从叶绿体DNA trnL-F序列论双参属的归属问题

双参属Triplostegia Wall．ex DC．由分布于东南亚地区的2个种组成，为多年生草本植物。它的归属一直存在争议，有时置于川续断科Dipsacaceae或败酱科Valerianaceae，有时单立一科，即双参科Triplostegiaceae。本研究对广义川续断目Dipsacales s．l．的21种植物(分别来自于败酱科、川续断科、双参属、刺参属Morina、广义忍冬科Caprifoliaceae s. l．、五福花科 Adoxaceae)和外类群人参Panax schin-seng Nees．的叶绿体 DNA trnL-F区进行了测序，并建立系统发育树状图。结果显示，败酱科、川续断科、双参属、刺参属和广义忍冬科的4个属(双盾木属Dipelta、虫胃实属Kolkwitzia、六道木属Abelia和北极花属Linnaea)形成 了一个单系群并得到了很强的支持(100％ bootstrap)；双参属与川续断科有更近的关系，建议作为一个亚科置于川续断科；广义忍冬科为一多系类群；而刺参属与其他广义川续断目类群之间的关系尚不能确定。     

红豆杉科及三尖杉科的分子系统发育——兼论竹柏属的系统位置

测定了红豆杉科、三尖杉科、罗汉松科及松科共9属13种植物的matK基因序列,发现3′端的单碱基插入造成mat k基因在这些类群间有较大的长度变异(1488∽1548bp),其它插入或缺失的长度为3、6或9bp(白豆杉中有一个长为27bp的缺失),且绝大多数插入或缺失事件具有系统发育信息。matK基因中,密码子第1、2及3位的变异率较为相近,平均同义替代率约为平均非同义替代率的2倍。以松科2属3种植物为外类群,运用PAUP软件进行的系统发育分析仅得到一棵最简约树(步长为895,CI=0．850,RI=0．876),该简约树的各分支均得到bootstrap分析的极强支持。结果表明：红豆杉科与三尖杉科均为单系群,二者互为姐妹群;白豆杉属与穗花杉属为红豆杉科中两个很自然的属,白豆杉属为红豆杉属的姐妹群,穗花杉属为榧树属的姐妹群。竹柏属与罗汉松属聚为一支,二者间的亲缘关系得到boot-strap分析的100％支持,从分支分类学及遗传距离角度,作者不赞同将竹柏属提升为科。     

铁破锣属的系统位置——ITS(nrDNA)序列证据

对Beesia calthifolia等5种金莲花亚科植物的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列及5．8S rRNA基因的3′端序列进行了测定。这几种金莲花亚科植物的ITS-1的长度范围为225～232 bp,ITS-2 的长度范围为201～217 bp。B．calthifolia的ITS-1(227 bp)和ITS-2(215 bp)的长度及序列均与升麻 属及类叶升麻属植物相近,其5.8S rRNA基因的3′端序列也近乎与升麻属及类叶升麻属植物完全一致 (仅一个碱基缺失的差异),但其在上述几方面均与金莲花属植物相差甚远。以Ranunculus enysii作为 外类群,运用PAUP软件进行的系统发育分析表明:B．calthifolia,Cimicifuga acerina,C．brachycarpa 和Actaea asiatica形成一个单系群,并得到bootstrap分析的极强支持,B．calthifolia位于这一单系群的 基部。这一DNA序列分析结果与来自植物化学、孢粉学和细胞学的研究结果相吻合,更进一步支持铁破锣属是升麻族的自然成员,并可能是升麻族中一个最原始的类群。     

紫乌头复合体nrDNA的ITS序列与系统发育分析

对乌头属 Aconitum L. 27个类群的nrDNA ITS序列进行了简约法与邻接法分析，两种方法得到的系统发育树基本一致。乌头亚属subgen. Aconitum 的蔓乌头系 ser. Volubilia 不是一个单系类群，显柱乌头系 ser. Stylosa 与兴安乌头系ser. Ambigua 各自作为单系类群也没有得到支持。特产于云南西北部横断山区的一些种之间存在非常近的系统发育关系，说明这些种可能是近期物种形成的产物。紫乌头 A. delavayi 复合体的不同类群在系统发育树上位     

