药用植物雷公藤RAPD—PCR反应体系优化研究

采用单因子梯度试验法对影响雷公藤RAPD—PCIK反应的Mg^2＋浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶的用量及DNA模板浓度进行了筛选。结果表明获得清晰、重复性高的雷公藤RAPD-PCR扩增条件为：20μL PCR反应体积中,2．0mmol·L^-1 MgCl2,0．2mmol·L^-1 dNTPs,0．2μmol·L^-1引物,50ng模板DNA,1UTaq DNA聚合酶。     

药用植物雷公藤RAPD-PCR反应体系优化研究

采用单因子梯度试验法对影响雷公藤RAPD—PCIK反应的Mg^2＋浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶的用量及DNA模板浓度进行了筛选。结果表明获得清晰、重复性高的雷公藤RAPD-PCR扩增条件为：20μL PCR反应体积中,2．0mmol·L^-1 MgCl2,0．2mmol·L^-1 dNTPs,0．2μmol·L^-1引物,50ng模板DNA,1UTaq DNA聚合酶。     

正交设计在梨基因组RAPD优化体系中的应用

采用正交设计研究方法,建立了梨RAPD分析的PCR反应体系,成功地进行了RAPD扩增,筛选出梨RAPD的最佳方案为:25μl反应体系中包括引物0.5μmol.μL-1,dNTPs0.1mmol.L-1,模板DNA10ng,Taq酶1U,Mg2 4mmol.L-1,10buffer缓冲液2.5lμ,其余部分用无菌超纯水补平。PCR扩增循环为95℃3min,38℃1min,72℃2min1次循环;94℃1min,38℃1min,72℃2min,46次循环,最后72℃延伸10min。     

南阳牛血液基因组DNA提取与ANGPTL4基因的PCR扩增

采集20例南阳牛的血液,采用酚/氯仿法分离白细胞提取基因组DNA,并且对ANGPTL4基因部分序列(677～998 bp)PCR扩增条件进行了优化。结果表明,获得的牛基因组DNA经0.8%琼脂糖凝胶电泳检测,主条带清晰,表明获得的南阳牛基因组DNA可以用于后续实验;以所提取的基因组DNA为模板,优化ANGPTL4基因片段扩增的条件,结果表明,最理想的PCR扩增条件是模板量为2μL(50 mg/L),Taq聚合酶(5 u/μL)的量为0.8μL,退火温度为56℃,循环次数为35次。     

红松SRAP-PCR反应体系的建立及优化

相关序列扩增多态性(Sequence-Related Amplified Polymorphism,SRAP)是对ORFs(OpenReading Frames)进行扩增的一种新型的基于PCR的标记方法。以CTAB法提取的红松针叶DNA为模板,应用单因子试验及L16(45)正交试验系统分析了DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶浓度等对SRAP-PCR扩增结果的影响。确定了PCR的最佳反应体系为:20μL体系中,1×PCRbuffer 2μL、DNA模板40~100 ng,Mg2+2.5mmol/L,dNTPs 0.15 mmol/L,引物0.15μmol/L,Taq酶1.5 U。PCR最优的扩增程序为:进行35个循环,前5个循环中94℃变性1 min,35℃复性1 min,延伸30 s;后30个循环中94℃变性1 min,50℃复性1 min,72℃延伸1 min;最后72℃延伸7 min,4℃保存。在此反应体系下,所扩增谱带清晰、稳定、多态性高,为进行红松不同种源间遗传分化以及构建遗传图谱等内容的研究奠定基础。     

细菌随机扩增DNA多态性反应体系优化

目的:对RAPD的反应体系进行优化,以期建立稳定的临床检测系统,在控制院内感染的流行病研究中发挥更大的作用.方法:用RAPD技术进行基因分型.结果:引物浓度:浓度为0.5μmol/L 时扩增最好.DNA模板:浓度在0.50ng/μl 、2ng/μl均得到了良好的扩增效果.镁离子浓度:在2.0mmol/L、4mmol/L时扩增效果较好.退火温度:在30℃时扩增条带最清晰.循环参数:在35、45个循环时扩增效果均好.结论:本试验对RAPD反应条件进行优化,建立了较稳定的临床检测体系.     

