| 蛋白质loop区域闭合数值方法分析与比较 |
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| 引用本文： | 孙路,吕强,徐维维,权丽君.蛋白质loop区域闭合数值方法分析与比较[J].人天科学研究,2013(8):29-33. |
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| 作者姓名： | 孙路 吕强 徐维维 权丽君 |
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| 作者单位： | [1]苏州大学计算机科学与技术学院,江苏苏州215006 [2]江苏省计算机信息处理技术重点实验室,江苏苏州215006 |
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| 摘 要： | 针对蛋白质loop区域的闭合问题，比较分析了两种来源于机器人学的数值方法——循环坐标下降法（CCD）和雅可比矩阵方法，进行了实现并设计实验。在计算时间和闭合效率方面循环坐标下降法要明显优于雅可比矩阵方法，而雅可比矩阵方法则可以较平均地改变每一个二面角值。
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| 关 键 词： | 蛋白质 loop区域闭合 数值方法 循环坐标下降法 稚可比矩阵 |
Analysis and Comparison of Numerical Methods for Protein Loop Closure |
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| Abstract: | To address the protein loop closure problem, this paper realized and designed the experiments to analyse and compare two numerical methods inspired by robotics-Cyclic Coordinate Descent （CCD） and Jacobian matrix method. In terms of computing time and closure efficiency, CCD performs better than Jacobian matrix method, while Jacobian matrix method is able to modify each dihedral angle in a more balanced way. |
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| Keywords: | Protein Loop Region Closure Numerical Method Cyclic Coordinate Descent Jacobian Matrix |
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