睡莲科的系统发育:核糖体DNA ITS区序列证据

以金鱼藻Ceratophyllum demersum为外类群,使用PAUP4.0b4A软件对睡莲科Nymphaeaceae植物7属11个代表种的ITS区序列进行了系统发育分析。采用最大简约法分析获得了3个最简约树,步长为1125,一致性指数(CI)和维持性指数(RI)值分别为0.7618和0.7214。利用3个最简约树获取严格一致树。结果表明:(1)莲属Nelumbo位于系统树的基部,自展支持率为100%,可从睡莲科中独立出来成立莲科Nelumbonaceae和莲目Nelumbonales;(2)萍蓬草属Nuphar是一单系类群,位于分支Ⅱ的基部,并和睡莲科其他属(不包括莲属)植物聚在一起构成姐妹群,故萍蓬草属仍应置于睡莲科中;(3)水盾草属Cabomba和莼菜属Brasenia聚成一小支并构成姐妹群,自展支持率为99%,说明这两属之间亲缘关系较近;(4)睡莲属和芡实属Euryale、王莲属Victoria聚成一小支并构成姐妹群,自展支持率为94%,说明三者亲缘关系较近,仍应置于睡莲科中。     

睡莲科的系统发育:核糖体DNA ITS区序列证据

以金鱼藻Ceratophyllum demersum为外类群,使用PAUP4.0b4A软件对睡莲科Nymphaeaceae植物7属11个代表种的ITS区序列进行了系统发育分析。采用最大简约法分析获得了3个最简约树,步长为1125,一致性指数(CI)和维持性指数(RI)值分别为0.7618和0.7214。利用3个最简约树获取严格一致树。结果表明:(1)莲属Nelumbo位于系统树的基部,自展支持率为100%,可从睡莲科中独立出来成立莲科Nelumbonaceae和莲目Nelumbonales;(2)萍蓬草属Nuphar是一单系类群,位于分支Ⅱ的基部,并和睡莲科其他属(不包括莲属)植物聚在一起构成姐妹群,故萍蓬草属仍应置于睡莲科中;(3)水盾草属Cabomba和莼菜属Brasenia聚成一小支并构成姐妹群,自展支持率为99%,说明这两属之间亲缘关系较近;(4)睡莲属和芡实属Euryale、王莲属Victoria聚成一小支并构成姐妹群,自展支持率为94%,说明三者亲缘关系较近,仍应置于睡莲科中。     

线粒体nad1基因内含子在稻族系统学研究中的价值——兼论Porteresia的系统位置

在植物的系统与进化研究中，相对于叶绿体和核基因片段来说，线粒体基因片段由于其分辨率较低、结构复杂而较少应用到系统学研究中。本研究选用nad1基因的第2内含子序列探讨了稻族Oryzeae的系统发育关系，并着重分析了单型属Porteresia的系统学位置，并在此基础上探讨了nad1基因内含子序列的系统学意义以及空位性状在系统发育重建中的价值。本研究结果支持将稻族分为两个亚族（Oryzinae和Zizaniinae）的处理，稻族中假稻属Leersia与稻属Oryza最近缘，Porteresia coarctata不应该单独成属而应处理为稻属的成员。本研究表明，nad1第2内含子具有一定的系统发育信息，尤其是在较高分类等级的系统发育重建中具有较大价值；同时表明空位的合理利用将在已有序列信息基础上提供更多的系统发育信息。     

