基于“酥梨”芽转录组的简单序列重复(SSR)标记开发(英文)

研究目的:基于转录组数据开发具有扩增率高和跨物种转移性的基因组编码区内的SSR(genic-SSR)标记,为梨属植物的分子系统发育关系和遗传多样性相关研究提供新的方法。创新要点:首次利用梨属植物的转录组测序(RNA-seq)数据结合M-13荧光尾巴高效率地开发了104个genic-SSR标记,并成功将其应用于梨属植物的系统发育关系研究中。研究方法:应用生物信息学软件从转录组测序数据中搜索SSR位点和设计相应引物,结合高效的M-13荧光尾巴的方法筛选多态性高的SSR标记。重要结论:转录组数据能够为梨属植物分子系统发育关系和遗传多样性研究提供新的SSR标记来源。     

Development of genic SSR markers from transcriptome sequencing of pear buds

研究目的：基于转录组数据开发具有扩增率高和跨物种转移性的基因组编码区内的SSR（genic-SSR）标记,为梨属植物的分子系统发育关系和遗传多样性相关研究提供新的方法。创新要点：首次利用梨属植物的转录组测序（RNA-seq）数据结合M-13荧光尾巴高效率地开发了104个genic-SSR标记,并成功将其应用于梨属植物的系统发育关系研究中。研究方法：应用生物信息学软件从转录组测序数据中搜索SSR位点和设计相应引物,结合高效的M-13荧光尾巴的方法筛选多态性高的SSR标记。重要结论：转录组数据能够为梨属植物分子系统发育关系和遗传多样性研究提供新的SSR标记来源。     

大数据背景下单细胞转录组测序课程改革思考

随着大数据时代的到来,单细胞转录组测序作为一种强大的技术,为生物学研究提供了前所未有的机会。然而,传统的课程教学模式已无法满足学生对单细胞转录组测序的需求。文章针对这一问题,探讨了在大数据背景下进行的单细胞转录组测序课程改革的思路和策略,并提出了一些实施建议。教师通过引入探究型实验和挑战性学习,可以使学生主动参与问题的探索与解决,培养科学研究能力和创新思维。文章旨在为单细胞转录组测序课程改革提供有益的参考和启示。     

甜橙ERF B3亚组转录因子的鉴定和表达分析

ERF转录因子是AP2/ERF转录因子大家族的一个主要亚家族,ERF转录因子进一步分为包含B3(IX)在内的6～7个亚组.研究表明ERF B3亚组转录因子在植物抗病反应中发挥重要作用.文章在甜橙基因组数据库中筛选了21个CsERF B3亚组转录因子。通过分析感染黄龙病的柑橘转录组数据发现,有9个ERF B3亚组转录因子在道县野橘、宜昌橙和/或甜橙中有差异表达。在外源激素诱导的表达分析中发现6个甜橙ERF B3亚组转录因子有差异表达.进一步研究发现甜橙ERF B3亚组转录因子为核定位蛋白,且具有转录激活活性.这为研究甜橙ERF B3亚组转录因子在植物抗病反应中的功能分析提供理论基础.     

盐生海藻杜氏盐藻的转录组测序以及注释（英文）

目的:解析杜氏盐藻代谢过程,主要关注盐胁迫下累积的代谢物(渗透平衡产物、多胺和类胡萝卜素)的代谢。创新点:本研究通过高通量测序产生了大量来自杜氏盐藻整个生长周期的转录组数据,描述了杜氏盐藻在盐胁迫下累积的渗透平衡产物、多胺和类胡萝卜素的代谢过程。另外通过该手段也进一步分析了盐胁迫处理下,抑制精胺合成底物的供应可能会缓解盐藻增殖对胡萝卜素含量的影响。方法:以来自3个不同生长时期的杜氏盐藻为材料,进行大规模转录组测序。在转录组功能注释的基础上,预测了杜氏盐藻盐胁迫下累积的渗透平衡产物(图3)、多胺(图4)和类胡萝卜素(图5)的代谢路径。利用相对定量聚合酶链反应(qP CR)技术构建了相关代谢路径中关键基因的表达谱(图6)。结论:通过杜氏盐藻转录组测序共获取了39 820条单一序列。在功能注释和聚类分析的基础上预测了杜氏盐藻盐胁迫下累积的渗透平衡产物(甘油和脯氨酸)、多胺以及类胡萝卜素的代谢路径。相关代谢途径的关键酶的表达谱分析,说明盐能够调节甘油、脯氨酸以及多胺的代谢过程。抑制精胺合成底物的供应可能会缓解盐藻增殖对胡萝卜素含量的影响。     

生命科学中的众多“组学”

随着生命科学的发展,越来越多的以"组学"结尾的名词不断涌现,本文简要介绍基因组学、蛋白质组学、转录组学、代谢组学、糖组学、脂类组学等的主要研究内容。     

小麦抗冻基因sod的克隆及表达分析

为研究低温胁迫前后小麦抗冻基因转录水平的表达差异,以不同生态类型的8个小麦品种为试验材料,克隆其超氧化物歧化酶基因sod并进行表达分析。结果表明,低温胁迫条件下,春性品种sod基因转录水平表达量显著提高,而其他生态类型的sod基因转录水平表达量无明显变化。     

