甜菜BvPT1;4和BvPHO1基因的克隆和生物信息学分析

磷素是植物的生长发育所必需的元素之一.为探究甜菜应对低磷胁迫吸收转运磷的机制,挖掘甜菜磷酸盐转运蛋白基因,采用同源克隆技术从甜菜克隆到两个编码磷酸盐转运蛋白的基因,命名为BvPT1;4和BvPHO1.生物信息学分析表明BvPT1;4蛋白编码526个氨基酸残基,蛋白分子量为57859.43 Da,等电点为8.76,是一个...     

花生致敏蛋白Ara h 1的电子克隆及生物信息学分析

花生致敏已成为重要的食品安全问题,花生蛋白中含有的Ara h 1是重要的致敏蛋白.运用生物信息学的电子克隆方法得到Shanyou523、Luhua14、USDA-Tifton三个花生品种的Ara h 1基因,并进行序列特征分析、多序列比对和结构域分析,探讨蛋白质水平的氨基酸差异与其致敏性的关系.     

miRNA-222调控CDKN1b和CDKN1c表达促进乳腺癌细胞增殖和迁移的机制研究

通过检测乳腺癌样本和正常组织样本中miR-222表达量,转染miR-222模拟物（mimics）和抑制物（inhibitors）,用CCK-8和Transwell检测miR-222对乳腺癌细胞增殖能力和迁移能力的影响．进一步预测miRNA-222的靶基因,构建其过表达载体和预测靶基因的荧光素酶报告载体．通过双荧光素酶检测系统鉴定靶基因,点突变实验验证与靶基因的结合位点．RT-PCR检测miRNA-222过表达或抑制后对靶基因表达的影响．分析CDKN1b和CDKN1c高、低表达水平与乳腺癌患者生存率的关系．结果表明与正常乳腺组织比较,肿瘤组织中miR-222表达显著上升（P<0.0001）,miR-222的表达与淋巴结转移呈正相关．miR-222过表达后能促进乳腺癌细胞的增殖和迁移,反之则会抑制乳腺癌细胞的增殖和迁移．双荧光素酶报告系统显示miRNA-222过表达能显著抑制CDKN1b和CDKN1c的荧光素酶活性,点突变实验证实miR-222通过“种子区”与CDKN1b、CDKN1c的靶位点结合,从而负向调控CDKN1b和CDKN1c的表达．过表达miRNA-222后CDKN1b和...     

人类新基因HBVDNAPTP1结合蛋白的生物信息学分析

[目的]应用生物信息学分析人类新基因乙型肝炎病毒(HBV)DNA聚合酶(Polym erase)反式调节蛋白(HBVDNAPTP1)结合蛋白(HBVDNAPTP1BP).[方法]利用生物信息学技术分析HBVDNAPTP1BP基因的染色体定位与组织表达,以及编码蛋白的化学物理性质与结构特征.[结果]HBVDNAPTP1BP基因染色体定位于1号染色体短臂3区5带1亚带,可在组织中低表达,但在多个组织中无表达.HBVD-NAPTP1BP的相对分子量为11 905.6,理论pI为7.72,不同条件下的消光系数为14 230 M-1cm-1或13 980M-1cm-1(280 nm),在体外哺乳动物网状细胞中的半寿期为30 h,并且无卷曲螺旋区域,但具有3个较强的疏水区域.HBVDNAPTP1BP无特殊二级结构,仅有1个蛋白激酶C磷酸化位点,不具有跨膜螺旋结构,无信号肽序列,定位于细胞核中.[结论]应用生物信息学对HBVDNAPTP1BP进行了分析,为进一步研究其生物学功能及其在乙型肝炎、肝细胞癌中的作用机制提供了依据和线索.     