rDNA片段的序列分析在苦苣苔亚科系统学研究中的应用

本文测定了苦苣苔亚科4族、5属、5种植物的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列及5．8s rRNA基因的3′端序列。这几种苦苣苔亚科植物的ITS-1的长度范围为234～258 bp,ITS-2的长度范 围为218～246bp。Whytockia bijieensis的ITS-1(258bP)和ITS-2(218 bp)在长度、序列及GC含量上 均与其它几个种有较大差异,其代表的尖舌苣苔族可能很早就自苦苣苔亚科的祖先沿单独的一个分支 演化。以w．bijieensis作为功能性外类群,运用PAUP软件分析仅得到一个最简约树。在简约树上, Cyrtandra umbelliferm、Briggsia longipes和Anna mollifolia形成一个单系群,bootstrap分析对该分支的 支持强度达97％,Chirita crasslfolia位于该分支的基部。由于系统树上Cyrtandra umbellifera代表的 浆果苣苔族和Anna mollifolid代表的芒毛苣苔族均起源于长蒴苣苔族,结合这3个族在形态上存在过渡系列,建议将浆果苣苔族和芒毛苣苔族均并入长蒴苣苔族。     

蹄盖蕨科的系统发育: 叶绿体DNA trnL-F区序列证据

蹄盖蕨科Athyriaceae是蕨类植物中一个复杂的大科，由于属间关系不甚清楚，该科分类系统还有一些问题，比如新蹄盖蕨、拟鳞毛蕨属、假冷蕨属、肠蕨属、短肠蕨属和菜蕨属的系统位置常有争议。根据蹄盖蕨科34种植物和3种外类群植物的叶绿体DNA trnL-F区序列建立了系统发育树，结果显示:1.trnL_F区序列分析的结果与rbcL基因序列分析的结果几乎一致。2.新蹄盖蕨属Neoathyrium Ching&Z.R.Wang不应成立，该属应与角蕨属Cornopteris Nakai合并。3.假冷蕨属Pseudo     

松科系统发育的分子生物学证据

 运用PCR方法分别从松科8属、9种植物中扩增出一长约2550bp的cpDNA片段，这一片段包括rbcL、trnR、部分accD及基因间的非编码区(相对于黑松cpDNA中的同源片段而言)。运用18种限制性内切酶对这一cpDNA片段进行酶切分析，共获得86个酶切位点，其中54个为变异位点。运用PAUP(version 3．1．1)和Mega(version 1．01)软件对数据进行分析，结果Wagner简约树和Neighbor-Joining树反映出的松科系统发育关系基本一致：银杉属、松属、黄杉属和落叶松属形成一个单系群，且银杉属与松属的亲缘关系更近于与另外二属的关系，但这一结果未得到Bootstrap分析的较强支持；落叶松属近缘于黄杉属；冷杉属近缘于油杉属。此外，松科中的冷杉亚科和落叶松亚科均不是单系类群，将松科划分为冷杉亚科、落叶松亚科和松亚科三个亚科的系统(郑万钧，傅立国，1978)是不自然的。     

用核糖体DNA的ITS序列探讨裂叶沙参的系统位置——兼论ITS片段在沙参属系统学研究中的价值

本文采用PCR直接测序方法，对来自沙参属全部2组7亚组的10个种和作为外类群的风铃草属2个种的核糖体DNA　ITS片段进行了序列分析。在重点探讨裂叶沙参分类地位的同时，分析了ITS片段序列在沙参属系统发育重建中的价值。结果表明，在沙参属中，ITS片段在长度、GC含量和位点变异量上均比较一致；长度539bp～541 bp，GC含量57％～60％，信息位点只占总位点的3．9～6％。采用PAUP软件进行的系统发育分析表明，裂叶沙参A．lobophylla与大花盘亚组的A．himalayana组成一支，而不是象以往形态学和杂交试验所推断的与泡沙参A．potaninii或A．stenanthina近缘。可见，ITS序列进一步支持将裂叶沙参移出泡沙参复合体甚至移出有齿亚组的推论，但同时也表明将其作为A．stenanthina的近缘种是不适宜的。尽管本研究所测定的类群已涵盖了整个沙参属，但种间序列的两两比较表明，沙参属种间在ITS片段上的分化很小(0.0～3.9％)，相比之下，沙参属类群与风铃草属类群间的分化却很高(17.8％～19.2％)。这大概和沙参属起源较晚、遗传分化较小有关。本文还就ITS片段在沙参属和桔梗科系统学研究中的价值进行了讨论。     

