基于m序列与Walsh序列的复合序列

对m-walsh复合序列的产生以及性质加以分析.用matlab仿真复合序列,对其性能进行大量分析.结果表明,复合序列具有良好的自相关性并易于产生多组序列.     

新牧1号苜蓿MvDREB基因的克隆和序列分析

以新牧1号苜蓿为研究材料,采用RT-PCR方法,设计特异引物,从新牧1号苜蓿中克隆获得MvDREB基因cDNA,测序结果该片段全长为651 bp,Genbank登录号为GU073286.生物信息学分析结果表明,该基因序列与紫花苜蓿核苷酸序列相似度达99%,编码216个氨基酸,MvDREB蛋白氨基酸序列分析比对显示该蛋白属于AP2/ERF家族的亲水性核蛋白,蛋白质分子量为24873.1,理论等电点pI为5.90,不稳定参数为45.07.     

中国李AP1M2同源基因的序列结构特征与功能预测

通过同源比对策略从"Angeleno"李果实转录组数据库中获取长1862bp的AP1M2同源核苷酸序列。该同源序列具有完整的ORF,长1287bp,编码428个氨基酸。使用生物信息学在线分析工具,对李AP1M2同源基因的核苷酸与氨基酸序列进行了组成、理化性质、保守结构域、疏水性、跨膜区、信号肽、磷酸化修饰位点、亚细胞定位及功能的预测分析。结果表明,李的AP1M2同源基因在物种间高度保守,其翻译的蛋白质较稳定,属于亲水性蛋白,结构内未发现跨膜结构及信号肽。在生物功能及途径上,该蛋白可能参与了细胞内蛋白转运、囊泡的介导运输,与网格蛋白衔接体、网格蛋白包被的囊泡膜、高尔基体等细胞组成有关。     

犬冠状病毒TN449株纤突蛋白基因的克隆、序列分析

通过对犬冠状病毒TN449株纤突蛋白基因的克隆测序,将获得的序列与GeneBank中登陆的犬冠状病毒不同毒株S基因序列进行比较,分析它们的同源性、差异程度,同时绘制核苷酸序列及其氨基酸序列的系统进化树.有助于了解犬冠状病毒的抗原变异、血清型和毒力变化规律.     

牛ANGPTL1基因的电子克隆与序列分析

以牛的ANGPTL1基因为研究对象,利用生物信息学方法,对牛的ANGPTL1基因进行了电子克隆和序列分析,并对推导出的ANGPTL1蛋白结构与性质进行了初步分析。结果表明,牛的ANGPTL1基因序列长为2576 bp,该基因的编码序列长为1 476 bp,编码492个氨基酸,编码序列的两翼有135 bp的5’非编码区和785 bp的3’非编码区。DNA序列的G+C百分含量为44.31%,A+T百分含量为55.69%。该基因的核苷酸序列与人、黑猩猩、鼠和狗ANGPTL1基因的cDNA序列的相似性分别为91%、90%、82%和93%。在氨基酸序列上与人、黑猩猩、鼠和狗的相似性分别为95%、95%、92%和95%。用氨基酸序列构建的进化树显示,在人、牛、黑猩猩、狗、褐鼠、原鸡几种动物中,牛与狗的亲缘关系最近。     

基于序列、结构和芯片数据的聚类算法

运用图论中的一系列思想对生物序列、蛋白质结构和基因芯片数据进行综合分析,将多物种的序列进行聚类,为生物基因的功能研究提供了新的思路.其算法首先根据生物序列的相似度、蛋白质结构的相似度和基因芯片数据的相似度建立一级图,然后根据一级图建立二级图,进而通过二级图的分析来挖掘基因的聚类关系.算法聚类的结果可以对各种基因的功能进行预测,可广泛应用于后基因组计划的基因和蛋白质研究.     

蛋白质序列的一类新的二维图形表示及其应用

基于20种氨基酸的一种5-字母模型,提出了蛋白质序列的一类CGR图形表示,并在此基础上给出蛋白质序列的一种36维向量表示.对11个物种的β球蛋白序列的相似性分析证实了我们的方法的有用性.     

八棱海棠类Caspase基因cDNA的克隆及序列分析

以八棱海棠cDNA为模板,采用RT-PCR、巢式PCR、3’RACE、5’RACE技术,获得了类天冬氨酸特异性的半胱氨酸蛋白水解酶(Caspase)基因cDNA 1429bp的全长序列。序列分析表明,Caspase基因cDNA序列编码358个氨基酸,N端含有1个23个氨基酸的信号肽。进化树分析显示八棱海棠与山杏在该基因座位上亲缘关系最近,属于一个分支。     

珙桐rbcL基因的克隆与序列分析

根据已知植物rbcL基因设计引物,以珙桐叶片总DNA为模板,PCR扩增目的DNA片段,克隆入pDM19-T载体.阳性克隆鉴定后进行测序,序列分析结果表明:该基因片断长为1266 bp,包括1031 bp的编码区序列,编码343个氨基酸;其编码区氨基酸与烟草、菠菜、玉米、甘薯、拟南芥、水稻、葡萄、地钱和葡萄柚等9个物种的同源性94.13%以上,并构建了它们间的亲缘关系树.该基因片断的预测晶体结构与菠菜的最相近,推测Lys86、Lys60、Lys179等残基对酶的活性影响较大.     