辣椒SRAP-PCR反应体系优化与引物筛选

本研究以辣椒基因组DNA为模板,优化辣椒SRAP反应体系中的参数,建立了一套适用于辣椒的SRAP-PCR最佳反应体系。在25μL反应体系中,模板DNA 50 ng、上下游引物各0.1μmol/L、dNTPs 0.1mmol/L、Taq DNA聚合酶1.5 U、Mg2+浓度为2.0 mmol/L。扩增程序为:94℃3 min;94℃30 s、35℃30 s、72℃1.5 min,5 cycles;94℃30 s、54℃30 s、72℃30 s,35 cycles;72℃10 min,用2%琼脂糖凝胶电泳和8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测扩增结果。利用该优化体系筛选引物,筛选出条带清晰、重复性好的15对SRAP引物组合,验证了体系的实用性。     

都支杜鹃ISSR扩增条件的优化

对珍稀濒危物种都支杜鹃的ISSR扩增体系中的Mg2+浓度、dNTP浓度、Taq酶含量和底物含量进行优化,并在优化后的基础上筛选出8条效果较好的引物,在梯度PCR仪中设置温度梯度,找到这些引物的最佳退火温度。优化结果表明,至少在一定的范围内底物浓度和Taq酶含量对PCR反应结果影响不大,相对而言,dNTP浓度和Mg2+浓度对反应结果的影响更加显著。优化后的15 ul PCR反应体系中包括20 ng模板DNA、0.3μM引物、1.5 ul Buffer(Mg2+free),0.5 U Taq酶、1.5 mM MgCl2和0.1 mM dNTP。     

3种土壤微生物基因组DNA提取方法的比较

该实验通过SDS高盐法（常规法）、SDS高盐法（改良法）和Soil gDNA Kit法提取土壤微生物基因组DNA,用DNA Nanophotometer仪测定样本DNA的纯度和浓度,以确定最佳提取方法.结果表明,用SDS高盐法（常规法）、SDS高盐法（改良法）和Soil gDNA Kit法和土壤微生物基因组DNA的浓度分别为41.45 ng/μl、96.48 ng/μl和58.40 ng/μl,纯度（OD260/OD280）分别1.45、1.57和1.82.由结果可知,改良法提取DNA的浓度最高,而Soil gDNA Kit法的纯度最高,但其成本较高,因此,SDS高盐法（改良法）是节省成本且适合提取大批量土壤微生物基因组DNA的方法,今后在提取DNA过程中进一步优化,以提高其纯度.     

石杉科植物RAPD反应体系的优化

以石杉科新鲜植物为材料,应用改良的CTAB法提取其基因组DNA,通过单因子实验优化了RAPD的反应体系.在25 μL反应体系中,Mg2++2.0 mmol/L,dNTPs 0.3 mmol/L,模板DNA3ng/μL,随机引物0.21xmol/L,Taq DNA聚合酶1.25U.PCK循环程序为:94℃预变性5 min;然后94℃变性1 min,39℃退火1 min,72℃延伸1.5 min,36个循环;最后72℃延伸7 min,4℃保存.结果表明该体系具有良好的稳定性和重复性,可应用于石杉科植物系统分类,种的鉴定和遗传多样性研究.     

北野豌豆及其近缘种ISSR反应条件的优化

采用改进的CTAB法,成功地提取了北野豌豆及其近缘种的基因组DNA,电泳结果显示DNA质量和产量均较高,并以此DNA为模板,对ISSR的反应条件进行了优化,最终确定ISSR的反应体系为：总体积10μl,包括10ng的DNA,1倍的反应缓冲液,1．5mmol·L^-1MgCl2,2×10^-4mmol·L^-1（引物6和引物8）或2×10^-3mmol·L^-1（引物5,10和12）引物,0．2mmol·L^-1dNTP混合物和1．0U的Taq DNA聚合酶．ISSR扩增程序为：先在94℃下变性3min,然后在92℃下变性30s,50℃（引物5,6,10,12）或55．2℃（引物8）下复性30s,72℃下延伸1min,反应30个循环,最后72℃延伸5min．并基于此反应条件,最终筛选出5条ISSR引物用于进一步的研究．     

