人源P2Y12基因生物信息学分析

目的:采用生物信息学方法对人源P2Y12基因结构特征进行分析。方法:利用DNAstar、ProtParam、SOPMA、SignalP 4.1、MEGA等5个生物信息学平台,研究人源P2Y12基因和蛋白序列,及其理化性质、二级结构、跨膜结构、信号肽、疏水性、磷酸化和羰基化位点及B细胞抗原表位,并且对其蛋白作用功能和亲缘性进行分析。结果:人P2Y12基因编码区长1029 bp,编码342个氨基酸。人P2Y12蛋白分子式为C_(1836)H_(2868)N_(450)O_(476)S_(18),分子量为39438.78 u,理化性质稳定,二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主,含7个跨膜结构,无信号肽,有33个磷酸化位点和2个N-糖基化位点,存在6个B细胞抗原表位。通过String数据库得到蛋白相关功能和通路,发现P2Y12蛋白在G蛋白偶联相关受体、cAMP信号调节、血小板活化等信号通路中发挥着重要作用,是血小板相关生物过程的重要部分。同源性分析和进化树显示黑猩猩和猕猴与人源P2Y12蛋白相似性最高。结论:利用生物信息学方法对人源P2Y12基因及其蛋白进行研究,为血栓、血小板出血性疾病8(BDPLT8)等疾病的研究和相关药物研发应用提供参考。     

杉木CAD基因生物信息学分析

杉木CAD片段为信息探针,利用序列拼接方法获得了738bp的cDNA序列.利用MEGA4.0软件对不同进化层次的代表植物相应CAD基因进行比对,构建系统进化树.利用生物信息学方法分析了杉木CAD基因的结构与功能,其中包括核苷酸序列的组成、ORF识别、CpG岛、限制性酶切位点分析、卷曲螺旋、亲水性、糖基位点及二级结构.结果表明:杉木与铁杉的CAD基因具有99.00%的同源性;该序列在88～737bp片段上有一个开放性阅读框,该序列编码的是一个碱性蛋白,亲水性较强,疏水性较弱,信号肽序列为第1位～第11位,二级结构以α-螺旋(27.50%)与不规则盘绕(41.50%)为主,延伸链(22.50%)也是该蛋白的重要结构元件,β转角区域仅为8.50%.     

pCR-HBc-X6-βhCG CTP37 DNA疫苗的构建及体外转染实验

本文选取βhCG羧基端37肽(βhCG CTP37)的序列和βhCG109-118十肽重复6次的多聚表位,插入到真核表达质粒载体pCR-HBc乙肝核心抗原的第80位氨基酸中,构建重组质粒pCR-HBc-X6-βhCGCTP37,将其转染CHO细胞,在转染细胞裂解物中发现存在特异性表达产物,说明构建的DNA疫苗具有进一步动物免疫的价值.     

虫媒登革病毒的研究——Ⅰ.Den 2病毒非结构蛋白NS1从感染细胞膜中的分离

应用Con-A亲和层析方法从两株Den2病毒(New Guinea C株和从中国海南省分离的H-87株)感染的C6/36细胞膜中分离的糖蛋白,发现了一种感染细胞中特有的蛋白质。经SDS-PAGE证明该蛋白分子量约46000D,分析其为Den 2病毒的非结构蛋白NS1。并利用Western blot筛选出针对该蛋白4种单克隆抗体。     

γδT细胞TCR分子与Mtb-Ag表位结合的初步探讨

探讨采用毛细管电泳(CE)法分离检测结核杆菌抗原(Mtb-Ag)的活性成分能与γδT细胞TCR分子进行表位结合.试验温度25℃;电泳毛细管:熔融石英毛细管55cm(40cm处检测窗口)×50μm i.d.;进样压力0.5 psi;进样时间5.0s;缓冲溶液浓度为0.05mol·L~(-1)(p H=10.20)的乙酸钠溶液;分离电压+15 k V.该方法能依据相对分子质量大小分离Mtb-Ag样品活性成分.样品加标回收率为96.75%,相对标准偏差低于7.45%.采用CE法分离检测Mtb-Ag样品中的活性成分能与γδT细胞TCR分子进行表位结合.     

