LiCl熔盐和玻璃的自扩散系数

利用分子动力学模拟数据，计算了ＬｉＣｌ熔盐及急冷玻璃系统的自扩散系统，用四种不同公式进行了计算，给出了系统比较，证实了结果是离散的，其中爱国斯坦公式和记忆函数方法所得结果较为接近而且近于实验值，这一结论尚水见文献，对造成离散的原因进行了探讨。     

C60原子团簇电子结构的半经验研究 ——分子动力学与MNDO近似

用经典分子动力学以及量子化学的一种自洽求解数值方法 MNDO(m odified neglect of diatom ic overlap)研究了C6 0 原子团簇电子结构 .同时考虑σ-轨道和π-轨道 ,计算了一个电子能量级、对称性、π-轨道包含率、电子激发能量、凝聚能量、离子化能量以及电子亲和力 .得到的分子轨道比率显示了 σ-轨道和 π-轨道之间的明显分离 ,π-轨道大部分存在于HOMO-和 L U MO-能量级附近 .计算结果与对应的实验数值相当一致     

谷氨酰胺结合蛋白构象变化的分子动力学模拟

从谷氨酰胺结合蛋白单体(GlnBp)和谷氨酰胺结合蛋白复合物(GlnBP—Gln)的晶体结构出发分别做600ps的对比分子动力学(MD)实验。从体系的分子结构，铰链区柔性和口袋区相互作用三个方面分析了该体系的构象开合机制。结果表明，构象闭合直接导致了体积收缩；复合物铰链区的较大柔性赋予构象闭合以结构基础；其中His156、Lys115、Ala67三个残基对于GInBP特异性结合底物Gln起着重要作用，而Lys115和Aapl0的相互作用对于构象的闭合十分重要，这些模拟结果与实验数据相吻合。     

Ag纳米线熔化过程的计算模拟

利用分子动力学方法模拟了Ag纳米线的熔化和过热,模拟中采用了一种镶嵌原子势模型.结果表明：自由Ag纳米线的熔点比大块Ag的平衡熔点低,而被高熔点的Ni包覆的Ag纳米线的熔点比Ag的平衡熔点高,即有过热存在.这说明纳米线也可以过热,分析其原因是由于Ag/Ni半共格界面的存在抑制了熔化的形核和生长.     

Cu(100)表面空位扩散的分子动力学研究

采用原子镶嵌(EAM)势,利用分子动力学方法研究了单个空位在Cu(100)表面及其附近区域扩散分子动力学过程,给出了空位在此表面附近不同层的形成能和迁移能.研究结果表明空位在表面形成能最小,随着层数增加空位形成能也增加,直到表面以下第五层达到体值.对于空位迁移,计算结果表明处于表面层附近的空位容易向上一层迁移直至迁移到表面.     

中国对虾热休克蛋白70(HSP70)的三维结构优化

从中国对虾热休克蛋白70的氨基酸序列出发，在线预测得到其三维结构，利用分子动力学理论进行计算机模拟优化，得到其近似的天然构象，并对其结构与功能的关系进行讨论．     

镍铝合金结晶在EAM势下的计算机模拟

计算分子动力学方法正在对材料的结构和性能的研究上扮演着一个重要的角色.镍铝合金作为一种典型的有色记忆合金,长期以来在材料的强度、轻重、高温以及结构方面是一个重要的候选对象.镍铝系统已经在理论上和实验上被研究了许多年,被公认为是一个标准合金系统,研究钛镍等一些更复杂的系统可以镍铝系统为基础.在这篇文章中,采用分子动力学模拟方法对高温液态的镍铝合金的结晶进行研究,得到了大量的微结构数据.     

细胞色素c与氧化石墨烯的吸附研究

通过分子动力学模拟,研究细胞色素c在氧化石墨烯表面的吸附行为.结果表明,细胞色素c和氧化石墨烯之间有较强的结合趋势.均方根涨落及回转半径分析表明,部分体系的吸附构象与原始构象比较接近,但P3系统有着较大的偏离.这些结果表明,在某些构象中,氧化石墨烯可能将细胞色素c结构破坏.     

吸附在Au(100)、Au(110)和Au(111)表面的CTAB双分子层的结构和动力学性质的分子模拟

金纳米棒的各向异性生长常被认为是由于金表面吸附溴化十六烷基三甲基铵（CTAB）双分子层导致的。利用密度泛函理论（DFT）研究溴离子在（100）、（110）和（111）3种金表面上可能的吸附位点,根据它构建金表面CTAB双分子层模型,再利用分子动力学模拟方法研究这种烷基链互相交错排布的双分子层的结构。此外,动力学性质研究表明外层CTAB有着明显的横向扩散现象,而在法向上则出现上下起伏振动。相比较而言,在（111）表面上的双分子层结构的横向扩散和法向涨落更加显著。用外层单个CTA⁺脱离双分子层所需要的能量表征金表面CTAB双分子层的稳定性。结果表明（111）表面的CTAB双分子层的稳定性弱于其他两种金表面上的CTAB双分子层。认为这是因为（111）表面上的CTAB双分子层的排布密度相对较低,导致它相对于其他两种表面的双分子层有更高的扩散性和较低的稳定性。这可能是金纳米颗粒倾向于沿（111）表面生长的原因。