应用网络药理学预测白芍抗血吸虫病及肝纤维化的作用机制

运用网络药理学方法预测白芍抗血吸虫病及肝纤维化的作用机制。通过TCMSP数据库对白芍主要活性成分及靶点进行筛选,通过GeneCards数据库检索血吸虫病及肝纤维化相关靶点,利用Cytoscape 3.8.2软件构建药物-成分-靶点-疾病网络图,利用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,采用R语言对药物-疾病共同靶点进行GO和KEGG富集分析。筛选得到白芍中的活性成分有13个,白芍抗血吸虫病及肝纤维化的靶点有16个,PPI网络包含15个蛋白质,涉及JUN、PTGS2和CAT等。白芍抗血吸虫病及肝纤维化的通路主要有脂质和动脉粥样硬化,糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路,肿瘤坏死因子信号通路和NF-kappa B信号通路等。初步预测白芍抗血吸虫病及肝纤维化的作用机制,为其深入研究提供新思路及理论依据。     

基于系统药理学探讨抗病毒口服液治疗COVID-19分子机制

目的:基于网络药理学与分子对接技术探索抗病毒口服液在治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制.方法:使用TCMSP数据库对抗病毒口服液的中药活性成分进行检索并根据条件筛选.使用OM IM和Gene Cards数据库对疾病靶点进行筛选,构建活性成分-靶点网络图.将筛选得到的靶点用String数据库得到蛋白互作网络图.运用GO和KEGG富集分析,得到靶点-信号通路网络图.结果:共筛选得到中药活性成分靶点226个,疾病靶点256个,关联靶点21个,富集于22个生物过程及80条信号通路.根据中药-化合物-靶点网络图分析,得到排名前5的活性成分分别为槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚、木犀草素和汉黄芩素.分子对接结果显示抗病毒口服液的核心化合物与疾病靶点SARS-CoV-23CL水解酶和血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)能较好的结合.结论:抗病毒口服液中的主要活性成分通过与SARS-CoV-23CL和ACE2结合,作用于IL-6、PPARG、VEGFA等靶点,影响免疫调节、抗病毒、抗炎等途径发挥对C O V ID-19的治疗作用.     

基于网络药理学和分子对接探讨宽叶山蒿干预乳腺癌的作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨宽叶山蒿的活性成分干预乳腺癌的作用机制。方法:在SciFinder等文献数据库中检索出已报道的宽叶山蒿化合物相关结构信息,再利用PubChem、swissADME和PharmMapper数据库筛选符合要求的活性化合物及其所对应的靶点信息。利用OMIM、DrugBank和GeneCards疾病数据库进行乳腺癌相关靶点的搜索及筛选。使用Cytoscape 3.7.2软件对宽叶山蒿活性成分-靶点网络进行构建,再利用String 11.5在线平台构建蛋白相互作用(Protein-protein interaction, PPI)网络,通过Cytoscape 3.7.2软件上的MCODE插件对干预乳腺癌的关键靶点进行预测,接着将宽叶山蒿活性成分靶点和乳腺癌的靶点取交集,通过DAVID 6.8数据库对交集的靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,最后将宽叶山蒿活性成分与核心靶标用AutoDock-Tools-1.5.7进行分子对接。结果:在文献数据库中得到45个宽叶山蒿化合物结构,筛选得到11个活性成分,对应58个靶点,在疾病数据库中获得1198个疾病靶点,其中宽叶...     

基于系统药理学方法探究荆花胃康胶丸干预幽门螺杆菌所致炎症反应机制

目的:探究荆花胃康胶丸(Jinghua Weikang capsule,JWC)干预幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)所致炎症反应的作用机制.方法:采用Schr?dinger(2018)平台的QikProp模块过滤不符合ADME参数的JWC成分,用R语言factoextra和Facto MineR包对剩余成分进行主成分分析.借助Pharm Mapper Server和SwissTarget Prediction平台预测阳性药的作用靶点,并与OMIM、Genecards和Dis-GeNET数据库获得的Hp感染靶点取交集,获得阳性药对Hp感染的治疗靶点.采用Schr?dinger软件探究潜在活性成分对Hp感染治疗靶点的作用效果,借助R语言的pheatmap包构建对接结果的聚类分析热图.利用Cytoscape软件构建"药效成分-疾病靶点"网络模型,借助CluoGO插件分析JWC治疗Hp感染的作用通路.将水团花主要成分与BabA进行分子对接,探究水团花对Hp粘附的抑制作用.结果:13个候选活性化合物主要来自于土荆芥,分别作用于核心靶点T A K1、T AB1、RELB、M A PK14、MAPK11、JNK1、IKKB和ERK1.靶点映射得到KEGG通路28条,其中NF-κB/MAPK信号通路的富集靶点数最多.对接结果显示,水团花可能通过竞争性抑制黏附素BabA发挥抗Hp疗效.结论:JWC可能通过调控黏附素-MAPK/NF-kB信号通路干预Hp感染所致炎症反应.     

