千种动植物基因组计划完成测序十余项

迄今华大基因及其合作伙伴共启动了505种动植物基因组测序项目,水稻、熊猫、黄瓜、家蚕及蚂蚁的基因组研究成果分别已在《科学》和《自然》等杂志上发表,而牡蛎、半滑舌鳎、阿拉伯骆驼、石斑鱼、浙东白鹅等物种的测序工作已经完成。这是记者从近日召开的2011国际“千种动植物基因组计划”成果发布会上获悉的。     

医学基因组临床转化应用的先行者——记江苏省中医院转化医学中心（TCOM）团队

江苏省中西医结合肿瘤临床研究中心转化医学（TCOM）团队致力于肿瘤个体化靶向诊疗研究与临床实践,目前已完成6000余例临床基因常规检测,200多种基因项目的检测和组织数据库平台建设。     

法成功绘制虹鳟鱼完整基因组

据中国科技网2014年4月29日援引报道,法国国家农学研究中心和法国国家基因测序中心等多家机构的科研人员在英国《自然·通讯》杂志上首次发布鲑科鱼类的完整基因组测序结果,揭示虹鳟鱼基因组较好地保留了1亿年前的一次重要进化事件的遗迹,有助于了解脊椎动物的进化历程。全基因组倍增对生物进化有着深远影响,但大多数已知的这类事件往往有2～3亿年历史,留下的痕迹不明显。虹鳟鱼属鲑科原产于北美洲太平洋沿岸,它肉质鲜美,在全世界被广泛养殖,同时也是科学家研究最多的鱼类之一。     

中澳科学家对高粱进行全基因组测序分析

据2013年8月30日《科技日报》报道,澳大利亚昆士兰大学以及华大基因等单位的科学家联合对44株不同来源的高粱样本,包括地方品种、改良品种和野生材料,进行了全基因组重测序及分析,并首次对拟高粱进行了全基因组测序。结果发现,高粱与拟高粱都存在丰富的遗传,不同的高粱品种在基因组中存在着强烈的种群结构差异和复杂的驯化历程,包括至少发生过两次独立的驯化事件,并证实了来自非洲西部的基因组与其他栽培高粱品种之间存在着显著的差异。研究还揭示了遗传多样性在高粱驯化和改良的过程中存在下降的趋势,鉴定了基因组中与驯化和改良相关的基因。此外,在高粱基因组中还发现了大量的拷贝数变异、基因缺失和获得事件。这些遗传变异的发现为高粱的改良和驯化提供了重要的科研依据。该研究成果为高粱及其他粮食作物的育种改良提供了宝贵的遗传资源。研究结果发表于《自然·通讯》杂志。     

我国破译芝麻基因组

据2014年3月12日《中国科学报》报道,由中国农科院油料所牵头与深圳华大基因联合开展的芝麻基因组破译工作顺利完成。相关结果在线发表于《基因组生物学》杂志。结果显示,虽然芝麻油脂合成基因总数较少,但与油脂分子转运有关的基因LTPl较大豆等显著扩张。其数量达34个,其中29个呈串联重复的形式分布在4个基因簇,这些基因90％具有种子表达活性。     

我国实现单个卵细胞的高精度全基因组测序

据2013年12月22日《科技日报》报道,由北京大学第三医院教授乔杰、北京大学生物动态光学成像中心教授汤富酬和谢晓亮所领导的3个研究小组,共同完成了对单个卵细胞的高精度全基因组测序。成果发表在《细胞》杂志上。     

基于希尔伯特分形的基因组序列压缩算法

给出一种基于希尔伯特分形的基因组序列压缩算法.为充分利用碱基间的相关性,算法首先使用希尔伯特分形曲线将基因组序列从一维映射到二维,从而得到映射图像.再对映射图像使用Context加权建模熵编码技术进行压缩.在Context加权中,权值的确定与各Context模型对应的描述长度有关.当接收端收到压缩图像后,对其进行解码,然后根据拟希尔伯特逆矩阵将映射图像转为一维,从而获得基因组序列.实验结果表明,尽管基于希尔伯特空间填充的二维基因组Context建模会引入无效编码区,但最终的压缩结果要略好于其他直接进行Context建模的算法.     

科学家为什么“偏爱”小鼠?

<正>喜欢科学的你,是不是经常听科学家说起"小鼠"?虽然老鼠这种动物在我们人类限中一直是爱捣乱、甚至是灾害性的动物,可是小鼠却一直是实验室的"宠儿"。为什么科学家这么"偏爱"小鼠昵?·先让我们来认识一下它·小鼠是野生鼷(xi)鼠的变种,属于啮(nie)齿目动物。人们长期培育小鼠,已经形成了很多品种,是实验动物中品种最多的动物,而其中每一种小鼠的血统都很纯正,在同样条件下重复做实验结果也是一样的,所以能可靠地反映实验结果。全世界的科研工作者都用国际公认的     

利用GS技术选育耐高温高糖葡萄糖酸盐生产菌

以Aspergillus niger-ZBY-7为出发菌株,用亚硝基胍-紫外复合诱变的方法分别获得了9株能够耐受高温和高浓度初始葡萄糖的菌株。通过GS（Genome Shuffling）技术,获得一株能耐受高温和高初始葡萄糖性状进一步提升的菌株,命名为Aspergillus niger-GS-30,其发酵温度从30℃提高到37℃,初始葡萄糖耐受浓度从10%提高到30%,葡萄糖消耗速率提高28.12%。通过5 L发酵罐水平实验表明,Aspergillus niger-GS-30在30%葡萄糖浓度、37℃条件下较出发菌株Aspergillus niger-ZBY-7适应期缩短2 h,发酵周期缩短3 h,转化率和产率都略有提高。     

利用CTAB法提取蝴蝶兰的基因组DNA

利用CTAB法对蝴蝶兰的根、叶、花等不同部位进行基因组DNA的提取,然后分别用紫外分光光度法和琼脂糖凝胶电泳法检测DNA的质量,结果表明,3个部位都可以获得较完整的基因组DNA,电泳条带清晰,无拖尾现象.其中根部提取的DNA纯度最高,OD260/OD280为1.654 5;其次为叶,OD260/OD280为1.535 1;花的DNA纯度最低,仅为1.382 O.