茶树β-1,3-葡聚糖酶基因cDNA片段的克隆与序列分析

文章首次从茶树中克隆出-β1,3-葡聚糖酶基因cDNA1369bp连续序列。根据已发表的植物中β-1,3-葡聚糖酶基因的保守序列,设计一对简并引物,采用RT-PCR技术,从茶树中扩增出366bp的cDNA片段。根据此片段序列设计特异引物,利用3'RACE获得-β1,3-葡聚糖酶cDNA 3'端1252bp的cDNA片段。序列分析表明:该基因cDNA 3'端核苷酸序列及其推测的氨基酸序列与其他植物的-β1,3-葡聚糖酶基因家族的cDNA相应序列同源性为50%-90%,经序列拼接,本研究从茶树中克隆出-β1,3-葡聚糖酶基因cDNA3'端1369bp的连续序列,GenBank登录号为AF399920。     

鳡肌肉生长抑制素基因内含子和部分启动子序列的克隆与分析

采用PCR和染色体步移法克隆了鳡（Elopichthys bambusa）肌肉生长抑制素长789 bp的内含子1、987 bp的内含子2及长662 bp的部分上游启动子序列.同源性比对分析表明,鳡MSTN的内含子1、2与鲤科鱼类的同源性相对较高（内含子1：60.42%～67.21%;内含子2：40.00%～51.21%）,与其他鱼类、鸟类以及哺乳类动物的同源性则较低.生物信息学方法预测鳡MSTN的部分启动子序列中含有2个近转录起始点的TBP（TATA框）、2个CTF（CAAT框）、3个Sp1、10个C/EBP、4个Oct1、2个潜在AP1的结合位点,此外还存在1个GATA、3个HNF1、1个NF-κB和1个CREB等多种转录因子结合位点以及3个E-框.     

鳡线粒体ND5基因测序与序列特征分析

通过PCR扩增并克隆测序,获得了鳡（Elopichthys bambusa）线粒体ND5基因序列,该基因全长为1836bp,编码611个氨基酸残基的蛋白质,其起始密码子为ATG,终止密码子为TAA.分析该基因碱基组成及密码子使用情况,发现A＋T含量高于G＋C,并且在密码子第三位点存在明显的反G偏倚.将鳡ND5基因序列与GenBank中其他10个物种的ND5基因序列进行比对,结果表明鳡与鲢鱼的亲缘关系最近,青鱼次之.用NJ法构建11个物种的系统进化树,结果表明雅罗鱼亚科、鲌亚科和鲢亚科之间的亲缘关系很近,而鲤亚科与它们之间的亲缘关系相对较远.     

新牧1号苜蓿MvDREB基因的克隆和序列分析

以新牧1号苜蓿为研究材料,采用RT-PCR方法,设计特异引物,从新牧1号苜蓿中克隆获得MvDREB基因cDNA,测序结果该片段全长为651 bp,Genbank登录号为GU073286.生物信息学分析结果表明,该基因序列与紫花苜蓿核苷酸序列相似度达99%,编码216个氨基酸,MvDREB蛋白氨基酸序列分析比对显示该蛋白属于AP2/ERF家族的亲水性核蛋白,蛋白质分子量为24873.1,理论等电点pI为5.90,不稳定参数为45.07.     

鸡γ-干扰素的克隆和序列分析

根据GenBank发表的鸡γ-干扰素核苷酸序列,使用primer 5设计一对特异性引物,通过RT-PCR技术从ConA诱导培养的鸡脾脏淋巴细胞中克隆出鸡γ-干扰素基因并对其进行测序,测序结果表明,鸡γ-干扰素基因全长495bp,具有一个完整的开放阅读框,编码164个氨基酸,与国外发表的序列比较,两序列间同源性为100%.计算机软件对鸡γ-干扰素编码的氨基酸序列进行了抗原性分析,结果表明鸡γ-干扰素具有良好的免疫原性.     