陈皮心血管药理作用的网络解析

基于网络药理学探究陈皮治疗心血管疾病的作用机制.依托TCMSP数据库、DTPS靶点预测系统筛选陈皮活性成分及其潜在作用靶点,从GeneCards、DisGeNET、OpenTargets等数据库收集心血管疾病治疗靶点,将2类靶点进行交互处理得到陈皮治疗心血管疾病的靶点;借助Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络;应用String平台构建靶蛋白互作网络;利用ClueGO插件富集靶基因GO生物学类型;运用DAVID (Version 6.8)平台分析靶基因KEGG通路,结合Omicshare数据库绘制KEGG通路气泡图.陈皮11个药效成分作用于PPARG、IL1B、ICAM1、VCAM1、PLG、APOB、F2、SOD1等32个心血管疾病治疗靶点;参与活性氧生物合成、脂质代谢正调控、血液凝固、平滑肌细胞增殖调控、活性氮代谢、氧化还原酶活性调控、血压调节等,涉及血脂代谢、心血管调节、血凝调控、炎症、内分泌相关的16条通路.陈皮通过抗炎、抗氧化、抗凝、保护心肌以及调节血脂等药理作用治疗心血管疾病.     

基于网络药理学的威灵仙抗结直肠癌分子机制研究

目的:基于网络药理学方法探讨威灵仙抗结直肠癌可能的分子机制。方法:通过TCMSP数据库挖掘获取威灵仙活性成分,限定口服利用度(OB)和类药性(DL)数值对威灵仙活性成分进行筛选。利用TCMSP搜索威灵仙相关靶基因,GeneCards数据库收集与结直肠癌相关的基因,采用Cytoscape Version 3.7.1软件,构建威灵仙活性成分-抗结直肠癌靶点网络。使用String数据库构建蛋白质相互作用网络。使用Bioconductor数据库对威灵仙抗结直肠癌作用靶点进行基因本体(GO)富集分析与KEGG通路分析,以探究威灵仙抗结直肠癌的作用机制。结果:收集到57种化合物,经筛选和分析获得威灵仙活性成分7个,涉及抗结直肠癌作用靶点30个,关键靶点包括CASP3、JUN、ADRA1B、MAOA等。GO功能富集分析得到GO条目55个,KEGG通路富集筛选得到61条信号通路,包括凋亡通路、p53信号通路、结直肠癌信号通路等。结论:威灵仙治疗结直肠癌具有多通路、多靶点作用的特点,其具体的调控机制及关键的靶标尚待通过进一步的实验研究加以探索及验证。     

基于网络药理学探究青蒿抗弓形虫病的作用机制

目的:基于TCMSP网络药理学及动物试验,探讨青蒿治疗弓形虫病的活性成分及其抗病机制。方法:通过TCMSP获取青蒿活性成分,Pub Chem数据库获取活性成分的SMILES文件,在Swiss Target Prediction数据库中预测活性成分的作用靶点;在Gene cards数据库中获取弓形虫感染靶点;使用Venn分析获取青蒿和弓形虫感染共表达靶点,使用String数据库进行共表达靶点互作分析,使用MCODE对靶点互作网络图进行富集并获得高相关性靶点;使用高相关性靶点构建成分-靶点网络图,并在David数据库中进行GO和KEGG功能富集,获得弓形虫病特异性靶点和网络图。选取30只ICR雌性小鼠,随机分成空白组、模型组和青蒿治疗组,每组10只。模型组和青蒿治疗组小鼠腹腔注射接种弓形虫RH株速殖子,空白组小鼠注射等量生理盐水,24 h后青蒿治疗组小鼠灌胃生药1.2 g/kg体质量剂量,空白组和模型组小鼠灌胃等量生理盐水,连续治疗7 d,计算小鼠的存活率并对肝脏特异性靶点进行qRT-PCR验证。结果:TCMSP数据库筛选到OB≥30且DL≥0.18的代表性的青蒿成分20个,Swiss T...     

基于ASP的站内搜索模块的分析与设计

站内搜索是网站为用户提供信息查询的工具,文章在分析站内查询模块的组成要素基础上,通过数据库技术和计算机技术构建了一个典型的站内查询模块,实现用户个性化信息需求和查询.     

基于Asp的Web数据库多条件数据查询通用程序设计

通过对当前数据库查询设计思路和设计方法的分析,提出将数据库和数据表名称作为参数,利用Adox对象读取字段名、字段类型、字段说明等数据赋值给列表框控件,使用选择输入和键盘输入相结合的方式构建SQL语句条件表达式,从而达到数据查询目的,提供了一种基于Asp的Web数据库多条件数据查询通用程序的设计方案和实现方法．     

