基于网络层次的蛋白质相互作用网络功能模块检测方法

为了在蛋白质相互作用网络上预测蛋白质复合物和功能模块,文章提出了WCFM聚类算法,提高了在人类PPI网络上预测蛋白质复合物准确率,并且将D3可视化技术应用到PPI网络可视化领域,为生物网络模块的挖掘和分析提供了有益的参考。     

蛋白质相互作用的研究技术及其在植物中的应用

随着人类基因组图谱的绘制完成,基因组研究由结构基因组学转入到功能基因组学。蛋白质是基因功能的直接执行者,蛋白质相互作用是细胞进行代谢活动的基础。主要综述研究蛋白质相互作用的重要意义、研究方法,以及植物蛋白质相互作用的研究进展。     

融合多元生物数据预测蛋白相互作用关系

蛋白质相互作用关系预测是当前生物信息学研究的一个重大挑战。现有挖掘蛋白质相互作用关系方法大部分都是基于单种生物数据,这会影响结果的准确。本文融合蛋白质序列信息,结构信息和蛋白质相互作用网络信息,提出一种新的蛋白质相互关系预测算法。实验结果证明本算法优于现有的方法。     

试论网络信息的量子特性

分析和研究网络信息的传播规律,需要我们结合网络信息传播的实际,综合运用人类认识世界的科学方法论和理论成果,分析问题、解释现象、探究规律。通过观察和研究,我们发现网络信息与物质世界中的微观粒子运动有着诸多共性。借鉴量子理论的思想和成果,分析网络信息及其相互作用的基本特征,能够有效解释现象、探究规律。指出网络信息具有量子性、波场性、相干叠加性、不确定性及可预言性等特性。     

顶级科研论文在社交网络中的关注度研究——以《Nature》和《Science》为例

[目的/意义]顶级科研论文代表了世界学术领域内重大的独创研究成果，其在网络中的受关注程度体现了社会大众对重大科研进展的关心热度。研究顶级期刊论文在网络中的关注度及其影响因素，可以为提出全面科学的论文评价体系奠定基础，为论文在网络中获得高的网络关注提供指导意见。[方法/过程]利用2016年发表在《Nature》和《Science》的1584篇科研论文的Altmetrics数据和题录信息，从分布特征和相关系数两个维度描绘了论文社会影响力与学术影响力的关系，从论文研究主题和来源国家两个维度探析了论文网络关注度的影响因素。[结果/结论]顶级期刊论文的Altmetrics指标和被引量波动范围较大，各指标分布均呈现长尾偏右的尖顶曲线；论文的Attention score与被引量的相关性较弱；探讨与人类健康和生活相关研究主题的论文更容易获得高的网络关注度。不同国家的论文网络关注度呈现出3类较突出的特征；论文的国际合作程度越高，越有机会获得高的网络关注度。     

基于蛋白质互作网络的功能模块挖掘

有一些研究已经表明生物系统是由功能模块间的相互作用组成的。因此,鉴别这些功能模块对于理解生物系统的模块性和组织结构是十分必要的。本文提出了一个框架来鉴别功能模块通过整合蛋白质互作网络和基因表达谱数据。应用算法于双重加权酵母蛋白质互作网络中,得到了120个功能模块。这些模块显著的富集在蛋白质相关的GO的生物学过程上。因此,本文提出的算法可以很好的挖掘蛋白质互作网络中功能模块。     

中国科学院新组建的重点实验室(续)

上海生命科学研究院蛋白质组学重点实验室 研究方向主要是蛋白质组学,包括功能蛋白质组分析、蛋白质结构生物学和蛋白质组信息生物学.将蛋白质的表达(功能蛋白质组表达差异分析)、蛋白质的功能(蛋白质相互作用和功能分析)和蛋白质的结构(蛋白质功能的结构基础)三个层面的研究有机结合起来,探讨细胞分化、神经发育、药物成瘾中的基本生物学问题,为研究、诊断、防治肿瘤和神经系统等人类重大疾病服务.     

网络链接分析论文的计量研究

本文利用Web of Science数据库检索了以网络链接分析为主题的论文,从载文量、著者、关键词、地区分布以及引文等角度对检索到的论文进行定量分析,探讨世界范围内的网络链接分析的发展历史和研究现状,总结其研究热点并预测未来走向。     

今年值得关注的六大热门科技领域

美国《科学》杂志２００１年最后一期上列出了２００２年值得关注的六大热门科技领域，它们分别是干细胞研究、蛋白质组研究。天文、遗传学、光学钟和基本常数及对复杂分子生物系统的观察。 １．干细胞研究方面，２００２年世界各国将明确干细胞研究的政策，科学家有可能获得新的人类胚胎干细胞源，并有可能将老鼠干细胞研究成果应用于人类胚胎干细胞研究。 ２．蛋白质组方面，目前生物技术公司和投资公司正为破解人类蛋白质组投入大量资金，２００２年将有可能出现首批以蛋白质为基础的药物“靶”。 ３．在天文研究领域，２００２年初，“…     

知识群的知识流量计量及其动力学模型

利用论文的研究背景、发表论文的期刊影响因子和被引指数三个指标,测度了单篇论文的知识流量,建立的知识流量测度模型既把握住了论文知识流量的本质,又实现了对知识流量测度的可操作化。某一知识群的知识流量是构成该知识群所有论文知识流量的总和。探讨了知识群知识流量的影响因素,即知识群自身的知识积累、知识群间的相互作用、知识网络以外的作用,并建立了知识群的动力学模型。最后,探讨了知识流量与引文网络相关指标之间的关系。     