八棱海棠类Caspase基因cDNA的克隆及序列分析

以八棱海棠cDNA为模板,采用RT-PCR、巢式PCR、3’RACE、5’RACE技术,获得了类天冬氨酸特异性的半胱氨酸蛋白水解酶(Caspase)基因cDNA 1429bp的全长序列。序列分析表明,Caspase基因cDNA序列编码358个氨基酸,N端含有1个23个氨基酸的信号肽。进化树分析显示八棱海棠与山杏在该基因座位上亲缘关系最近,属于一个分支。     

番茄（Lycopersicum esculentum）几丁质酶基因LeCHI的克隆与序列分析

根据GenBank发布的几丁质酶基因序列设计PCR引物,从叶片cDNA中克隆到了番茄几丁质酶基因,并命名为LeCHI,基因在NCBI中的登陆号为FJ849060。测序结果表明,LeCHI编码区全长为762 bp,编码253个氨基酸。RT-PCR检测表明,LeCHI基因在根、茎、叶和花蕾中均有表达。序列比对结果表明,LeCHI编码的氨基酸序列与同科的马铃薯、辣椒有较高的同源性。     

菊芋类金属硫蛋白基因htMT2的克隆及其表达特征分析

从菊芋（Helianthus tuberosus L.）块茎cDNA文库中获得了一个新的植物类金属硫蛋白基因 htMT2的cDNA序列,全长509bp,包括240bp的开放阅读框、62bp的5’端非翻译区、207bp的3’端非翻译区.通过     

长白蝮蛇类凝血酶基因（Ussurase）的克隆及分析

从长白蝮蛇（Agkistrodon halys Ussuriensis)毒腺中抽提总RNA，采用RT－PCR扩增其类凝血酶基因，经全序列测定，类凝血酶基因ussurase全长为699个核苷酸，即编码233个氨基酸；根据同源性，推测它的活性中心为His^40,Asp^85和Ser^179；二硫键为Cys^7-Cys^138,Cys^25-Cys^41,Cys^73-Cys^231,Cys117-Cys^185,Cys^149-Cys^164和Cys^175-Cys^200。该蛇毒类凝血酶cDNA序列及推导的氨基酸序列均为首次报道。     

鸡新城疫病毒ND-xx08株F基因的克隆及分析

新城疫病毒(NDV)ND-xx08毒株经10 d龄SPF鸡胚增殖后,提取其基因组RNA并反转录成cDNA,用NDV F基因特异性引物,经PCR扩增后获得与F基因预期大小一致的DNA片段。将NDV F基因片段克隆到pMD18-T载体上,并进行EcoR I和Hind III双酶切鉴定和测序鉴定。结果显示,ND-xx08毒株F基因片段的长度为1 662 bp,共编码554个氨基酸,F蛋白的裂解位点为112R-R-Q-K-R-F117,是典型强毒株氨基酸序列结构。将NDV ND-xx08株F基因的47 bp到420 bp序列与新城疫病毒基因型I至基因型Ⅸ毒株的相同序列绘制病毒基因进化树,显示ND-xx08分离株属于基因Ⅶe型。将NDV ND-xx08株F全基因与国内外发表的23株NDV F基因核苷酸序列和氨基酸序列的同源性比较分析,结果表明,其核苷酸序列的同源性在82.7%~97.8%之间,氨基酸同源性在87.5%~97.7%之间。     

马氏珠母贝核糖体蛋白S13基因的克隆和序列分析

构建马氏珠母贝腹足SMART cDNA质粒文库,测序和在GenBank中进行同源性查找,得到了核糖体40s亚基S13基因的全长cDNA序列。马氏珠母贝S13的cDNA全长554bp,推测的开放阅读框位于27-479,编码151个氨基酸,其中亮氨酸16个,所占比例为10.6%。马氏珠母贝S13同鲶鱼以及真菌纲的球毛壳的同源氨基酸序列相似性分别为90.05%和72.85%,很保守,可以用于种以上生物的进化关系研究。聚类分析显示,马氏珠母贝与脊椎动物和昆虫的亲缘关系较近,同线虫、水稻、啤酒酵母和球毛壳等动植物、真菌等相距较远。     