虎耳草ISSR反应体系的建立及优化

建立并优化虎耳草ISSR-PCR反应体系和扩增程序,为探讨虎耳草种质资源遗传多样性奠定基础.采用正交设计方法和单因子试验,研究TaqDNA聚合酶、dNTP、Mg2+、引物、模板DNA、延伸时间及循环次数对PCR扩增的影响.结果表明:虎耳草ISSR-PCR的最佳反应体系为:在25μL的反应体系中含模板DNA 35ng,Mg2+1.25mmo/lL、dNTP 380μmo/lL、引物1.2μmo/lL、Taq DNA聚合酶1.5U.反应程序为:95℃预变性5min;94℃变性1min,50℃(据不同引物的退火温度)退火70s,72℃延伸1.5min,40个循环;72℃延伸10min,4℃保存.经过11份虎耳草种质检验,证明该体系稳定可靠,可用于虎耳草种质资源遗传多样性分析及居群鉴别的研究.     

影响聚式酶链式反应实验效果的基本因素

研究聚式酶链式反应(PCR)实验中影响其扩增效果的多种因素,寻求反应体系中理想的各因素浓度配比。选取含5+10优质亚基的小麦品种为材料,以特异扩增1DX5基因PCR实验为例,从模板DNA、引物终浓度、Taq酶、二价镁离子、4dNTPs混合液、缓冲液浓度几方面入手,通过设计梯度实验,研究不同因素对PCR扩增效果的影响。结果表明,反应体系6个基本因素,缺少任何1个都扩增不出产物。在反应总体积25μL的PCR反应体系中,模板DNA选用32 ng/μL,Mg2+终浓度2 mmol/L,Taq酶1.2 U/25μL,引物0.8μmol/μL,4dNTPs0.3 mmol/L,缓冲液1×buffer最为合适,能扩增出理想的结果。     

不同破壁方法对节旋藻DNA提取效果的影响

采用液氮研磨法、反复冻融法、反复冻融-溶菌酶法、溶菌酶法、超声波法、超声波-溶菌酶法对节旋藻TJCU-7的藻细胞进行破碎,用改进的CTAB法提取基因组DNA,通过凝胶电泳检测,核酸浓度、纯度测定及PCR扩增效果来评价各破壁方法的优劣。结果发现,6种方法对节旋藻均有较好的破壁效果:经反复冻融法、溶菌酶法及反复冻融-溶菌酶法破壁后所获得的DNA浓度(2 000 ng/μL)显著高于其他方法,其中液氮研磨法所得的DNA浓度最低(40 ng/μL)。除超声波法所得DNA的OD260/OD280值大于2.00,说明有部分RNA污染外,其余方法所得DNA的OD260/OD280的值均在1.90~2.05,纯度较高。经PCR扩增后均得到了2 kb的目的片段,可以满足基本的生物学实验要求。综合考虑,反复冻融法,溶菌酶法简单、快速,破壁效果好,是节旋藻DNA提取时的优先考虑方法。     

从富含酚类的茶类植物叶中提取纯净的总DNA

采用2%十六烷基三甲基溴化胺（CTAB）法，改进研磨方法并适当延长研磨时间至20～30min，选择合适的保温温度和保温时间，在60℃条件下水浴保温1.5h，从野生可可茶（Camellia ptillopylla）和栽培茶类（C.assamica,C.sisnensis）植物中提取到最多且较纯的总DNA，平均含量为1267ng/μL，能直接有于PCR扩增。经玻璃粉纯化系统（DPS）纯化后，获得高纯度的DNA。平均含量约为136ng/μL，纯化回收率平均为11%，能完全满足RAPD、AFLP、RFLP分析及测序等分子生物学实验。     