日本七鳃鳗pcna基因克隆、生物信息学分析及真核表达

增殖细胞核抗原(proliferating cell nuclear antigen,PCNA),也称周期蛋白或DNA聚合酶的辅助蛋白,是真核细胞合成所必需的核蛋白,在DNA复制中起重要作用。前期实验发现日本七鳃鳗肝脏cDNA文库的表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)中存在与高等脊椎动物pcna基因同源的序列。提取日本七鳃鳗(Lampetra japonica)肝脏组织RNA,通过RT-PCR方法扩增七鳃鳗pcna基因,对其进行生物信息学分析,并将Lj-pcna基因成功构建到pGFP-N2真核表达载体上,重组质粒PGFP-N2-Lj-pcna转染人Hela细胞,荧光显微镜下观察有荧光蛋白的表达。日本七鳃鳗pcna基因的真核表达载体成功构建和转染,为探讨七鳃鳗pcna基因功能研究及其它七鳃鳗相关研究提供条件。     

家蚕bHLH转录因子BmASCa_4基因的生物信息学分析及功能预测

家蚕的基因测序工作已于2003年10月完成,但是对于其bHLH转录因子BmASCa4基因的生物信息学分析及功能预测鲜有报道。文章利用生物信息学的方法,就家蚕bHLH转录因子BmASCa4基因结构及功能进行了分析,研究结果表明：家蚕bHLH转录因子BmASCa4基因结构信息只来自一条EST序列,该基因在编码区内无内含子;BmASCa4由l＇sc基因编码,在促进神经前体的形成中发挥作用。     

绵羊IGF-Ⅰ基因剪接异构体克隆及生物信息学分析

胰岛素样生长因子-1(insulin like growth factor I,IGF-Ⅰ)是机体重要的生长因子,可作为培育高产、优质的毛用、肉用家畜新品种时重要的候选基因,但其在转录过程中存在着选择性剪接现象。本研究成功克隆得到了绵羊IGF-Ⅰ基因Ⅰ类Ea型和Eb型两种剪接异构体,并结合生物信息学方法对其结构与功能进行分析。研究结果表明,克隆得到的绵羊IGF-Ⅰ基因Ⅰ类Ea型与GenBank数据库信息相一致,预测编码154个氨基酸;IGF-Ⅰ基因Ⅰ类Eb型为新发现的剪接异构体,预测编码188个氨基酸。信号肽分析显示两剪接异构体均在49~50位氨基酸处存在潜在的信号肽切割位点;系统进化树分析显示两种剪接异构体在进化上均与哺乳动物更为接近,与灵长类、啮齿类和两栖类较远;蛋白理化性质分析显示,两剪接异构体在等电点及亲疏水性上存在部分差异,但总体上表明疏水性较弱,亲水性较强,为亲水性氨基酸;亚细胞定位结果表明二者均为分泌型蛋白质,主要存在于分泌途径;两剪接异构体均存在两个跨膜螺旋,但不存在明显的跨膜区,不是跨膜蛋白,二者含有不同数量的糖基化位点和磷酸化位点;蛋白质二级结构分析显示两剪接异构体均以α-螺旋为主,蛋白质三级结构分析显示为明显的弯曲状螺旋结构。     

甜橙CsLOB1基因克隆、表达及干涉载体构建

为探讨高感溃疡病‘纽荷尔’脐橙CsLOB1基因序列特征及其响应柑橘溃疡菌侵染表达特点,利用同源序列法从‘纽荷尔’脐橙叶片中克隆得到CsLOB1基因CDS全长并进行序列分析.实时荧光定量法检测‘纽荷尔’脐橙叶片接种溃疡菌后CsLOB1基因表达变化.结果表明,CsLOB1基因CDS序列全长714 bp,编码237个氨基酸.理化性质预测分析表明CsLOB1蛋白为亲水性蛋白质;保守域预测表明,CsLOB1蛋白含有LBD基因家族LOB保守结构域.系统进化树分析表明,‘纽荷尔’脐橙与克里曼丁橘CsLOB1蛋白同源性高于其它非柑橘类植物.实时荧光定量PCR分析显示,柑橘溃疡菌接种后,‘纽荷尔’脐橙叶片CsLOB1基因表达显著上调.采用gateway克隆技术进一步构建CsLOB1基因RNAi干涉载体,为柑橘抗溃疡病种质的创建建立基础.     