基于氨基酸分类的固有无序蛋白序列特征分析

固有无序蛋白是一类缺乏稳定结构的特殊蛋白质,在生命活动中行使重要的生物学功能,与人类重大疾病密切相关.通过将混沌可视化模型及氨基酸分类应用于蛋白质序列分析中,系统研究固有无序蛋白序列的多聚体特征.结果表明,运用CGR方法可以直观分析固有无序蛋白序列相关信息,也可以定量描述相关序列特征.对固有无序蛋白二聚体氨基酸的具体研究表明,固有无序蛋白对二聚体氨基酸的使用具有明显偏好性,为今后蛋白序列多聚体特征研究提供良好的研究思路.     

云南省水稻矮缩病毒S10片段的序列分析

用RT？PCR方法从云南省寻甸、嵩明、通海、芒市、沾益和陆良6个地区的水稻样品中扩增到水稻矮缩病毒S10片段部分序列,核苷酸测定及序列分析表明,6个地区水稻矮缩病毒分离物S10片段部分序列长度均为1 071个核苷酸,含1个1 059个核苷酸的ORF,编码352个氨基酸.云南分离物S10片段之间的核苷酸同源性约为97.9%~99.9%,其编码的氨基酸同源性为97.7%~100%;云南分离物与日本分离物的S10片段核苷酸同源性和氨基酸相似性分别为94.1%~95.4%和96.3%~99.2%,与中国分离物的S10片段核苷酸同源性和氨基酸相似性分别为94.8%~96.6%和95.2%~96.6%.云南分离物在亲缘关系上与日本分离物较中国分离物近.     

西方蜜蜂一个新表皮蛋白基因的克隆和结构分析

利用西方蜜蜂雄蜂头部5’LongSAGE文库中的一组标签序列,在蜜蜂基因组序列第9号连锁群上定位一个新的西方蜜蜂表皮蛋白基因转录起始位点,并克隆了该基因的eDNA序列,继而利用此cDNA序列分析了该基因的内含子和外显子结构．分析结果显示：该基因的DNA序列长1253bp,含有4个外显子和3个内含子,其cDNA长598bp,编码一个169AA的富含Val和Pro残基（23．67％,20．12％）多肽序列．BLAST分析发现,该蛋白与已知的4个昆虫表皮蛋白序列的相似性为47．54％,且其C末端有一个共有基序,说明这5个蛋白可能属于同一个表皮蛋白家族．该研究结果提供了一个新的蜜蜂表皮蛋白基因,且该基因在雄蜂头部表达水平较高．     

简并PCR法克隆L.starkeyi苹果酸酶基因

根据已报道的酵母苹果酸酶基因序列,利用CodeHop（Consensus Degenerate Hybrid Oligonucleotide Primers）软件设计两对简并引物,以斯达油脂酵母（L.starkeyi CICC 1809）总DNA为模板做简并PCR,得到2个基因片段（ME1,ME2）.对这2个目的片段进行测序,将结果翻译成氨基酸序列,blastp结果显示其中ME2片段为油脂酵母未报道苹果酸酶基因的序列（Gene Bank登录号GU348991）,并对巢式PCR方法检验简并PCR结果的有效性进行了评估.     

An easy-to-use site-directed mutagenesis method with a designed restriction site for convenient and reliable mutant screening

Site-directed mutagenesis (SDM) has been a very important method to probe the function-structure relationship of proteins. In this study, we introduced an easy-to-use, polymerase chain reaction (PCR)-based SDM method for double-stranded plasmid DNA, with a designed restriction site to ensure simple and efficient mutant screening. The DNA sequence to be mutated was first translated into amino acid sequence and then the amino acid sequence was reversely translated into DNA sequence with degenerate codons, resulting in a large number of sequences with silent mutations, which contained various restriction endonuclease (RE) sites. Certain mutated sequence with an appropriate RE site was selected as the target DNA sequence for designing a pair of mutation primers to amplify the full-length plasmid via inverse PCR. The amplified product was 5'-phosphorylated, circularized, and transformed into an Escherichia coli host. The transformants were screened by digesting with the designed RE. This protocol uses only one pair of primers and only one PCR is conducted, without the need for hybridization with hazardous isotope for mutant screening or subcloning step.     