VEGF-A对小鼠肾脏促红细胞生成素调控作用研究

为了研究血管内皮生长因子VEGF-A对肾脏促红细胞生成素EPO的表达调控以及相关基因和通路的影响,我们利用VEGF可逆抑制小鼠模型,将小鼠模型分为VEGF-A正常组(dox+)和VEGF-A抑制组(dox-)(n=8)。取小鼠肾脏组织提取总RNA,qPCR检测VEGF-A以及部分相关基因的mRNA表达量,进行转录组测序,通过FPKM和log₂(FC)一值筛选差异基因进行GO和KEGG通路富集分析。结果发现,dox-组较dox+组VEGF-AmRNA水平明显降低;两组小鼠转录组测序数据分析发现共有1 282个差异基因,其中上调基因803个,下调基因479个;通过对差异基因进行GO和KEGG富集分析发现,差异基因主要参与T细胞活化、脂肪细胞分化产热等,主要定位在细胞外基质以及质膜外侧等位置,且富集于PI3K-AKT信号通路。因此我们得出结论,抑制小鼠VEGF-A的表达可以促进EPO表达上调,从而影响PI3K-AKT信号通路相关基因水平表达。     

徽州臭鳜鱼发酵过程中微生物多样性分析

臭鳜鱼是我国传统的发酵鱼制品,臭鳜鱼的品质与发酵过程中的微生物群落有密切联系.为了研究臭鳜鱼发酵过程中微生物群落的多样性,本实验采用16S rRNA测序分析不同发酵时期的臭鳜鱼体内微生物群落的动态变化.通过Alpha多样性指数分析预测臭鳜鱼在发酵过程中,逐渐表现出适应原料发酵要求的功能群落,并且这些功能群落在臭鳜鱼发酵条件下大量增殖,占据主导地位,提升了细菌的总体丰度.在门水平上物种相对丰富度Top5的物种分别为变形菌门、厚壁菌门、放线菌门、梭杆菌门和弯曲杆菌门,厚壁菌门随着发酵时间的推移,逐渐占主导地位,是发酵中后期(发酵第6-10天)的优势菌种.在属水平上,发酵中后期的嗜冷杆菌属、漫游球菌属和乳杆菌属逐渐占据优势地位,可能对发酵鳜鱼风味的形成发挥重要作用.结果表明臭鳜鱼不同发酵时期的细菌多样性具有明显差异,同时本研究也为臭鳜鱼标准化发酵提供了基础数据.     

卵菌基因组学研究进展

卵菌是一类真核生物,包括许多植物病原菌,引起许多作物、花卉等发生灾难性病害.卵菌具有独特分类地位的群体,由于表现出丝状等特性传统上被划分到真菌界中.近年来,随着基因组学理论和技术的发展,大量的卵菌基因组相关的数据库被建立.本文综述了现有的卵菌基因组资源以及卵菌分子遗传学的研究进展.重点论述了卵菌基因组的大小、组成和不稳定性以及卵菌的基因结构与功能基因组等五个方面,并分析了卵菌基因组的特点.     

南五味子属植物中的木脂素成分研究进展（1990-2007）

对南五味子属植物中的木脂素成分进行了综述。近十多年来,从南五味子属植物的不同植物中分离得到100余个木脂素类化合物,这些化合物具有抗病毒、抗氧化和细胞毒等活性。     

遗传多样性的检测途径及其对濒危植物保护的意义

遗传多样性是生物多样性的重要组成部分，从一定意义上讲是它的基础和核心。近年来有关遗传多样性的研究越来越多，手段也越来越先进，这些先进的研究途径能使我们快速、准确了解各种植物遗传多样性。同时它们在了解种源的适应性、物种起源、资源分布、基因资源保护等方面都具有十分重要的意义，从而为制定珍稀濒危植物的保护策略提供理论依据。     

凤阳地区外来药用植物生长状况的探讨

本文论述了凤阳地区外来有代表性的分别属于50多个科属的100余种药用值物。用生态地理学的观点,对比分析的方法,对不同地带引进的药用植物其生态环境适应范围进行比较分析,初步探讨了在凤阳地区引种药用植物的范围和种类,为本地区引种药材和园林绿化提供科学依据,同时也为引种驯化其它经济植物提供了可靠参考资料。     

秦岭南坡蜜源植物资源研究

秦岭南坡植物区系丰富,种类繁多,有多样化的野生植物资源．秦岭南坡陕南有重要的蜜源植物10科、12属、17种、3变种和有毒的蜜源植物9科、9属、14种．     

‘Loveable’ mammals and ‘lifeless’ plants: how children's interest in common local organisms can be enhanced through observation of nature

This study investigated which plants and animals Swiss children found most attractive and evaluated the effect of an educational programme on children's preferences for species. More than 4000 pupils (8–16 years old) from 248 classes participated in the study. Possible effects of the programme were studied with the help of questionnaires using a pretest/post‐test design with an experimental group that participated in the programme and a control group that did not. Before the start of the programme most children found decorative or garden species among plants, and pets and exotic species among animals, most attractive. However, the more wild plants and animals children noticed in their local environment and could name, the more did they appreciate these organisms. Moreover, the more additional wild plants the children noticed due to the programme, the higher was the increase in their appreciation of these species. This supports the hypothesis that children may appreciate animals other than pets and exotic species and even inconspicuous wild plants if they know them.     

桂林市海阳山植物资源初步调查

对桂林市海阳山植物资源做了系统调查分析,调查发现海阳山共有野生维管植物62科90属110种,其中被子植物所占比例较大,共有53科.植物资源相对较为丰富,尤其中草药植物共有70种,因此,应注意加强对海阳山植物资源的保护.     

Supporting programme teams to develop sequencing in higher education curricula

Curriculum sequencing is central to promoting a coherent student experience. Yet in the higher education context, the concept and practice of curriculum sequencing have not been fully explored. This research examined how seven programme teams approached the issue of sequencing across two Irish higher education institutions. A phenomenological approach was used to explore actions, challenges, and enhancers to sequencing. The three key themes emerging were: developing a collective philosophy; communicating the sequencing clearly; and, developing strong building blocks. Ideas are presented on how academic developers can work with academic staff to improve sequencing in their curricula.