗原性分析表明与标准强毒株相比没有太大的变异.     

蓖麻GPAT基因SNPs及与油脂含量的关联分析

GPAT基因对蓖麻储存油脂（triacylglycerols,TAG）的合成调控具有重要作用。为了从分子进化角度研究蓖麻GPAT的多态性,参考GenBank中编码蓖麻GPAT的基因组序列设计一对特异性引物对来自32个不同地区种质的GPAT进行测序,获得32个长约741bp的基因组序列。多态分析表明：在741bp的区间内共发现1个SNP,频率为1/741bp,多样性指数Pi为0.00069。结果表明GPAT基因与种质油含量和种子大小的关系均无明显相关性。该研究分析了GPAT基因的遗传多样性,遗传变异与油脂数量和种子大小性状的相关性。     

玉带凤蝶铁蛋白亚基的鉴定及组织表达谱分析

生物体内的铁蛋白Ferritin在储存和释放铁离子、抗氧化胁迫和病菌侵染过程中发挥着重要作用.为探索玉带凤蝶(Papilio polytes)铁蛋白的功能,本研究开展了对玉带凤蝶铁蛋白亚基的鉴定,分析其组织表达谱和铁离子胁迫下的表达水平.基于玉带凤蝶基因组数据库,鉴定了铁蛋白轻链亚基(PpFerLCH)和重链亚基(PpFerHCH)基因并且克隆出2个基因的开放阅读框(ORF);利用生物信息学,对其结构域以及与其他物种的进化关系进行分析;采用实时荧光定量PCR技术分析两个亚基在不同组织以及铁离子胁迫下的表达水平.玉带凤蝶PpFerLCH基因cDNA全长为1207 bp,其开放阅读框为696 bp,编码231个氨基酸,预测其蛋白分子量为26.5 kDa,理论等电点为5.64;PpFerHCH基因cDNA全长为1 300 bp,ORF为636 bp,编码211个氨基酸,预测其蛋白分子量为23.7 kDa,理论等电点为6.53.结构域分析显示PpFerLCH和PpFerHCH都含有一个保守的铁蛋白结构域,而PpFerHCH具有Ferrihydrite nucleation center.系统发育树分析揭示PpFerLCH主要与烟草天蛾(Manduca sexta)以及大蜡螟(Galleria mellonella)铁蛋白重链亚基保持较高的同源性,而PpFerHCH与烟草天蛾具有较近的亲缘关系.实时荧光定量PCR分析表明PpFerLCH和PpFerHCH在玉带凤蝶的中肠和马氏管中表达量较高,而在其他组织表达量相对较低.此外,FeCl_3刺激24以后,PpFerLCH和PpFerHCH能够被显著诱导上调表达.本研究为进一步研究玉带凤蝶铁蛋白的功能奠定基础.     

甜橙CsLOB1基因克隆、表达及干涉载体构建

为探讨高感溃疡病‘纽荷尔’脐橙CsLOB1基因序列特征及其响应柑橘溃疡菌侵染表达特点,利用同源序列法从‘纽荷尔’脐橙叶片中克隆得到CsLOB1基因CDS全长并进行序列分析.实时荧光定量法检测‘纽荷尔’脐橙叶片接种溃疡菌后CsLOB1基因表达变化.结果表明,CsLOB1基因CDS序列全长714 bp,编码237个氨基酸.理化性质预测分析表明CsLOB1蛋白为亲水性蛋白质;保守域预测表明,CsLOB1蛋白含有LBD基因家族LOB保守结构域.系统进化树分析表明,‘纽荷尔’脐橙与克里曼丁橘CsLOB1蛋白同源性高于其它非柑橘类植物.实时荧光定量PCR分析显示,柑橘溃疡菌接种后,‘纽荷尔’脐橙叶片CsLOB1基因表达显著上调.采用gateway克隆技术进一步构建CsLOB1基因RNAi干涉载体,为柑橘抗溃疡病种质的创建建立基础.     

人WRAP53基因启动子区的生物信息学分析

人WRAP53基因隶属于WD重复蛋白家族,被发现在端粒酶的组装、卡哈尔体的形成和DNA损伤的修复等过程中发挥着重要作用,但WRAP53基因表达调控的分子机制尚不明确.利用生物信息学软件对人WRAP53基因近端启动子-2 000 bp～-1 bp区域的结构特征、转录因子结合位点和CpG岛进行预测分析.Promotor 2.0和NNPP均预测出人WRAP53β基因有2个启动子;JASPAR和AliBaba 2.1发现有众多转录因子潜在结合位点存在该序列上;CpG Plot、CpG Finder和MethPrimer软件均预测出人WRAP53基因启动子-2 000 bp～-1 bp区域存在1个CpG岛.对人WRAP53基因启动子区开展的生物信息学分析,有助于了解该基因启动子区的结构和功能,为后续开展人WRAP53基因表达调控机制研究奠定了基础.     

鸭源WF01D株新城疫病毒HN蛋白基因的测序与序列分析

用鸭源WF01D株新城疫病毒接种对9-10日龄SPF鸡胚尿囊腔,成功增殖了该病毒,采用一步法RT-PCR技术扩增WF01D病毒的HN基因,获得了1条约1.8kb的特异性条带。PCR产物回收纯化后测序。测序结果表明,扩增片段大小为1844bp,含有1个1716bp的开放性阅读框,编码571个氨基酸。核苷酸同源性分析表明：WF01D与国内外其他NDV HN基因的同源性为81.2%-95.0%,其中与国内标准强毒株F48E9的同源性为84.3%,说明WF01D与国内外的传统毒株有较大变异。与Taiwan95株和NL/96株的同源性为93.8%和95.0%,说明WF01D与Taiwan95株和NL/96株亲缘关系较近,具有较高的相似性。     

已报道的全基因组选择性消除分析中发现IGF2BP2基因的插入/缺失变异与山羊产羔数相关（英文）

目的:验证IGF2BP2插入/缺失与陕北白绒山羊产羔数之间的关系,并选择有利的等位基因。创新点:首次筛选、验证山羊IGF2BP2基因的In Del位点,确定其与山羊产羔性状的相关性及作用,为山羊经济性状改良及新品种培育提供理论依据。方法:采用实时荧光定量聚合酶链式反应(q RT-PCR)方法分析IGF2BP2在单羔组和多羔组中的表达水平;通过PCR扩增-琼脂糖凝胶电泳在918只陕北白绒母山羊中鉴定IGF2BP2基因P4-Ins-13bp和P5-Del-12bp缺失/插入位点基因型,并进行测序以验证突变;利用SHEsis平台分析两个位点的连锁不平衡;采用方差分析(ANOVA)和χ2检验分析山羊IGF2BP2基因变异与产羔数的关系;并利用在线数据库预测转录因子(TF)和突变区域序列的结合。结论:本研究发现,IGF2BP2的m RNA表达水平在单羔组明显高于多羔组。在陕北白绒母山羊中验证了IGF2BP2基因内的插入/缺失(indels),包括P4-Ins-13bp和P5-Del-12bp。χ2检验表明,P4-Ins-13bp基因型(χ2=14.479,P=0.006)在单羔和多羔组间分布差异显著;相关分析表明,P4-Ins-13bp与山羊产仔数显着相关(P=0.022),具有缺失/缺失(DD)基因型的山羊个体产仔数高于其他山羊。因此,IGF2BP2基因的P4-Ins-13bp突变可作为一种潜在的与繁殖性状显著相关的分子标记,以优化母羊繁殖力,提高山羊产业的经济效益。