基于网络药理学探究益肾活血方治疗糖尿病肾病的活性成分及作用机制

目的:基于网络药理学探究益肾活血方治疗糖尿病肾病(Diabetic nephropathy,DN)的活性成分和作用机制.方法:通过TCMSP数据库分析益肾活血方的活性成分及靶点;借助GeneCards、OMIM及TTD数据库收集DN的靶点;利用韦恩工具取二者的交集靶点,借助STRING平台构建交集靶点的蛋白互作网络;采用Cytoscape 3.7.2软件构建"成分-疾病-靶点"网络图;通过DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路分析.结果:筛选出益肾活血方活性化合物123个,核心化合物为槲皮素、山柰酚、木犀草素、黄芩素、异鼠李素、丹参酮ⅡA.核心靶点为IL-6、VEGFA、CASP3、BCL2、PTGS1等.KEGG通路主要涉及AGEs/RAGE信号通路、PI3K/Akt信号通路等.结论:黄酮类化合物及丹参酮ⅡA为益肾活血方治疗DN的核心成分.益肾活血方可能作用于IL6、VEGFA、PTGS1等核心靶点基因调控AGEs-RAGE通路,作用于CASP3、BCL2、VEGFA等核心基因调控PI3K/Akt信号通路,延缓糖尿病肾病的发展.     

基于网络药理学及分子对接联合GEO芯片分析红花治疗冠心病的作用机制

运用网络药理学及分子对接联合GEO芯片分析的方法，分析红花治疗冠心病的分子靶点和作用机制。通过TCMSP平台筛选红花的有效成分和靶点；在GEO芯片数据库检索、分析、筛选芯片数据并提取冠心病的差异表达基因；将获得的药物靶点与疾病靶点取交集基因，使用STRING平台对关键靶点构建蛋白互作网络；利用Metascape数据库对关键靶点进行GO和KEGG富集分析，应用AutoDockTools软件进行分子对接，预测作用机制。共获得红花17个有效成分，对应218个作用靶点，药物靶点与疾病靶点交集基因22个；筛选到核心活性成分黄芩素、β-胡萝卜素、β-谷甾醇等，核心靶点VEGFA、MMP9、JUN等；GO和KEGG分析呈现生物过程199个，细胞组分17个，分子功能19个，富集通路涉及到IL-17信号通路、糖尿病并发症相关AGE-RAGE信号通路等；分子对接结果β-胡萝卜素、豆甾醇等与核心基因结合良好。文章初步揭示红花治疗冠心病的活性成分、作用靶点及信号通路，红花通过多成分、多靶点、多通路的方式发挥治疗冠心病的效用。     

基于网络药理学探讨龟鹿二仙胶对放化疗后骨髓抑制的机制研究

目的:基于网络药理学探讨龟鹿二仙胶(Gui-Lu-Er-Xian-Jiao, GLEXJ)治疗肿瘤放化疗后骨髓抑制(bone marrow suppression, BMS)的作用机制。方法:运用TCMSP、TCMID数据库获取活性成分和作用靶点,在GeneCard、DisGeNET等数据库检索疾病靶点,成分靶点与疾病靶点映射后利用Cytoscape软件构建GLEXJ"活性成分-靶点-疾病"调控网络,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建PPI网络,metescape数据库进行GO和KEGG富集分析,利用AutoDock软件进行分子对接验证。结果:筛选得GLEXJ 86个活性成分,度值较高的化合物有槲皮素、山萘酚、豆甾醇、β-谷甾醇等,其作用于ESR1、RELA、EGFR、FOS等89个关键靶点,这些靶点主要富集在MAPK、TNF、PI3K-Akt等与BMS相关的通路上。分子对接结果显示:槲皮素、豆甾醇等成分与RELA、CCND1等核心靶点具有较强的结合活性。结论:GLEXJ治疗BMS的作用体现了中药多成分、多靶点、多通路的特点,其机制可能与调控细胞增殖、调节细胞周期、调控氧化应激等多方面相关。     

