蛋白质去折叠路径的分子动力学模拟

蛋白质的去折叠有多条路径,而不是沿着一条特定的路径进行.利用分子动力学模拟技术,模拟蛋白质在高温下的去折叠过程,分析讨论了蛋白质折叠的多路径性.     

蛋白质折叠的形变力学模型

本文用哈密尔顿能量最小化原理研究不同折叠机制下形成的位形结构形变,将能量表达成参考位形能量G0,电场力引起的接触点能量,和DNA弯曲变化储存的变形能的来由.将接触点能量表达成矢量力和位移的点积,把DNA长链变形能表达为变形张量和应力张量的缩并,这样通过哈密尔顿原理就能够建立电场力,热力和形变的运动方程.基于所得运动方程,对简单的化学键分子模型,研究所对应的形变规律和特点,研究温度、压力参数的依赖规律,以及对参考位形的依赖性.     

分子伴侣与蛋白质折叠的研究进展

研究蛋白质的折叠,是生命科学领域的前沿课题之一。蛋白质是一种生物大分子,其新生肽链须经折叠和装配形成特定的三维结构才具有活性。在肽链折叠过程中,往往会产生折叠异常形成集聚体。分子伴侣可有效地调控肽链的折叠,从而避免集聚体的形成。文章对分子伴侣的发现过程、作用机制、种类、特性及在蛋白质折叠中的作用等方面的研究进展作了概述。     

蛋白质结构与功能研究进展与新生肽链的折叠

蛋白质生物功能与结构（包括一、二、三、四级结构）紧密相关。对于新生肽链折叠研究是解决在体外合成有生物活性蛋白质的关键，所以对蛋白质结构和新生肽链折叠研究具有重大意义。     

真核细胞内蛋白质的降解途径

真核细胞内有数万种行使各种功能的蛋白质，在正常代谢条件下，蛋白质的合成和降解有精确的调节而处于动态平衡。内源性的蛋白质都有一定寿命，或长或短，最终命运是被降解。如果蛋白质的降解速率和位点出现异常，就会影响细胞的多种功能，如细胞分裂、信号传递等。目前发现真核细胞内有多条蛋白质降解途径，主要包括溶酶体途径、泛素一蛋白水解酶复合体通路、以及胱天蛋白酶(easpase)水解途径等。现简要介绍这几条途径。     

蛋白质折叠的研究与应用进展

论述了蛋白质折叠的研究概况及其应用.折叠机制从最初的两态模型,到后来认为是一个包含有许多步骤的序变过程,在这个过程中还涉及热力学与热力学的影响.在对蛋白质折叠机制研究的基础上,预测了其应用的意义和前景.     

蛋白质折叠的有关问题浅析

介绍了新生肽段折叠研究中的新观点,蛋白质分子的折叠和分子伴侣的作用,以及分子伴侣的作用机制、结构和研究应用。     

浅谈蚁群算法在蛋白质折叠问题上的应用

文章通过对蚁群算法的基本原理和工作机制的介绍,蛋白质结构折叠问题的重要性分析,蚁群算法如何运用在蛋白质折叠问题中三个方面阐述蚁群算法的功效。从而进一步探讨蚁群算法作为一种优化算法的实际应用。     

求解蛋白质折叠问题的变步长拟物算法

通过模拟物体间相互作用的物理规律,提出一种求解蛋白质结构预测问题的新型启发式算法。该方法在每一步迭代中,首先利用拟物思想寻找到合理的优化路径,然后在此路径上确定一个有效步长来取得最佳优化效果。若干典型算例的计算结果表明,变步长拟物算法比常规拟物算法具有更好的收敛速度。     

蛋白质去折叠特性的物理特性空间分析

介绍了利用蛋白质的12个物理特性参数构建物理特性空间的方法,蛋白质的每个状态,与特性空间中的一个点相对应.以GB1蛋白为例,在物理特性空间分析了蛋白质去折叠行为,并得出正确的结论.     

