碳纳米管储氢的分子动力学模拟

应用分子动力学方法(MD)对单壁碳纳米管(SWCNT)储氢的物理吸附过程进行模拟.系统地研究了单壁碳纳米管的物理吸附储氢量与管径、温度、压力之间的关系.作出典型管径碳纳米管的吸附等温线.实现了分子动力学方法在巨正则系综(GCE)中的应用.     

细胞色素c与富勒烯衍生物的吸附相互作用

细胞色素c是一种广泛存在在细胞线粒体中的富电子蛋白。它在与纳米材料相互作用的过程中引发自由基的生成,扩大纳米材料的生物毒性。为了在分子尺度上理解其与纳米材料的相互作用,通过分子动力学模拟研究细胞色素c与富勒烯衍生物体系（富勒醇、三丙二酸富勒烯）。分析吸附后体系的能量、均方回转半径、接触原子数以及细胞色素c中的Fe原子到富勒烯衍生物质量中心的距离,进而揭示细胞色素c与富勒烯衍生物相互作用机理。     

粗粒化DNA穿孔行为的分子动力学模拟

核酸穿过核膜或细胞膜等穿孔行为,是重要的生命活动之一.为进一步了解核酸穿孔过程,建立DNA粗粒化模型,运用分子动力学方法模拟DNA穿孔行为.结果表明,孔长越长,孔内拉力越大,DNA链在孔外等待的时间越短,穿过孔所需的时间越短;但其中各因素的单独影响作用都比较有限;孔右侧力场对穿孔时间影响显著,一定条件下对穿孔过程起决定性作用.     

生物大分子计算机模拟中的并行运算

利用PC和DEC工作站实现了计算机并行计算，结合生物信息学中的分子动力学模拟，对并行效率和计算结果进行了大量实验分析，同时用并行的分子动力学模拟软件对GB1蛋白质高温变性进行了简单分析。     

蛋白质去折叠路径的分子动力学模拟

蛋白质的去折叠有多条路径,而不是沿着一条特定的路径进行.利用分子动力学模拟技术,模拟蛋白质在高温下的去折叠过程,分析讨论了蛋白质折叠的多路径性.     

刚性玻璃和易碎玻璃的分子动力学差别

利用分子动力学模拟数据，给出了二氧化硅玻璃和氟锆硼玻璃的速度自相关函数，递归函数和红外振动频率等方面的结果，分析和讨论了刚性玻璃和易碎玻璃的分子动力学差别。定性解释了高压下刚性玻璃变脆的实验事实。     

物理原理与工程实践相结合案例浅析

本文结合中国民航大学物理教学实践项目,介绍应用经典力学方法编写符合实际需要的分子动力学模拟程序的基本思路,同时本文给出了具体的模拟结果,该结果与实验监测相符合,达到了预期的目标。本文表明物理基本原理完全可以通过具体的实践项目跳出课堂走入实际应用。     

分子动力学程序的面向对象C++设计与OpenMP并行化

利用分子动力学模拟研究的对象越来越复杂,造成编程越来越困难,计算的工作量越来越大,利用面向对象和并行化技术可以有效解决这些问题。本文给出从分子动力学模拟研究的对象和过程抽象出面向对象模型的方法,着重讨论了OpenMP的并行化方法。对实际体系的模拟表明,该程序的并行效率很高,加速比接近于使用的CPU核心数。可以用来对更大的体系进行模拟研究。     

常压下单质的熔化熵

应用分子动力学方法计算了常压下Al、Cu、Ni、Ta、W、Si六种单质的熔化温度（Tm）、熔化焓（△Hm）和熔化熵（△Sm）,并验证了Richard定律、梅平等人总结的经验公式和Kubachewski提出的经验公式在常压下的适用性.计算结果表明：这三种定律（经验公式）对Al、Cu、Ni、Ta、W单质符合得较好,对Si单质存在较大误差.