医学相关领域开放关联数据集调查研究

[目的/意义]关联数据的研究对于数据资源的描述、组织、发布、检索、利用等具有重要意义。医学相关领域拥有庞大的数据规模和发达的数据共享实践,对该领域开放关联数据集进行系统的调查研究,对关联数据集的共享、管理、应用而言有重要的参考价值。[方法/过程]从平台分布、主题、格式、链入链出关系、所用词表等维度就医学相关领域的85个开放关联数据集进行调查及统计分析;从药物知识发现、语义关联搜索、智慧医疗建设等方面研究关联数据集的实际应用问题。[结果/结论]归纳医学相关领域开放关联数据集在科学研究和实践应用中的特点,以及在推动语义网发展和支持智慧医疗等方面的欠缺之处,以期促进对语义网、关联数据网络等关联数据发展与应用相关问题的进一步思考、探索和解决。     

一种新的用户需求组织方式：需求语义网络

提出基于关联数据技术组织用户需求的设想及其架构——需求语义网络模型,该模型由数据层、需求信息层、应用层组成,需求信息层是整个模型的核心,其构建包括需求信息建模、需求信息命名、需求信息RDF化、需求信息发布、开放查询5个步骤,需求语义网络构建的重点和难点包括用户需求及关系的定义与描述、用户需求的关联与分解、需求网络中各层次之间的协作与交流以及匹配服务器的延伸和扩展等,最后,将需求语义网络理论应用到高校图书馆个性化知识服务中,提出基于关联数据的高校图书馆图书需求语义网络的构建模型。     

细粒度语义共词分析方法研究

针对共词分析方法存在的共现词对的"同量不同质"问题、共词分析结果解释的"不一致"问题等,提出一种细粒度语义共词分析方法。该方法一方面对词对共现统计单元进行碎片化处理,由"文献单元"变为"知识单元"(RDF三元组),达到细粒度的目的;另一方面对共词分析方法进行语义化处理,将共现词对的语义信息融入到共词分析过程之中。最后,借助该方法进行实证研究,并在一定程度上验证该方法的科学性和有效性。     

基于数据结构的学生成绩管理系统

学生成绩管理系统以线性表、数组和二叉排序树三种数据结构为基础,通过分析三者之间的逻辑关系,采用结构化程序设计思想,用多个功能模块分级实现系统功能.     

Biochemical characterization of the recombinant schistosome tegumental protein SmALDH_312 produced in E. coli and baculovirus expression vector system

BackgroundThe heterologous expression of parasitic proteins is challenging because the sequence composition often differs significantly from host preferences. However, the production of such proteins is important because they are potential drug targets and can be screened for interactions with new lead compounds. Here we compared two expression systems for the production of an active recombinant aldehyde dehydrogenase (SmALDH_312) from Schistosoma mansoni, which causes the neglected tropical disease schistosomiasis.ResultsWe produced SmALDH_312 successfully in the bacterium Escherichia coli and in the baculovirus expression vector system (BEVS). Both versions of the recombinant protein were found to be active in vitro, but the BEVS-derived enzyme showed 3.7-fold higher specific activity and was selected for further characterization. We investigated the influence of Mg²⁺, Ca²⁺ and Mn²⁺, and found out that the specific activity of the enzyme increased 1.5-fold in the presence of 0.5 mM Mg²⁺. Finally, we characterized the kinetic properties of the enzyme using a design-of-experiment approach, revealing optimal activity at pH 7.6 and 41°C.ConclusionsAlthough, E. coli has many advantages, such as rapid expression, high yields and low costs, this system was outperformed by BEVS for the production of a schistosome ALDH. BEVS therefore provides an opportunity for the expression and subsequent evaluation of schistosome enzymes as drug targets.How to cite: Harnischfeger J, Beutler M, Salzig D, et al. Biochemical characterization of the recombinant schistosome tegumental protein SmALDH_312 produced in E. coli and baculovirus expression vector system. Electron J Biotechnol 2021;54. https://doi.org/10.1016/j.ejbt.2021.08.002     

辛基酚暴露对凡纳滨对虾NAGase的活力影响

以凡纳滨对虾为研究对象,让其暴露在含0,5,15,45,135μg/L辛基酚（OP）的养殖水体中,暴露24,48,72,96,120 h后取样,分析测定凡纳滨对虾壳膜与内脏 NAGase 比活力的变化．结果表明,水体 OP 对对虾壳膜 NAGase比活力基本起激活作用．暴露72 h内,壳膜 NAGase比活力无显著性变化;暴露96 h时,5,15,135μg/L OP均对虾壳膜 NAGase 比活力起极显著激活作用（P＜0．01）,45μg/L OP 对虾壳膜 NAGase比活力起显著激活（P＜0．05）;暴露120 h时,15,135μg/L OP 对虾壳膜 NAGase 比活力仍表现为显著性激活作用（P＜0．05）,但5,45μg/L OP 对壳膜 NAGase 的比活力影响无显著性．而水体 OP 对虾内脏 NAGase比活力基本起抑制作用．在15μg/L OP体系下暴露24 h,内脏NAGase极显著下降（P＜0．01）,其他 OP浓度下无显著性变化;不同浓度下暴露48 h,对虾内脏 NAGase比活力均出现极显著下降（P＜0．01）;5μg/L OP体系下暴露72 h,对虾内脏 NAGase比活力无显著性下降,其他 OP 浓度下的对虾内脏 NAGase 比活力均出现极显著下降（P＜0．01）;15,135μg/L OP 体系下暴露96 h,内脏 NAGase 比活力也分别出现极显著（P＜0．01）及显著性（P＜0．05）下降．可见,OP暴露对对虾生长发育会产生影响．     

HIF-1与肌肉糖酵解酶

HIF-1低氧诱导哺乳动物细胞产生适应的关键因子。HIF-1是一种DNA结合蛋白，可以诱导包括糖酵解代谢酶在内的多种基因表达的增加，产生对低氧环境的适应。糖酵解代谢酶的活性在低氧诱导下增加，细胞无氧代谢能力加强。低氧训练的生物学基础在于低氧诱导的细胞适应，因此我们预测大强度的低氧训练(低住高练)可以提高机体的无氧代谢能力。