藏药日官孜玛提取物对H2O2诱导GES-1细胞损伤的保护作用及潜在机制研究

日官孜玛是治疗胃溃疡的常用道地藏药材，但其物质基础和作用机制尚不清楚。本研究通过网络药理学和H₂O₂诱导的体外胃粘膜损伤模型，研究日官孜玛总提取物及其4个单体化合物Al ocryptopine(A)、Bicucul ine(B)、Cheilanthifoline(C)、Protopine(D)对过氧化氢(H₂O₂)诱导的人胃粘膜上皮细胞(GES-1)炎症的保护作用，以揭示其抗炎作用的物质基础和主要作用机制。通过网络药理学方法共收集日官孜玛活性成分17个、潜在靶点525个、与胃溃疡相关疾病靶点4 232个，活性成分靶点与疾病靶点交集后获得263个核心靶点。GO富集分析结果显示这些基因主要影响细胞信号转导、核受体的活性、蛋白质结合等生物过程。KEGG富集分析显示PI3K-AKT信号通路和一些癌症相关通路的基因富集较多。体外实验结果显示AKT1、HASP90AA1、MAPK1、PIK3CA是其重要靶点。MTT结果显示，与正常组相比，200μg/m L日官孜玛总提物表现出显著的细胞毒性；单体化合物B在25～...     

基于网络药理学和分子对接探讨五子衍宗丸对骨质疏松的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接技术探讨五子衍宗丸对骨质疏松（Osteoporosisi,OP）的作用机制。方法：对五子衍宗丸的有效成分进行多个数据库及文献检索，确定对应靶点，从多个数据库中检索骨质疏松靶点，并构建蛋白互作网络图，通过可视化软件Cytoscape构建化合物-靶点图，分析五子衍宗丸治疗骨质疏松的机制，并运用分子对接进行验证。结果：筛选到五子衍宗丸对应靶点有470个，五子衍宗丸与骨质疏松共有靶点29个，富集到179个与骨质疏松相关的信号通路，其中糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路、雌激素信号通路、JAK-STAT信号通路等富集显著。分子对接结果显示对接结果稳定。结论：五子衍宗丸活性成分可能通过调节激素水平、抗炎、改善骨代谢等药理作用在骨质疏松症中发挥作用。     

大学生互联网+双创实践之Apriori数学算法模型在中医药方向的应用——川芎成方配伍规律与药理机制研究

川芎是一种常见的活血化瘀的中药,可以治疗多种疾病。文章基于大学生互联网+创新项目研究之Apriori算法模型,用以研究证明川芎成方的配伍规律和系统药理机制。方法 采用R语言arules包的Apriori算法,对《中国药典》中川芎成方配伍规律进行了分析。通过STITCH数据库预测了川芎核心组方中主要化学成分的潜在靶点,通过STRING和DAVID数据库构建了靶点的PPI网络和KEGG通路。结果 研究发现“川芎-当归-白芍-熟地黄”是含川芎的关键配方。CTN网络和PPI网络显示,核心配方的主要成分“川芎嗪-阿魏酸-芍药苷-毛蕊花糖苷”（LFPA,Ligustrazine-Ferulic acid-Paeoniflorin-Acteoside）可直接靶向TNF、CXCL8、TLR4、CCL2、DECR1、EGFR、MAPK1、MAPK3等56个靶点。KEGG通路富集表明LFPA能调控NOD样受体、Toll样受体、HIF-1、TNF、MAPK、mTOR等信号通路,以及抗菌、抗病毒、抗炎症、抗肿瘤等通路的作用,发挥多靶点、多途径的系统药理作用。结论 LFPA可通过多靶点、多途径发挥多重药理作用。...     

基于生物信息学探讨藏药红景天治疗胃腺癌的有效成分及低氧相关mRNA研究

目的 通过生物信息学方法探索并验证藏药红景天治疗胃腺癌有效成分及低氧相关mRNA。方法通过ETCM和HERB数据库检索、文献补充收集红景天的化学成分,经过Swiss Target和STITCH数据库筛选红景天成分作用靶点;通过Genecards数据库筛选低氧相关mRNA靶点;从TCGA数据库、GEO数据库中下载正常人和胃腺癌(STAD)患者的临床资料和基因表达数据,经加权基因共表达网络分析(WGCNA)获得相关靶点;将四者进行相互映射,取交集共筛选出红景天治疗STAD的低氧相关mRNA;使用Cytoscape 3.7.2绘制“药物-化合物-疾病-靶点”图,并对核心基因进行GO、KEGG分析;通过GEPIA2在线工具进行生存分析验证差异表达;最后通过HPA数据库验证其蛋白表达。结果 从红景天中筛选得到38个化学成分和387个作用靶点,Genecards数据库获得1665个低氧相关mRNA靶点,通过对TCGA数据集WGCNA获得12502个基因,GEO数据集WGCNA获得619个基因。取交集获得ESR2、FABP3、PTGER2、ADA、CA9、CSNK2A1、HPSE、CCNB1共8个共...     

