Two decades of suspect evidence for adaptive molecular evolution—negative selection confounding positive-selection signals

There has been a large literature in the last two decades affirming adaptive DNA sequence evolution between species. The main lines of evidence are from (i) the McDonald-Kreitman (MK) test, which compares divergence and polymorphism data, and (ii) the phylogenetic analysis by maximum likelihood (PAML) test, which analyzes multispecies divergence data. Here, we apply these two tests concurrently to genomic data of Drosophila and Arabidopsis. To our surprise, the >100 genes identified by the two tests do not overlap beyond random expectation. Because the non-concordance could be due to low powers leading to high false negatives, we merge every 20–30 genes into a ‘supergene’. At the supergene level, the power of detection is large but the calls still do not overlap. We rule out methodological reasons for the non-concordance. In particular, extensive simulations fail to find scenarios whereby positive selection can only be detected by either MK or PAML, but not both. Since molecular evolution is governed by positive and negative selection concurrently, a fundamental assumption for estimating one of these (say, positive selection) is that the other is constant. However, in a broad survey of primates, birds, Drosophila and Arabidopsis, we found that negative selection rarely stays constant for long in evolution. As a consequence, the variation in negative selection is often misconstrued as a signal of positive selection. In conclusion, MK, PAML and any method that examines genomic sequence evolution has to explicitly address the variation in negative selection before estimating positive selection. In a companion study, we propose a possible path forward in two stages—first, by mapping out the changes in negative selection and then using this map to estimate positive selection. For now, the large literature on positive selection between species has to await reassessment.     

中国铅资源流动及其循环效率

中国是全球最大的精铅生产国和消费国,铅资源对外依存度一直保持在20％左右,而铅在全生命周期的损失带来的环境影响严重地危害了人类生命健康.本文定量分析了中国铅元素的流量、社会存量、理论报废量、回收量和循环效率等指标,得到中国铅资源在其全生命周期各个阶段的投入产出量、损失量和循环效率等情况,从而为中国铅资源高效循环利用和减...     

论合并高校医学人文课程设置基本原则

独立医学院校与综合性大学或多科性大学合并的目的之一在于加强医学人文教育,合并高校在利用人文社会科学优势促进医学人文课程的优化设置的过程中要坚持综合性原则、关联性原则、协调性原则、整体性原则、重点性原则、实效性原则、适度性原则、专业性原则、探索性原则。     

我国股市制度变迁中的交易非均衡与有效性分析

制度变迁是一个非均衡交易的过程,有效交易的形成必须以一定的前提条件为基础,我国股市的建立和发展过程中缺乏有效交易,因此必须加大产权改革力度,建立平等、自由、公平和诚信的交易环境,规范政府行为,提高我国股市制度变迁中交易有效性。     

论东丹国的建国原因及其性质

东丹国是辽朝初年平灭海东盛国渤海后,出现在中国东北地区的一个重要地方政权。辽朝之所以在立国不久就另外建立了这个“国中之国”,是由契丹传统的国家管理体制所决定的。东丹国建立之初,具有相对独立的属国性质,南迁辽阳后,则渐次变成了辽朝的二级地方政权。     

论马克思主义与时俱进理论的客观基础

与时俱进是马克思主义生命力的源泉。和平与发展的时代和全球化实践,突显了人类社会共性相通、整体性存在的特征。马克思主义与时俱进、与世俱进,就是要把马克思主义“本土化”,恢复马克思主义的世界历史地位,以马克思主义与时俱进的新成果——科学发展观统领经济社会发展。     

高等学校学生工作项目化管理的经济学思考

经济学中项目管理的内涵包括确定项目和实施项目两项内容,项目管理有优化项目资源配置和协调项目矛盾与冲突两大功能。将项目管理的基本理念运用到高等学校学生管理工作．可以最大限度地利用现有的学生活动资源、规范管理行为、降低管理成本、提高工作效率,实现培养大学生综合素质和创新能力的目的。     

案例教学法在建筑设计教学中的转换与应用

案例教学法具有生动、直观、密切联系实际等特点。将案例教学法引入建筑学,从教学理念、内容、形式等方面探讨了案例教学在建筑设计教学中的转换应用,并结合实际提出案例教学在建筑设计教学中应用的具体步骤与方法。     

过渡性教师教育培养模式研究

师范专科学校升为普通本科院校后,在围绕“多科性”进行建设的同时,也面临着对原有师范教育模式的改革与创新问题。采用什么模式,每个学校要考虑自身的具体情况。师专升本后较为适合“2＋1＋1”的教师教育模式。这种模式既符合目前教师教育改革的基本要求,又具有良好的操作性。     

促进我国政党关系长期和谐的若干对策研究

我国的政党关系是团结和谐的关系。和谐的政党关系为社会主义和谐社会提供了坚实的政治基础和广泛的力量支持。促进我国政党关系的长期和谐,要加强和改善共产党的领导,充分发扬社会主义民主,加强中国共产党领导的多党合作制度建设,使执政党建设与参政党建设互相促进。