Science最新内容精选

人类大脑的认识 本期封面是一张人类大脑神经信号传输过程中电子脉冲形成的想象图。神经生物学是建立在神经元及其间的相互作用的研究基础上的。如同生物的其他领域研究,神经生物学也依赖于数据收集,对人脑中所有不同类型的神经元和神经胶质细胞的蛋白质组、代谢组、基因组及甲基化标记的研究分析。     

新药合成

时空可分辨全局性解析蛋白质-DNA相互作用新方法中国科学院上海药物研究所陈小华课题组和谭敏佳课题组合作,实现了对蛋白质-DNA动态互作、包括弱相互作用的转录因子-DNA的时空动态性深度解析。相关成果发表于《自然·化学》（Nature Chemistry）。蛋白质与DNA的相互作用在生物学过程中发挥着关键作用。精确解析蛋白质-DNA相互作用能够揭示二者相互识别机制和动态变化,对于深入理解生理和病理条件下基因的调控机制至关重要。这项研究为全局性深度解析蛋白质-DNA的时空动态互作提供了一种新方法,以目标DNA序列为探针的互作蛋白质结合活性分析策略,有望用于解析目标DNA序列中不同的碱基修饰与蛋白质相互作用的研究。     

利用酵母单杂交研究AtbHLH112上游调控基因

酵母单杂交技术是研究DNA与蛋白质相互作用的经典方法,能够有效地分离鉴定与特异DNA序列识别结合的蛋白质。本研究利用酵母单杂交系统构建了AtWRKYs基因cDNA文库,筛选获得了与拟南芥抗逆境胁迫基因AtbHLH112启动子区域中W-box元件特异性识别互作的WRKY蛋白。结果为进一步研究AtbHLH112上游表达调控基因网络奠定了基础。     

基于词同现网络与支持向量机的论文甄别

单词在句子中的交互不是随机的,而是基于一定的规则,这种规则可以通过语言网络进行研究。词同现网络是人类语言网络的一种表现形式,它利用单词在句子中的相邻关系来确定一个连接。文中采用语言网络分析的方法对论文进行甄别:将论文用词同现网络表示,计算网络的特征参数并输出一个向量来表征论文,然后运用支持向量机对论文进行分类。结果表明,使用该方法对高水平的论文和文本发生器产生的论文具有很好的甄别效果,对领域差别大的论文甄别效果也较显著。     

发现X1835新粒子——北京谱仪实验寻找新型粒子的研究

人类探索自然奥秘的过程中，一个重要的基本问题是探索物质的微观结构的规律，粒子物理学就是探索物质微观结构及其相互作用的科学。自然界中存在四种最基本的相互作用，它们决定客观世界的发展和演化。这四种相互作用是：引力相互作用、电磁相互作用、弱相互作用和强相互作用。其中，引力和电磁相互作用是参与宏观运动的两种相互作用，因而也是人类认识最早的两种相互作用。例如：我们熟悉的指南针、电波信号的发射和接收都是运用了电磁相互作用。     

AI领域基础科学网络对技术创新网络影响研究

随着人类科技创新能力的不断提升,基础科学对技术创新的推动作用也愈发显现。本文围绕人工智能科学与技术发展,基于WOS数据库,以及USPTO数据库,构建了人工智能基础科学合作网络和专利技术合作网络,系统分析了人工智能科学与技术全球区域发展格局,以及其他多样性网络特征,探讨了人工智能基础科学网络与专利技术网络的相互影响。研究显示,无论是科学还是技术,美国依然是世界第一;中国在论文发表上占优,但技术创新较弱,而印度则技术转化能力强;英、法和意大利等在人工智能技术创新上失去了领先优势。模型研究发现,基础科学网络中心性程度高的国家对技术创新有显著帮助,而科学网络结构洞和聚集系数对技术创新没有显著影响。     

小世界理论研究进展——基于SCI-E数据库的文献计量分析

近年来,真实网络中的小世界效应激起了科学界对复杂网络研究的热潮,同样也引起了情报学界的关注和重视,因为小世界理论在诸多方面有益于情报学的研究.以SCI-E数据库为数据来源,对小世界理论的研究论文进行了文献计量学分析,分别从文献量、作者、机构、核心期刊、引文、主题等多角度进行了统计和分析,以期反映近十年来小世界理论的研究进展,有利于国内情报学界对小世界理论的应用.     

螺旋藻的营养价值及开发利用前景

随着世界范围内的土地有效资源日渐减少,人口的急骤增加,以及人类对食品的营养要求的不断提高,全球性的蛋白质资源不足已成为一个十分严重的问题。据报导,世界人口所需的蛋白质有40％左右无法解决,仅靠传统的农业、畜牧业、渔业是无法从根本上解决蛋白质需求严重不足的问题。因而寻求一种蛋白质新的来源便成了当今人类所共同面临而需急待解决的问题。螺旋藻作为一种新型蛋白资源,近几十年来引起了国内外生物学家、营养学家、医学家和政府有关部门的     

网络技术对人类思想交流方式的影响

网络技术的兴起对人类思想交流产生了深刻影响，它所引发的信息媒体革命改变着我们的生活世界。作为一种新的传播媒介，网络技术的物质使人类思想交流的空间、背景、对象以及情感等发生了变化，使人类置身于一个有形无形的网络世界，同时也引了了一些社会问题。     

郭进利:博士,教授,博士生导师

<正>郭进利,博士,教授,博士生导师。研究方向:网络科学、人类行为动力学、博弈论、质量管理、ERP和供应链管理。在国内外刊物发表论文120余篇,其中,SCI论文和SSCI论文40篇。出版专著1部,主编1部,译著1部。完成