粗粒化系统的GROMACS模拟

GROMACS是一款被广泛采用的分子动力学模拟软件。本文从扩展力场出发,使之适用于粗粒化系统的模拟,从而能使用GROMACS标准工具生成拓扑,构建分子系统。同时使用粗粒化的MARTINI势能对两个分子系统进行模拟和验证。最后给出了GROMACS单位到更一般粗粒化系统的映射方法。本文采用的方法对将GROMACS扩展到实际的非生物分子体系也有重要的借鉴作用。     

抗菌肽与细胞膜相互作用机制的分子动力学模拟研究

抗菌肽由于其具有天然抗菌特性,且对生物体毒副作用小,有望作为新一代抗菌药物而得到了广泛的关注.作为研究生物大分子的有效工具,分子动力学模拟技术被用来研究抗菌肽的抗菌机制及与细菌膜的相互作用.回顾近年来抗菌肽与膜相互作用分子动力学模拟研究,理清利用全原子模型和粗粒化模型模拟抗菌肽与细菌膜作用情况,包括模拟力场的选择、细菌膜模型的建立,以及利用模拟得到肽/膜作用信息等,对了解抗菌肽的抗菌活性及新药设计提供帮助.     

FeNiCrCoCu高熵合金拉伸行为特征研究：分子动力学模拟

高熵合金由于其优异的综合力学性能,在各种材料的应用中受到了广泛关注.通过分子动力学模拟,研究了FeNiCrCoCu高熵合金的拉伸力学特性,对拉伸过程中的应力-应变关系、抗拉强度、相变演化、位错类型以及长度等重要表征参数进行了深入讨论,探究了FeNiCrCoCu高熵合金力学性能以及塑性变形机制.     

碳纳米管储氢的分子动力学模拟

应用分子动力学方法(MD)对单壁碳纳米管(SWCNT)储氢的物理吸附过程进行模拟.系统地研究了单壁碳纳米管的物理吸附储氢量与管径、温度、压力之间的关系.作出典型管径碳纳米管的吸附等温线.实现了分子动力学方法在巨正则系综(GCE)中的应用.     

DNA复制过程动化投影片的制作

本文介绍DNA复制过程动化投影片的制作方法.设计合理、制作简单、演示方便、画面动感形象生动.对初学者理解DNA复制过程很有帮助.     

铜纳米线熔化过程的分子动力学模拟

本文采用分子动力学方法对<111>轴铜纳米线的熔化过程进行了计算机模拟研究,结果表明:铜纳米线的熔点随体系的大小而变化,体系越小熔点越低,并与其横截面积的平方根的倒数近似成线性关系.     

谷氨酰胺结合蛋白构象变化的分子动力学模拟

从谷氨酰胺结合蛋白单体(GlnBp)和谷氨酰胺结合蛋白复合物(GlnBP—Gln)的晶体结构出发分别做600ps的对比分子动力学(MD)实验。从体系的分子结构，铰链区柔性和口袋区相互作用三个方面分析了该体系的构象开合机制。结果表明，构象闭合直接导致了体积收缩；复合物铰链区的较大柔性赋予构象闭合以结构基础；其中His156、Lys115、Ala67三个残基对于GInBP特异性结合底物Gln起着重要作用，而Lys115和Aapl0的相互作用对于构象的闭合十分重要，这些模拟结果与实验数据相吻合。     

NaF-NaCl熔融系统的分子动力学模拟

用分子动力学模拟方法,分别采用带电刚性球势、Fumi-Tosi势和改进的Fumi-Tosi势研究了熔融NaF-NaCl系统的混合效应.模拟结果表明:采用带电刚性球势、Fumi-Tosi势得到的混杂焓只在富Cl-端与实验值定性一致,而改进的Fumi-Tosi势的混杂焓在两端都与实验值定性一致,即在NaF一端为弱吸热,而在NaCl一端为弱放热.分析表明:前者低估了极化对混杂焓的贡献.     

分子动力学模拟碳纳米管中冰的相变

受限于碳纳米管中的冰或水是进行纳米尺度生物通道研究的重要模型,对一定条件下其内部结构的研究将为碳纳米管的实际应用提供可能.采用分子动力学模拟分别对温度为240K,压强为500MPa,550MPa和600MPa下受限于(14,0)zigzag型碳纳米管中的水分子进行了研究,得到了不同压强值下水分子在碳管中的密度分布等静态性质.结果表明:随着压强值的增大管内水分子的结构会发生相变,即由正四方形水分子链生成正五边形水分子链;在压强增大导致发生相变过程中,水分子由无序变得有序.     