痢疾志贺菌侵袭素IpaC的生物信息学分析

以NCBI Gen Bank数据库作为数据来源,基于Ipa C蛋白的基因序列进行理化性质、疏水区、信号肽、亚细胞定位、结构域、跨膜区及二级结构、三级结构预测。分析表明,Ipa C蛋白由382 aa组成,分子量为41.016k Da,理论等电点为8.42,不稳定系数为50.52,亲水性蛋白质;无信号肽;亚细胞定位于细菌体外。跨膜区分析表明,Ipa C蛋白有较短的跨膜区域,大部分区域位于宿主细胞膜外侧。空间结构分析显示,Ipa C蛋白结构以α螺旋为主。分析结果表明,痢疾志贺菌侵袭素Ipa C属于不稳定碱性亲水性的细菌分泌蛋白,嵌于宿主细胞膜外侧,与其生物学功能相一致。     

番茄LeNHX2基因的生物信息学分析

应用生物信息学的方法和工具对番茄LeNHX2蛋白质的理化性质、跨膜区域、疏水性,亲水性、二级结构、结构功能域、功能分类和同源性进行分析,结果表明此蛋白为疏水性不稳定蛋白,包含一个氨氯吡嗪咪结合位点FFFLFLLPPI区域,相对分子量为58．6kD,等电点为5．50,可能存在10个跨膜区域,蛋白质二级结构的主要构成元件是α-螺旋和不规则卷曲,同源性分析发现番茄LeNHX2和其它植物的Na佃饭转运蛋白同源性较低,但LeNHX2具有一个Na^＋／H^＋交换结构域和氨氯吡嗪咪结合位点,由此可推断LeNHX2是一个耐盐相关基因,在提高植物的耐盐能力方面可能有重要作用。     

双头菌WH-1环氧乙烷二酸水解酶的克隆和酶学性质的研究（英文）

目的:克隆双头菌WH-1环氧乙烷二酸水解酶(ORCH)的基因并研究其酶学性质。创新点:首次获得双头菌ORCH的基因,且该酶催化效率高,热稳定性好。方法:柱层析纯化ORCH后,进行酶学性质研究;通过蛋白末端测序和PCR获得其基因序列;通过二级结构预测和多序列比对进行ORCH序列分析。结论:来源于双头菌WH-1的ORCH是迄今报道的催化效率和热稳定性最好的ORCH,为L(+)-2,3-二羟基丁二酸的生产提供了新的催化剂。     

CMV甜瓜分离物外壳蛋白基因的克隆及其生物信息学分析

从河南省临颖县采集的病毒感染的甜瓜样本经ELISA检测和接种分离获得黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic vi-rus,CMV）分离物。把该分离物接种于西葫芦,从发病的叶片中提取总RNA,并以此为模板经RT-PCR扩增获得CMV的外壳蛋白（cp）基因,将其克隆到pUCm-T质粒上。经序列测定和生物信息学分析,结果表明该cp基因由657个核苷酸组成,编码218个氨基酸。预测该蛋白的等电点为5。12,分子量约为24kD。其核苷酸序列与黄瓜花叶病毒亚组I的分离物有较高的同源性,达92.2%～93.9%,与亚组II的同源性仅为76.8%～77.8%,与我国报道的CMV分离物的cp基因序列比较,只有香蕉株系XB外核苷酸序列的同源性达91.8%～93.4%。根据这些分析,该CMV分离物属于亚组I。另外还对黄瓜花叶病毒外壳蛋白的高级结构作出了预测。     

中国李AP1M2同源基因的序列结构特征与功能预测

通过同源比对策略从"Angeleno"李果实转录组数据库中获取长1862bp的AP1M2同源核苷酸序列。该同源序列具有完整的ORF,长1287bp,编码428个氨基酸。使用生物信息学在线分析工具,对李AP1M2同源基因的核苷酸与氨基酸序列进行了组成、理化性质、保守结构域、疏水性、跨膜区、信号肽、磷酸化修饰位点、亚细胞定位及功能的预测分析。结果表明,李的AP1M2同源基因在物种间高度保守,其翻译的蛋白质较稳定,属于亲水性蛋白,结构内未发现跨膜结构及信号肽。在生物功能及途径上,该蛋白可能参与了细胞内蛋白转运、囊泡的介导运输,与网格蛋白衔接体、网格蛋白包被的囊泡膜、高尔基体等细胞组成有关。     

一种线性可控全集成SiGe BiCMOS驱动放大器

基于Jazz工艺,提出一种线性可控全集成Si Ge Bi CMOS驱动放大器（DRA）,实现多种可调功率增益放大作用。电路采用全差分共射共基结构,通过调节CMOS电流镜偏置电路和Si Ge-HBT管尺寸以及3bit控制位,实现1d B步长的可控增益。仿真结果显示：在10μA的带隙基准电流源以及3.3V的电源电压下,DRA实现八种可调功率增益,其线性度指标即输出1d B压缩点OP1d B〉3d Bm,电路供电电流〈10m A,且电路输入输出匹配良好（S11与S22均小于-19d B）。     