中药内服治疗急性腰扭伤的用药规律及其高频药对的药理分析

目的:利用文献计量学方法归纳各方使用中药内服治疗急性腰扭伤的用药规律,然后运用网络药理学方法对得出的高频药对进行分析.方法:计算机检索中外数据库,收集有关使用中药内服治疗急性腰扭伤的临床研究.结果:严格按照纳入标准对所检索文献进行筛选,"赤芍-续断"为最高频次药对.通过网络药理学方法分析"赤芍-续断"药对,发现其有效化学成分有35个,对应101个作用靶点,靶点富集出9条信号通路.其中赤芍化合物-苯甲酰芍药苷的关键作用靶点-血浆组织因子显著富集于HIF-1信号通路.结论:赤芍可以通过调控血浆组织因子使其作用于HIF-1信号通路以减少机体因创伤而致的瘀血凝聚症状,推测"赤芍-续断"药对治疗急性腰扭伤具备疗效.     

基于网络药理学方法探讨瑶药四方藤抗类风湿性关节炎的作用机制

文章运用反向分子对接的手段探讨四方藤抗类风湿性关节炎的机制。选择四方藤中11个主要化学成分,应用Chem Bio Draw软件画出化学结构式,通过Pharm Mapper数据库分析预测潜在作用靶点,运用DAVID和KEGG数据库预测其作用通路信息,并构建四方藤作用机制网络。得到EGFR,MAPK1 PDPK1等四方藤主要成分作用靶点122个,并聚焦到21条相关通路,这些通路主要与炎症反应、糖尿病、癌症相关。结果表明,瑶药四方藤抗类风湿性关节炎作用可能与炎症反应中的相关靶点和通路有关。     

基于网络药理学和分子对接探讨护肝宁片治疗乙型肝炎的作用机制

目的：通过网络药理学研究护肝宁片治疗乙型肝炎的作用机制。方法：利用TCMSP数据库收集护肝宁片活性成分，构建化合物—靶点图。通过GeneCards和OMIM数据库获取乙型肝炎相关靶点，将护肝宁片活性成分靶点与乙型肝炎疾病靶点取交集，得到关键靶点。通过对共有核心靶点进行蛋白质相互作用分析，分析蛋白相互作用（PPI）中度中心度（DC）、中间性中心性（BC）、紧密性中心性（CC）筛选核心靶基因。选取的护肝宁片主要活性成分与关键靶点进行分子对接。结果：筛选到护肝宁片中木樨草素、槲皮苷、隐丹参酮、丹参酮等81种主要化学成分和198个相关靶点，其中关键靶点有TP53、AKT1、VEGFA、STAT3等。护肝宁片中的活性成分可能通过线粒体、膜筏等细胞组分参与DNA生物合成、细胞凋亡、星形胶质细胞的激活等多种生物学过程，作用通路为乙型肝炎、PI3K-AKT等。分子对接结果显示主要化学成分与核心靶点的结合力均较强，蛋白结晶复合物构象稳定。结论：研究初步表明了护肝宁片通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗乙型肝炎的作用机制。     

基于网络药理学探究四神煎治疗糖尿病周围神经病变的分子机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术，探究四神煎治疗糖尿病周围神经病变（Diabetic peripheral neuropathy,DNP）的药理分子机制，为经典方剂临床应用提供初步的现代理论依据。方法：通过Batman-TCM数据库（http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/）获取黄芪、石斛、牛膝、远志、金银花五味中药的主要化学成分及靶点信息；利用String11.0数据库（https://www.string-db.org/）进行蛋白质相互作用分析，构建PPI网络并进行可视化分析，预测其中发挥作用的主要蛋白靶点。在Metascape数据库进一步分析核心靶点参与的生物过程及通路，采用CytoScape 3.8.0软件构建“四神煎成分-核心靶点-通路”关系网，分析其中主要发挥作用的成分及关键靶标，最后运用AutoDockTools-1.5.6进行分子对接，对接结果用PyMOL显示。结果：得到四神煎治疗DNP的活性成分79个，对应靶点456个，交集核心靶点113个，预测四神煎治疗DNP的主要活性成分为茉莉酮，核心基因ALB、TNF、PTGS2、CREB1、CA...     

