Regularities in the E. coli promoters composition in connection with the DNA strands interaction and promoter activity

INTRODUCTION It is well known that the physical properties, namely DNA strands interaction in promoter are connected with their activity. As it was established the two promoter regions ?35 and ?10 are the most important for the promoter functioning, all bases in the ?35 (TTGACA) and ?10 (TATAAT) hexamers were highly conserved (Harley and Reynolds, 1987; Hawley and McClure, 1983). The functional impor- tance of these sequences was proved in many inves- tigations (Record et al., 199…     

Dependence of the E. coli promoter strength and physical parameters upon the nucleotide sequence

The energy of interaction between complementary nucleotides in promoter sequences of E. coli was calculated and visualized. The graphic method for presentation of energy properties of promoter sequences was elaborated on. Data obtained indicated that energy distribution through the length of promoter sequence results in picture with minima at -35, -8 and ＋7 regions corresponding to areas with elevated AT （adenine-thymine） content. The most important difference from the random sequences area is related to -8. Four promoter groups and their energy properties were revealed. The promoters with minimal and maximal energy of interaction between complementary nucleotides have low strengths, the strongest promoters correspond to promoter clusters characterized by intermediate energy values.     

DNA sequence representation by trianders and determinative degree of nucleotides

INTRODUCTION Genomic DNA sequence analysis using wide range of statistical methods (Torney et al., 1999; Bulmer, 1987; Luo et al., 1998; Nieselt-Struwe, 1997; Fickett et al., 1992; Buldyrev et al., 1998; Azbel, 1995) and various symmetry investigations (Findley et al., 1982; Hornos and Hornos, 1993; Bashford et al., 1997; Bhry et al., 1998; Forger and Sachse, 1998; Frappat et al., 1998) is an extremely important tool for extracting hidden information on the dynamic process of evolu…     

Statistical properties of nucleotide clusters in DNA sequences

Using the complete genome of Plasmodiumfalciparum 3D7 which has 14 chromosomes as an example, we have examined the distribution functions for the amount of C or G and A or T consecutively and non-overlapping blocks of m bases in this system. The function P(S) about the number of the consecutive C-G or A-T content cluster conforms to the relation P(S)oce-as;values of the scaling exponent αCG are much larger than αAT; and αAT of 14 chromosomes are hardly changed, whereas αCG of 14chromosomes have a number of fluctuations. We found maximum value of A-T cluster size is much larger than C-G, which implies the existence of large A-T cluster. Our study of the width function ξ(m) of cluster C-G content showed that follows good power law ξ(m)ocm-γ. The average γ for 14 chromosomes is 0.931. These investigations provide some insight into the nucleotide clusters of DNA sequences, and help us understand other properties of DNA sequences.     

Dependence of nucleotide physical properties on their placement in codons and determinative degree

INTRODUCTION It is well-known from the genetic code structure that there exists a connection between codons and physical and chemical amino acid properties (Lewin, 1983). Codon properties in turn are defined by physical properties of the nucleotides from which they are compounded (Ratner, 1985; 2000). The most important properties of nucleotides as complex three-dimensional molecules are their dipole moment, heat of formation and energy of the most stable con- formation (Schneider and Be…     

基于BWT的DNA序列数值刻画及其应用

生物序列的数值刻画在对生物学数据进行分析方面有着重要的作用。通过对DNA序列的BWT序列进行分块处理,给出了DNA序列的一种7维向量表示,利用correlation函数计算序列之间的相似性,并把这种方法应用到15个物种的β球蛋白基因及12个汉坦病毒的相似性分析中。     

用于表达多肽抗原融合基因的杆状病毒系统

以含翻译起始密码子ATG的质粒pSⅪⅤⅥ Ⅹ3/4为转移载体,将多角体蛋白及切除部分5′和3′端的乙型肝炎核心抗原(HBcAg)基因同时插入粉纹夜蛾核型多角体病毒(TnNPV)基因组中,构建了形成多角体的重组毒株。该毒株能利用合成—多角体ⅪⅤ串联启动子,表达由截短的HBcAg序列及其上下游多接头与杆状病毒DNA部分序列组成的融合蛋白基因。SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳、Wcstern印迹与免疫电镜观察的结果表明,融合蛋白基因表达产物的分子量约20.5KD,与理论计算值相符,并保留了HBcAg的抗原性,亦能形成典型的HBcAg颗粒。组建含多克隆点及截去两端序列的HBcAg基因转移载体质粒,使编码多肽抗原的寡聚核苷酸易于克隆,以HBcAg融合蛋白方式在杆状病毒载体系统中表达,并能形成HBcAg为蛋白载体的抗原颗粒结构。     

关于"3-1"数列的几个性质

研究了Lucian Tutescu提出的50多个数论问题中的第四个问题‘3-1’数列的性质,运用初等数论和组合数学的方法,得出了‘3-1’数列的一般项公式、生成函数、前n项部分和公式以及递归公式,结果表明在数论中,许多特殊数列都有其规律性,并可以用同样的方法加以研究..     