猪流性腹泻病毒流行毒株核衣壳蛋白能够通过阻断核因子κB入核拮抗λ干扰素产生（英文）

目的:探索猪流性腹泻病毒(PEDV)核衣壳蛋白(N蛋白)对III型λ干扰素(IFN-λ)的影响。创新点:首次在IPEC-J2细胞模型中证明PEDV流行病毒株的N蛋白可拮抗由聚肌胞苷酸(poly(I:C))诱导表达的III型IFN,但不能拮抗I型或II型IFN。这种拮抗作用是通过阻断核因子κB(NF-κB)入核来实现的。方法:利用poly(I:C)刺激IPEC-J2细胞使其IFN诱导表达。实验组转染N蛋白真核表达载体,对照组转染空载体;利用定量聚合酶链反应(q PCR)、荧光素酶报告基因等技术,检测N蛋白对I型、II型及III型IFN表达抑制情况。利用间接免疫荧光技术,检测NF-κB在细胞内的分布情况,分析NF-κB入核与N蛋白抑制IFN-λ表达的关系。结论:2013年至2017年间从浙江省不同的农场分离的10个PEDV毒株的N蛋白具有较高的核苷酸同源性,而疫苗毒株CV777的N蛋白在系统发育树中形成单系分支(图1)。流行病毒株的N蛋白可以在IPEC-J2细胞中成功表达(图2和3),并拮抗由poly(I:C)诱导表达的III型IFN,但不能拮抗I型或II型IFN(图4和5)。PEDV N蛋白通过阻断NF-ΚB入核来对poly(I:C)诱导的IFN-λ3产生的抑制作用(图6)。     

Ⅱ型内含子序列统计规律分析及二级结构预测

选取20条线粒体和10条叶绿体intron RNA domain（内含子RNA区域）为I1的Ⅱ型内含子一级序列进行序列比对和统计规律分析,结果表明：线粒体和叶绿体Ⅱ型内含子一级序列的长度总体来说基本一致,两者嘌呤的含量明显高于嘧啶的含量。统计两者的Ⅱ型内含子一级序列的保守序列片段的规律,并预测出Ⅱ型内含子的二级结构。     

水稻内源木聚糖酶osx基因的克隆及表达分析

为进一步了解植物内源木聚糖酶基因结构及其表达特性,从水稻中克隆和表达了一种内源木聚糖酶基因。通过序列比对分析确定保守区序列,以PCR扩增得到的保守区序列从众多水稻木聚糖酶预测序列中"钓取"可能的目标基因,并以此基因为模板设计引物,通过RT-PCR扩增得到一条长度为1 443 bp的基因片段osx,测序结果与水稻木聚糖酶基因预测序列NM_001061680一致性高达99%,该序列编码480个氨基酸,经预测不存在信号肽序列。构建表达载体pET28-a(+)-osx,导入大肠杆菌BL21进行IPTG诱导表达,该表达产物未检测到木聚糖酶活性。受大麦和玉米内源木聚糖酶基因表达的前体为无活性蛋白需要剪切加工的启示,进一步通过在线蛋白同源建模分析,设计引物去掉蛋白N端约120个氨基酸,C端约40个氨基酸,保留"Glyco-hydro-10"结构域,使其成功实现了原核活性表达,表达蛋白约40 kDa,木聚糖酶活性为11.53 IU/mL。     

盐芥ATPase E Like基因的生物信息学分析

文章利用一系列的生物信息学软件分析了盐芥ATPase E Like基因编码蛋白的氨基酸组成、等电点、结构域、特征位点、二级结构等蛋白质性质,并同拟南芥ATPase E1、E2、E3蛋白作了对比.结果表明:盐芥ATPase E Like基因编码蛋白分子式为:C1132H1867N325O349S9,属于不稳定蛋白;二级结构主要是以α螺旋为主.在所分析的指标中,盐芥ATPase E Like蛋白与拟南芥ATPase E1、E2、E3相比存在着一定差异.     

