野生蒿属植物的DNA分子鉴定

从19对候选DNA条形码基因中筛选出ITS2和psbA-trnH,用于对9份蒿属植物进行DNA分子鉴定和系统亲缘关系分析.结果表明:ITS2的变异位点数为19,分离位点数为11.psbA-trnH的保守位点数为435,变异位点数为6,分离位点数为6.基于ITS2+psbA-trnH联合基因分析的保守位点有845个,多态位点有22个,简约信息位点7个.NJ系统进化树形成三个明显的进化分支:分支Ⅰ包含蒿属艾组植物中的野艾蒿、艾、蒙古蒿,表明其亲缘关系较近;分支Ⅱ为1个腺毛蒿组的南毛蒿植物单独聚类,显示该组植物在进化关系上较为独立;分支Ⅲ为艾蒿组黄花蒿系的黄花蒿植物,表明艾蒿组植物与艾组植物存在较明显的遗传分歧,且证明黄花蒿与艾、野艾蒿和蒙古蒿的亲缘关系较远.     

matK和rbcL序列在半夏属中的应用

为了分析半夏属物种之间的亲缘关系,选用了mat K和rbc L序列对半夏属7个种共21个个体进行了分析。经比对后用MEGA5.0计算种间的k2p遗传距离并基于该距离建立了NJ系统发育树。结果表明,只有mat K和rbc L联合序列能分开这7个物种,mat K和rbc L单独序列均不能将这7个物种分开。表明mat K和rbc L联合序列可以作为DNA条形码鉴别半夏属物种。但是对于准确探讨该属的亲缘关系有一定难度。     

不同绿藻核rDNA间隔区ITS的序列和系统发育分析

通过分析石莼(Ulva lactuca),裂片石莼(Ulva fasciata),礁膜(Monostroma nitidum)和浒苔(En-teromorphaprolifera)样品的ITS+5.8S rDNA区序列,与GenBank中相应序列进行比对,分析了多种绿藻的系统发育关系.结果显示,浒苔(E. prolifera)与浒苔属和石莼属内其他种的同源性系数分别约为93.0%和63.8%;石莼属和浒苔属GC%含量均在62.6%左右,聚类分析显示两属区分不明显.本研究表明:浒苔(E.prolifera)归属到浒苔属是有依据的;浒苔属与石莼属并非严格区分的属;地理距离对绿藻分子演化具有较大的影响.     

沼生花褶伞rDNA的ITS序列测定及分析

采用分子生物学手段,运用PCR技术,以rDNA的ITS区为分子指标,首次对我国沼生花褶伞的核糖体DNA中的转录间隔区(ITS)序列进行了测定.通过对沼生花褶伞和紧缩斑褶菇的ITS序列进行相似性比对和分析,序列同源性高达84.3%,从分子水平上证明它们具有较近的亲缘关系.     

ITS标记用于松科植物分子谱系研究的可行性

提取伊春市和长白山的红松DNA和东北林业大学的3种松科植物DNA,利用ITS序列分析技术研究其遗传多样性。测序后通过和GenBank中序列比对,采用最大简约法(Maximum Parsimony,MP)、最小进化法(Minimum Evolution,ML)和邻位相接法(Neighbor Joining,NJ)构建系统发育树。结果显示,红松、樟子松、黑皮油松被分为一组;花旗松、欧洲冷杉、黑云杉、金钱松被分为另一组;而长白落叶松单独分了出来。用以上结果与以往的研究进行比较,以探讨ITS标记用于松科植物分子谱系研究的可行性。     

腺水螨属部分物种DNA条形码分析

为探讨DNA条形码在腺水螨属物种鉴定中可行性,对腺水螨属16种93条CO I序列进行分析.使用MEGA软件分析遗传距离、构建NJ系统发育树;使用ABGD软件对物种进行划分.结果显示:Lebertia porosa和Lebertia schechteli的种内遗传距离大于2％,其余种内遗传距离均小于2％,除L.poros...     

紫菜（Porphyra）叶状体rbcL基因分类学分析

对采自江苏海安的坛紫菜(PorpHYRA haitanensis),浙江南麂的长紫菜(P.dentata)、圆紫菜(P.suborbiculata)和广东汕头的皱紫菜(P.crispata)4种紫菜叶状体rbcL基因进行扩增及序列测定,并用NJ法构建系统树.序列分析结果表明,4种紫菜rbcL扩增序列长度均约为1400bp,其中皱紫菜与坛紫菜仅6个碱基差异位点.距离矩阵结果显示,各紫菜种内遗传距离在0.000～0.010之间,遗传距离最小的是坛紫菜,遗传距离最大的是圆紫菜.各紫菜种间的遗传距离在0.001～0.094之间,其中遗传距离最小的是皱紫菜与坛紫菜,遗传距离最大的是圆紫菜与皱紫菜、条斑紫菜与圆紫菜.系统树的聚类分析结果显示,坛紫菜与皱紫菜亲缘关系最近,与长紫菜形成姊妹分支,条斑紫菜和圆紫菜依次与之相聚.本研究利用紫菜rbcL序列差异可区分紫菜种间关系,结果表明系统发育地位在紫菜种间关系中有更重要的影响,结果并不支持根据边缘进行的分类系统.     

