Two decades of suspect evidence for adaptive molecular evolution—negative selection confounding positive-selection signals

There has been a large literature in the last two decades affirming adaptive DNA sequence evolution between species. The main lines of evidence are from (i) the McDonald-Kreitman (MK) test, which compares divergence and polymorphism data, and (ii) the phylogenetic analysis by maximum likelihood (PAML) test, which analyzes multispecies divergence data. Here, we apply these two tests concurrently to genomic data of Drosophila and Arabidopsis. To our surprise, the >100 genes identified by the two tests do not overlap beyond random expectation. Because the non-concordance could be due to low powers leading to high false negatives, we merge every 20–30 genes into a ‘supergene’. At the supergene level, the power of detection is large but the calls still do not overlap. We rule out methodological reasons for the non-concordance. In particular, extensive simulations fail to find scenarios whereby positive selection can only be detected by either MK or PAML, but not both. Since molecular evolution is governed by positive and negative selection concurrently, a fundamental assumption for estimating one of these (say, positive selection) is that the other is constant. However, in a broad survey of primates, birds, Drosophila and Arabidopsis, we found that negative selection rarely stays constant for long in evolution. As a consequence, the variation in negative selection is often misconstrued as a signal of positive selection. In conclusion, MK, PAML and any method that examines genomic sequence evolution has to explicitly address the variation in negative selection before estimating positive selection. In a companion study, we propose a possible path forward in two stages—first, by mapping out the changes in negative selection and then using this map to estimate positive selection. For now, the large literature on positive selection between species has to await reassessment.     

论合并高校医学人文课程设置基本原则

独立医学院校与综合性大学或多科性大学合并的目的之一在于加强医学人文教育,合并高校在利用人文社会科学优势促进医学人文课程的优化设置的过程中要坚持综合性原则、关联性原则、协调性原则、整体性原则、重点性原则、实效性原则、适度性原则、专业性原则、探索性原则。     

高等学校学生工作项目化管理的经济学思考

经济学中项目管理的内涵包括确定项目和实施项目两项内容,项目管理有优化项目资源配置和协调项目矛盾与冲突两大功能。将项目管理的基本理念运用到高等学校学生管理工作．可以最大限度地利用现有的学生活动资源、规范管理行为、降低管理成本、提高工作效率,实现培养大学生综合素质和创新能力的目的。     

任务驱动教学法下的能源与动力工程基础实验实训探索和改革

分析能源与动力工程基础实验实训现状和存在问题,将任务驱动教学法应用于基础实验实训,突出学生为主、融入新兴理念、培养创新意识、细化实训要求、完善考核机制和扎实能力培养.通过基础实验的自学和检测,锻炼学生操作实验、撰写报告和分析结果的能力.设计实验的任务驱动,给学生充分发展的平台,锻炼其自学、实践、表达和团队协作能力,培养...     

流氓软件原理及解决方案

介绍流氓软件的相关概念、分类及危害。通过分析流氓软件的作用原理,探讨对此类软件的解决方案和防范措施,给电脑用户提供参考技术。     

基于模糊层次分析法的网络信息资源综合评价

介绍了网络信息资源的含义,提出基于模糊层次分析法的网络信息资源综合评价体系。在模糊数学综合评判法和层次分析法思想的基础上,引入模糊一致性矩阵构建权重集,从而对网络信息资源进行评价,并以网络期刊全文数据库为例给出了综合评价的分析实例。     

库尔梭的信息搜索过程模型及其影响

论述库尔梭信息搜索过程模型的理论基础、主要内容、形成过程和研究方法,认为这一模型丰富了图书情报理论研究的内容,并对图书馆服务的理念和实践产生了重要影响。     

日本数据库发展动向及其借鉴研究

本文从市场规模、数据库提供和数据库利用三方面介绍日本数据库发展现状;指出围绕社会需求、与国外共建共享和发展公益性数据库是日本数据库发展趋势;建议我国借鉴日本经验,大力建设公益性数据库和鼓励建立失败数据库。     

产品开发周期中知识管理战略选择

以产品开发全过程作为研究对象,将产品开发流程分为产品构思、产品设计和产品实施三个循环阶段。针对三个阶段中知识流特征,提出在这三阶段中应分别实施知识管理审计战略、知识地图战略和知识专利战略,使企业能够迅速、准确地开发出高质量的产品来满足市场需要,并获得较高的知识回报率。     

德国CHE大学排名的价值取向及其启示

德国高等教育发展中心(CUE)的大学排行榜以咨询为主要价值取向.排名服务对象为中学毕业生和大学新生,而非高校;排名对象为学科,而不涉及大学的综合与整体实力;排名处理只对高校分层,而没有具体名次;排名公布中环节公开化,且有"提示下个人排名"的服务方案.其独特有效的大学排名方法为国际同行所称道.其大学排名的价值取向对我国具有多方面启示:明确服务对象;增强排名对象的可比值;增强大学排名的透明度.