分子动力学程序的面向对象C++设计与OpenMP并行化

利用分子动力学模拟研究的对象越来越复杂,造成编程越来越困难,计算的工作量越来越大,利用面向对象和并行化技术可以有效解决这些问题。本文给出从分子动力学模拟研究的对象和过程抽象出面向对象模型的方法,着重讨论了OpenMP的并行化方法。对实际体系的模拟表明,该程序的并行效率很高,加速比接近于使用的CPU核心数。可以用来对更大的体系进行模拟研究。     

KF-KCl系熔盐的分子动力学模拟

关于KF-KCl系熔盐的混合过程存在较大争议，一种认为混合过程是吸热的，另一种认为混合过程是放热的。文章对KF-KCl系熔盐进行了分子动力学模拟，所得结果与后一种结论一致。并且在实验中观察到了Cl^--Cl^-的偏径向分布函数的第一峰发生了宽达70pm的分裂，这是尚未见于文献的新结果。     

带电聚合物刷的分子动力学模拟和研究

主要介绍通过分子动力学模拟来研究带电聚合物刷在水溶液和盐溶液中的结构性质,分别给出不同吸附密度下的单体密度,补偿离子分布图。通过模拟得到的刷子高度与通过新标度理论得到的高度值吻合的很好。验证了在渗透区,吸附密度对刷子的高度是存在影响的,并讨论了在同一吸附密度下,Debye长度对刷子结构的影响,刷子的高度随着Debye长度的增大而变大,进而达到通过盐离子浓度来控制刷子结构的目的。     

分子动力学模拟研究GeO2玻璃的非平衡态

我们用定压分子动力学模拟方法研究了ＧｅＯ２玻璃在偏离平衡条件下的相转变过程。在５ＧＰａ－１０ＧＰａ间发生了相变,形成的致密相配位数为６;负压下则了理想网络结构,模拟的ＧｅＯ２玻璃的相行为与实验结果符合良好。高压下形成的致密存在一个等容的亚稳极限,二次定律成立,结论与ＳｉＯ２玻璃相同。     

基于分子信标的DNA自组装模型研究

分子信标操作简单且不必与未反应的探针分离即可进行实时检测,将分子信标与自组装结合,将为DNA计算研究提供新的思路及方法.本文介绍了基于分子信标的DNA自组装模型的算法思想,阐明了分子信标设计要点,描述了生物实现步骤,并对如何提高分子信标的检测准确性做了展望.     

单基和双基发射药力学性能的MD模拟研究

本文用分子动力学(MD)方法,模拟研究了由含氮量分别为11%、12%、13%、14%的硝化纤维素(NC)构成的单基药模型及其与硝化甘油(NG)构成的双基发射药模型的力学性能,得到其各力学参数:弹性系数、拉伸模量、体积模量、剪切模量和泊松比.结果表明,增加含氮量可使单基药NC塑性增强、刚性减弱.相比于单基药NC,双基药NC/NG的刚性较弱、塑性较强,具有较好的力学性能.     

行为模拟在“组织行为学”教学中的应用研究

为了研究行为模拟教学在“组织行为学”教学中的效果,在近期教学中,我们作了尝试与研究。教学时,模仿现实情境,在教师的指导下,由学生以小组形式体验角色。实践证明,行为模拟教学方法有利于培养学生的学习兴趣和团队精神,提高解决实际问题的能力。     

DSS1对蛋白质PCID2构象隐定性影响的分子动力学研究

PCID2和DSS1是TREX2复合体中的成分,DSS1作为子复合体之间的粘合剂在复合体中主要与PCID2结合．研究发现,DSS1在复合体中起稳定PCID2的作用．利用分子动力学模拟研究无序蛋白DSS1与PCID2的相互作用,结果表明：未结合DSS1的单体PCID2蛋白构象不稳定,与DSS1结合后的PCID2蛋白构象明显变得更稳定,特别是与DSS1结合处的构象,与实验得出的结论一致．研究DSS1对PCID2的作用,不仅可以为了解PCI蛋白提供分子基础,也为深入了解TREX复合体在核酸输出中的功能提供帮助．     

古典精神分析对行为动力的认识分歧述评

对行为动力的认识分歧是古典精神分析矛盾的根源所在。弗洛伊德认为,每个人行为的目的在于追求释放被压抑在本我之中的不愉快的能量,从而解除紧张获得快乐;荣格认为,人格结构由很多两极相对的内部动力构成,个体行为的动力是这种由两极相对发展到两极融合的驱力,人们在这种驱力的作用下产生各种各样的行为;而阿德勒认为每个人行为的基本动力是克服自卑心理,追求优越和完美的社会。深入分析古典精神分析有关行为动力看法的矛盾与冲突,从而去发现人格最为本质的特点具有十分重要的意义。