家蚕核型多角体病毒p35基因的核苷酸序列分析

对家蚕核型多角体病毒苏州株（ＢｍＮＰＶｓｕ）ｐ３５基因的序列分析表明：ＢｍＮＰＶｓｕ ｐ３５编码序列为８９７ｍｔ,编码２９８ａａ。同源性分析表明：ＢｍＮＰＶｓｕ ｐ３５与ＢｍＮＰＶＴ３、ＡｃＮＰＶ 、ＳＩＮＰＶ在核苷酸水平上同源性分别为９９．５％、９５．１％、８９．３％,在氨基酸水平上的 性分别为９８．７％、８９．４％、７６．４％,显示了杆状病毒ｐ３５基因在进化上的保守性。ＢｍＮＰＶＴ３中位的Ｎ１     

RNAi的革命

通过实验手段向细胞内导入长的双链RNA或者转基因可以产生一些短片段的双链RNA,这些短片段的双链RNA可以通过促使特定基因的mRNA降解来高效、特异地阻断体内特定基因的表达,使细胞出现特定基因缺失的表型,称为RNA干扰(RNA interference,RNAi)。SiRNA(small interference RNA)就是这种短片段双链RNA分子,能够以序列同源互补的mRNA为靶目标,降解特定的mRNA。基本上所有的生物体内也都存在一种内源的小分子RNA,为单链RNA,由基因组转录生成,但是不编码蛋白质,它们的功能在于调节mRNA的翻译,称为miRNA,是由具有发夹结构的前体剪切产生的。RNAi的发现具有划时代的意义,它不仅揭示了细胞内基因沉默的机制,而且有望成为后基因组时代基因功能分析的有力工具,极大地促进了人类揭示生命奥秘的进程。     

变质量系统的能量转移和转化

本文研究了变质量系统的功能原理以及该系统的能量转移和转化问题.     

DNA分类方法的探讨

ＤＮＡ序列分类的方法有很多种．本文给出了两种模型都是在图象的基础上，利用图象的直观、易于分析等优点，找到各种碱基不同的特征，得出一个比较合理的方法． 在建立模型时，先计算出给定的前２０种ＤＮＡ序列中各碱基Ａ，Ｇ、Ｃ、Ｔ的含量 （将一串长序列简化成了四个百分含量数值，大大简化了序列），并以此含量为数据作出直角坐标系下的二维曲线．根据曲线的特征，得出了两个算法，一个是以其中的一个ＤＮＡ序列中碱基的含量大于其它三种含量为特征分出类别，对２１至４０种序列的分类正确率达到 ８０％，对于题中所给的 １８２种序列分类正确率为 ４２％；另一个是通过转化曲线为直线的方法找出符合分类特征的区间，根据是否在此区间内而分出类别，对２１至４０种序列的分类正确率达到１００％，对于题中所给的１８２种序列分类正确率为８５％． 最后，通过对比两种模型的结果，判断出两种模型的优劣，并分析了其中的原因．     

杆状病毒后期启动子在大肠杆菌中启动CAT基因表达的研究

以CAT基因为报道基因,探讨了杆状病毒后期启动子在大肠杆菌中启动表达CAT基因的活性。结果显示在不含多角体基因及其启动子的质粒中,具合成启动子的表达量最高,野生型多角体启动子的表达量次之,而含ⅩⅣ多角体启动子的最低;具相同CAT基因启动子的质粒中,含多角体蛋白基因及其野生型启动子者较不含者强,含合成与ⅩⅣ启动子串联组合者与单纯ⅩⅣ启动子者表达量近乎一致,但均较前者为弱。以上结果表明,杆状病毒后期启动子在大肠杆菌与在昆虫细胞中的启动表达的能力并非完全一致。     

从大实践境域看道家思想及其与儒家、墨家思想的异同

大实践的境域融贯可持续发展、共同发展与全面发展。重视自然、人与社会历史多维度、大时空、全方位地互动、互生,就应反对以纯粹性、本源性和绝对性的名义将自然、人与社会历史形而上学化。道家哲学所法之“自然”,恰恰就是脱离人和社会历史的“非常”之“道”,是没有文明与文化肉身的绝对和纯粹,是抽象的生化与超越之“一”、无何有的“无”、无法理解且不可言说的“玄”。这种人与自然之间原始、抽象、虚拟的统一,引发出了道的绝对性和现实差异的相对性、本体论的绝对主义和认识论的相对主义之诡辩式结合。走出道的形而上学的偏颇,撷取其尊重自然成分的道家思想与儒家重做人、墨家重社会的创见在当代文化思想建设中具有现实的互补作用。     

基于多Agent的风光互补发电场控制系统研究

研究基于用多Agent技术的风光互补发电系统,设计一种风光互补发电电场控制系统,使系统能量输出最优化。     

紫外光谱法研究2-羟甲基苯并咪唑与DNA的相互作用

用紫外光谱法和黏度法研究2-羟甲基苯并咪唑与DNA的相互作用,考察离子强度对两者相互作用的影响。结果表明：在pH=7.40的Tris-HCl缓冲溶液中,DNA使2-羟甲基苯并咪唑的紫外吸收光谱减色且红移,测得2-羟甲基苯并咪唑与DNA的结合常数为5.2×107 L?mol-1。随2-羟甲基苯并咪唑浓度增大,DNA黏度增大,NaCl浓度增加,DNA-2-羟甲基苯并咪唑体系吸光度无明显变化,2-羟甲基苯并咪唑以嵌插作用方式与DNA结合。     

潜能差异性与环境层次性在个性发展中的交互作用

有关教育和个体教育的论述，多离不开人的潜能问题。对人的潜能，人本主义进行了比较多的论述，但其论述仅停留于对潜能同一性的认识，事实上，潜能的差异性不仅构成了个体最初不同的内部状态，而且在人的一生中都持续地发挥着作用，个体就是在这种差异潜能和环境的交互作用中发展起来的。这种交互作用使个体发展和社会发展构成了交互影响的统一体，这一点应引起我们教育和管理工作的高度重视。