神经网络在蛋白质折叠预测中的应用

蛋白质的生物功能是由它们的空间折叠结构决定的,理解蛋白质的折叠过程是生物信息学领城中极具挑战的问题之一.求解精度和计算时间是蛋白质折叠结构预测中要解决的主要问题,神经网络具有较强的逼近非线性函数的能力,并具有自适应学习的优点,以及良好的寻优能力.笔者对如何使用神经网络方法解决蛋白质折叠预测问题进行了分析与展望.     

神经网络在蛋白质结构预测中的应用

蛋白质结构预测在生物信息学研究中占有重要地位.此文对神经网络在蛋白质结构预测中的应用作了评述。首先,简要地介绍了人工神经网络,然后对近年来用神经网络算法解决蛋白质结构预测的研究作了回顾,并分析了算法的效果和特点。最后,展望了用神经网络算法解决蛋白质结构预测问题的前景。     

神经网络方法在蛋白质结构预测中的研究与应用

蛋白质结构预测在生物信息学研究中占有重要地位。对神经网络在蛋白质结构预测中的应用作了评述。首先,简要地介绍了人工神经网络,然后对近年来用神经网络算法解决蛋白质结构预测的研究作了回顾,并分析了算法的效果和特点。最后,展望了用神经网络算法解决蛋白质结构预测问题的前景。     

蛋白质结构预测方法研究

蛋白质等大分子的结构和功能的预测是生命科学研究的主要内容之一,一个特定的蛋白质的功能通常是由它的三维结构或构象决定的。就蛋白质结构预测方法进行简述,目的是更好的为下一步的蛋白质结构预测研究提供方便,同时也强调了蛋白质结构预测对生物制药的重要作用。     

结构化学基础研究

“结构化学基础研究”是国家自然科学基金会1986年重大项目,现已取得很大进展。在生物大分子结构的研究方面已测定了系列Bowman-Birk型抑制剂与胰蛋白酶复合物的晶体结构,在国际上第一个阐明了Bowman-Birk型抑制的立体结构特征。结合过去提出的“氧化物和盐类在载体表面有自发分散倾向”的规律,深入研究了单层分散相的微观结构和生成机理,并根据这些机理制成某些有用的吸附剂推广到工业上应用。建立了研究气相、液相瞬态自由基结构和性质的方法及自由基捕捉技术。开展了多种活泼中间体的结构性能研究。建立了各种结构数据库及分子设计程序包。开展了多种药物的构效关系研究及分子设计。在蛋白质结构预测及分子设计方面也做出了一批成果。     

蛋白质的结构预测

蛋白质结构预测的目的在于揭示蛋白质氨基酸序列与蛋白质空间结构之间的关系,进行蛋白质高级结构预测,为进一步的结构与功能研究及分子设计提供基础。蛋白质结构预测问题是分子生物学的中心法则中尚未解决的内容,被称之为第二代遗传密码问题。该问题的解决不仅具有理论意义,而且对于生物技术的发展具有重要的指导意义。     

蛋白质结构类预测方法研究进展

蛋白质结构类型是蛋白质高级结构中基本原件的空间分布,是蛋白质高级结构与功能研究的基础,该研究对蛋白质组学具有重要意义。通过传统实验方法研究蛋白质结构类需要耗费大量的人力、财力、物力,也无法满足数据库中蛋白质序列爆炸性增长的现实需要。目前,基于已积累数据,探索理论计算方法预测蛋白质结构类是当前生物信息学的重要研究内容之一。本文对国内外亚细胞定位预测的研究现状进行了综述。     

生物信息学中运用的计算智能技术

生物信息学是在生命科学研究中独具活力的新兴前沿学科之一。它利用计算机硬件、软件和计算机网络,采用信息学、计算机科学和数学的手段,主要研究蛋白质、核酸等生物大分子数据。本文着重介绍了两种智能化算法,分别讨论了人工神经网络方法在蛋白质二级结构预测中的应用及遗传算法在蛋白质二维晶格中的应用。     

内源性自由基与生命科学相关的若干物理有机化学问题

随着后基因组时代的到来,化学界和生物学界对生物功能的主要体现者或执行者--蛋白质给予了空前的关注.众所周知,蛋白质特定功能的实现离不开蛋白质特定结构的构筑[1].由于蛋白质的修饰加工、转运定位、代谢、蛋白质与蛋白质及其他生物大分子的相互作用等均无法从基因组水平上的研究获得,因此,对蛋白质功能中心结构的研究以及蛋白质功能中心被内源性小分子自由基(如一氧化氮)修饰后的改变对其功能影响的研究成为人们认识生命奥秘的一种迫切的需求.     