ITS序列鉴别三七及其伪品

用ITS序列作为DNA条形码来区分三七及其伪品的基源植物。通过PCR直接测序和在genbank中进行序列下载两种方法共选用了16条三七正品及伪品的ITS序列做变异分析,经Clustal X 2.0软件比对后用MEGA4.0计算种间的K2P距离并基于该距离建立了NJ系统树,并计算了"barcode gap"。结果显示,三七与其伪品水田七、姜黄、竹节参、白术、藤三七可明显区分开。表明ITS序列可作为区分三七和其常见伪品的参考DNA条形码。     

基于COⅠ基因的10种水螨DNA条形码分析

为验证DNA条形码在水螨类群中的可行性,测定6种水螨9个样本的COⅠ基因序列,并从GenBank中下载我国的4种水螨11条序列,合计10种水螨20条序列.在GenBank和BOLD Systems数据库中对9条序列进行比对和分子鉴定;采用DAMBE软件对20条序列进行碱基饱和度分析;MEGA7.0软件进行碱基序列分析,遗传距离分析以及NJ系统发育树的构建.结果显示:9条序列在GenBank和BOLD中均未能通过分子数据鉴定到具体的种类;20条序列中的A+T含量为66.4%,表现出明显的A-T偏好性,与节肢动物线粒体碱基组成基本相符;碱基替换成线性关系,未达到饱和状态,可用于后续分析;种内最大遗传距离(0.012)小于种间的最小遗传距离(0.158),存在着明显的条形码间隔;在系统发育树中,同一物种的个体均能聚成一支.研究表明基于COⅠ基因的DNA条形码技术能够在种级阶元上对水螨物种进行有效区分.     

白灵菇rDNA-ITS序列多态性分析

为了研究10个不同来源的白灵菇品种亲缘关系,采用内转录间隔区(ITS)序列分析技术,系统分析了不同地区白灵菇ITS的多态性.用ClustalX、MEGA4等软件分析结果显示,10个不同来源的白灵菇具有很近的亲缘关系,其中有9个品种的同源性高达98.5%,其可能来自同一品系,而另一个品种与其他9个差异较大,此可能来自其他品系或是一株突变品种.     

运用生物信息学方法鉴别易混种射干和鸢尾

利用Gen Bank核酸数据库中rbc L序列鉴定观赏药用植物易混品种射干和鸢尾。在Gen Bank核酸数据库下载射干和鸢尾的rbc L序列,NCBI虚拟PCR方法获取共有的对应片段,应用MEGA5.0软件计算种内种间(K2P)遗传距离和构建邻接(NJ)系统聚类树。获得4个射干rbc L序列及7个鸢尾rbc L序列,这些序列在30bp-630bp之间具有对应序列,基于该段序列分析显示射干和鸢尾之间的K2P遗传距离0.01,远大于鸢尾种内遗传距离(0.001)与射干种内遗传距离(0);NJ系统聚类树结果表明能将射干和鸢尾区分开来,分别单独聚为一类。结果表明:所选rbc L序列适用于射干和鸢尾的鉴别,可为射干和鸢尾准确应用提供鉴定依据。     

基于CoI序列对鹀亚科分子系统发育关系研究

以线粒体DNA的CoI基因全序列作为分子标记,对鹀亚科19种鸟类系统发生关系进行了分析．结果显示：全序列中含有保守位点810个,可变位点403个,简约信息位点269个．采用邻接法、最大简约法分别构建系统发生树,结果表明：铁爪鹀（Calcarius lapponicus）在鹀亚科中首先分化出来;蓝鹀（Latoucheornis siemsseni）和黄喉鹀（Emberiza elegans）亲缘关系较近,认为蓝鸦是鹀属（Emberiza）类群的一个种,不支持将它单列为一个属;小鹀（Emberiza pallasi）与红颈苇鹀（Emberiza yessoensis）之间具有较近的亲缘关系,形成姐妹关系．     

真核生物ITS2高级结构及其系统发育应用

ITS2是真核生物rRNA基因的重要组成部分,在rRNA基因加工成熟过程中起到至关重要的作用．ITS2的高级结构相对保守,对其序列进化表现一定程度的限制作用．ITS2保守的结构域和二级结构为广范围遗传距离排序提供了重要的技术保障．正因为如此,ITS2在高级阶元系统发育关系分析中展示出诱人的前景．     

