Two decades of suspect evidence for adaptive molecular evolution—negative selection confounding positive-selection signals

There has been a large literature in the last two decades affirming adaptive DNA sequence evolution between species. The main lines of evidence are from (i) the McDonald-Kreitman (MK) test, which compares divergence and polymorphism data, and (ii) the phylogenetic analysis by maximum likelihood (PAML) test, which analyzes multispecies divergence data. Here, we apply these two tests concurrently to genomic data of Drosophila and Arabidopsis. To our surprise, the >100 genes identified by the two tests do not overlap beyond random expectation. Because the non-concordance could be due to low powers leading to high false negatives, we merge every 20–30 genes into a ‘supergene’. At the supergene level, the power of detection is large but the calls still do not overlap. We rule out methodological reasons for the non-concordance. In particular, extensive simulations fail to find scenarios whereby positive selection can only be detected by either MK or PAML, but not both. Since molecular evolution is governed by positive and negative selection concurrently, a fundamental assumption for estimating one of these (say, positive selection) is that the other is constant. However, in a broad survey of primates, birds, Drosophila and Arabidopsis, we found that negative selection rarely stays constant for long in evolution. As a consequence, the variation in negative selection is often misconstrued as a signal of positive selection. In conclusion, MK, PAML and any method that examines genomic sequence evolution has to explicitly address the variation in negative selection before estimating positive selection. In a companion study, we propose a possible path forward in two stages—first, by mapping out the changes in negative selection and then using this map to estimate positive selection. For now, the large literature on positive selection between species has to await reassessment.     

资料为广播电视节目服务的思考

文章就如何有效管理与利用日益增多的节目资源,从节目资料的全面收集、科学整理以及实现节目资料价值最大化等方面谈一些看法。     

广州大学城文献信息资源共享中发挥地方政府作用的思考

实现大学城资源共享。必须充分发挥地方政府的调控作用。文章以文献信息资源为例,就实现广州大学城资源共享,发挥地方政府作用进行了探讨。     

基于语法隐喻理论提高留学生的写作能力

隐喻的现象普遍存在于语言中,依靠具体的事物帮助人们理解抽象的概念就是隐喻.隐喻作为一种修辞方式,和人的思维联系紧密,掌握一门语言首先要理解语言中隐喻的方式.当代语言学对于隐喻的研究,突破了词汇层面的束缚,深入到了语法层,语法隐喻的概念也随之诞生.语法隐喻就是用不同的语法形式表达相同的语义.语法隐喻在学生的二语写作习得中...     

促进深度学习的教学推理:实践逻辑与策略选择

学生的深度学习是以学生的知识理解与运用为价值取向,以培养学生的高阶思维能力和问题解决能力为目标的一种学习。但知识论证不充足、知识点状分布、绝对真理知识观等表层知识教学已偏离了学习的本质及价值,产生了知识教学阻滞深度学习的困局。教学推理是教师根据已知教学条件及个体情境认知,确定问题并生成教学策略的连续性思维活动。它克服了以往僵化的教学方式,为促进深度学习提供可能逻辑。其中,学科知识逻辑能促进学习触及知识的意义世界,学生经验逻辑能促进学习进入学生的心灵世界,实践自为逻辑能促进学习关联自我的生活世界。最后,促进深度学习的教学推理策略应着力于以"批判与交融"为取向的教学理解,形成以"联结与转化"为纽带的教学逻辑,开展以"假设与证据"为核心的课堂论证教学,创设以"推断与评估"为特质的教学情境。     

我国台湾地区高校图书馆馆藏淘汰制度调查分析

通过网站调研收集我国台湾地区高校图书馆馆藏淘汰制度文本内容,梳理其中的淘汰因素和标准,发现其具有可操作性强、指标设置明确、分级典藏或淘汰、实施程序严谨规范、处理办法多元等特点.我国大陆地区高校图书馆在制订和完善馆藏淘汰规章制度时,应着重制订科学的馆藏淘汰标准,建立专业的淘汰审核委员会,加强数字资源建设.     

国外教师专业发展趋势探析及启示

当前世界各国都非常重视教师专业发展,这也是我国教师教育改革的客观要求和必然趋势。本文试图从教师专业发展的主体、内容、模式以及评价机制四个维度考察国外（主要是经济合作与发展组织成员国）的教师专业发展的经验及趋势,以期对我国教师的专业发展有所启示。     

图书馆采编业务与书商合作的现状及发展趋势

介绍了近年来图书馆采编业务与书商合作的状况,分析了合作给图书馆带来的优势及存在的问题,提出了双方合作的发展思路。     

谨防高校图书馆电子阅览室变"网吧"

阐述高校图书馆电子阅览室与社会网吧在服务目的和对象、服务内容与功能、服务条件与环境、服务人员与管理制度的不同,并提出谨防高校图书馆电子阅览室变网吧的措施。     

论道德教育与反腐倡廉

道德教育在反腐倡廉中有扶正固本、防微杜渐、治病救人等作用;科学确立反腐倡廉道德教育的基本内容,不断探索反腐倡廉道德教育的有效形式,注重健全反腐倡廉道德教育制度,进一步加强反腐倡廉道德教育队伍建设,这是加强反腐倡廉道德教育机制建设的有效途径.