基于体外实验和分子对接研究枫杨果抑菌活性及分子机制

目的:基于体外实验和分子对接研究枫杨抑菌活性及机制。方法:以枫杨果、树皮、叶为研究对象,分别研究其水提物和醇提物(70%乙醇)对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、绿脓杆菌、伤寒沙门菌、化脓性链球菌、表皮葡萄球菌的抑菌活性,确定抑菌谱和最小抑菌浓度(MIC)。利用活性追踪方法,通过硅胶吸附色谱、薄层色谱等手段,分离单体化合物,并进行抑菌活性研究,选择PBP5、FabI、FabH、Fts Z 4个抑菌关键蛋白靶点,利用Systems Dock Web Site软件进行分子对接,研究其抑菌机制。结果:实验发现枫杨果的醇提物抑菌效果最好,对伤寒沙门菌最小抑菌浓度为7.81 mg/mL,首次从枫杨果中分离得到β-谷甾醇、β-胡萝卜苷、齐敦果酸,三个化合物对于PBP5、FabH、FtsZ蛋白靶点Docking score均大于7,结果活性很好。结论:枫杨果醇提物抑菌谱广、抑菌能力强,其可能是通过抑制革兰氏阳性菌细胞壁肽聚糖的合成,以及细菌脂肪酸的生物合成,干扰其生物膜的形成从而抑制细菌的生长和繁殖,从而起到广谱的抗菌效果。     

五种五味子属药用植物及东紫苏的化学成分和生物活性研究

对五种五味子属(Schisandra)药用植物（小花五味子Schisandra micrantha,狭叶五味子S. lancifolia,滇翼梗五味子S. henryi var. yunnanensis var. yunnanensis,复瓣黄龙藤S. Plena,华中五味子S. sphenanthera）和唇形科植物东紫苏 (Elsholtzia bodinieri) 的化学成分进行了研究,从中共分离鉴定了101个化合物,26个为新化合物。首次从3种五味子属植物中发现了3种高度氧化的新奇骨架类型。此外,还发现了18,19-seco-乌索酸型苷和17,20断裂并失去17位侧链的羊毛甾烷型和环阿尔廷型八降三萜等新的骨架类型。 对分离得到的部分化合物进行了体外抗HIV-1、急毒、抗炎和抗肿瘤活性实验,发现部分化合物具有抗HIV-1活性。其中化合物SM-10和SM-26具有显著的抑制HIV-1病毒活性,选择指数分别为174.08和 >25.04。且毒性较小,作为作用于病毒与细胞结合和融合靶点的小分子化合物具有重要的意义。     

3-N-苄氧羰基-β-氨基丁酸糖酯的合成及生物活性

β-氨基丁酸属于衍生羧酸类的非蛋白质氨基酸,其是植物中很多存在的光谱性非蛋白质氨基酸。β-氨基丁酸早在1960年就被提出可以有效提高植物的抗病性,如番茄、马铃薯、棉花、向日葵等,其具有抵御多种病原物的作用,如病毒、细菌、真菌及线虫等。将β-氨基丁酸和糖分子合成在一个分子内,并设计成8个新糖脂化合物。本文主要阐述了目标化合物3a~3e的合成试验、目标化合物3f~3h的合成试验,并分析了合成结果,针对3-N-苄氧羰基-β-氨基丁酸糖酯的合成产物表征、离体活性检测、活体活性检测进行了研究和探讨。     

枫杨抗乳腺癌化合物的虚拟筛选

为了筛选植物枫杨中具有抗乳腺癌活性的化合物,采用Discovery Studio 2.5软件的CDOCKER模块,以已知的枫杨小分子作为配体,乳腺癌相关的BCL-2、MT1-MMP、HER-2作为受体进行分子对接,根据其对接结果分值,判断其亲和活性,找出枫杨中具有抗乳腺癌活性的化合物。实验结果显示:配体与BCL-2、MT1-MMP这两种受体的结合活性较HER-2强,69个配体中萜类和甾体类化合物对接活性强于其他种类化合物,其中3-乙酰白桦脂酸、2α,3β,23-三羟基齐墩果酸、齐墩果酸、白桦脂酸、(24S)-4,6,8(14),22-麦角甾四烯-3酮、羽扇豆-1β,3β-二醇和枫杨醌对所选的三种受体均有对接活性,且结合能相对较低。通过虚拟筛选,初步确定了枫杨69个化合中具有抗乳腺癌活性的化合物,为后续枫杨抗乳腺癌活性及作用机制研究提供参考。     

