鸡新城疫病毒ND-xx08株F基因的克隆及分析

新城疫病毒(NDV)ND-xx08毒株经10 d龄SPF鸡胚增殖后,提取其基因组RNA并反转录成cDNA,用NDV F基因特异性引物,经PCR扩增后获得与F基因预期大小一致的DNA片段。将NDV F基因片段克隆到pMD18-T载体上,并进行EcoR I和Hind III双酶切鉴定和测序鉴定。结果显示,ND-xx08毒株F基因片段的长度为1 662 bp,共编码554个氨基酸,F蛋白的裂解位点为112R-R-Q-K-R-F117,是典型强毒株氨基酸序列结构。将NDV ND-xx08株F基因的47 bp到420 bp序列与新城疫病毒基因型I至基因型Ⅸ毒株的相同序列绘制病毒基因进化树,显示ND-xx08分离株属于基因Ⅶe型。将NDV ND-xx08株F全基因与国内外发表的23株NDV F基因核苷酸序列和氨基酸序列的同源性比较分析,结果表明,其核苷酸序列的同源性在82.7%~97.8%之间,氨基酸同源性在87.5%~97.7%之间。     

人C6orf210基因原核表达载体的构建及蛋白的初步表达

为了构建人C6orf210基因原核表达载体,并在E．coliBL21中表达并纯化。采用RT—PCR扩增人C6orf210基因片段,并将其克隆到原核表达载体Pet21a中,构建重组质粒pET21a—C6ort210。经限制性内切酶EcoRI与XhoI双酶切鉴定及序列测定后,转化E．coliBL21,经IPTG诱导表达融合蛋白。结果显示获得全长为1188bp的人的CAiorf210基因片段。以构建的重组质粒pET21a—C6orf210转化E．coliBL21后,经IPTG诱导,表达出相对分子质量（Mr）约66000的融合蛋白。经SINS—PAGE、Western blot分析显示,诱导表达的蛋白为C6orf210。     

茶树β-1,3-葡聚糖酶基因cDNA片段的克隆与序列分析

文章首次从茶树中克隆出-β1,3-葡聚糖酶基因cDNA1369bp连续序列。根据已发表的植物中β-1,3-葡聚糖酶基因的保守序列,设计一对简并引物,采用RT-PCR技术,从茶树中扩增出366bp的cDNA片段。根据此片段序列设计特异引物,利用3'RACE获得-β1,3-葡聚糖酶cDNA 3'端1252bp的cDNA片段。序列分析表明:该基因cDNA 3'端核苷酸序列及其推测的氨基酸序列与其他植物的-β1,3-葡聚糖酶基因家族的cDNA相应序列同源性为50%-90%,经序列拼接,本研究从茶树中克隆出-β1,3-葡聚糖酶基因cDNA3'端1369bp的连续序列,GenBank登录号为AF399920。     

水稻内源木聚糖酶osx基因的克隆及表达分析

为进一步了解植物内源木聚糖酶基因结构及其表达特性,从水稻中克隆和表达了一种内源木聚糖酶基因。通过序列比对分析确定保守区序列,以PCR扩增得到的保守区序列从众多水稻木聚糖酶预测序列中"钓取"可能的目标基因,并以此基因为模板设计引物,通过RT-PCR扩增得到一条长度为1 443 bp的基因片段osx,测序结果与水稻木聚糖酶基因预测序列NM_001061680一致性高达99%,该序列编码480个氨基酸,经预测不存在信号肽序列。构建表达载体pET28-a(+)-osx,导入大肠杆菌BL21进行IPTG诱导表达,该表达产物未检测到木聚糖酶活性。受大麦和玉米内源木聚糖酶基因表达的前体为无活性蛋白需要剪切加工的启示,进一步通过在线蛋白同源建模分析,设计引物去掉蛋白N端约120个氨基酸,C端约40个氨基酸,保留"Glyco-hydro-10"结构域,使其成功实现了原核活性表达,表达蛋白约40 kDa,木聚糖酶活性为11.53 IU/mL。     

苦瓜核糖体失活蛋白MAP30原核表达载体构建

苦瓜作为药食同源的植物,含有许多活性成分,其中核糖体失活蛋白MAP30是近年来研究较多的一种.根据G enbank中MAP30序列,采用PCR技术,从苦瓜基因组DNA中扩增出该基因片段,将其克隆到原核表达载体pET-28a上,构建重组质粒pET-MAP30,经克隆载体转化菌液PCR鉴定,结果显示成功构建MAP30的原核表达载体.     

