生物研究大数据的开放与共享探讨

首先介绍生物研究大数据概念及其开放与共享现状,认为生物研究大数据开放与共享对科学研究具有促进 的作用。然后针对生物研究大数据开放与共享的困难,以GigaScience为例探讨了生物研究大数据开放共享具体研究与 做法。最后针对生物研究大数据开放与共享面临的技术挑战,提出了进一步的发展建议,以推动生物研究大数据开放 与共享。     

枯草芽孢杆菌基因组知识的生物学意义及对生物工程学的影响

基因组学的出现极大地影响了微生物学的基础研究和应用研究．枯草芽孢杆菌（Bacillussubtilis）是一个用于基础研究和生物工艺研究的重要模式细菌．从它的基因组获得的知识远比长期以来用传统的方法获得的信息要多．通过先进的方法分析其基因组和转录组，基本弄清了关于枯草芽孢杆菌染色体结构的信息，已经达到了能够阐明其基因表达过程的水平，使得完全掌握枯草芽孢杆菌分泌途径的生物化学操作成为可能，这将成为生物工艺学的重大成果、在理论上，随着对它的分析越来越细致，已经阐明一个遗传学的海量信息的新观念，直至获得理解再造一个细胞所需的最小的基因组的知识．总之，枯草芽孢杆菌基因组知识已经明显地更新了基础知识向应用微生物学和生物工艺学转化的途径，并使这种细菌成为后基因组微生物学的重要工具．     

基因与人类健康

介绍了人类基因组计划、功能基因组学研究、转基因研究的现状及其在揭示生命奥秘、维护人类健康方面所起的作用     

A new model for simulating evolution of human influenza virus

Understanding the evolution of influenza A virus, which poses a global challenge to public health, is of special significance for its control and prevention. Although the genome structure of the virus is seemingly simple, their evolutionary patterns and molecular mechanisms are difficult to reveal.     

水稻基因组物理图谱和遗传图谱的整合

水稻作为世界上最重要的粮食作物之一,与其它谷类作物有重要的同线性关系,是禾谷类植物的模式植物。国际水稻基因组测试项目(IRGSP)最近报道了覆盖率为95%、由389Mb组成的水稻基因组序列,实际上包括所有的常染色质和两个完整的着丝粒。总共37544个非转座的与蛋白质编码有关的基因已被鉴定,水稻基因组的绝大部分一般可通过DNA斑点杂交和电子杂交进行锚定,基因组测序数据也可整合到水稻的物理图谱中,物理图谱和遗传图谱的比较能够再现完整的水稻基因组的物理距离和遗传距离之间的关系。经常发现有细胞器基因转移到核内染色体上,水稻高分辨率的物理图谱的整合将很大地促进整个基因组的测序。今后物理图谱将有助于一些重要农艺性状的基因进行图位克隆,将作为禾本科植物基因组比较分析的一个重要工具。     

生命科学信息时代的标志--生物信息学

生物信息学是自1990年启动人类基因组计划之后应运而生的具有生物信息时代标志的交叉学科。它所涉及的范围包括生物研究信息的采集、处理、存储、分发、分析、注释等各个方面。本文仅就生物信息学中的基因组信息学、蛋白质组信息学、生物进化和药物设计等生物信息学的重点研究内容进行概述。     

水稻(籼稻)基因组工作框架图与精细图的绘制

2002年12月12日,中国科学院、国家科技部、国家计划委员会、国家自然科学基金委员会联合宣布“中国水稻(籼稻)基因组精细图完成”。此前,我国科学家于2001年10月完成了其工作框架图的绘制。水稻(籼稻)基因组工作框架图与精细图是继人类基因组计划之后所测定完成的最大的植物基因组,也是迄今为止惟一用“霰弹法”完成的最大基因组精细图。这表明中国在基因组科学领域处于世界领先地位;也标志着中国的高性能计算在生物信息领域的综合实力。文章概要地介绍了该项成果的研究背景和意义、主要内容、研制过程和方法、应用价值及国内外的评价。     

Whole genome amplification in preimplantation genetic diagnosis

Preimplantation genetic diagnosis (PGD) refers to a procedure for genetically analyzing embryos prior to implantation, improving the chance of conception for patients at high risk of transmitting specific inherited disorders. This method has been widely used for a large number of genetic disorders since the first successful application in the early 1990s. Polymerase chain reaction (PCR) and fluorescent in situ hybridization (FISH) are the two main methods in PGD, but there are some inevitable shortcomings limiting the scope of genetic diagnosis. Fortunately, different whole genome amplification (WGA) techniques have been developed to overcome these problems. Sufficient DNA can be amplified and multiple tasks which need abundant DNA can be performed. Moreover, WGA products can be analyzed as a template for multi-loci and multi-gene during the subsequent DNA analysis. In this review, we will focus on the currently available WGA techniques and their applications, as well as the new technical trends from WGA products.