基于三链DNA结构的全错位排列问题算法

目前,一种新型的DNA计算模型——三链DNA计算模式正越来越受到人们的关注。已经证实,DNA单链能在RecA蛋白的介导下与同源的双链DNA匹配成稳定的三链DNA结构,利用此三链核酸提取目的DNA序列是完全可行的。文章提出了全错位排列问题的基于三链DNA的计算模型,由于表示可能解的链都是双链,彼此不会错配,也不会形成发夹结构,这样就大大降低了编码复杂度和计算错误率。     

DNA序列数形表示的研究

DNA序列的数形表示是用数学方法和计算机处理方法分析生物分子序列首先要解决的问题。序列表示的优劣会对最终分析结果有直接的影响。本文介绍了现有几种DNA序列数形表示方法。     

企业决策层DNA及其对高管团队有限理性的影响——以我国企业专用性投资行为为例所作的分析

本文在梳理国外高管团队属性理论的基础上,提出了"决策层DNA"这一基本调节因素,将决策层的决策准则整合进高管团队属性效应分析框架当中,对理论进行了丰富。根据这一新的分析框架,对我国现阶段企业的专用性投资行为进行分析,归纳出导致我国企业专用性投资弱化的典型TMT属性特征和相应的决策层DNA类型。     

线粒体nad1基因内含子在稻族系统学研究中的价值——兼论Porteresia的系统位置

在植物的系统与进化研究中，相对于叶绿体和核基因片段来说，线粒体基因片段由于其分辨率较低、结构复杂而较少应用到系统学研究中。本研究选用nad1基因的第2内含子序列探讨了稻族Oryzeae的系统发育关系，并着重分析了单型属Porteresia的系统学位置，并在此基础上探讨了nad1基因内含子序列的系统学意义以及空位性状在系统发育重建中的价值。本研究结果支持将稻族分为两个亚族（Oryzinae和Zizaniinae）的处理，稻族中假稻属Leersia与稻属Oryza最近缘，Porteresia coarctata不应该单独成属而应处理为稻属的成员。本研究表明，nad1第2内含子具有一定的系统发育信息，尤其是在较高分类等级的系统发育重建中具有较大价值；同时表明空位的合理利用将在已有序列信息基础上提供更多的系统发育信息。     

几种药用植物基因组DNA提取方法研究

采用改良2×CTAB法和改良SDS法提取富含多糖和次生代谢物质的几种药用植物不同器官基因组DNA,并用紫外分光光度计分析,凝胶电泳和PCR扩增进行鉴定。结果表明:改良2×CTAB法和改良SDS法均能有效去除不同药用植物材料中的蛋白质、多糖、酚类及其他次生代谢物质,获得较高质量基因组DNA。但与改良SDS法相比,改良2×CTAB法提取的基因组DNA质量更好。     

DNA与B-PDEAEA自组装过程的分子动力学模拟

通过分子动力学模拟,研究DNA/B-PDEAEA纳米颗粒的自组装过程。模拟结果表明,在自组装过程中静电相互作用是主要驱动力;在相同氮磷比的条件下,随着DNA碱基对数目的增加,更易于形成稳定的纳米颗粒。在相同碱基对数目的条件下,随着氮磷比的增加,更趋向于形成稳定的纳米颗粒。     

急性力竭运动对青少年田径运动员血浆游离DNA的影响

为探讨急性力竭运动对青少年田径运动员血浆游离DNA(cf-DNA)的影响,寻找运动员机能监控的新标记物。安排16名青少年田径运动员在电动跑台上进行一次急性递增负荷力竭运动,于运动前、运动后即刻、运动后15 min、30 min、1 h、2 h、3 h、4 h、12 h和24 h分别测定红细胞压积(HCT)、cf-DNA、血浆丙二醛(MDA)、肌酸激酶(CK)和肌红蛋白(Mb)。用心率表监控运动过程并记录运动时间和心率,推算训练冲量(TRIMPS)。结果显示:HCT在所有监测时间点均无显著性变化(P>0.05);cf-DNA在运动后即刻显著性升高(P<0.01),30 min达峰值(P<0.01),4 h后降至安静水平(P>0.05);血浆MDA、CK和Mb在运动后即刻均显著性升高(P<0.05、P<0.01、P<0.01),并一直持续到运动后24 h(P<0.01、P<0.05、P<0.01)。TRIMPS与运动后15 min和30 min时cf-DNA水平呈显著正相关(分别为r=0.55,P<0.01;r=0.64,P<0.05)。结果说明:cf-DNA是组织损伤早期标志物,可作为运动员机能监控的新指标。     

Circulating Cell-Free DNA Level in Prediction of COVID-19 Severity and Mortality: Correlation of with Haematology and Serum Biochemical Parameters

Lymphocyte dysregulation in coronavirus disease-19 (COVID-19) is a major contributing factor linked to disease severity and mortality. Apoptosis results in the accumulation of cell-free DNA (cfDNA) in circulation. COVID-19 has a heterogeneous clinical course. The role of cfDNA levels was studied to assess the severity and outcome of COVID-19 patients and correlated with other laboratory parameters. The current case series included 100 patients with mild COVID-19 (MCOV-19) and 106 patients with severe COVID-19 (SCOV-19). Plasma cfDNA levels were quantified using SYBR green quantitative real-time PCR through amplification of the β-actin gene. CfDNA level was significantly higher in SCOV-19 at 706.7 ng/ml (522.6–1258) as compared to MCOV-19 at 219.8 ng/ml (167.7–299.6). The cfDNA levels were significantly higher in non-survivor than in survivors (p = 0.0001). CfDNA showed a significant correlation with NLR, ferritin, LDH, procalcitonin, and IL-6. The diagnostic sensitivity and specificity of cfDNA in the discrimination of SCOV-19 from MCOV-19 were 90.57% & 80%, respectively. CfDNA showed a sensitivity of 94.74% in the differentiation of non-survivors from survivors. CfDNA levels showed a significant positive correlation with other laboratory and inflammatory markers of COVID-19. CfDNA levels, NLR, and other parameters may be used to stratify and monitor COVID-19 patients and predict mortality. CfDNA may be used to predict COVID-19 severity with higher diagnostic sensitivity.     

Comparative features of colorectal and gastric cancers with microsatellite instability in Chinese patients

Objective  

The purpose of this study was to determine the unique and universal features of microsatellite instability-high (MSI-H) colorectal cancer (CRC) and MSI-H gastric cancer (GC) in the Chinese population.