二化螟隐花色素基因cryptochrome1和cryptochrome2的克隆与表达谱分析

隐花色素基因(cryptochrome,简称cry)是一类生物钟基因,参与生物体昼夜节律调控。本实验克隆了二化螟2个隐花色素基因,分别命名为Cs-cry1和Cs-cry2(Genbank登录号分别为HG780135和KF977409),其分别包含1605 bp和2289 bp的开放阅读框,分别编码由534和762个氨基酸组成的蛋白;Cs-cry1与其它鳞翅目昆虫cry1的相似性较高,而Cs-cry2与其它鳞翅目昆虫cry2的相似性较高,这与系统进化分析结果相一致;半定量RT-PCR研究表明Cs-cry1和Cs-cry2基因在二化螟成虫触角、头、雄、腹、足和翅等不同组织中均有表达。实验结果为二化螟昼夜节律分子机制研究提供了理论依据。     

耐辐射异常球菌渗透诱导蛋白基因osmC的克隆表达纯化及生物信息学分析

耐辐射异常球菌(D.radiodurans R1)osmC基因(DR_1538)编码的渗透诱导胁迫蛋白是一种在氧化胁迫中起重要作用的过氧化物酶.用PCR方法从耐辐射异常球菌中扩增出osmC基因的全长序列(441bp),采用原核表达系统对其进行表达纯化,获得了分子量大小约为18.7 kDa的带有His标签的融合蛋白.利用在线网站对OsmC蛋白的生物信息学分析,结果表明:OsmC蛋白由146个氨基酸组成,理论等电点为5.81,为亲水性蛋白;二级结构主要是由α-螺旋及不规则卷曲组成.OsmC蛋白的纯化及生物信息学分析为后续深入研究其功能奠定了基础.     

泉州湾可口革囊星虫MnSOD全长cDNA的克隆及其生物信息学分析

根据已克隆得到的泉州湾可口革囊星虫MnSOD基因片段（GenBank登录号为EF 062359）,采用5’RACE和3’RACE技术从泉州湾可口革囊星虫体壁中克隆获得MnSOD的cDNA全长序列.该基因全长988bp（GenBank登录号为JX117903）,其中开放阅读框（ORF）长681bp,编码226个氨基酸,是不具跨膜区结构的亲水性稳定蛋白;预测分子量为25.15ku,理论等电点pI为5.96,分子式为C1 128H1 722N314O330S6;α螺旋是其蛋白质二级结构的主要元件,在氨基酸多肽链上有4个Mn结合位点,有3个二硫键位点.四聚体三维结构模型预测结果显示该MnSOD含12个α螺旋和3个β折叠构成一个篮子状的活性中心.泉州湾可口革囊星虫MnSOD基因与其他动物的胞质MnSOD在序列组成、结构及活性位点等方面存在高度相似性.     

药用植物中鲨烯环氧酶的生物信息学分析

从系统进化角度对药用植物中三萜皂苷合成通路中的关键酶——鲨烯环氧酶(Squalene epoxidase,SE)进行生物信息学分析。通过检索已发表的相关文献,从NCBI数据库中下载文献中实验验证的SE基因序列,然后使用生物信息分析软件对所搜集序列进行同源性分析,并构建系统进化树。结果表明,刺五加与拟南芥、丹参的同源性较高,刺五加actin1,2,3SE(拟南芥)和刺五加actin SE(丹参)亲缘关系较近,而枇杷SE(拟南芥)的亲缘关系较远。     

