MCL-1及其BH3螺旋结合自由能计算研究蛋白-蛋白相互作用原理(英文)

MCL-1蛋白是细胞增殖和分化的一个关键调控因子.使用MM-PBSA方法预测MCL-1蛋白与其野生型和碳氢化合物钉子修饰的BH3多肽形成的2个复合物的结合自由能.结果表明,碳氢化合物钉子对多肽与MCL-1的亲和力影响有限;并利用自由能分解(BFED)计算部分残基的能量贡献.疏水效应是稳定复合物结构的主要因素,它同时被额外的静电相互作用强化.该研究在原子水平上探究蛋白-蛋白相互作用机理,提供了新的癌症治疗候选药物.     

Graphene条带的热稳定性研究

采用分子动力学模拟方法研究了锯齿型和扶手型graphene条带的熔化性质,依据Lindemann指数曲线的变化趋势得出锯齿型和扶手型graphene条带的整体熔化温度分别为5000K～5500K和4500K～5000K,锯齿型graphene条带的热稳定性比扶手型graphene条带相对要好些。Graphene条带通常是不平整的,随着模拟温度的增加,graphene条带在边缘先出现C键的断裂并从边缘处开始熔化。     

两体振子典型化问题研究

两体问题是物理学力学中一个重要而复杂的课题。对它的研究有助于分子动力学特性及分子能量的进一步认识。文章运用椭圆积分的理论，针对两体振子静伸长为零及特殊初始态等典型化问题进行了讨论，指出两体振子典型化所具有的非振子特性。     

HIV蛋白酶与抑制剂的结合自由能计算

采用分子动力学模拟和MM-PBSA相结合方法计算了HIV蛋白酶和抑制剂的结合自由能．并且运用能量分解方法考察了蛋白酶主要残基与抑制剂之间的相互作用．在MM—PBSA中,体系的焓通过分子力学方法（MM）得到,极性部分对溶剂化自由能的贡献通过求解有限差分Poisson-Boltzmann（PB）方程得到,非极性部分对溶剂化自由能的贡献通过估算溶剂可接近表面积（SA）拟合得到．     

高压诱导小蛋白Trpcage变性的研究

在温度为300K,压强为2000bar、10000bar时,对小蛋白Trpcage的去折叠过程进行了分子动力学模拟,模拟中考虑了水的压缩系数随压强改变情况,结果发现,高压会导致Trpcage变性,然后对其变性原因进行了分析。     

计算机模拟镍铝合金中的马氏体相变

计算机分子动力学方法在对材料的结构和性质的研究中正扮演着一个重要的角色．镍铝合金长期以来，在材料的强度、轻重、高温以及结构方面是一个重要的候选对象．镍铝合金中的马氏体相变是一种特殊的并且在应用领域有重要价值的相变．因此用计算机分子动力学方法来模拟这一相变过程。     

双子表面活性剂自组装及黏度特性实验设计

设计了研究型实验——双子表面活性剂自组装增黏特性的实验设计。采用LAMMPS分子动力学模拟软件、VMD可视化软件及Origin绘图软件,构建了双子表面活性剂溶液模型,优化初始构建模型,模拟了其自组装形成蠕虫胶束的过程,并考察了不同剪切流速下的自组装行为和黏度变化。教学实践证明,该实验使学生掌握了LAMMPS分子动力学模拟软件的使用方法,培养了学生的科研素养。     

液氩冲击压缩物态方程的分子动力学模拟

本文根据MSVⅢ,MMSVⅢ和EXP-6等几种不同的势模型,对液氩冲击压缩物态方程进行了分子动力学模拟,并对几种计算结果进行了比较。还根据分布函数,简略讨论液氩的微观结构。计算表明：MMSVⅢ势能较好地反映液氩在所研究压力范围的情况,计算的Hugoniot曲线与实验结果在冲击压力高达40Gpa密度区的符合程度得到改善。     

FeNiCrCoCu高熵合金拉伸行为特征研究：分子动力学模拟

高熵合金由于其优异的综合力学性能,在各种材料的应用中受到了广泛关注.通过分子动力学模拟,研究了FeNiCrCoCu高熵合金的拉伸力学特性,对拉伸过程中的应力-应变关系、抗拉强度、相变演化、位错类型以及长度等重要表征参数进行了深入讨论,探究了FeNiCrCoCu高熵合金力学性能以及塑性变形机制.