人类睾丸凋亡相关基因蛋白(TSARG2)在大肠杆菌中的表达和纯化

目的获得重组TsARG2基因蛋白,为进一步研究其功能和制备特异抗体奠定基础.方法根据已报道的TsARG2基因序列,采用RT-PCR的方法获得TsARG2基因.将所得的PCR产物插入原核表达载体pQE30中,得重组质粒(pQE/TSARG2)并转化大肠杆菌(E.coli)M15,通过IPTG诱导表达出带有六个组氨酸的融合蛋白,采用镍固定金属亲和层析法纯化.结果序列分析表明TSARG2基因成熟肽编码区含有918bp,编码305个氨基酸;与GenBank(AY040204)中已报道的TSARG2分离物的核苷酸序列有100%同源性.经IPTG诱导表达,SDS-PAGE电泳分析显示,表达的融合蛋白占菌体蛋白总量的66%,分子质量约为35kDa.经Ni2 -NTAagarose纯化获得SDS-PAGE电泳下单一条带.结论在大肠杆菌中获得了TsARG2基因蛋白的高效表达,为研究其生物学功能和制备单克隆抗体奠定了基础.     

不同禽类Mel 1c基因克隆及生物信息学分析

为进一步研究克隆到的鹅、鸭、鹌鹑、斑鸠Mel 1c基因,对该序列进行特征分析,为Mel 1c基因的功能研究打下基础。参考NCBI其它物种的序列设计引物,克隆得到鹅、鸭、鹌鹑、斑鸠Mel 1c基因的部分c DNA序列,并对其编码的蛋白进行生物信息学分析。鹌鹑、鸭、鹅和斑鸠的Mel 1c部分片段,长度为850bp,编码283个氨基酸。通过分析鹌鹑、鸭、鹅和斑鸠Mel 1c的结构表明符合褪黑素受体的结构特征,含有一N端在胞内六个跨膜结构域,属于G蛋白偶联受体家族。该蛋白质为分泌蛋白,包含一个信号肽,其剪切位点位于26和27之间(VVA-VY)。同源性比对结果表明不同物种间Mel 1c基因序列及氨基酸序列的同源性较高均大于71%,Mel 1c在进化过程中比较保守。鹅、鹌鹑、斑鸠、鸭和原鸡的核酸和氨基酸的同源性最高分别大于92%和96%。Mel 1c符合进化规律,斑鸠、鹌鹑、鹅和鸭属于高等的非哺乳类脊椎动物,处于分子进化树的最顶层。     

用于表达多肽抗原融合基因的杆状病毒系统

以含翻译起始密码子ATG的质粒pSⅪⅤⅥ Ⅹ3/4为转移载体,将多角体蛋白及切除部分5′和3′端的乙型肝炎核心抗原(HBcAg)基因同时插入粉纹夜蛾核型多角体病毒(TnNPV)基因组中,构建了形成多角体的重组毒株。该毒株能利用合成—多角体ⅪⅤ串联启动子,表达由截短的HBcAg序列及其上下游多接头与杆状病毒DNA部分序列组成的融合蛋白基因。SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳、Wcstern印迹与免疫电镜观察的结果表明,融合蛋白基因表达产物的分子量约20.5KD,与理论计算值相符,并保留了HBcAg的抗原性,亦能形成典型的HBcAg颗粒。组建含多克隆点及截去两端序列的HBcAg基因转移载体质粒,使编码多肽抗原的寡聚核苷酸易于克隆,以HBcAg融合蛋白方式在杆状病毒载体系统中表达,并能形成HBcAg为蛋白载体的抗原颗粒结构。     

假单胞茵产弹性蛋白酶基因的克隆与表达

从假单胞菌（Pseudomonassp．）XZG36中克隆弹性蛋白酶基因,构建原核表达载体,实现其在大肠杆菌（Escherichiacoli）中的高效表达,并对表达产物进行酶学性质分析,为微生物发酵生产弹性蛋白酶奠定基础．以假单胞菌基因组DNA为模板,PCR扩增弹性蛋白酶基因,并将其开放阅读框（0RF）克隆至融合表达载体pET30a（＋）进一步IPTG诱导表达;表达产物经His·Bind亲和层析纯化后对弹性蛋白酶进行酶学性质分析．实验成功克隆了弹性蛋白酶基因,DNA基因片段为1672bp、编码497个氨基酸残基的多肽,与预计长度相符合;实现了其在E．coli中的高效表达,表达量约占菌体总蛋白的20％;经SDS-PAGE分析,相对分子质量为48000,与预期的一致;提纯后的表达蛋白SDS-PAGE分析可见单一条带,纯度可达92％以上．表达蛋白具有良好活性．     

弓形虫主要表面抗原1截短型片段的克隆与表达

为构建弓形虫主要表面抗原1(SAG1)的原核重组表达质粒并获得重组表达蛋白,采用聚合酶链反应(PCR) 从弓形虫RH 株基因组DNA中扩增SAG1基因,经克隆和测序后,亚克隆至原核表达载体pGEX-4T-1,转化大肠杆菌BL21,PCR和双酶切鉴定阳性菌株,表达产物用SDS-PAGE和Western blot进行鉴定观察其诱导的抗体应答.结果表明,PCR扩增出SAG1基因的特异片段,获得的阳性克隆序列与Gen Bank中的SAG1基因序列一致,SAG1基因被亚克隆到表达载体pGEX-4T-1,在BL21中表达了SAG1,表达的蛋白能被弓形虫感染兔血清识别.以上结果说明,已成功构建了弓形虫SAG1的重组表达质粒,在大肠杆菌中表达的SAG1具有良好的免疫学活性.     