鸡新城疫病毒ND-xx08株F基因的克隆及分析

新城疫病毒(NDV)ND-xx08毒株经10 d龄SPF鸡胚增殖后,提取其基因组RNA并反转录成cDNA,用NDV F基因特异性引物,经PCR扩增后获得与F基因预期大小一致的DNA片段。将NDV F基因片段克隆到pMD18-T载体上,并进行EcoR I和Hind III双酶切鉴定和测序鉴定。结果显示,ND-xx08毒株F基因片段的长度为1 662 bp,共编码554个氨基酸,F蛋白的裂解位点为112R-R-Q-K-R-F117,是典型强毒株氨基酸序列结构。将NDV ND-xx08株F基因的47 bp到420 bp序列与新城疫病毒基因型I至基因型Ⅸ毒株的相同序列绘制病毒基因进化树,显示ND-xx08分离株属于基因Ⅶe型。将NDV ND-xx08株F全基因与国内外发表的23株NDV F基因核苷酸序列和氨基酸序列的同源性比较分析,结果表明,其核苷酸序列的同源性在82.7%~97.8%之间,氨基酸同源性在87.5%~97.7%之间。     

人类新基因HBVDNAPTP1结合蛋白的生物信息学分析

[目的]应用生物信息学分析人类新基因乙型肝炎病毒(HBV)DNA聚合酶(Polym erase)反式调节蛋白(HBVDNAPTP1)结合蛋白(HBVDNAPTP1BP).[方法]利用生物信息学技术分析HBVDNAPTP1BP基因的染色体定位与组织表达,以及编码蛋白的化学物理性质与结构特征.[结果]HBVDNAPTP1BP基因染色体定位于1号染色体短臂3区5带1亚带,可在组织中低表达,但在多个组织中无表达.HBVD-NAPTP1BP的相对分子量为11 905.6,理论pI为7.72,不同条件下的消光系数为14 230 M-1cm-1或13 980M-1cm-1(280 nm),在体外哺乳动物网状细胞中的半寿期为30 h,并且无卷曲螺旋区域,但具有3个较强的疏水区域.HBVDNAPTP1BP无特殊二级结构,仅有1个蛋白激酶C磷酸化位点,不具有跨膜螺旋结构,无信号肽序列,定位于细胞核中.[结论]应用生物信息学对HBVDNAPTP1BP进行了分析,为进一步研究其生物学功能及其在乙型肝炎、肝细胞癌中的作用机制提供了依据和线索.     

牛血清白蛋白二级结构构象的红外光谱研究

研究了BSA(bovine serum albumin,牛血清白蛋白)及其水溶液的红外光谱,通过傅里叶自转积谱分析,对上述红外光谱的二级结构构象进行了指认.结果表明,BSA处于水溶液状态与固态时的二级结构是不同的.随着溶液浓度的降低(3.241×10-1～4.032×10-2g·ml-1),酰胺Ⅰ带二级结构子峰存在明显的位移现象,即1609.86 cm-1位移到1608.24cm-1,1633.85位移到1638.36 cm-1,1653.69 cm-1位移到1656.10 cm-1,1681.16 cm-1位移到1674.87 cm-1,1694.88 cm-1位移到1690.78 cm-1,而1621.50 cm-1附近的子峰位移现象不明显.     

ELISA法检测胰岛素依赖型糖尿病患者血清中64KD抗体最佳条件的选定

本文报告了用自己纯化的BCG65KD热休克蛋白(HSP65)作抗原建立ELISA法检测胰岛素依赖型糖尿病(IDDM)患者血清中抗胰岛细胞64KD蛋白抗体(简称64KD抗体)并对其最适检测条件进行了选定,结果表明,最适条件:BCGHSP65抗原包被浓度为10μg/mL,1:100血清37℃温育2h,辣根过氧化物酶标记的羊抗人IgG(SAH-IgG-HRP)稀释度为1:800,2％BSA-PBS-T作稀释液。     

生物

第I卷一、本大题共26小题,每小题2分,共52分。每小题只有一个 选项符合题意。1.下列关于一个典型的真核细胞基因和原核细胞基因结构 特点的叙述中,不正确的是 A.都有不能转录为信使RNA的区段 B.都有与RNA聚合酶结合的位点 C.都有起调控作用的脱氧核昔酸序列 D.都有外显子和内含子2.在动物细胞培养过程中,细胞系与细胞株相比较其主要的 特点是 A.细胞高度分化B.属于传代细胞 C.贴壁生长的细胞 D.能无限增殖3.将某植物细胞放在大于细胞液浓度的甘油溶液中,一段时 间后在显微镜下观察,发现该细胞未发生质壁分离现象, 其原因可能是该细胞 …