新型杀菌剂的合成与生物活性研究

目的:分析新型杀菌剂的合成与生物活性。方法:对新型杀菌剂合成的研究主要采用高效液相色谱法(HPLC),以甲醇∶水=70∶30为流动相,将254 nm作为物质的检测波长。分析新型杀菌剂的原料配比、反应温度和反应时间对收率、转化率及选择性的影响。通过配制50 mg/L的新化合物以及肪菌醋的溶液和PDA培养基进行混合,接入直径为6.5 mm的病原菌菌丝块,每个步骤均反复进行3次,放置于培养箱中在(24±2)℃环境下培养6~7 d后,对菌落直径进行测量,计算出相对抑制率,以培养稻瘟病菌、水稻纹枯病菌和黄瓜灰霉病菌等菌种,分析新型杀菌剂对其的抑菌性从而实现新型杀菌剂的生物活性研究。结果:新型杀菌剂1-(4-氯苯基)-3-羟基吡唑的最佳反应条件∶原料配比为1∶5,最佳反应时间为1 h,最佳反应温度为40℃。反应收率可达74.4%,具有很高的性能。通过化合物5对水稻纹枯病菌、黄瓜灰霉病菌和稻瘟病菌进行抑菌试验后发现,新化合物的杀菌活性相对较优,存在个别化合物的抑菌活性接近已有化合物肟菌酯的活性。     

萜类化合物抗肿瘤及其作用机制研究进展

目的:为进一步研究萜类化合物的抗癌药物提供一定的研究基础。方法:通过查阅近年来国内外的相关文献,对萜类化合物的抗肿瘤活性及其机制研究进行分析和总结。结果及结论:萜类化合物在自然界中具有广泛的存在,近年来对其研究也较为活跃,进展也十分迅速。萜类化合物的研究具有很重要的生物学意义,例如紫杉醇、灵芝酸等萜类化合物具有较强的抗肿瘤活性,可以通过抑制肿瘤细胞生成、诱导DNA损伤等机制发挥作用。     

南川木波罗种子的化学成分研究

目的:研究南川木波罗种子的活性成分。方法:采用柱层析,ODS等色谱技术进行分离纯化,通过波谱技术分析鉴定化合物结构。结果:从南川木波罗种子的二氯甲烷提取物中分离得到3个化合物,根据波谱数据鉴定为甘草素(Liquiritigenin)(1),桂木二氢黄素(Artocarpanone)(2)和桑叶活性黄酮(Norartocarpetin)(3)结论:化合物1为首次从该植物中分离得到     

几种醛胺二糖的合成及其生化研究

目的合成几种醛胺二糖化合物,通过对其结构和生化性能的研究,明确了不同的醛胺二糖结构对其生物活性的作用机制。方法:采用化学合成的方法,以戊糖缩二胺(即化合物[1])为原料,合成一系列有机化合物[2-8]。结果:利用H.NMR对这些化合物进行表征,确认其结构。通过对革兰氏细菌的抗菌实验进行生物化学方面的研究。结论:实验结果表明这些醛胺二糖化合物均具有较高的抗菌活性,尤其是化合物[2-4]。     

肺腺癌患者的生存分析和信号通路分析

目的:研究影响肺腺癌生存率的因素,突变基因的信号通路分析,为研究肺腺癌的发病机制和临床诊治提供指导。方法:从cBioPortal数据库下载522例肺腺癌患者数据。采用R软件分析数据的基本信息,研究生存分析,关键信号通路与肺腺癌的关系。结果女性患者占比53.64%,患者的平均年龄为65.33岁,且大部分为60岁及以上的老年人,老年患者占比72.42%,吸烟患者占比为85.24%。有其他恶性肿瘤病史的患者中位生存时间为21.4个月,无其他恶性肿瘤病史患者的中位生存时间30.8个月,且具有统计学意义(p=0.0057)。信号通路富集分析中钙粘蛋白信号通路,Wnt信号通路,烟碱乙酰胆碱受体信号通路等通路具有显著的统计学意义。结论:肺腺癌是否有其他恶性肿瘤病史与生存时间有关,携带有其他恶性肿瘤病史的患者生存时间减少。肺腺癌与Wnt信号通路,钙粘蛋白信号通路,烟碱乙酰胆碱受体信号通路等信号通路有关。