弓形虫主要表面抗原1截短型片段的克隆与表达

为构建弓形虫主要表面抗原1(SAG1)的原核重组表达质粒并获得重组表达蛋白,采用聚合酶链反应(PCR)从弓形虫RH株基因组DNA中扩增SAG1基因,经克隆和测序后,亚克隆至原核表达载体pGEX-4T-1,转化大肠杆菌BL21,PCR和双酶切鉴定阳性菌株,表达产物用SDS-PAGE和Western blot进行鉴定观察其诱导的抗体应答.结果表明,PCR扩增出SAG1基因的特异片段,获得的阳性克隆序列与GenBank中的SAG1基因序列一致,SAG1基因被亚克隆到表达载体pGEX-4T-1,在BL21中表达了SAG1,表达的蛋白能被弓形虫感染兔血清识别.以上结果说明,已成功构建了弓形虫SAG1的重组表达质粒,在大肠杆菌中表达的SAG1具有良好的免疫学活性.     

杉木CAD基因生物信息学分析

杉木CAD片段为信息探针,利用序列拼接方法获得了738bp的cDNA序列.利用MEGA4.0软件对不同进化层次的代表植物相应CAD基因进行比对,构建系统进化树.利用生物信息学方法分析了杉木CAD基因的结构与功能,其中包括核苷酸序列的组成、ORF识别、CpG岛、限制性酶切位点分析、卷曲螺旋、亲水性、糖基位点及二级结构.结果表明:杉木与铁杉的CAD基因具有99.00%的同源性;该序列在88～737bp片段上有一个开放性阅读框,该序列编码的是一个碱性蛋白,亲水性较强,疏水性较弱,信号肽序列为第1位～第11位,二级结构以α-螺旋(27.50%)与不规则盘绕(41.50%)为主,延伸链(22.50%)也是该蛋白的重要结构元件,β转角区域仅为8.50%.     

珙桐rbcL基因的克隆与序列分析

根据已知植物rbcL基因设计引物,以珙桐叶片总DNA为模板,PCR扩增目的DNA片段,克隆入pDM19-T载体.阳性克隆鉴定后进行测序,序列分析结果表明:该基因片断长为1266 bp,包括1031 bp的编码区序列,编码343个氨基酸;其编码区氨基酸与烟草、菠菜、玉米、甘薯、拟南芥、水稻、葡萄、地钱和葡萄柚等9个物种的同源性94.13%以上,并构建了它们间的亲缘关系树.该基因片断的预测晶体结构与菠菜的最相近,推测Lys86、Lys60、Lys179等残基对酶的活性影响较大.     

南瓜种子中黄瓜绿斑驳花叶病毒IC-RT—PCR检测方法的建立

黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus, CGMMV)是葫芦科重要种传病毒之一.本文建立了免疫捕获RT-PCR(IC-RT-PCR)的分子检测方法直接从带毒种子中检测出该病毒,扩增获得其CP基因,并克隆到pMD18-T载体中,经核苷酸序列分析表明,该分离物CP基因全长为486个核苷酸,编码由161个氨基酸组成的17.3kDa蛋白,与国内外已报道的CGMMV的CP基因相比,其核苷酸序列的同源性为91.4%~99.4%,其推导的氨基酸同源性为98.8%~100%.IC-RT-PCR方法的建立,为检疫部门提供了从带毒种子中快速、准确检测该病毒的方法,很有应用前景.     

水稻多顺反子质体表达载体的构建

根据发表的水稻叶绿体基因组序列，对比烟草高频同源重组目标区(NCBI编号：X15901)设计引物，用PCR的方法克隆到一段3．939kb叶绿体DNA片段，命名为crDNA．以其作为外源基因定点整合的同源重组片段，以来自烟草叶绿体的强启动子Prm、甘露聚糖酶man、绿荧光蛋白gfp、氨基糖苷3’-腺苷酰基转移酶基因aadA和终止子psbA3’，构建水稻质体多顺反子表达载体pLM3(-psbCPrm—SD-man—SD-gfp-SD-aa-dA—psbA3’-tmm-)．并在大肠杆菌中通过平板定性对所构建载体上的表达盒进行了功能鉴定，结果表明：在大肠杆菌中，多顺反子盒式表达结构中的三个基因(man，gfp，aadA)均得到了表达．     