给蛋白质拍写真

磁共振力显微镜能以非侵入的方式生成蛋白质等生物结构的三维图像,为人们提供了观察病毒、细菌、蛋白质和其他生物分子的新方法。     

融合多元生物数据预测蛋白相互作用关系

蛋白质相互作用关系预测是当前生物信息学研究的一个重大挑战。现有挖掘蛋白质相互作用关系方法大部分都是基于单种生物数据,这会影响结果的准确。本文融合蛋白质序列信息,结构信息和蛋白质相互作用网络信息,提出一种新的蛋白质相互关系预测算法。实验结果证明本算法优于现有的方法。     

生物信息数据挖掘应用研究

生物信息学是以计算机为工具对生物信息进行存储、检索和分析的科学。人类基因组计划的启动和实施使得生物数据迅速增长,如何从海量数据中获取有效信息成为生物信息学迫切要解决的问题。数据挖掘技术应用于生物信息分析成为当前的研究热点。文中介绍了数据挖掘技术和常用的生物信息处理软件,重点研究生物信息数据挖掘的典型应用,研究表明数据挖掘技术是生物信息处理的强有力工具。     

基于单字符周期性的蛋白质结构类型预测

蛋白质结构类型预测是生物信息学中的一个重要课题.本文根据氨基酸在蛋白质序列中出现的周期,结合信息论中shannon熵给出了蛋白质序列的38维向量表示,并将其应用到蛋白质结构类型的预测,分类的总体识别率达到85%左右.     

基于MATLAB的蛋白质二级结构类型预测

蛋白质二级结构预测在蛋白质结构预测中具有很重要的作用。文章提出了一种新的伪氨基酸构造方法,即氨基酸疏水性百分比法,并结合氨基酸的成分进行预测,通过计算机中的matlab仿真结果表明具有高效的分类效果,通过国际公认的Jackknife检验方法显示预测成功率达到89.22%,比其他方法的高出许多。     

关于混凝土结构耐久性的研究

混凝土结构的耐久性是指混凝土结构对化学的、生物的以及其它使结构材料性能恶化的各种侵蚀的掘抗能力.今后,在研究混凝土结构耐久性方面仍需做大量的工作来满足工程建设的需要,这样才能使混凝土的耐久性问题得到较好的解决.     

有机化学家与个人计算机

化学结构控制化合物的性质,因此,化学结构的鉴别、分类和明确表达成为有机化学家的当务之急,是不令人惊奇的。个人计算机正在使这些任务发生革命,并展现着精确预测化学性质的前景。     

基于网络层次的蛋白质相互作用网络功能模块检测方法

为了在蛋白质相互作用网络上预测蛋白质复合物和功能模块,文章提出了WCFM聚类算法,提高了在人类PPI网络上预测蛋白质复合物准确率,并且将D3可视化技术应用到PPI网络可视化领域,为生物网络模块的挖掘和分析提供了有益的参考。     

探讨分光光度法的应用和发展

分光光度法是生物、化学研究中广泛应用的方法之一,它广泛应用于糖、蛋白质、核酸、酶等的快速定量检测和对化学研究中微量金属元素的测定.笔者结合自己工作的环境和经验,简要讲解分光光度法和分光光度法对时微量金属元素测定的应用以及它的发展前景.     

图书馆结构--功能研究的理论与实践

在图书馆结构——功能关系中、结构决定功能．功能又反作用结构。随着高新技术的广泛应用以及信息处理社会化程度的不断提高，图书馆的流程结构和组织结构发生了极大的改变，从而也使图书馆的业务重心从事务性劳动转向读者服务。     

北京同步辐射装置又一重大应用——为生物大分子结构研究提供平台

1建设生物大分子晶体学光束线与实验线站是我国生命科学发展的迫切需求生物大分子(以蛋白质为主)结构与功能关系的研究一直是生命科学的前沿领域。20世纪末随着人类及大量模式生物基因组计划的完成,生命科学研究无论是规模还是速度都有了极大的飞跃,对蛋白质结构测定的需求也空前增长。目前,测定蛋白质结构最有效、最常用的方法是X射线单晶衍射方法。而同步辐射因其具有高强度、高准直性、能量连续可调等一系列优点,从一开始就成为蛋白质结构研究的强大工具。目前几乎所有重要的蛋白质结构X射线衍射实验都是在同步辐射装置上进行的,因此近…