根据ITS序列证据重建防己科蝙蝠葛族的系统发育

 研究了国产防己科蝙蝠葛族tirb．Menispermeae9属20种和外类群青牛胆族trib．Tinosporeae 2属3种植物完整的ITS(包括5.8S rDNA)序列。trib．Menispermeae的ITS长527～601 bp，排序后长667bp。当gap处理为missing时具281个有信息位点。PAUP软件分析结果表明：①trib．Menispermeae是一个单系类群，该分支得到hootstrap l00％的支持；②确定了存疑种Pachygone valida的系统学位置，该种是Coc—culus属的成员；③Sinomenium和Menispermum两属有很近的系统学关系，组成族内稳定的一支，它们的ITS序列同源性极高，ITS1比族内其它属长41～73bp；④Stephania和Cyclea也是系统发育关系很近的两个类群。前者具两个主要分支，其IIS1、ITS2的G+C含量差异较大，在种类组成上，该两大支与传统上Stephania属内处理的2个亚属——千金藤亚属subgen．Stephania和山乌龟亚属subgen．Tuberiphania基本一致；Cyclea属内种间的ITS序列差异小，同源性极高。     

单子叶植物高级分类阶元系统演化：matK、rbcL和18SrDNA序列的证据

基于两个叶绿体基因（matK和rbcL）和一个核糖体基因（18S rDNA）的序列分析．对代表了基部被子植物和单子叶植物主要谱系分支的86科126属151种被子植物（单子叶植物58科86属101种）进行了系统演化关系分析．研究结果表明由胡椒目Piperales,樟目Laurales、木兰目Magnoliales和林仙且Caneliales构成的真木兰类复合群是单子叶植物的姐妹群,单子叶植物的单系性在3个序列联合分析中得到98％的强烈自展支持,     

rbc L基因序列分析对连香树科和交让木科系统位置的重新评价——兼论低等金缕梅类的关系

测定了悬铃木科和金缕梅科5个亚科的6个代表种的rbcL基因序列,对低等金缕梅类植物及新 近提出的相关类群进行了分子系统发育分析,获得4个最简约树。简约树步长为893,其CI值和RI值 分别为0．558和0．591。连香树科和交让木科与金缕梅科及虎耳草科关系较近。尽管增加了金缕梅科 的取样密度,它们之间进一步的关系仍未得到分辨,结合它们的形态特征,连香树科和交让木科应置于 金缕梅目内。rbcL基因树上反映出传统的“低等”金缕梅类成员领春木科与毛茛类植物聚在一起;悬铃 木科与昆栏树科和水青树科关系较近,而与金缕梅科关系较远;杜仲科与低等金缕类的核心科——金缕 梅科的关系似乎较除连香树科之外的其它低等金缕类成员近。低等金缕类植物由一些古老、孤立的科组成,且是多系的。     

论中国-喜马拉雅植物亚区乌头属植物地理分布特点

         本文对乌头属Aconitum L．植物分布区内各地区的分布作了分析，统计了各地区不     同等级分类群的频度，认为中国-喜马拉雅植物亚区是乌头属植物地理分布最大的频度中心、     多样性中心和特有种的分布中心。  文中还讨论了乌头属内的演化关系，以及本属与邻近属的     系统发育关系，发现在中国-喜马拉雅植物亚区既有许多原始类群，又有大量的进化类群，提出     了本亚区不但是本属植物原始类群的保存中心，而且是活跃的分化中心。产生上述结果的原因可能与喜马拉雅山脉的抬升以及本亚区复杂的自然条件有着密切的关系。     

“低等”金缕梅类植物的起源和散布

本文根据植物类群的系统发育和地理分布相统一的原理,讨论了“低等”金缕梅类植物的起 源和散布。  “低等”金缕梅类植物(Endress1989a的概念)包括下列7科：昆栏树科、水青树科、连香 树科、折扇叶科、领春木科、悬铃木科和金缕梅科。  该类群共有13种分布区类型,东亚区的南部和 印度支那区的北部是它的现代分布中心;根据化石证据及原始类群和外类群的分布分析,以上地区最 有可能是这类植物的起源地。  “低等”金缕梅类植物起源的时间至少可追溯到早白垩纪巴列姆期,较可 靠的化石证据说明悬铃木类植物在早白垩纪阿尔必晚期出现,而昆栏树科、水青树科、连香树科和金 缕梅科植物的出现均不晚于晚白垩纪。  最后,从环境变迁和生物演化两个方面探讨了“低等”金缕梅类植物现代分布格局的形成原因。     