小鼠蛋白质泛素化位点的预测及分析

采用机器学习中的支持向量机方法开发了小鼠泛素化位点预测新工具UbiqSite。采用6种编码方式表征泛素化位点周围序列模式,5折交叉检验和独立测试方法用于评价预测模型的表现。通过比较,支持向量机对CKSAAP编码的特征构建出的模型具有较好性能。独立测试结果显示,UbiqSite的Sn、Sp、Ac、MCC、AUC和AUC01值分别为0.682、0.795、0.739、0.480、0.758和0.019。此结果明显优于其他现有的预测模型。鉴于小鼠泛素化位点的预测精度较高,已具有实用价值,进一步构建了1个可供用户免费使用的网络服务器,网址为:http://systbio.cau.edu.cn/ubiqsite/index.php。     

内质网应激诱导的NLRP3炎性体激活是聚苯乙烯微塑料（PS-MPs）诱导的鸡肺部炎症的新机制（英文）

作为一种普遍的环境污染物,微塑料（MPs）已引起全球关注。鸡作为目前全球消费最广泛的家禽,随着消费者的需求不断上升,其饲养的安全性受到极大关注。肺是鸡生理活动中的重要器官,也是最脆弱的器官。因污染物积累导致的鸡的肺损伤难以修复,死亡率较高,给饲养者带来巨大经济损失。目前,对MPs毒性研究主要集中在海洋生态系统,而对鸡的毒性和肺损伤机制的研究相对较少。本研究主要探讨了不同浓度的聚苯乙烯微塑料（PS-MPs）暴露42天对鸡肺的影响。结果显示,PS-MPs可引起鸡肺病理和超微结构的异常,具体包括内质网肿胀、炎症细胞浸润、染色质凝集和质膜破裂。同时,PS-MPs可增加以下相关基因的表达：热休克蛋白（Hsp60、Hsp70、Hsp90）、内质网应激信号通路（ATF6、ATF4、PERK、eIF2α）、焦亡相关基因（NLRP3、ASC、IL-1β、Caspase1、GSDMD）和炎症通路（NF-κB、iNOS、COX-2）。综上所述,PS-MPs暴露可导致肉鸡肺应激、内质网应激、焦亡和炎症反应,为进一步研究MPs的生理健康和毒理学机制提供了新的科学线索。     

TiO2光催化降解有机物的研究进展（Ⅰ）—降解机理与实际应用

通过对TiO2光催化降解水中有机物的研究现状进行综述，认为该技术是一种很有发展前途的水处理技术，对太阳能的利用和环境保护有重要的意义，文章还介绍了光催化技术在实际反应过程中的降解机理以及在多种有机物体系中的应用情况，提出了在这两个方面存在的一些问题，并针对这些问题对TiO2光催化降解水中有机物的研究前景进行了展望。     

构建和验证与脓毒症预后相关的新的炎症反应相关基因标记（英文）

目的：探讨免疫反应相关的基因（inflammatory response-related genes,IRRGs）在预测脓毒症患者生存预后中的作用。创新点：鉴定与脓毒症生存预后密切相关的IRRGs,构建风险评分模型。方法：对Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中478例脓毒症患者的微阵列芯片数据进行综合生物信息学分析,利用least absolute shrinkage and selection operator(LASSO)-Cox回归分析筛选与脓毒症28天生存率密切相关的IRRGs,并以此构建脓毒症预后风险评分模型。使用受试者工作特征曲线（ROC）及生存曲线（基于Kaplan-Meier法）评估预后风险评分模型的预测效能及区分度,并用GSE95233数据集进行验证。结论：利用9个IRRGs构建了与脓毒症28天生存预后有关的风险评估模型,且在GSE95233数据集中进行验证,证实这些IRRGs可作为脓毒症患者的预后生物标志物。     

环状RNA：骨相关疾病的典型生物标志物（英文）

骨是一种在人体中具有重要功能的结缔组织。细胞和细胞外基质（Extracellular matrix,ECM）是骨骼的关键组成部分,与骨相关疾病密切相关。然而,常规方法治疗骨相关疾病的结果并不乐观,因此需要通过阐明骨相关疾病的确切调控机制,寻找用于疾病诊断和治疗的新型生物标志物。环状RNA(Circular RNA,circRNA)是一种具有闭合环状结构的没有5’端或3’端多环腺苷酸尾的单链RNA。由于其高稳定性,circRNA有望成为典型的生物标志物。并且越来越多的证据表明circRNA参与调控骨相关疾病,包括骨关节炎、骨质疏松、骨肉瘤、多发性骨髓瘤、椎间盘退变和类风湿关节炎。本文综述了近年来circRNA特性和功能的研究进展,重点阐述了circRNA在骨相关疾病中的调控机制。     