链霉菌查尔酮合成酶基因克隆及原核表达载体构建

根据Genbank数据库已知的链霉菌的查尔酮合成酶基因的保守区设计chs基因特异简并引物,土壤总DNA为模板,利用PCR技术扩增得到该1条chs基因编码区,通过TA克隆、测序和同源比对及进化分析表明：该基因为放线菌来源chs基因．分别在该基因5＇末端和3’末端分别引入的限制酶NcoI和EcoRI酶切位点,利用上述2种限制酶分别酶切导入到psimple—T／chs载体和原核表达pET32a,凝胶回收目的片段后,将二者连接并转化大肠杆菌感受态细胞,转化子经菌液PCR筛选、双酶切鉴定后,3730测序结果表明,该基因全长编码区为1089bp,推测该基因编码全长为362个氨基酸残基,等电点（PI）为5．41、分子量为3965道尔顿含有cHs保守功能区的酸性蛋白质．分析表明,该基因与Streptomyceslividans来源的查尔酮合成酶RppA基因核苷酸相似性高达93％,氨基酸序列相似性高达87．70％．测序结果表明,该基因已经成功插入到pET32a载体中．     

CMV甜瓜分离物外壳蛋白基因的克隆及其生物信息学分析

从河南省临颖县采集的病毒感染的甜瓜样本经ELISA检测和接种分离获得黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic vi-rus,CMV）分离物。把该分离物接种于西葫芦,从发病的叶片中提取总RNA,并以此为模板经RT-PCR扩增获得CMV的外壳蛋白（cp）基因,将其克隆到pUCm-T质粒上。经序列测定和生物信息学分析,结果表明该cp基因由657个核苷酸组成,编码218个氨基酸。预测该蛋白的等电点为5。12,分子量约为24kD。其核苷酸序列与黄瓜花叶病毒亚组I的分离物有较高的同源性,达92.2%～93.9%,与亚组II的同源性仅为76.8%～77.8%,与我国报道的CMV分离物的cp基因序列比较,只有香蕉株系XB外核苷酸序列的同源性达91.8%～93.4%。根据这些分析,该CMV分离物属于亚组I。另外还对黄瓜花叶病毒外壳蛋白的高级结构作出了预测。     

钩端螺旋体黄疸出血群赖株mviN基因的克隆

采用高保真PCR从我国钩体黄疸出血群赖株基因组中扩增全长mviN基因片段,对钩体黄疸出血群赖株mviN基因进行克隆.结果显示,所克隆的mviN基因的核苷酸和氨基酸序列与已发表的mviN基因序列(Accesion No.in GenBank: NC004343)同源性分别为99.68%和99.42%.因此可以认为,我们成功克隆了mviN基因,并为该基因的后续研究奠定了基础.     

绿僵菌Argonaute基因片段原核表达载体的构建及其表达

绿僵菌是一类广泛应用于生物防治的昆虫病原真菌.研究表明小RNA能够调控基因的表达,其中Argonaute基因在整个小RNA通路中发挥重要的作用.本研究通过RT-PCR的方法从绿僵菌中获得了Argonaute基因的部分功能片段,构建了其重组原核表达载体,将重组载体转化至大肠杆菌进行诱导表达;采用镍柱亲和纯化重组的目的蛋白并通过Western blot技术鉴定.结果发现：通过RT-PCR的方法获得长度约为950bp的基因片段;重组原核表达载体经诱导表达后,SDS-PAGE检测发现分子量约为34kDa的目的蛋白条带;诱导5h后蛋白的表达量最高,采用镍柱亲和层析纯化重组蛋白,经Western blot技术检测,重组蛋白可与His-tag抗体发生特异性反应.该纯化重组蛋白的获得为将来绿僵菌Argonaute蛋白抗体的制备,并进一步通过该抗体获得绿僵菌体内的小RNA及其靶基因提供了基础.     

一种纳豆芽孢杆菌的分子鉴定及纳豆激酶基因克隆

以实验室保藏的一株具有溶解血栓能力的芽孢杆菌（LJQ—NK）为出发菌株,通过形态学分析和16SrRNA比对,对菌株进行鉴定,更进一步利用聚合酶链式反应（PCR）克隆纳豆激酶DNA片段⑤16SrRNA比对。结果表明LJQ-NK与已报道的纳豆激酶16SrRNA序列有99．9％以上的同源性,初步认定为一株纳豆芽孢杆菌。克隆获得1120bp的DNA片段,应用DNAMAN软件分析,与已报道的纳豆激酶编码基因（G129164926）存在两个碱基的差异,编码纳豆激酶开放阅读框区域序列完全相同。