基于网络药理学和分子对接探究文旦柚皮精油的主要功效

利用网络药理学和分子对接探究文旦柚皮精油的主要功效。首先,通过文献和数据库进行活性成分的收集与筛选、靶点的预测,构建成分-靶点数据集,导入Cytoscape 3.7.2软件构建网络,获取靶点信息;然后,筛选出主要靶点,利用Metascape系统进行富集和通路分析,利用Sybyl-x 2.0软件进行分子对接试验。最后,筛选得到文旦柚皮精油有效活性成分28个,共621个靶点,主要涉及化学致癌、雌激素信号、癌症和神经退行性等生物学过程中的多条信号通路。初步揭示了文旦柚皮精油的主要药理学机制和功效,为其进一步开发提供了理论参考。     

基于合理索引的数据库查询优化研究

随着数据库技术的广泛应用,数据库中存储的数据日积月累不断的增加,数据库查询的效率不可避免的降低,如何提高数据库的查询效率成为每个数据库管理员必须研究的问题。首先介绍了数据库索引的概念和作用,解析了两种不同索引结构的区别,再通过实例分析,介绍如何建立合理的数据库索引来优化数据库查询。     

CCR5稳定表达的CHO细胞的构建

在人体内,CCR5与许多免疫疾病有关,CCR5有望成为众多药物的作用靶点。将ccr5基因与真核表达载体pBBS242构建成重组质粒pBBS242-ccr5,转染CHO细胞,并经潮霉素B筛选。流式细胞仪检测结果表明CCR5在CHO细胞得到了稳定表达。     

领域知识在Deep Web数据抽取中的应用

Web查询接口之后的高质量数据越来越受到人们的重视,而这些数据并不能够被基于URL的传统爬虫所爬行。抽取结构化Web数据源的数据在其领域中是一个紧迫的研究主题。基于查询的数据库爬行能够被描述为"查询、收获、分解"循环增量抽取目标Web数据库的迭代过程。在迭代抽取的过程中,对关键词的选取是非常重要的。研究了在迭代过程中应用领域知识库的杠杆作用,并且介绍了相应领域知识库的构建与描述。     

基于.NET的工资查询系统设计与实现

根据高职院校工资查询管理现状,借助网络技术,以.NET和C#作为技术手段,数据库采用SQL Server 2008,构建了一个基于校园网的工资查询管理系统。系统采用B/S网络模式,通过对数据库的分析与设计,建立了系统功能模块,采用三层架构技术与数据导入、导出等关键技术,实现了工资管理查询办公无纸化。     

生姜挥发油成分改善脱发症状的网络药理学机制探讨

以网络药理学和分子对接探讨生姜挥发油改善脱发症状的作用机制。通过中药系统药理学数据平台和BATMAN-TCM平台检索生姜挥发油活性成分;利用GeneCard和UniProt数据库检索人类脱发症的相关基因;进行分子对接,构建化合物-靶点网络及蛋白-蛋白互作（PPI）网络,进行功能和通路富集分析。研究结果是生姜挥发油中共鉴定出105个成分,得到化合物-靶点网络48个,自由度值较高的化合物有6-Methylgingediacetate、10-Gingediol、Gingerenone B等。PPI网络包含40个蛋白,关键蛋白为TNF、IL6、ALB等。通路富集分析筛选出20条与炎症及免疫相关的信号通路。生姜挥发油可能通过调控炎症和免疫等相关信号通路,达到改善由炎症和免疫反应引起的脱发症。     

一种改进的数据库查询二叉树启发式算法

针对连接操作是影响数据库查询性能的关键技术,在经典的GMC算法的基础上提出一种改进的二叉树启发式算法.首先利用GMC算法对查询建立查询树,接着利用启发式规则构建局部最优二叉树,最后通过重建整棵查询树得到优化的查询序列.并通过实验验证算法的有效性.     

血管中的药物分子运输车

能在人体血管中通行的药物分子运输车——纳米药物分子运输车,已在上海研制成功。这种纳米药物分子运输车直径只有200纳米,装载的药物在沿途不会泄漏分毫,直到引导到了某一个特定的疾病靶点,对疾病产生治疗作用。     

Access中参数查询与查找不匹配项查询向导的应用

查询是数据库中一项非常重要的功能,在Access中借助向导程序可以轻松创建功能强大的查询。通过"食堂就餐调查"的实例介绍了Access中参数查询与查找不匹配项查询向导的应用,并总结了它们各自的适用情况。     

开发项目案例及微视频创新数据库查询教学

通过网络搜索发现,目前在高中信息技术“数据表关联与查询”教学中开发新的项目案例应用于教学的相关资料较少,本文开发“网上商城”数据库查询项目案例,录制微视频应用于课堂教学,构建学生主动探索、协作学习、师生交流的互动课堂,着力于培养学生的学习能力、应用能力及创新能力。为高中信息技术数据库“多表关联与查询”创新教学提供了参考的课例与经验。     

纳米药物分子运输车

能在人体血管中通行的药物分子运输车--纳米药物分子运输车,已在上海研制成功. 中科院上海硅酸盐研究所研制的纳米药物分子运输车,直径只有200纳米,装载的药物在沿途不会泄漏分毫,直到引导到了某一个特定的疾病靶点、在人们需要的时候才释放出来,对疾病产生治疗作用.