基于18S rDNA序列对单尾虫属（粘体门，双壳目）的系统学研究

采用18S rDNA序列为基础的系统分析方法,对采自嘉陵江磁器口江段的黄颡单尾虫Unicauda pelteobagrus Ma,1998进行了分子系统学研究,首次给出了黄颡单尾虫的SSU rDNA序列信息．同时基于18S rDNA数据、遗传距离和系统树特征讨论了尾单尾虫Unicauda caudatus和黄颡单尾虫的系统关系．结果表明,尾单尾虫与尾碘泡虫的系统关系较近,而与黄颡单尾虫系统关系较远,不支持将尾单尾孢虫和黄颡单尾虫同置于单尾虫属中,并对单尾虫属的有效性提出质疑．     

云南樟自由授粉家系子代测定及多目标选择

为选择优良的用材和景观林木种质资源,文章对由34个自由授粉家系组成的9年生云南樟子代测定林进行了调查分析.结果显示家系间树高、胸径、冠幅、冠高比的生长差异达到显著水平,树高、胸径、冠幅、冠高比平均值分别为2.70m、4.21cm、1.68m、0.63,变异系数分别为7.02％、12.14％、8.12％、6.26％,遗传力分别0.68、0.64、0.58和0.60.以树高和胸径的遗传增益都大于5％为优良用材林树种资源的选择标准,则入选6个家系的树高和胸径平均值分别为3.17m、5.80cm,遗传增益分别为11.79％、24.11％;以冠幅和冠高比遗传增益都大于5％选择优良的绿化树种种质资源,则入选2个家系的平均冠幅和冠高比分别为1.83m和0.69,遗传增益分别为6.32％和5.22％.     

来自南阳玉米穗腐病样品的玉蜀黍赤霉菌的分离及其特性鉴定

2009年在河南省西峡县、唐河县采集得到玉米穗腐病样品,样品经病原分离和单孢子纯化后,得到3个菌株Gz1、Gz2与Gz3（GenBank登记号分别为：HM769949、HM769950与HQ110051）.在致病性测定的基础上进行了rDNA-ITS序列分析,其结果表明3个菌株均与玉蜀黍赤霉菌（Gibberella zeae）有99%的同源性,用软件MEGA version 4.0构建基于r DNA-ITS序列系统发育树,3个菌株均与玉蜀黍赤霉菌在100%boostrap水平相聚于同一群;菌株Gz1、Gz2与Gz3的菌落形态和分生孢子特征均与文献描述的玉蜀黍赤霉菌相符.为此实验选取了Gz1作为代表性菌株对玉蜀黍赤霉菌的部分生物学特性做了研究.     

天门冬属4个物种的叶绿体trn L-F序列分析

对天门冬属4个物种的叶绿体trnL-F序列进行分析发现,trnL-F序列长度约为970bp,GC含量约为33.5%,存在缺失、碱基转化和碱基颠换等形式的变异;基于该序列的聚类系统发育树分为二支,其中天门冬和新疆天门冬为一支,文竹和武竹为另一支.结果认为,trnL-F序列可鉴定不同天门冬属物种,不同天门冬居群的亲缘聚类主要与纬度相关,与经度关系不大.     

五华三黄鸡线粒体DNA控制区全序列分析

采用PCR和直接测序的方法测定五华三黄鸡两个类群--丰华和太和类群的线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)全序列,比较分析其序列特征并构建系统进化树.结果表明:五华三黄鸡2个类群线粒体DNA控制区全序列长度分别为1232 bp、1231 bp.与原鸡相比,五华三黄鸡的丰华类群和太和类群都发现14个变异位点,其中丰华类群的变异均是基因转换,而太和类群有13个转换和1个缺失,没有观测到颠换;A+T碱基含量分别占60.4%和60.3%,G+C碱基含量都约占39.6%.五华三黄鸡与其它19种禽类的D-loop基因序列同源性的分子进化树聚类结果表明五华三黄鸡类群与中国红原鸡亲缘关系最近.     

樟树几种生化类型及近缘种的RAPD分析

以樟树（Cinnamomum camphora（L.）Presl）基因组DNA为材料,应用RAPD分子标记手段分析了樟树3种化学类型及3个近缘种的亲缘关系和遗传多样性。结果表明：所选材料在GS=0.19处可划分为4大类群,其中樟树与近缘种之间差异较大,近缘种种内的遗传差异不大,而几种化学类型间有明显的遗传变异,但差异程度明显小于近缘种之间的遗传差异。樟树几种化学类型及近缘种间遗传多样性明显,樟树的遗传变异丰富。