转位角对串联式轴向柱塞泵流量脉动的影响（英文）

目的:探索转位角对串联泵出口流量脉动的影响,揭示转位角对流量脉动的影响机理,获得最佳转位角以减小流量脉动,以及探索转位角对工况的敏感性。方法:1.建立基于单柱塞腔模型的单柱塞泵模型,求解其出口流量脉动特性;2.研究不同转位角下串联泵的出口流量脉动,优选转位角;3.对比不同转位角下出口流量脉动对工况的敏感性。结论:1.对于单个转子使用九柱塞的串联式轴向柱塞泵,最佳转位角是20°,因该角度可消除流量脉动在奇数阶次下的幅值;2.在大范围工况下,转位角为20°时可减小约50%的流量脉动。     

整体性分析和逆向邓氏灰色关联分析模型（英文）

为了从整体上识别和量化系统中的逆向关联关系,建立了一个逆向邓氏灰色关联分析模型.基于灰关联四公理,构建包含逆向关联关系的公理体系;引入关联方向向量,建立逆向邓氏灰色关联分析模型,并采用遗传算法识别因子的关联方向;以江苏创新链质量的关键影响因素识别为例,检验所提出模型的合理性与有效性.案例分析结果表明,逆向邓氏灰色关联分析模型将过程特性下的知识创新环节识别为江苏创新链质量的逆向关联因素,且关联度为-0.815.对比其他4种典型灰色关联分析模型,其对关联方向和强度的判断更加合理.所提出模型在保证整体性分析的同时,可以有效识别并量化逆向关联关系,拓宽了邓氏灰关联分析模型的应用范围.     

Ti02光催化降解有机物的研究进展（Ⅱ）—影响因素、动力学与反应器

该文重点就紫外光源和催化剂特性的影响作了介绍，并对该过程的反应动力学和反应器的型式与设计进行了论述．指出在光催化降解有机物的反应过程中，其影响因素是很繁杂的．     

肝癌肝移植术后受体预后相关因素的研究进展（英文）

研究肝癌肝移植患者术后生存与影响生存的各影响因素之间的关系,并评价各影响因素及移植标准的价值。筛选有效的预测肝癌预后的影响因素,可帮助建立肝移植术后肿瘤预后预警机制,对改善肝癌肝移植受体的术后预后具有重要意义。杭州标准是被国际移植学界广泛接受的肝癌肝移植标准,在引领肝癌肝移植领域的发展中做出了重要贡献。     

硒蛋白M敲除在褪黑素拮抗镍诱导的小鼠心脏细胞凋亡和内质网应激中的作用（英文）

本研究旨在研究硒蛋白M(SelM)在由镍诱导的小鼠心脏内质网应激和细胞凋亡中的作用,并探索褪黑素的解毒作用。在对雄性野生型(WT)和SelM敲除型(KO)C57BL/6J小鼠腹腔注射氯化镍(NiCl₂)和/或褪黑素21天后,我们发现NiCl2能诱发WT和SelM KO小鼠心脏的微观结构和超微结构的变化,并通过丙二醛(MDA)含量和总抗氧化能力(T-AOC)下降证明这些变化是由氧化应激、内质网应激和细胞凋亡引起的。同时,我们观察到与内质网应激(激活转录因子4(ATF4)、肌醇需要酶1(IRE1)、c-Jun N-端激酶(JNK)和C/EBP同源蛋白(CHOP))和细胞凋亡(B细胞淋巴瘤2型蛋白(Bcl-2)、Bcl-2相关蛋白X(Bax)、半胱氨酸-天冬氨酸蛋白酶3(Caspase-3)、Caspase-9和Caspase-12)相关基因的信使RNA(mRNA)和蛋白表达的变化。值得注意的是,这种损伤在SelM KO小鼠中更严重。此外,褪黑素减轻了WT小鼠由NiCl₂引起的心脏损伤,但对SelM KO小鼠的心脏却不能产生良好的保护作用。综上所述...