花生苹果酸脱氢酶基因的克隆及其蛋白序列分析

根据已知植物的苹果酸脱氢酶基因序列设计简并引物,采用RT-PCR技术从花生叶片中克隆得到苹果酸脱氢酶基因,命名为Ah MDH,Genbank登录号为KF499119,该基因编码区长度为1071bp,编码356个氨基酸。序列比对结果表明,Ah MDH编码蛋白与大豆、蒺藜苜蓿和豌豆等具有较高的相似性。     

构建三维参数空间区分完全基因组中的编码和非编码序列

发现编码序列和非编码序列中有明显的尺度联系的存在性会给弄清DNA序列带来新的前景,这就促使我们去寻找新的方法来描述和区分编码和非编码序列。在这篇文章中,首先采用数值序列来表示DNA序列,然后以多重仿射性分析和Holder指数形式来得到三个指数,并以此构建参数空间。每个编码或非编码序列就被表示为这个三维参数空间之中的一个点。在这个参数空间中,完全基因组中的编码序列和非编码序列被粗略地分开到两个不同的区域。     

西文蜜蜂LOC724521基因座的cDNA序列克隆及TSS的分析

5’LongSAGE标签得自于全长mRNA分子的5’末端的前19 nt.该研究利用定位在西方蜜蜂基因组中的一个预测基因座LOC724521的2条5’LongSAGE标签序列作为5’引物,通过RT-PCR克隆了该预测基因座的2条长335 bp和337 bp的cDNA序列（GenBank登录号：GU358205,GU358204）.此cDNA编码一条长88个氨基酸残基的多肽.用所克隆的cDNA序列对基因座LOC724521进行功能注释发现,该基因含有3个外显子和2个＂GT-AG＂型内含子.5’LongSAGE标签序列的基因组定位结果显示：基因座LOC724521在雄蜂的头部中表达丰度很高,RNA PolⅡ可从5个转录起始位点（TSS）上以不同效率起始转录,该基因的59%和31%的转录是从2个优势TSS上起始.有趣的是,有一条5’LongSAGE标签序列被定位在内含子区,暗示该基因存在外显子的可变性选择现象.该研究结果不仅在转录水平上证实了软件预测的基因座LOC724521确实存在,同时揭示了该基因存在可变性转录起始位点和可变性外显子选择等转录调控机制.     

Molecular cloning and nucleotides sequence analysis of G1 genome segment of hantaan virus Z10 strain

The molecular cloning of the G₁ genome segment of the Z₁₀ strain of Hantaan virus and analysis of the first gene data on the currently widely used Hantavirus vaccine strain in China are presented. The G₁ genome segment of Z₁₀ virus was amplified by the method of RT-PCR, and the products were cloned into the pGEM-T vector after identification and purification. The clone was sequenced by Sanger’s dideoxy chain termination method. The 1449 bases of the Z₁₀ G₁ genome segment, and the coding for 483 amino acids were determined. The base compositions for the G₁ segment RNA determined from cDNA sequence information, were 20.6% A, 21.6% G, 18.8% C and 30.0% U. These values are similar to those of the 76/118, Lee and SR virus. As compared to the Z₁₀ G₁ segment, the sequence homology at the nucleotide level is 87% (76/118, type I), 86% (Lee, type I), 86% (Hojo, type I), 67% (R22, type II), and 59% (K22, type III). The Z₁₀ virus G₁ protein amino acid sequence identity with other Hantaan viruses (94–95% homology) was higher than that with Seoul type viruses (77–80%). More amino acid sequence heterogeneity between the Z₁₀ and 76/118 was observed in the N terminal, especially the diverging cluster of ten amino acids at position 84 to 93 of the Z₁₀ virus G₁ protein. Conclusion: (1) The Z₁₀ strain is one of the Hantaan viruses. (2) The important region of the Z₁₀ G₁ segment was conservative. (3) Although substantial divergence of nucleotide sequences of the G₁ genome segment was found between the Z₁₀ strain and other type I Hantaviruses, relatively high amino acid sequence homology was shown among them. Thus, good immune protection could be obtained with the inactivated Meriones unguiculatus kidney cell vaccine against other strains of Hantaviruses.     

龙竹和麻竹FT同源序列的扩增与序列分析

根据拟南芥Flowering Locus T（FT）基因和水稻Heading date 3a（Hd3a）基因的序列设计引物,通过PCR扩增的方法分别从麻竹和龙竹基因组DNA中各得到长为334bp的DNA片段.经BLAST检索、基因结构分析和编码蛋白功能域预测等分析,初步确定所得DNA片段可能是麻竹和龙竹中的FT同源基因的部分序列.     

诸葛菜(Orychophragmus violaceus)查尔酮合成酶基因OvCHS的克隆与序列分析

根据GenBank发布的基因序列,设计PCR引物,分别从诸葛菜(Orychophragmus violaceus)的花瓣基因组DNA和cDNA克隆到查尔酮合成酶基因,并定名为OvCHS,序列已上传至NCBI数据库,登陆号为EF408918。序列分析表明,OvCHS基因的基因组全长为1263 bp,具一个75 bp的内含子,编码区全长为1188 bp,编码395个氨基酸。与模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)查尔酮合成酶基因AtCHS比较发现,两基因编码区有135个碱基不同,相似性为88.64%,氨基酸序列中仅16个氨基酸残基的差异,相似性达95.95%。