猪IGFBP3基因生物信息学分析

目的:对猪胰岛素样生长因子结合蛋白(IGFBP3)基因的结构与功能进行生物信息学分析.方法:用分子生物学软件分析猪IGFBP 3基因序列和IGFBP3蛋白的理化性质、二级结构、结构域、信号肽、跨膜结构、磷酸化和糖基化位点,以及不同动物IGFBP3氨基酸序列的同源性和遗传进化.结果:猪IGFBP3基因编码区长882个碱基对(bp),编码293个氨基酸.猪IGFBP3蛋白分子式为C1359 H2182 N418 O411 S24,相对分子质量为31722.27,理论等电点为8.97,不稳定系数为48.17,脂肪系数为61.06,平均亲水系数为-0.592.IGFBP3蛋白存在1个长27个氨基酸残基的信号肽,但无跨膜结构,二级结构以无规卷曲(65.87％)和α螺旋(20.82％)为主,含1个胰岛素生长因子结合蛋白同源物(IB)结构域和1个甲状腺球蛋白Ⅰ型重复(T Y)结构域,有26个磷酸化位点(包括17个丝氨酸位点、5个苏氨酸位点和4个酪氨酸位点)和3个N-糖基化位点.序列同源性方面猪IGFBP3蛋白与水牛、黄牛、山羊、绵羊、猫、狗、小鼠、大鼠、鸡和鸭的氨基酸序列同源性分别为91.2％、90.8％、87.8％、87.8％、87.2％、86.9％、82.3％、81.2％、73.9％ 和73.3％.系统进化树构建显示,猪IGFBP3蛋白与水牛、黄牛、绵羊和山羊的亲缘关系最近.结论:预测结果为进一步研究猪IG FB P3基因及其编码蛋白的结构和生物学功能提供基础.     

2006年深圳市畜禽肉类食品安全抽查结果分析

为了了解深圳市食品安全状况，有目的地进行管理，确保食品消费安全，采用购买方式对全市超市、农贸市场、餐馆酒楼和集体食堂待销售或待烹饪的畜肉类食品，如猪肉、牛肉和猪肝，及禽肉类食品等进行抽样检查，按照国家、行业和地方标准评价并计算抽查结果的合格率。结果显示，全市畜肉类食品抽查平均合格率为79．4％，其中猪肉合格率为95，0％，牛肉合格率为83．3％，猪肝合格率为60．0％，不同畜肉品种合格率比较有较显著性差异（p〈0，001）：全市禽肉类食品抽查平均合格率为63，3％，其中鸡肉合格率为83．3％，鸭肉合格率为39，2％，鸡肉与鸭肉合格率比较有极显著性差异（p〈0.001）：超市、农贸市场、餐馆酒楼和集体食堂4个不同抽样点的畜、禽肉合格率比较无显著性差异（p〉0.05）。深圳市肉类食品安全状况总体良好，但仍存在不安全因素，提示政府卫生监管部门仍需加大对食品安全监管力度。     

不同的理念导致不同的实践--"非典"报道与禽流感报道的比较研究

在突发事件报道的问题上存在着两种理念：一种是负面信息的封锁理念，可以“非典”危机的前期传媒表现为证；另一种是负面信息的疏导理念，可以禽流感的报道作说明。不同的理念导致不同的实践。实践证明，以封锁信息来避免社会恐慌的做法不但不能奏效，反而有害；负面信息并不一定会引起社会恐慌，传媒向社会公众提供及时、准确、全面的信息反而能避免社会恐慌，化害为利。     

新牧1号苜蓿MvDREB基因的克隆和序列分析

以新牧1号苜蓿为研究材料,采用RT-PCR方法,设计特异引物,从新牧1号苜蓿中克隆获得MvDREB基因cDNA,测序结果该片段全长为651 bp,Genbank登录号为GU073286.生物信息学分析结果表明,该基因序列与紫花苜蓿核苷酸序列相似度达99%,编码216个氨基酸,MvDREB蛋白氨基酸序列分析比对显示该蛋白属于AP2/ERF家族的亲水性核蛋白,蛋白质分子量为24873.1,理论等电点pI为5.90,不稳定参数为45.07.