鸡源NDV WF00C株F基因的测序与蛋白特性分析

用鸡源新城疫病毒凤阳分离株WF00C对9～10 日龄SPF鸡胚的尿囊腔接种,成功增殖了该病毒,采用一步法RT-PCR技术扩增WF00C病毒的F基因,获得了1条1.7kb的特异性条带.用PCR产物直接测序.测序结果表明,扩增片段大小为1782bp,含有1个1662bp的开放性阅读框,编码554个氨基酸.核苷酸同源性分析表明:WF00C株与国内外其他NDV F基因的同源性为84.8%～97.5%,其中与国内标准强毒株F48E9的同源性为87.1%,说明WF00C与国内外的传统毒株有较大变异.与Taiwan95株和J株的同源性为94.1%和97.5%,说明WF00C与Taiwan95株和J株亲缘关系较近,具有较高的相似性.F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为112Arg-Arg-Gln-Lys -Arg-Phe117, 表明为NDV的强毒株.蛋白疏水性和抗原性分析表明与标准强毒株相比没有太大的变异.     

拟南芥β-淀粉酶家族基因密码子使用特性分析

该研究分析了拟南芥9个β-淀粉酶家族基因（BAM1―BAM9）在cDNA和蛋白质上的同源性,分析了每个基因反映密码子使用特性的参数：GC含量、同义密码子第1～3位置中的GC含量、有效密码子数等.结果表明,拟南芥β-淀粉酶家族基因在密码子的使用特性上不存在的偏好性.Spss分析表明,ENc与GC3s%和GC%呈显著正相关（P〈0.05）.拟南芥β-淀粉酶家族基因序列间的同源性差异较大,在cDNA和蛋白质序列上的基因同源性分别为41.6%～64.2%和29.4%～62.6%,其中,BAM5和BAM6间的同源性最高.     

南瓜种子中黄瓜绿斑驳花叶病毒IC-RT—PCR检测方法的建立

黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus, CGMMV)是葫芦科重要种传病毒之一.本文建立了免疫捕获RT-PCR(IC-RT-PCR)的分子检测方法直接从带毒种子中检测出该病毒,扩增获得其CP基因,并克隆到pMD18-T载体中,经核苷酸序列分析表明,该分离物CP基因全长为486个核苷酸,编码由161个氨基酸组成的17.3kDa蛋白,与国内外已报道的CGMMV的CP基因相比,其核苷酸序列的同源性为91.4%~99.4%,其推导的氨基酸同源性为98.8%~100%.IC-RT-PCR方法的建立,为检疫部门提供了从带毒种子中快速、准确检测该病毒的方法,很有应用前景.     

日本对虾Rab基因的克隆、结构分析与重组表达

通过3′RACE和5′RACE获得对虾Rab基因(命名为PjRab)的cDNA全长,其ORF为636bp,编码212个氨基酸.序列分析发现,PjRab具备Rab蛋白的基本特征,但在C-端与已知的Rab蛋白不同,可能是一种新的Rab蛋白,这是首次在海洋无脊椎动物体内克隆到该基因.对该基因进行了原核表达,并得到了有活性的表达产物.     