用nrDNA ITS序列探讨狭蕊龙胆属及其近缘属 (龙胆科)的系统发育

运用核糖体DNA内转录间隔区ITS序列对狭蕊龙胆属Metagentiana10种及其近缘属22种植物进行了系统发育分析。ITS分析结果表明狭蕊龙胆属是一个多系群:在系统发育树上,双蝴蝶属Tripterospermum和蔓龙胆属Crawfurdia的种类位于狭蕊龙胆属各分支中,而且双蝴蝶属和蔓龙胆属的种类也相互交叉;这一结果不支持将3个属各自独立为属。但是,在所有分析中,3个属共同形成一单系分支,是龙胆属Gentiana的姊妹群;这一结果与形态学、花部解剖学、细胞学、孢粉学和胚胎学等证据基本一致,狭蕊龙胆属应该从龙胆属中分离出来,它与双蝴蝶属和蔓龙胆属有更为密切的亲缘关系。根据分支图,在狭蕊龙胆属、双蝴蝶属和蔓龙胆属组成的复合群中,现已知的染色体基数x＝17、21和23可能存在网状和平行进化。     

獐牙菜属植物的起源, 散布和分布区形成

本文根据植物类群的系统发育和地理分布统一的原理，讨论了獐牙菜属植物的起源、散布和分 布区的形成。獐牙菜属包括11组16系154种，间断分布在亚洲、欧洲、北美洲和非洲。中国西南部- 喜马拉雅地区汇集了大多数种类、不同演化水平的类群以及形形色色的特有类群，成为该属的多样化 中心和多度中心。该属的原始类群和外类群也集中分布在中国西南山地，极有可能是该属的起源地。该 属的分布区类型中出现了各式的间断分布，根据有该属植物分布的大陆间及大陆与岛屿间分离和连接 的时间推测，该属的起源时间至少不会晚于晚白垩纪，也许更早，可追溯到中白垩纪。通过分类群间亲 缘关系和现代分布分析，显示出该属植物从起源地向周围和一定方向散布，形成了三个主要散布途径。在散布过程中植物本身也发生演化和就地特化，形成新的类群。     

贵州桐梓天花粉rDNA ITS序列分析

目的：对贵州桐梓天花粉rDNA ITS序列（包括ITS1、5．8S和ITS2）进行序列测定与分析,为其基源鉴定和品质评价提供分子依据。方法：采取改良CTAB法提取天花粉总DNA,PCR扩增ITS序列后直接测序,在GeneBank将测序结果进行同源搜索,再将同源序列用MEGA5．1软件进行变异位点分析、遗传距离测定及同属植物ITS序列系统发育树的构建。结果：贵州桐梓天花粉ITS序列与GeneBank三组同源序列存在变异位,点107个、遗传距离范围在0．0252到0．0597之间、物种间亲缘存在较明显的远近关系。结论：ITS序列可以有效地鉴别贵州桐梓天花粉,ITS序列分析技术对近缘种类群间系统学研究及品种鉴定具有较大的意义,同时为进一步利用分子生物学技术鉴定中药材奠定了基础。     

桦木科植物的系统发育和演化

全面阐述桦木科 6属 36种植物叶表皮和花粉的形态及系统学价值 ;首次揭示中国特有属———虎榛子属胚胎发育的全过程 ;化石植物有重要发现 ,发现了美国怀俄明古新世一个化石新属———Cranea和Palaeocarpinus属的两个化石新种 ,是迄今为止所发现的桦木科榛亚科最早的化石纪录 ;利用形态学资料、rbcL基因序列、ITS序列分别对桦木科及外类群进行分支分析 ,并根据化石植物提供的证据 ,将三者结合分析 ,重建了桦木科的系统发育 ,建立了桦木科的新分类系统