残基相关性及其在系统发育分析中的应用

通过考虑蛋白质序列中不同性质的氨基酸残基之间的相互关系,构造蛋白质序列的15-字母序列,结合信息论中熵的相关理论给出了蛋白质序列的一种新的数值刻画方法,并将其应用到蛋白质序列的系统发育分析中,通过对22条冠状病毒序列的聚类分析证明了这种方法的有用性。     

在实验室里勇攀高峰的青年科学家刘廷析(一)

2011年7月16日,中科院上海生命科学研究院、上海交通大学医学院健康科学研究所研究员刘廷析(见图1)因病与世长辞,年仅44岁.他依依不舍的是他的学生、爱妻、幼子,还有未竟的事业和5万条斑马鱼.     

豹亚科物种系统发育关系研究现状

豹亚科包括五个大型猫科动物以及中型猫科动物共20多个物种,是猫科动物的一个最大群体。物种间的系统发生关系一直存有争议。传统的系统发育研究大都是基于胚胎学、遗传学、形态特征和化石证据。对豹亚科物种系统关系和分歧演化历史问题解决的关键,就是所选用的形态、行为和化石等数据是否有效和充足,这一直是困扰我们对豹属物种进行深入研究中存在的技术瓶颈。分子系统学的兴起和发展,使人们可以从DNA分子水平上定量地研究生物进化过程,有可能直接揭示分类单元的系统发育关系的本质。本文就豹亚科物种系统发育学研究现状做一综述。     

广西钦州地区发展黄瓜种植的分析

黄瓜原产于热带,长期生长在水源充足、土壤肥沃和高温湿润的环境中,系统发育使其形成了根系浅、叶片大、茎蔓长,喜温、喜湿,不耐寒冷和高温、温低于10℃或高于35℃停止生长等生长特性。     

剖腹产儿童易患过敏

美国研究人员的一项分析结果显示,剖腹产儿童患过敏的风险高于顺产儿童。研究人员评估了1200多名新生儿在1个月、6个月、1岁以及2岁时的情况,结果发现,到2岁时为止,如果接触宠物皮屑、螨虫等居家常见的过敏源,剖腹产儿童患过敏的比例是顺产儿童的5倍。这项研究表明,早期暴露于微生物环境将对儿童免疫系统发育和过敏发作产生影响     

基于线粒体12S rRNA基因部分序列的6种浙南海域舌鳎属鱼类系统进化研究

对浙江南部沿海的6种舌鳎属鱼类线粒体12S rRNA序列进行扩增,得到长度约为346 bp的片段。利用MEG Aversion3.0软件分析了6种鱼类的序列特征,检测到100个变异位点,其中简约信息位点43个,插入缺失位点11个;平均A+T∶C+G为57.2%∶43.8%。所有序列的转换颠换比(TS/TV)为2.8,突变未达到饱和。并以鳎科的塞内加尔鳎作为外群,利用PAUP Version4.0 b10软件构建了NJ、MP、ML系统进化树。结果显示在3种进化系统树中6种舌鳎的拓扑结构基本一致,大部分舌鳎间的系统进化关系与传统形态分类的结论吻合,但长吻红舌鳎的分类地位表现出较大分歧,研究认为以侧线和鳞片数量这两个形态特征作为评估舌鳎系统进化的重要性需要重新评估。     

鬼灯檠属的系统发育、分类和地理分布

本文对鬼灯檠属Rodgersia Gray的染色体数、花粉体积和纹饰、萼片数目、萼片脉序和脉型、萼片腹面毛被、花梗和花序轴毛被、叶的类型等关键性状进行了分析，确定了其进化顺序，依据性状的系统发生，绘制了鬼灯檠属的瓦格勒尔系统树；确认本属有5种和3变种，其中以R.podophylla为最原始，R.nepalensis为最进化，而R.aesculifolia，R.sambucifolia．和R.pinnata则居于两者之间。本属分两组Sect．Rodgersia，仅含R．podophylla Sect．Sambucifolia J．T．Pan，含R．aesculifolia，R.sambucifolia，R.pinnata，R.nepalensis。依据种的主要分布区，划本属植物为4个分布类型，即：日本—朝鲜间断分布，秦岭—大巴山分布，横断山分布和东喜马拉雅分布。笔者认为，本属的起源地在日本-朝鲜一带，横断山地区是其现代分布中心和分化中心；本属的散布路线是自日本—朝鲜，经秦岭—大巴山，通过横断山地区而进入东喜马拉雅，本属的起源时间，当在晚第三纪以前(晚白垩世至早第三纪)。此外，还报道了鬼灯檠属植物的花粉形态。     

真核生物ITS2高级结构及其系统发育应用

ITS2是真核生物rRNA基因的重要组成部分,在rRNA基因加工成熟过程中起到至关重要的作用．ITS2的高级结构相对保守,对其序列进化表现一定程度的限制作用．ITS2保守的结构域和二级结构为广范围遗传距离排序提供了重要的技术保障．正因为如此,ITS2在高级阶元系统发育关系分析中展示出诱人的前景．     

金缕梅类科的系统发育分析

 本文运用分支分类的方法对金缕梅类进行了系统发育的分析。金缕梅类作为单元发生群包括下 列19科：昆栏树科、水青树科、连香树科、领春木科、杜仲科、金缕梅科、悬铃木科、交让木科、假槲树科、双颊果科、折扇叶科、黄杨科、西蒙得木科、木麻黄科、山毛榉科、桦木科、杨梅科、马尾树科和胡桃科。木兰科在分析中被选择作为外群类。在对大量性状进行评估之后，选择了32对性状作为建立数据矩阵的基本资料。性状极化主要以外类群比较、化石证据和通行的形态演化规律为依据。首次引入了不合谐数的概念来检测性状极化结果的正确程度，并对少数不合谐数较大的性状的极性进行了调整。采用最大同步法、最小平行进化法和综合分析法进行运算，按照最简约的原则，选出演化长度最短的谱系分支图，作为本文讨论的基础，并在此基础上，探讨了金缕梅类科的系统关系。     

木材构造特征在裸子植物系统学中的意义

本文根据木材构造特征的进化趋势对裸子植物，特别是松杉纲内各目、科的系统位置和等级 进行了探讨。笔者认为：1．南洋杉科可从松杉目中独立出来成立南洋杉目。2．银杏更近于松杉目而与苏铁科有明显区别。3．罗汉松科、三尖杉科和红豆杉科应置于南洋杉科之后，松科之前，三尖杉科与红豆杉科亲缘关系更接近。4．建立金松科是合理的。5．为侧柏从崖柏属中分出成立侧柏属补充了木材方面的证据。6．进一步探讨了松科中一些属的系统位置，并建议松属可区分为三个亚属。7．穗花杉属置于红豆杉科中更为合适。 8. 同意郑万钧在铁杉属内建立长苞铁杉组。合并黄山松和台湾松。