鹅MYL1基因的克隆及胚胎期表达特征分析

肌球蛋白是肌纤维的主要组成成分,在肌肉生长和收缩过程中具有重要作用.本研究以鹅（Anser anser）肌肉总RNA为模板,采用RACE的方法,克隆肌球蛋白轻链1（MYL1）基因全长cDNA序列,并进行生物信息学分析.运用实时荧光定量PCR检测MYL1基因在鹅胚胎期的表达特征.结果表明,鹅MYL1基因全长cDNA为1542 bp,编码193个氨基酸残基的肽链.预测鹅MYL1蛋白等电点5.12,分子量21.75 KD,具有典型的EFh和FRQ1结构域,且不同物种间EFh氨基酸序列高度同源.荧光定量PCR结果显示鹅胚胎期MYL1基因mRNA表达量总体呈现上升后下降的趋势,该基因在胚胎期E7就有表达,E7以后表达量逐渐上升,在E18表达量达到高峰后下降.研究结果首次提供了鹅肌肉组织主要结构基因MYL1的全序列和蛋白特征信息,并揭示该基因在鹅肌肉组织发生和发育的功能.     

日本对虾β-actin基因的克隆表达与纯化

利用RT-PCR技术从日本对虾中克隆到β-actin基因的cDNA,通过双酶切将其克隆到原核表达载体pGEX-4T-2中,转化大肠杆菌E.coli BL21感受态细胞,获得阳性克隆.4℃下IPTG诱导表达,Glutathione Sepharose 4B纯化后获得高纯度的β-actin蛋白.①     

云南省水稻矮缩病毒S10片段的序列分析

用RT？PCR方法从云南省寻甸、嵩明、通海、芒市、沾益和陆良6个地区的水稻样品中扩增到水稻矮缩病毒S10片段部分序列,核苷酸测定及序列分析表明,6个地区水稻矮缩病毒分离物S10片段部分序列长度均为1 071个核苷酸,含1个1 059个核苷酸的ORF,编码352个氨基酸.云南分离物S10片段之间的核苷酸同源性约为97.9%~99.9%,其编码的氨基酸同源性为97.7%~100%;云南分离物与日本分离物的S10片段核苷酸同源性和氨基酸相似性分别为94.1%~95.4%和96.3%~99.2%,与中国分离物的S10片段核苷酸同源性和氨基酸相似性分别为94.8%~96.6%和95.2%~96.6%.云南分离物在亲缘关系上与日本分离物较中国分离物近.     

CMV甜瓜分离物外壳蛋白基因的克隆及其生物信息学分析

从河南省临颖县采集的病毒感染的甜瓜样本经ELISA检测和接种分离获得黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic vi-rus,CMV）分离物。把该分离物接种于西葫芦,从发病的叶片中提取总RNA,并以此为模板经RT-PCR扩增获得CMV的外壳蛋白（cp）基因,将其克隆到pUCm-T质粒上。经序列测定和生物信息学分析,结果表明该cp基因由657个核苷酸组成,编码218个氨基酸。预测该蛋白的等电点为5。12,分子量约为24kD。其核苷酸序列与黄瓜花叶病毒亚组I的分离物有较高的同源性,达92.2%～93.9%,与亚组II的同源性仅为76.8%～77.8%,与我国报道的CMV分离物的cp基因序列比较,只有香蕉株系XB外核苷酸序列的同源性达91.8%～93.4%。根据这些分析,该CMV分离物属于亚组I。另外还对黄瓜花叶病毒外壳蛋白的高级结构作出了预测。     

赤眼鳟Myf5基因的克隆、序列和表达分析

生肌调节因子（MRF）基因家族的表达决定着肌细胞的命运,并控制其增殖和分化．Myf5是生肌调节因子MRF基因家族中的一个成员．本文提取赤眼鳟肌肉总RNA,采用RT—PCR技术获得赤眼鳟Myf5基因的部分cDNA序列,共338bp,编码112个氨基酸,含有部分bHLH结构．通过同源性分析发现赤眼鳟Myf5基因编码区与草鱼的同源性高达97．34％．半定量RT—PCR分析表明赤眼鳟Myf5基因在心脏和肾脏中表达量较高,鳃和肌肉中表达量次之,肝脏、脑和肠中表达量较弱．本结果为进一步研究该基因对肌肉生长发育的作用机理奠定了基础．