DNA分子标记技术及其原理

综述几种DNA分子标记技术：RFLP是用限制性内切酶切割不同个体基因组DNA后，含同源序列的醇切片段在长度上的差异，可靠性较高、但操作烦琐，信息含量低；染色体原位杂交是利用特异性核酸片段作探针，直接同染色体DNA片段杂交，在染色体上显示特异DNA，准确、直观，但技术非常复杂；PCR是模仿DNA在生物体内的自然复制过程来扩增DNA片段，安全性好，快速易行；RAPD是以人工合成的碱基顺序随机排列的寡核苷酸单链为引物，对所研究的基因组DNA进行PCR扩增，产生多态性的RAPD片段，可以检测多个基因位点，但不能识别杂合子位点；AFLP指纹技术是在RFLP与RAPD两种指纹技术基础上建立和发展起来的，有较高的稳定性，但对基因组纯度和反应条件要求较高；DNA芯片技术是一种以杂交测序基本理论为基础的新型生物技术，用于测序、基因表达、疾病诊断等，但造价、探针的密度与纯度还有待完善；小卫星DNA一般与RFLP技术结合以获得小卫星DNA指纹图谱，信息含量高，但它在染色体上分布不均匀；微卫星DNA既可用作探针获得指纹图谱，也可通过PCR方法进行微卫星位点多态性分析，但工作量大；ISSR即内部简单重复序列，也是一种新兴的分子标记技术，具有很好的稳定性和多态性。     

芒果基因组DNA的提取方法比较

采用SDS法、改良SDS法、CTAB法、改良CTAB法提取芒果基因组DNA,并对提取的DNA进行质量比较。结果表明:改良CTAB法能较好地去除芒果叶片中的酚类和多糖杂质,提取的DNA母液浓度达767．2 ng/μl, OD260／OD280为1．89,DNA纯度和浓度在四种方法中均为最高。     

黄瓜种子基因组DNA的提取及RAPD反应体系的优化

采用改良的SDS法提取黄瓜种子基因组DNA,并以其为模板对影响RAPD扩增反应的主要因子采用单因素递进分析方法进行优化,建立了黄瓜种子基因组DNA最佳RAPD反应体系,即20 μl的反应体积中含有60ng模板,1.2U Taq DNA聚合酶,3.0 mmol/L MgCl2,0.20 mmol/L dNTP,1.40 μmol/L引物.     

三种全血基因组DNA提取方法的比较

目的 :比较三种不同的DNA提取方法提取人全血基因组DNA对DNA提取效率、纯度以及PCR扩增的效果影响。方法 :分别应用中山医科大学达安公司DNA提取液 ,珠海黑马医学仪器有限公司DNA提取液 ,胍盐酸法三种不同的方法提取人全血基因组DNA。结果 :三种方法提取的DNA纯度平均分别为 :1.4 8,1.5 1,1.5 6 ,各组间差异无显著性。 2 0 0 μL全血中所提取DNA总量平均分别为 1.6 μg ,2 .3μg ,4 .1μg。用 0 .8%琼脂糖凝胶电泳鉴定胍盐酸法制备的DNA效果较其它两种方法好 ,PCR扩增效果差异不明显。结论 :胍盐酸法提取的DNA总量明显高于其它两种方法 ,提取效率高 ,为三种全血基因组DNA提取方法中之首选。     

红树植物海桑简单重复序列区间(ISSR)条件的优化

海桑(Sonneratiacaseolaris(L.)Engler)是海桑科一种重要的红树植物.为利用ISSR分子标记研究海桑的遗传多样性,对影响ISSR PCR的多个因素,包括Taq酶的用量、Mg2+浓度和dNTP浓度、引物浓度及其退火温度、模板DNA浓度等进行研究,确定了海桑ISSR PCR分析的最适条件:10μLPCR反应体积中,10×buffer(100mmol·L-1KCl,80mmol·L-1(NH4)2SO4,100mmol·L-1Tris HCl,pH9.0,0.5%NP 40)1μL,0.35UTaq酶,2～3.75mmol·L-1Mg2+,300μmol·L-1dNTP,0.3μmol·L-1引物,10ng模板DNA.